高宗亲政3年，开化派和守旧派的对立愈演愈烈的朝鲜，支持高宗的开化政策的开化派书生们逐个倒在可疑枪手的新式枪下。官兵在书生玄岩集会人群的周围设伏，天上突降大雨，枪手的举动引起军官的注意，从高处射来的子弹命中演讲台上的玄岩。枪手正准备离开时被朴震汉发现，他身中一箭负伤逃走，草丛中枪手和朴震汉对峙，见大队官兵来时枪手逃走。松下、节甘、玄岩在一个月内都死于神秘枪手之下，高宗震怒，众官员被指责，高宗怀疑有幕后主使，书生乌镜和李南柱不知去向，高宗命朴震汉查找。官军四处搜索关于枪手的线索，都城里人心惶惶，左辅厅的捕校韩正勋在城中制止了一场骚乱。守旧派首脑金佑英劝众人不要着急，他有了另立新君的想法，只是重新驯服有些麻烦。朝鲜的火绳枪因射程太近不是新型枪的对手，枪手回到藏身地之后治疗伤口，他们接下来要对付朴震

秀仁拿着枪也没有勇气按下扳机，允江也就是因为这点断定她并不是暗杀者。朴震汗抓获了暗杀凶手，但在即将审问出幕后主使者的时候，犯人突然中毒暴毙，最后一刻也只说出其背后有更厉害的枪手，而没有说出姓名。朴震汗因此成了保守派的眼中钉，陷于危险之境遇。玝璟先生给秀仁送来密信，因为要马上离开朝鲜，约定在麻浦渡口转交玄岩先生的书，允江要与她同去。允江无意透露玝璟先生的下落，却遭来保守派的追杀。玝璟先生遭暗杀，允江急忙带着秀仁逃命。二人夜宿荒山，却意外遇到了黑衣人，虽然秀仁交出玄岩先生的书，但杀手依然举起了枪……

允江秀仁遇到危难之际，父亲及时出现救下了他们，可父亲却为了追捕逃犯，跳下了悬崖。在追捕嫌犯的时候，朴震汉手臂受伤。朴震汉认出了秀仁，警告她和允江不要再参与这件事了，非常危险。玄岩先生的书被保守派首领得到，并被烧毁。秀仁回到家里总是忍不住回想起跟允江在一起的点点滴滴，为了报答允江的救命之恩，秀仁邀请他一起看烟火。允江秀仁一行人到山间放烟火，莲荷却意外被黑衣人拐走，只留下允江送给她的猫头鹰。朴震汗收到威胁信后震怒，把允江投入了大牢，孤身一人前往救其女。允江哀求其父手下放他出去帮助父亲，被释放后速前往华开山。枪手狡诈多疑，临时更改会面地点，父子二人只能孤军奋战，经过重重艰险，终于救出莲荷……

朴震汉与允江一起营救莲荷，虽然成功救下莲荷，但是朴震汗没有放弃，依然执着追杀枪手。允江想要与朴震汉同去，但被拒绝，允江被打晕，朴震汉一人去追赶枪手。朴震汉终不敌枪手，被杀死，允江赶到痛苦欲绝。朴震汉被保守派栽赃，被参有谋反之心，允江与父亲被判谋逆罪，莲荷被抓到义禁府为奴。官兵来家里抓人，好在当时允江外出，免于一难，但莲荷被抓走。在秀仁的帮助下，允江登上了前往忠州的小船，不料枪手再次出现，允江中弹沉入江中。秀仁目睹这一幕，但无能为力。后来允江被几个人救起，而正是秀仁的小指南针救了允江一命，挡住了子弹。三年后允江作为左右日本关西地方商业圈山本的得力手下——长谷川半藏，再度回到朝鲜，掀起一场腥风血雨……

允江以日商身份归国，在码头用枪解决了混乱。崔元臣邀请他成为贸易伙伴，却被允江给了一个下马威。秀仁去黑市买照相机，却遭到捕校追捕，并在逃跑途中撞到允江，不慎将照相机遗落，归家后以寻找照相机的名义四处打听允江的下落。夜里，允江化身黑衣神枪手突袭知情人孙泽寿家中，并定下十五日之约，希望为父报仇。秀仁找到允江住处希望取回照相机却遭允江避而不见。崔元臣再次找到允江，并终于开始洽谈合作。惠媛以找回照相机为交换，请秀仁当火药技师救急，在合作的商谈处，秀仁与允江终于再次相见……

秀仁与允江在崔元臣面前相见，允江拒不承认自己的身份。秀仁为求证自己的猜想自荐当向导带允江逛街，途中各种试探，最终惹怒允江。原来允江在三年前获救时就下定决心做一个没有历史的新人，因此无法与他人相认才能更好进行复仇大计。杀害朴父的人在被允江追杀的途中自杀，高宗为了进行开化改革秘密召集文士，秀仁的父亲成为改革派的眼中钉。惠媛带允江出行，途中遇到刺客，允江将惠媛救下，惠媛对允江另眼相看。秀仁得知失踪的莲荷的下落并告知允江，允江虽不承认身份，但连夜前去救援，就在此时被埋伏在莲荷处的崔元臣堵个正着……

允江被包围后，最终巧妙逃脱。允江逃跑过程中遇到秀仁，镐京误以为他是绑架的坏人。虽有人一直监视，但允江始终保持伪装，让人找不出破绽。允江回忆起当年在日本接头惨遭毒打，奋力挣扎战胜所有人才有如今的身份。允江深夜拜访正勋，正勋十分惊讶允江的归来，并以儿时的往事来询问他。允江之妹荷莲在都接长家当奴婢，都接长让莲荷送茶来试探允江，莲荷一见允江便一把抱住哥哥哭泣起来。

允江为不被识破狠心一把将莲荷扇倒在地，莲荷却向都接长表示此人就是哥哥允江。秀仁向允江申请去做明天的火药实验。允江黑夜变身黑衣人神枪手，前往都接长家中想要救出莲荷，与敌人展开一场恶战。允江被人包围后劫持住慧媛成功脱身。火药实验时秀仁险被炸伤，多亏允江出手相救。看着莲荷被当做礼物带走，允江心痛不已。其实这都是引诱允江出现的陷阱。秀仁用望远镜观察火药制作，被允江发现。晚上大人准备对莲荷不轨，允江点火后趁乱杀掉大人，与莲荷相认。

允江杀死宋大人后和莲荷相认，不料却被人发现遭到枪击围堵，允江骑上快马带妹妹冲出重围。允江将妹妹暂时安置在寺院，向她保证时机成熟会接她出来。允江刚回到家被找上门来的崔大人撞上，崔大人向他询问起宋大人被杀的事。皇帝得知宋大人被杀的事下令要调查清楚。秀仁向父亲说出自己想学习火药的想法，得到父亲的支持。秀仁找到允江，允江帮她争取到学习火药的机会。慧媛从秀仁那里听说莲荷被枪手带走的消息。慧媛将莲荷被抓走的消息告诉了允江，允江装作毫不在意，慧媛却表示自己有同样经历，因此特别同情她。允江告诉都接长那天晚上不只一个枪手，而且怀疑是接长的人干的。在他俩谈话的时候，都接长安排手下准备射杀允江，却因为手下报告枪手出现而打乱计划。其实这都是允江的安排。秀仁得知三藏正是允江，可是这时禁义府的人闯入将秀仁抓走。

秀仁被怀疑与曹大人的案子有关被禁义府抓走。秀仁为保护允江说是自己拿走火药与允江无关，遭受酷刑也没有说出允江。于是大人们便问她是否将火药交给了父亲，秀仁坚称父亲与此事无关，但是郑大人还是被带走。允江和慧媛、都接长一同来到禁义府。允江为救秀仁，说是自己使用的火药，与秀仁无关。允江让秀仁说是自己指示她的，但是秀仁一直坚称是自己拿走的，允江被人拖走，秀仁继续遭受酷刑。左相对郑大人用刑，强迫秀仁承认受父亲指示，但是被金镐京阻止。晚上允江穿上夜行衣准备去救秀仁被劝阻。在镐京的帮助下，允江来到狱中见到秀仁，两人互诉衷肠，洒泪分别。第二天，郑大人求他们放过女儿，自己愿意招认。这时皇上赶到，传上允江与左相对峙，并训斥左相为扳倒开化派实施酷刑。郑大人释放后感谢允江救命之情。金左英交代都接长处理掉郑大人。遭受金大

开化派主张学习枪支使用技术，并从大清国进口武器，保守派得知后在交易地点南别宫进行伏击。允江意外秀仁的父亲成为保守派的目标，再次变装出手保护他。允江在枪手中发现了一个左肩有伤疤的人，认定是曾杀害父亲的凶手，但他最终还是在其他同伙的保护下逃脱了。镐京在关键时刻，替秀仁父亲挡了一枪，受了重伤。慧媛找到允江，希望能够帮助父亲走出危机，允江却找到崔元信，警告他不要太嚣张，他是看在慧媛的面子才提出帮助的。慧媛撞见莲荷与允江在一起，开始怀疑他的身份。允江的火药厂技师受伤，秀仁临时顶上。

秀仁刚要走出房间却被允江拉住，允江问他是否还觉得自己是朝鲜人朴允江，秀仁一口否认。允江化身黑衣人将郑大人绑架，审问他当年的幕后指使的人是谁。金大人吩咐崔大人去杀掉允江救出郑大人。崔大人带人将允江包围试图查出他的真实身份。崔大人射中允江，掀开了他的面罩。崔大人救出了郑大人，却遭到郑大人的训斥，他一气之下将郑大人射死。允江回到家里自己忍痛将子弹取出，正巧被秀仁发现。秀仁很是心疼，亲自为他治疗。慧媛觉得十分可疑，问起父亲关于之前的旧事，崔大人说总有一天她会理解的。晚上慧媛找到允江说出了自己的真心。允江告诉秀仁不要离自己太近，会十分危险。慧媛看见秀仁从允江那里走出来，将自己的真心告诉了秀仁。秀仁的父亲在皇帝面前为左相求情。允江因为长得像画像上的人险些被官府抓走，被崔大人救下。崔大人劝允江不要再查，还

允江不忍伤害秀仁，两人最终相认后拥抱深吻。允江约慧媛晚上一同散步。晚间允江变装后，来刺杀都接长，却险些被都接长射杀。最终允江将都接长击倒在地，慧媛却赶到救了父亲一命。允江将都接长作为犯人交给官府，却被义禁府带走。慧媛代替父亲来向允江道歉，允江却不接受。义禁府来人将允江以逆贼的身份抓走。慧媛来到大狱劝父亲说出所有的事情，父亲却要她不要牵扯进来。允江和都接长当堂进行对质，大人要求慧媛进行质证，都接长却以他受贿的事进行威胁。秀仁劝说慧媛进行作证。禁义府的人纷纷被抓，开化派按照允江的意思一部部实施着计划。皇上亲自审问都接长和允江二人，慧媛来作证却并未说出实情。皇上又传唤了义禁府其他证人，没想到所有人都被迫翻供了。皇上十分慌张，决定上邢审问两人，遭左相阻止。允江求皇帝一定要查出真相，但左相却劝说皇帝维

陛下无奈下令将允江斩首，崔元信被无罪释放。在押送的过程中，黑衣人掳走了允江，原来是陛下派人来救下了他，希望他能够帮助陛下扫平叛党，但允江却大怒，表示他只想亲自手刃凶手，选择离开。秀仁告诉莲荷，允江没有死，他很快就会回来的，莲荷提出要回寺里等哥哥，秀仁无奈只好送她回去。路上遇到有人想要劫持莲荷，好在允江及时出现救下了他们，允江放走了他，让他去告诉崔元信他马上就会去报仇的。慧媛向允江表白被拒绝，心碎选择跳河自杀，好在被父亲救起，而允江刚好看到这一幕。

允江开枪射中崔元信，崔元信坠落山崖。慧媛带领手下搜寻都接长的下落，众人怀疑都接长已死。慧媛来找允江遇到秀仁，她决心要杀掉允江报仇。官兵来人想抓走莲荷，莲荷四处躲藏。允江准备暗杀金大人，但是秀仁赶来让他先去找莲荷。允江和秀仁最后在山里找到受伤的莲荷。允江来找到皇帝的亲信，决定暂时协助皇帝。分给战士的粮食都变成麸皮，郑大人发现后十分生气。秀仁发现金镐京的父亲正是左相。生菜将济美被抓的事相告，允江深夜化身神枪手去右议政家救出了奴婢们。允江拜托山元帮自己一个忙，自己决定直接去见金佐英，打探些消息。崔元信并没有死而是被金佐英所救。允江换成山元的身份来到金佐英府上，以谈生意为名接近他。在允江离开时，崔元信醒来了。慧媛找到允江，允江本要杀掉慧媛的手下，可慧媛却举起枪对准了秀仁。

慧媛带人来与允江道别，决定杀死允江。允江制服了慧媛的手下，慧媛将抢指向秀仁。允江情急之下用枪射中慧媛的枪，慧媛要允江亲手杀了她。金大人将崔元信救活要他帮助完成最后一件事，崔元信请求回家看望慧媛。慧媛十分绝望决定自杀，被崔元信拦下。崔元信来见左相，左相将金佐英要发动政变的事告诉了他，说近期就会有指示。允江化妆成山元又来拜访金佐英，正巧遇见允江险些识破。允江深夜来到金佐英家逼他交出了联名书。之后他将罪证都交给皇帝，皇帝以此为凭据要抓捕守护契。逆贼闯入宫廷，莲荷对允江说要保护皇后，莲荷坐在皇后的轿子中躲避别人的视线，将皇后化妆成宫女带了出去。秀仁的父亲在叛乱中被杀。金佐英找到大院君进行交易，大院君要他杀掉明成皇后。崔元信得到指示去杀掉逃亡的皇后。允江秀仁保护皇后逃亡，遭到崔元信的追杀，还好镐京及时

正在都接长准备杀掉秀仁和镐京之时，慧媛突然带人赶到，说要保护皇后娘娘。崔元信为了保命杀掉了金佐英的手下。左相向皇上表示衷心说自己不是金佐英的人，会带领大臣辅佐皇上。慧媛告诉秀仁她的父亲已经遇害，秀仁十分震惊。允江将金佐英绑架带走，并得知清朝的军队正向都城赶来。皇上审判犯人之时，允江将金佐英带到现场，皇上宣布将金佐英等人实施死刑，赦免朴允江父亲和家族的一切罪责。金佐英本以为左相也会被一起实施死刑，但是左相早利用崔元信得到皇后的信任，再加上朝臣的劝说，皇上为了强化王权决定释放左相并与他联合。皇上召见允江说要拜托一件大事给他，说崔元信将统领全国商人给予皇帝帮助，要允江不能与他为敌。允江说如果王命如此自己宁愿去死。朴泳孝等人想夺回朝中的实权要镐京去做奸细。崔元信去狱中见了金佐英，告诉他自己已经背叛了

允江夺了崔元信的金矿生意让他愤怒不已。允江派人收购了市场上的生丝和牛皮，让崔元信无货可存。气愤的崔元信拿着枪来到允江家，但是最终也无可奈何。崔元信找到左相希望能掌控商贸，阻止允江。开化派找到秀仁，想安插她在皇后身边当宫女，让她做奸细。秀仁和允江商量后，允江表示不希望秀仁卷入此事。左相带着镐京与崔元信、山元等人秘密会面。左相向日本人保证以后朝鲜的商贸都将在崔元信的管辖之下。镐京从金玉均处出来时遇到允江，允江将金玉均救过自己一命的事告诉了他。崔元信本要宴请粮商，却因为允江抬价粮商纷纷跑到允江的商会。秀仁在街上看到镐京和左相一起。崔元信向皇后提议向惠商公局收税，并给皇后娘娘送了礼物。秀仁和慧媛在宫廷相遇，秀仁说早晚真相会大白于天下。允江抢先囤积大米，但是慧媛告诉他没有惠商公局的许可，他们是不能进行

允江带人以商局命案为由将山元带走。日本公使对此十分不满，要求惩治朴允江，否则会有严重后果。皇后劝说皇帝要保住王权，必须要抓捕允江，此时站在门外的秀仁刚好听到，十分震惊。崔元信带手下抓捕允江，允江带秀仁骑马出逃。二人无处可逃只能跑向深山。在深山里秀仁意外受伤，金玉均找到朴泳孝希望他派兵救下允江。第二天清晨允江下山寻找秀仁丢失的鞋子却意外碰到抓捕的人，秀仁醒来未见允江就被人追捕。允江返回后不见秀仁。秀仁险些被捕时允江及时赶到，但是秀仁脚伤无法再行走。允江暂时与秀仁分开，追捕过程滚下山底。允江醒来后发现已被金玉均救下。左相向皇后推荐镐京为左营。山元被移交给日本使馆，山元走之前交代崔元信定要杀掉允江。当上官职的镐京被很多开化派诟玻允江在休养期间训练了一只枪手的精锐部队。秀仁答应了金玉均的要求，准备去

秀仁入宫成为宫女，作为卧底监视闵氏的一切动向。允江投靠锦陵尉大人，与其共谋开化大计。一日几人正在商量大计，崔元信突然到访要来追捕逃犯允江，幸好被锦陵尉大人喝退。慧媛来到宫中警告闵氏不可过分相信秀仁，她入宫另有其他目的。开化派举行正面，在宫内燃起熊熊烈火，允江带领一众士兵冲进皇宫……

晚上宴会开始后，允江带人点燃了邮政局周围，众人四处逃散。开化派众人杀入会场，闵大人被杀，崔元信被砍。镐京带左相离开现场，想救他的性命，但是还是被其他人杀死。允江和金玉均等人来到皇宫以事变为名让皇帝和他们走，但是被皇后质疑。秀仁点燃了炸弹，皇帝决定立刻和他们走。但是镐京迟迟不来，官兵赶到和开化派厮杀起来。官兵想拦住皇帝，允江开枪将他们射杀。皇帝得知开化派造反的真相。崔元信阻止包袱商聚集成军，慧媛等人来拿印信正好遇到允江。慧媛持枪追杀允江，却意外被崔元信杀死。皇帝向开化派妥协通过了许多新法案。允江正式向秀仁求婚。

改革后百姓们沉浸在喜悦之中，可金玉均为抵御清朝军队却允许日本人来到朝鲜，引起允江的不满。日本人来到后将皇帝皇后带到昌德宫，皇后借送礼为名将向清朝求助的信件交给领议政。不久清朝军队来到都城，政变只维持了三天。日本人撤退。允江、镐京等人殊死抵抗。崔元信带人追杀允江，秀仁在逃亡过程中中枪，镐京为掩护他们而死。允江秀仁逃往山洞，允江为秀仁疗伤。允江救出莲荷等人，在树林里与崔元信决一死战，崔元信不敌朴允江自杀身亡。多年后，两人甜蜜生活在一起，允江为拯救百姓成为民众的英雄。