梦娜拿出证据视频，向四人解释真相，岂料她的电脑遭遇骇客入侵，资料惨遭损毁。梦娜向屋外的孩子们询问玩偶的来源，竟得知是艾莉森所赠。艾瑞亚担忧自己与以斯拉的关系曝光，惴惴不安地等候在副校长办公室外。为了获取"A"所谓的秘密，汉娜四人出席了威尔顿的葬礼。就在斯宾塞发现梦娜时，棺材里的手机突然发出声响。神秘"A"向五人发来恐吓短信，与此同时将火灾当晚的视频传了过来。

梦娜表示有东西给美少女们看，汉娜等人狐疑的跟着她走了。梦娜藏起的车子不见了，随后她遭到了神秘人的袭击，艾米丽为救她受伤了。斯宾塞被宾夕法尼亚大学拒绝了，她感到十分沮丧。汉娜发现母亲将一双沾满泥污的鞋子藏了起来，她觉得母亲的行为十分反常。艾莉森母和汉娜谈论起艾莉森，汉娜觉得情况越来越复杂了。艾米丽带伤比赛，她不慎撞伤了头。

艾瑞亚的母亲开始了新恋情，这让艾瑞亚心里十分不舒服。托比和斯宾塞开始调查托比母自杀一事，两人为此发生争执。艾瑞亚开始和詹克约会，詹克的行为让她感到十分紧张。汉娜觉得母亲隐瞒行踪，她对此感到十分不满。艾瑞亚、艾米丽无意中发现了面具的秘密，两人将这件事告诉了汉娜，三人决定去制作面具的地方查探。托比、斯宾塞来到托比母自杀的地方调查，两人发现了一件惊人的事。

艾米丽的父亲回到家中，艾米丽感到一丝不安。汉娜前去寻找母亲，她却在母亲办公室遇到了前来调查的霍尔布鲁克警官以及他的上司坦纳探长。艾瑞亚和詹克约会，两人路上遇到了以斯拉的儿子马尔科姆，艾瑞亚再次想起伤心往事。托比去见母亲自杀一事的知情者，他从知情者口中得知有关金发女孩的事。斯宾塞、艾瑞亚用面具试探梅丽莎，随后两人尾随梅丽莎来到了制作面具的地方。

汉娜十分担心母亲出事，她开始噩梦不断。斯宾塞的母亲给她找了一名升学顾问，斯宾塞感到非常不耐烦。"A"在艾瑞亚母亲的车上动了手脚，艾瑞亚母亲因此受了轻伤。艾米丽、斯宾斯见到了升学顾问布兰登，随后两人决定打着参观学校的名义去西塞罗学院寻找蛛丝马迹。汉娜发现母亲和斯宾塞的母亲联系，她对此感到十分好奇。斯宾塞找到了一些线索，可随后她与艾米丽因为琐事发生争吵。汉娜在母亲的衣橱里找到了一把手枪，她带着枪前去寻找斯宾塞等人。

汉娜因非法持枪被逮捕，随后她的父母来到警局保释她。艾米丽被迫离开游泳队，同时她的死对头莎娜也来到紫檀镇。梦娜主动找到斯宾塞等人，她表示房车被托比藏起来了。麦克的同学康纳四处污蔑艾瑞亚，艾瑞亚感到十分难堪。艾米丽拿到了汉娜手上的视频，她将视频刻成光盘送到警局。斯宾塞、托比前去寻找格伦瓦兹，两人无意中发现了莎娜和詹娜的身影。枪支弹道检测结果出来了，汉娜的母亲被警方带走了。

美少女们一起陪伴汉娜，而汉娜的情绪异常低落。迦勒和托比开始暗中调查，两人想通过自己的努力帮助汉娜等人。汉娜去看望母亲，母女两人相互安慰对方。麦克被警方怀疑是砸车的人，艾瑞亚也因此被校长盘问。迦勒、托比找到了一些线索，同时美少女们来到威尔顿家调查。麦克被校长询问，以斯拉安慰了在校长室外等候的艾瑞亚。托比和迦勒再次找到约翰，约翰表示自己受茜茜雇佣编造了飞行记录。以斯拉为麦克求情，校长表示以斯拉对艾瑞亚家的事反应有些过激。

汉娜的母亲决定做不认罪辩护，随后她会被警方转移到别地的监狱，汉娜对此自责不已。以斯拉开解艾米丽，他鼓励艾米丽重新振作。汉娜决定认下杀死威尔顿警官的罪名，她希望梦娜帮助自己。斯宾塞无意中发现托比母亲的案卷，她来到疗养院询问埃迪。汉娜和梦娜开始为自首进行演练，汉娜将自己发现的线索全部告知梦娜。迦勒发现汉娜和梦娜见面，他感到十分不安。梦娜来到警局，她做出了让人震惊的事。

由于梦娜的认罪，汉娜母亲被保释回家。得知艾米丽肩部受伤的事情，多米尼克道出她可能无法拿到奖学金的事实。佩奇为艾米丽举办了生日聚会，艾瑞亚在聚会上看到了詹克和女伴金姆，她醋意大发。艾米丽救了落入水中的詹娜，她怀疑有人不想让詹娜道出艾莉森的消息而对其灭口。艾瑞亚向詹克表达了心意，两人终于在一起。

迪劳伦提斯提出让艾米丽搬进艾莉森以前的房间，这让艾米丽深感恐慌，但美少女们却希望她能接受迪劳伦提斯的提议，可以借机寻找线索。汉娜欲进莱德利以身试险，迦勒对此很担心，他希望汉娜能向父母和警察坦白一切。玛吉却道出了更加惊人事实，这让以斯拉非常心痛。有人匿名投诉斯宾塞的母亲，称其逼迫梦娜认罪，汉娜母亲面临失去律师的危险。

坦娜告诉美少女们警方的调查有了新的发现，汉娜听到后很是担心。艾瑞亚想透过地下室的洞口看清楼上人的真面目，她险些被刺瞎。崔维斯告诉汉娜自己亲眼目睹杀死威尔顿的凶手另有其人，汉娜希望他能向警方说出事情真相。“A”不断的向托比送来“礼物”，这让托比深感崩溃。艾米丽和斯宾塞在舞会上看到了红衣女，就在两人准备开车追逐时，却发现车后有动静。

检察官撤消了对汉娜母亲的控诉，汉娜和母亲都异常高兴。美少女们收到了装有梦娜人偶的棺材和信息，她们决定寻找梦娜。美少女们前往鸦林镇调查线索，在她们专注于魔术表演时，“A”却将艾米丽掳走，艾米丽险些丧生。美少女们找到了“A”的老巢，她们惊讶的发现之前对于“A”的认知都是错的。格伦瓦告诉了美少女们一个惊人的事实，美少女们相信了她。

美少女四人盛装参加鸦林镇的庆典活动，希望能尽快找到艾莉森。迦勒去鸦林镇找汉娜，途中遇见了一个女孩米兰达。美少女们在红衣女的带领下进入隧道，且被困其中，四人都经历了异常可怕的事情。迦勒留在鸦林镇上帮助米兰达，他随后发现了自己的墓地。美少女们终于见到了艾莉森，艾莉森请求大家帮她，随着以斯拉的出现，艾莉森再次消失。

在确认艾莉森活着的消息后，汉娜等人发现临镇一名叫莎拉的女孩和艾莉森一样离奇失踪，她们约见了莎拉的朋友了解情况。梦娜不计后果的行为受到以斯拉的严厉警告，以斯拉希望梦娜不要干预他的事。以斯拉与艾瑞亚秘密约会，并试图与之和好。克莱尔私下告诉艾米丽，莎拉阴魂不散让她们感到不安。迦勒回紫檀镇只做短暂停留，汉娜伤心与之道别。

汉娜告诉艾瑞亚、艾米丽和斯宾塞，她拥有艾莉森的日记。由于艾莉森日记内容经过改编，她们必须轮流阅读才能找出线索，以斯拉暗中偷偷观察她们。艾莉森试图偷偷约见艾米丽，艾米丽前去赴约却没见到艾莉森。以斯拉借家访名义到汉娜家，他偷溜进汉娜房间搜寻日记本。为寻线索，汉娜等人开车出城却遭遇险境，"A"趁机偷走艾莉森的日记本。

艾米丽在教堂里面见到莎娜，莎娜说出惊人秘密：艾莉森只想见艾米丽，斯宾塞得知此事后为艾米丽安全担心。斯宾塞的父亲告诉托比莱德利将为其母之死做出赔偿，托比同意签署赔偿合同。艾瑞亚和汉娜遭遇情感问题，汉娜与迦勒旧情未了却与崔维斯相恋，艾瑞亚与以斯拉和好放弃詹克。斯宾塞偷偷跟踪艾米丽来到见面地点，艾莉森发现被人跟踪再次消失。

麦克与梦娜关系暧昧，艾瑞亚试图阻止他俩的恋情。汉娜从侦探罪案小说寻求破案方法，她意图查出艾莉森坟墓中死者的真实身份。斯宾塞破译了艾莉森的日记里的些许内容，她来到日记里所提到的雄赤鹿与猎人酒吧，竟与以斯拉不期而遇。神秘人频繁的骚扰艾米丽，艾米丽与汉娜都受到不同程度的惊吓。汉娜在牙科医院被人迷晕，斯宾塞从汉娜牙中取出A的威胁短信。

斯宾塞继续在网上寻找线索，她怀疑以斯拉就是A。以斯拉想要单独约见斯宾塞，斯宾塞拒绝了他。莎拉找到艾米丽帮忙，艾米丽成功从艾莉森家里取走藏在相片中的巨款。以斯拉邀艾瑞亚一同前往小屋休假，艾瑞亚被爱情冲昏头脑。汉娜试图阻止斯宾塞追查以斯拉，斯宾塞告诉汉娜与艾米丽以斯拉可能就是A。莎娜遭神秘人的警告，艾莉森即将弹尽粮绝。

斯宾塞，汉娜与艾米丽在以斯拉的抽屉里找到了艾莉森的日记本，但她们却发现日记本有几页内容丢失。斯宾塞长期服药出现幻觉，她穿越到美国旧时代仿佛置身胶片电影中。虚幻世界里斯宾塞忽然明白所有事件真相，她需要将它们拼凑在一起才能得知艾莉森失踪原因。斯宾塞回查偷回的日记本发现日记内容遭篡改，三人决定将此事告知艾瑞亚却发现艾瑞亚与以斯拉重燃爱火。

以斯拉将斯宾塞的病历交给艾瑞亚，并告知艾瑞亚斯宾塞嗑药神志不清。斯宾塞崩溃向艾瑞亚解释以斯拉就是A,艾瑞亚却并不相信她。斯宾塞策划了一场骗局，她想借此机会引出以斯拉。以斯拉言语出现漏洞，艾瑞亚私访小屋找到线索。以斯拉对艾瑞亚穷追不舍，并继续欺骗艾瑞亚。斯宾塞的失约让托比伤心，海斯汀夫人警告斯宾塞别再嗑药。

斯宾塞的父母想要把她送进戒毒所，她请求他们给她再一次机会。艾瑞亚到处寻找以斯拉，并在以斯拉的处所里发现许多有关她隐私的资料。莎拉让艾米丽把艾莉森的钱送往瓦林福特的一个邮箱，佩奇发现艾米丽形迹可疑，她逼迫艾米丽说出艾莉森活着的真相，并要求艾米丽与艾莉森断绝往来。斯宾塞发觉她被人跟踪，而派人跟踪她的人正是她的父亲和艾莉森的母亲。

斯宾塞母亲禁止女儿与外界联系，咨询师迪恩受邀来家协助她戒毒。警察收到秘密信件，他们怀疑汉娜与艾莉森失踪有关。艾瑞亚来到雪城大学散心，并寻求新异性的慰藉。斯宾塞收到A的来信，A扬言会替她掘好坟墓。梦娜向麦克提出分手，艾米丽知道梦娜帮助以斯拉的原因是因为以斯拉曾一度要揭露梦娜的违法罪行。以斯拉在著作中暗示D夫人就是A，艾瑞亚将此事告知小伙伴。

杰森回到紫檀镇，并告诉艾米丽D夫人认为斯宾塞是伤害艾莉森的元凶。斯宾塞母亲误认迪恩与女儿关系异常并将他开除，迪恩临行前告诉斯宾塞克拉克中心早已关门，斯宾塞揭穿了杰森编造的谎言。艾米丽对佩奇的背叛感到失望,并回绝了佩奇的道歉。为了进入艾莉森家搜寻证据，大家决定参加D夫人举办的慈善婚纱秀。艾米丽与汉娜在衣柜发现重要线索，并与艾莉森取得了联系。

女孩们终于见到艾莉森，艾莉森决定将秘密公开。艾莉森描述曾设法弄清A的身份，但始终没能成功。与此同时，艾莉森也证实斯宾塞并未因嗑药伤过人。D夫人、梅丽莎以及其父母被带往警局受审，梅丽莎告诉其父妹妹斯宾塞并非杀人凶手。警察通过Gps定位找到艾莉森等人，A与以斯拉同时出现，女孩们联手以斯拉与A展开决战，以斯拉受伤A侥幸逃脱，D夫人莫名被埋葬。