余潇潇告诉乌鸦，特派员张本初今日抵达，滨城抗联的人也全部到位。乌鸦决定这次要将滨城抗联全部歼灭。今天谁子君担任滨城抗联特工队队长的第一天，这次接特派员是上任的第一次任务，必须成功。林子君安排好人员埋伏在各个位置。抗联的人刚接到张本初，林子君就被乌鸦挟持带走。这时抗联的人也被乌鸦带的人杀死，特派员张本初也在逃亡的路上被余潇潇杀死。好在信没丢。乌鸦将林子君带到没人的地方，林子君就和乌鸦动起手来，林子君不敌被乌鸦打晕，王妈走出来，问林子君的情况，之后就躲了起来。亮子赶来将林子君救走。亮子背着林子君回到据点，亮子怀疑林子君是叛徒，这次的事大家都觉得抗联出了叛徒。王妈唯一的女儿小芸被抓走了，王妈因为自己干出的事一时心虚不已。林子君觉得乌鸦没有将她杀了肯定是想通过营救她的人找到据点，然后将他们一网打尽。

乌鸦在危机关头碰头两名关键人物，一位是当今最优秀的华裔机械工程师，名叫丁默，另一位是在欧洲参与过多起银行劫案的爆破专家，名叫苏剑。关东军和林子君在东来酒楼布下天罗地网准备抓捕乌鸦，高级警督童小乐为庆祝生日也来到酒楼。他误认为林子君是自己即将“约会”的对象，上演了一出让人啼笑皆非的闹剧。乌鸦受枪伤被林子君抓获，但滨城仍在爆发可疑案件。童小乐因东来酒楼事件被调去奉阳警察厅。

扒车贼赵大勇和黄一刀在滨城运往龙城奉阳的肉罐头发现大量金条。两人向军阀司令王复兴汇报此事，王复兴速度召集好人马赶来火车站偷运黄金。林子君一直在为重伤的乌鸦实施抢救，乌鸦临终前告之林子君自己的真实身份，并透露与一伙人炸毁一辆列车的计划。林子君听闻计划后立刻赶往车站想要阻止计划实施，拯救无辜乘客。

林子君通过调查得知负责运送这笔黄金的正是满洲国中央银行要员胡是如，他将实情告诉胡是如，希望能一起救下全车人的性命。童小乐也接到保护民众的人物，顿时豪气万丈，他与搭档成大运一起对冷藏车厢进行全面的封锁。胡是如若能成功完成这次运送，就可以安心退休，和“女儿”享受二人世界。但实际上，胡晓娥根本不是胡是如的女儿，而是秘书董明为胡是如物色的情人!胡晓娥一直以女儿的身份在胡是如身边。童小乐与成大运捉住胡是如，成也发现了神秘的蒙面人。蒙面人几招击退童小乐后转身逃去，胡是如答应撤下黄金不乘此列车才得以重获自由。

蒙面人身份揭晓，原来是林子君。他为了确定胡是如是否听信自己的建议，将黄金卸下火车，亲自前往车站一探究竟，并嘱咐大家见机行事。胡是如终身亡，成大运童小乐深感黄金之事可能已经暴露。就在争论之时车厢一阵摇晃，日本宪兵队将一节全封闭车厢挂在保温冷藏车厢的车尾，并有数名日本士兵向这边走来。林子君发现胡是如根本没有履行约定，他也发现了那节异常的车厢。滨城警察陈晋决定前往火车站抓捕董明，并怀疑董明已经投靠日本人。董明等人被日本关东军搞得手足无措，不知他们想要干吗。为了避免日本人发现黄金，童小乐假扮尸体并借用胡是如的身份瞒过日本人。

众人对那节形状怪异的车厢纷纷表示担忧。陈晋的汽车被偷导致他没能登上火车，再次加深他对董明的怀疑。他觉得自己责任重大，立刻回到滨城警察厅，组织了人马开始追赶火车。两个日本士兵走进冷藏车厢检查尸体，童小乐愣是一动不动。但他饥饿的肚子在咕咕叫，赵大勇也不经意放了一个响屁。两人吓得魂飞魄散，幸好没被日本人发现。

成大运悄悄尾随乌鸦义女余潇潇看她有什么动静，不料她跟董明一起进了卫生间并将门反锁。成大运等了许久也不见二人出来，便让身旁的小男孩去敲门，原来那两人已经逃离，董明暗杀成大运未能得逞。余潇潇在车顶匍匐前进，准备杀害童小乐。她误将赵大勇当成童小乐，童因此逃过一劫。董明和同伙苏剑准备动手炸车厢，童小乐伪装成赵大勇顺利逃离。

列车驾驶员被杀害，换成董明同伙。银色车厢里代号为“黑牙”的实验活体的反复的躁动让北川美幸很担忧。正当林子君准备开始实行原定计划的时候，亮子假借汇报重要信息而挟持了日本关东军指挥官渡边信一郎，原来他想用自己的生命救下全车人的性命。但亮子计划失败反而被抓，林子君为自己的失误倍感自责。原来胡晓娥是董明的姘头，他们想要将黄金据为己有，然后远走高飞。

胡晓娥想起之前在火车站广场自己对童小乐一番真情意却遭奚落的事情，于是开始挑逗童小乐。苏剑和董明为了放炸药的事情发生争执。陈晋几经波折，找到自己被偷的汽车，他驾车追赶火车，路途中无意错杀一名小流寇。成大运得知炸车夺金的计划，想到还藏在冷藏车厢中的童小乐，很是焦虑。林子君决定在实施计划之前，尝试去救亮子一次。童小乐也明白了董明的全部计划，他想要找到成大运一起离开火车。

成大运为保性命，对林子君的盘问装疯卖傻。童小乐看到自己朝思暮想的女子林子君，顿时乐开了怀。林子君为了不暴露身份，忍气吞声。她装作一个弱女子，企图从童小乐那儿获得更多信息。渡边信一郎听从手下建议，想要用亮子来引出其他同党。，胡晓娥看到董明和余潇潇在车厢调情，她开始怀疑董明给自己说的一切。

林子君成功救出亮子，但为了躲避日本兵的追捕，亮子最终还是壮烈牺牲。林子君回到童小乐的身边，试图获得更多的信息。陈晋及时赶到了火车站，迅速部下天罗地网，全面封锁了火车站，准备拿下董明，追回国库黄金。董明发现被童小乐跟踪，两人大打出手。童小乐曾帮助过流寇，流寇为了报恩追打董明。

成大运与童小乐再次聚首，两人非常开心。童小乐让成先走，自己想要保护心仪之人林子君。陈晋数次受阻，眼睁睁的看着董明一次次逃脱。他决定去警察厅兴师问罪，但看着追随自己多年的手下被活活的炸死，他感觉董明是一个强大的对手，立志要为手下报仇。林子君在餐车约见三招，三招珊珊来迟，发热的三招喝了一杯水后喷出一口鲜血。

餐车内的乘客开始咳嗽，北川美幸很是紧张，立刻退出餐车并命令兵封闭此车厢。北川美幸让年轻医生确认咳嗽症状是不是因为感染病毒而引起，年轻医生十分肯定乘客没有被病毒感染。林子君则将数名被疑似感染的乘客集中到僻静处，并诚恳告之众人，有可能被病毒感染，且没有解药是无法根治的，此时下车离开定是死路一条。

童小乐看到林子君处理这一切，不禁对林的身份有所怀疑。林子君抓获年轻医生向其质问，没料到外表文弱的年轻医生竟然突然爆发，二人近身混战起来。成大运劝说童小乐不要相信林子君，但童小乐相反觉得这样的女人才有挑战，对林子君产生了强烈的兴趣，他决定跟随林子君。渡边决定枪决林子君反倒被年轻医生杀死，原来年轻医生也是中国人。突然间，年轻医生用注射针头扎入自己的颈部大动脉，想要结束自己的性命。

林子君救回年轻医生，原来年轻医生本名叫王年青。他告诉林子君很多有关病毒的事情，并将最后一支针剂给了林子君，它能延缓病症发作的时间。三招虽然自己也被感染但仍鼓励安慰着大家一定能找到解药。林子君和童小乐再次回到车厢中，他们发现所有的感染者都已经断气。童小乐告诉林子君，董明是一切阴谋的设计者。

林子君回到餐车，她告诉大家现在最重要的任务是摧毁日本关东军的病毒。董明在包厢中对胡晓娥说了自己的真实计划。董明在车厢中寻找童小乐，恰巧遇上日本人的大搜查，他为了逃避搜查假装成尸体。昏迷的赵大勇醒了过来，他用木棍击晕董明，自己爬出天窗，重新回到车厢。

董明被日本人抓走，林子君进行查探时被人跟踪。北川美幸猜到了炸车计划，她决定主动出击，既要抓获这些破坏计划的人，又要夺回牛牌。集齐十二生肖金牌就能获得完整的病毒公式图谱。陈晋已做好火车一停站就卸下黄金的准备，但却不知从哪里来了一批日本士兵。无奈之下，陈晋只能放弃计划。童小乐将伙伴带到德海医院养伤，德海医院有很多民众被病毒感染，日本人担心走漏风声，血洗德海医院。

北川美幸要在餐车举行晚宴，大厨黄一刀得到通知。童小乐、子君均收到邀请。日本人秘密在酒水和菜里下了迷药，大家全部中招。北川美幸也中了迷药，被黄一刀制服。彭大炮查出杀害乌鸦的元凶就是董明。报仇心切的他用迫击炮直接轰击火车。

彭大炮通过猛烈的炮火控制了局势，北川美幸终于选择了投降。林子君在火车上一直尾随董明，终于被董明发现。两人正准备动手，彭大炮带着士兵直接抓住了董明。林子君和童小乐最终决定冒险上山，寻找狙击手和迫击炮，他们不能让全车人在这里等死。他们在苏剑的帮助下，端掉了彭大炮精心设计的所有狙击手。

林子君告诉彭大炮日本人在神秘车厢里制造生化武器的秘密，彭大炮后悔莫及。在劝说下，大炮终于决定和众人联手，踏上摧毁生化武器的道路。苏剑讲述自己的苦衷，北川美幸看到黄金后震惊了。北川美幸调度来大量的日本士兵将车站围住，并且为了防止消息外泄，阻止乘客下车。林子君，童小乐再赶到火车站时发现一队假冒的日本士兵在搬运罐头。两人配合默契，跟踪着北川美幸。

乌鸦还活着，他们发现三枚生肖黄金吊坠，童小乐也是一头雾水。乌鸦想杀林子君却被童小乐拦住，林子君说出自己对吊坠的猜测，并拿出自己的三枚吊坠。乌鸦解释自己的身份，死去的是他弟弟，两人共用一个身份。另一边，北川美幸正在给董明讲解活体病毒实验的事情。

成大运出卖了彭大炮，彭被陈晋所抓获。陈晋对彭大炮使用了酷刑，希望能够逼供得出一些有价值的情报。成大运说自己有办法接近黄金，陈晋信以为真，他协助成大运潜入火车站。董明在黑暗中遇到乌鸦，很是震惊。董明被乌鸦击昏，北川美幸将三根钢针扎入乌鸦身体。

苏剑猛然想起见过成大运也有一条黄金吊坠，原来成大运也是日本人选出的十二带金者之一。之前帮自己忙的小男孩竟然要杀自己，林子君很是惊讶。原来“小男孩”只是个子矮，他已经28岁了，还是个带黄金吊坠的日本人。北川美幸不敢相信乌鸦受病毒感染这么久还能有这么好的身手。她将最新研制的病毒注射入乌鸦的手臂，若乌鸦能抵抗，他就是第二个珍贵的标本。

原来成大运层在日本留学，无意中得罪了日本的黑帮，被救下后追随黑龙会。他与北川美幸日久生情，北川美幸陪大运回到中国的家中，发现大运的妻子已经为他育有一子。成大运选择逃避北川美幸，北川一怒之下杀掉他所有家人。北川后成为日本女军官，大运结实了童小乐。董明继续安置炸药，林子君和童小乐寻找其他带金者。

林子君和童小乐发现可疑的和服女人。女人用迷药迷晕童小乐，童被北川美幸抓获。原来和服女人是日本陆军部特工一枝花美智子。日本士兵要给童小乐注射带有病毒的血液，林子君在危机关头出现救出童和乌鸦。林为乌鸦注射抗病毒血清，乌鸦非常感动。三人拟定对付北川美幸的计划。陈晋得知日本人的罪行，他欲与彭大炮联手对抗日本人。

陈晋和彭大炮找来苏剑，三人一起合计，制造了一场爆炸作为掩护，最终冲出龙城。董明被日本士兵所囚禁，胡晓娥劝说董明，希望两人能远走高飞，董明誓要夺回黄金。乌鸦收病毒感染越发严重，他离世前一直呢喃着要杀了日本鬼子，杀了董明。余潇潇计划救出董明和乌鸦，向车厢内投放烟雾麻醉剂，童小乐扯着林子君向前飞奔，两人正好撞见成大运。

成大运见到童小乐和林子君，重新燃起求生欲望。林子君经过分析后有些怀疑成大运，成发现自己被怀疑便干脆装疯卖傻。童小乐心疼搭档跟林子君吵起架来。王妈受董明威胁，接受杀害林子君的任务。但她始终下不了手，最终选择跟董明一拼，但力量实在微薄，以失败告终。

董明见到余潇潇后两人相拥，胡晓娥看到董明再次欺骗自己，她开枪杀死余潇潇，董明十分难过。两人发生争执，他们与余潇潇一起倒在了血泊中。陈晋与日本士兵发生枪战，中枪受伤。

王复兴醒过来后发现兄弟们因为该死的黄金一个个离去，不由心中一阵痛楚。他想要与北川美幸一起同归于尽，北川依旧侥幸逃脱。北川美幸汇报上司远藤次郎，遗失的金牌无法带回奉天，任务彻底失败，远藤次郎让她带着兔牌回奉天。林子君与黑牙展开决斗，童小乐虽因为成大运的事情与林子君产生了严重的分歧，但还是与其一起击毙黑牙。

远藤次郎准备让北川美幸带着四只最新研制的病毒成品直接从亚细亚号撤退，并让其他士兵将火车直接开进鸭绿江以此掩盖研究生化武器的事实。林子君将黄金吊坠塞给童小乐并一脚踹开他，独自一人向车尾的北川美幸奔去。童小乐想爬上天窗去帮助林子君，却被成大运拖下来。大运终于露出真面目，用枪指着童小乐，想要拿走吊坠。林子君与北川美幸发生激战。

童小乐和成大运这对好兄弟也在殊死决斗，童第一次发现大运原来身手这么好。童小乐将吊坠全部扔出窗外，成大运顿时发狂，对其拳打脚踢。北川美幸告之林子君那些黄金吊坠都是假的，唯一真的病毒公式就在自己身上谁也夺不走。林子君手刃北川美幸，自己也晕了过去。

列车停下，日本兵慌乱之中展开了对乘客的屠杀和镇压。所有的乘客终于爆发，将日本士兵杀死。成大运为了保命重新夺回猪牌，他将其交还给日军。金牌竟是假的，成大运也因此丧命。童小乐受了严重内伤，林子君背着他躲避日军。救援成员赶到，抗联击退了关东军，取得了黄金。童、林两人最终安全撤离出亚细亚号豪华列车。(大结局)