故事开始于1938年的德国，一家教堂的密室里，12个玫瑰十字会会员（17—18世纪研究玄学、神秘主义和炼金术的秘密会社成员，据传1614年一本关于15世纪神秘骑士克利斯欣·罗森克鲁兹的小册子引发了这一秘密结社活动）正在加紧改造12口座钟，外面的纳粹军正在迅速壮大。根据《路加福音》的记述，这些玫瑰十字会会员相信末日即将来临，他们必须采取行动。

Hank的寻妻之旅一开始就遭遇危险——他没有等来妻子Leila，而是等来了可怕的恐怖分子WhiteVincent。Hank和Beck在加拿大的冰原上和WhiteVincent一场恶战，险些丧命。WhiteVincent逃走后，Hank更加困惑了——他现在要面对的新问题远远多于他得到的答案。除了他妻子的绑架案外，他还必须寻找一个关键问题的答案：他自己到底是谁？为了解开下一个线索的秘密，进一步了解自己的过去，找到他的妻子，Hank决定和Beck前往印度寻找第二座玫瑰十字会制作的「钻石地图钟」。在那里，Hank有了更加惊人的发现。与此同时，Rachel和Arron沿着另一条路线寻找相关线索，发现了神秘的玫瑰十字会领袖的最后旅程。

Hank重拾找回Laila的信心，从印度回到美国寻找新的线索。WhiteVincent逼迫仍处于他控制之下的Laila修复另一座钟。聪明的Laila故意给Hank留下一些「痕迹」，希望能帮助他找到自己。Hank再一次遭遇WhiteVincent，并且意识到事情可能比「亲眼所见」要复杂得多——这里的「眼」，说的是WhiteVincent诡异的「魔鬼眼」。与此同时，Hank的父母可能隐藏了一个大秘密。在FBI的帮助下，Hank、Arron和Rachel发现一个著名的历史人物可能是解开下一座钟之谜的关键。

受伤的WhiteVincent陷入困境,但他仍然控制着被绑架的Laila并继续躲藏在暗处.Laila察觉到Vincent情况不妙,便劝说他让自己帮他疗伤.Laila已经想好了:只要Vincent不注意,她就找机会逃跑.Vincent知道自己没有Hank的帮助无法得到下一座钟,于是向Hank提出条件——只要Hank肯帮助他,他愿意释放Laila.尽管牧师提出了警告,但Hank还是打算拿自己的生命赌一把.关于Laila的惊人信息开始浮出水面,Hank突然意识到妻子美丽温柔的外表下有他不知道的秘密.Beck丈夫死亡的真相终于大白于天下.

多年以前，还是修女的莱拉为了完成神父的嘱托，甘愿舍弃自己的身份而成为了好牧人。汉克与贝卡凭借莱拉钥匙上的图案找到了她的秘密基地，但里面早已人去楼空。正当汉克在废弃的诊所寻找真相时，文森特再度持枪现身。原来这里的陈尸所是一个秘密实验室，而莱拉当年混进这里就是为了窃取有关零点时刻的项目计划。更令人意想不到的是，汉克竟是该项目中的352号测试对象。

汉克向父母询问自己的身世，这才得知自己是从德国抱养的孤儿。莱拉根据钟表里得到的线索来到了土耳其，于此同时，贝卡等人也尾随而至。汉克从收藏家提供的线索找到了亨利的儿子埃里克，埃里克把自己所有的钟都送给了汉克。贝卡找到了莱拉，逼问她丈夫航班失事一事，莱拉被神父的人救走。汉克怀疑自己是埃里克的儿子，他暗中做了亲子鉴定，报告却指出汉克是埃里克的父亲。

Vincent发现航海日志使用古埃及文编码的，便向Melania寻求翻译专家。此事也被FatherReggie得知，为了赶在敌人面前得到讯息，Father用Hank身上的秘密与Hank持有的12个钟表做交换。根据钟表底座的提示，他们得到了一幅地图，分析出12钟共同指向的地点是它们的生产地Strasbourg。而Father也告诉了Hank他身上的秘密。Hank竟是Zerohour的项目结果，也是能引发真十字架灭日力量的关键人物。Liala说服了Hank，甩开FBI和教堂的人，共赴Strasbourg企图进一步了解秘密。

Hank和Liala抵达斯特拉斯堡大教堂，却遭遇神父派出的杀手。情急之下与FBI再次联系，Liala答应告诉Beck其丈夫遭遇空难的原因。Hank与FBI一行人汇合后，在深夜共同前往教堂寻找秘密。在解密的过程中，Liala获得了Hank的原谅。他们最终获得一个指向Faroes的水晶球。另一方面，Ms.Lynch又带了一个人协助Vincent，此人正是Beck的应该已经死亡的丈夫。而Vincent在查阅潜艇指挥官的日记时，发现了自己和Hank之间的羁绊，也知道了藏匿十字架的地点。于是两群人共同踏上前往Faroes的路途。

两群人终于到了Faroes群岛，Hank三人在岛上找到一所教会的小教堂，但是整个教堂就只有一尊耶稣的雕像，三人断了思绪。就在这时Hank找到了水晶球真正的意义并解开了谜题找到了圣十字架所在正确的位置，经过一番挖掘他们见到了存放十字架的木箱。而Vincent一群人以为找到了埋藏教会隐藏多年圣十字架的位置，团队挖掘后发现此地是Hank前世下葬Vincent前世的地方。就在这时天象异变，Vincent循着异象寻找Hank三人。而此时Hank打开木箱，出乎他们想象的是木箱里空无一物，三人怀疑自己所见，但Vincent已经找到了他们。

1937年纳粹搜集了斯特姆与亨利的血液样本，开始研究克隆人类。西奥在同伙面前假装杀死汉克等人，救了他们。林奇带走了汉克的父亲雅各，汉克根据父亲留下的线索找到了躲起来的母亲。汉克从母亲口中得知父亲就是为纳粹研究克隆技术的科学家，而自己正是首个成功克隆人。汉克推测是盒里的虫子吃掉了十字架，而林奇等人正在通过对虫子的研究得到耶稣滴在十字架上的血液。

林奇的人劫持了汉克，想要通过研究他的DNA找出完美基因的原因。得知汉克被绑，莱拉独自前往寻找他。汉克伺机逃跑时遇到了莱拉，但他发现莱拉不是来救自己而是来杀死以阻止林奇的研究。关键时刻，文森特开枪杀死了莱拉。贝卡带人来到实验室，文森特劫持了蕾切尔，与林奇、西奥带着汉克的基因序列登上直升机逃跑。

林奇等人带着蕾切尔来到一座修道院，蕾切尔伺机给艾伦打去一通电话。贝卡等人通过追踪号码，分析出了林奇等人所在的位置。蕾切尔被与许多女孩关在一起，原来林奇是利用她们的身体进行受精克隆试验。受精克隆试验成功，林奇将耶稣的DNA植入自己体内。汉克等人前往营救蕾切尔，但他们乘坐的飞机却意外出现事故……

当得知林奇并不能修复自己的眼睛，文森特没有按照她的命令杀死蕾切尔等女孩，林奇将他圈禁。汉克等人进入圣地后找到了西奥，西奥告诉他们，林奇的体内细胞正在产生变异。汉克帮助文森特解除，并与他一同救出了怀有圣子的阿莉玛。林奇因体内变异带来奇异的气候现象而身亡，贝卡与西奥重修旧好。阿莉玛用圣子的力量，帮助人们治愈疾病。