1840年，一个风雨交加的夜晚，泉州知府萧玉堂夫妇中年得子，不料生下一个肉团。萧夫人惊骇而亡，萧玉堂悲愤交加，命仆人将这一肉团丢弃。一药翁飘然而至剖开胞衣，一声惊天动地的啼哭，虚云就这样来到了人间。古岩八岁进学堂，悟性极高。一天他结识了小和尚，对佛学产生兴趣。萧玉堂把小和尚师徒请到家里想羞辱他们，却没得逞。奶奶临终前关心古岩的亲事，父亲帮古岩定亲。

古岩（尹治饰）回到泉州来到开元寺向明心法师请教出家的事，萧玉堂担心古岩会出家就命荣管家叫古岩回家，跟他商量娶妻的事。古岩不同意娶妻并向父亲承认自己想出家，对充满杀戮、灾难重重的世界很失望，对功名利禄名誉得失毫无兴趣，古岩的想法令萧玉堂大怒，他将古岩关进书房。仕奇听说娥英近期要与古岩完婚很不甘心，他买通无赖到萧府闹事。仕奇不服古岩一人可以独占两女便请父亲帮自己娶娥英，却遭到父亲的拒绝。古岩见自己出家的想法令父亲如此伤心便答应娶亲不出家了，结婚前娥英觉得自己配不上古岩，想要上吊自杀被仕奇拦下，他向田父承认谣言是自己致使散播的。大婚当晚，王氏让古岩先与湘月（胡小婷饰）圆房，古岩不愿意，进入洞房后便坐在地上打坐。

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古岩（尹治饰）一直跪在涌泉寺前请求大师收自己和富国为徒，经过考验常开大师同意收古岩和富国为徒并为他们剃度，出家第一天不空师傅为他们讲解了寺院的礼仪和规矩。富国见出家的日子辛苦不堪，很后悔当初和古岩一起出家当和尚便夜晚翻墙伺机逃走，不料被师父发现。娥英得知古岩和富国在涌泉寺便一人前往寻找古岩，找到古岩后见古岩出家态度坚决很伤心。

娥英和湘月到涌泉寺寻古岩，无果。萧玉堂动用了福州知府的关系来寺庙找古岩，古岩以此为契机决定到寺庙后山的狮子岩下修行。萧玉堂最终也没有见到古岩，辞官后带着家眷回了湖南。谭仕奇死里逃生回到了泉州，才知萧家已经人去屋空。六年后，萧玉堂去世了，娥英等人决定削发为尼。虚云得高人指点，要他去天台山找融镜。谭仕奇找到娥英和湘月，要她们跟他走，娥英拒绝了。虚云见到了融镜，才知道他就是当年的药翁，并被留在了天台山跟随融镜的师弟融心学习天台教观。湘月在水月庵门口捡到一个弃婴，娥英为她取了幽莲的名字后病逝了。

虚云在天台山又修行五年，之后又四处云游，就在他思乡之时，融镜又来指点。虚云和几位小师傅决定要三步一拜朝礼五台山。谭仕奇接湘月去宅邸住，湘月带上了幽莲。虚云等人路上重重坎坷，同伴生病无法同行，只有他一人前往。途中，虚云遇到了谭仕奇，谭仕奇话中带刺，讥讽不断，虚云不理，继续赶路。谭仕奇回到宅邸后，将遇到虚云的事告诉了湘月。幽莲在山上玩耍，遇到了虚云

幽莲将在山上遇到虚云的事告诉了湘月，湘月到山上找寻却无果。谭士奇的儿子谭成与虚云结识了，虚云赠予他一本书，叫他自己修行。虚云在途中体力不支，晕倒了，幸得文吉相救，将为父母朝礼五台山一事相告。虚云完成拜山宏愿用了近十年的时间，在一次他不慎落水时，恰巧谭成将其救起。朝廷下旨斩杀谭士奇，虚云等人为其超度。融镜圆寂了。虚云开悟得道，成为了我国禅门一代高僧。光绪二十六年，正值八国联军侵华。

虚云来到了京城，偶然间救了一个偷了东西的小孩儿梦灵，梦灵将他带到了龙泉寺。龙泉寺的长老对虚云尊敬有加，并对他说了朝廷政事。朝廷大臣对对抗外敌持有不同意见，有的主战，有的主和。肃亲王一向信佛，虚云又对自己有救命之恩，便以金银相赠。慈禧召虚云上朝听取意见，虚云表明做什么事都应随机应变。义和团起义，众百姓都逃到了龙泉寺躲避。

义和团的兄弟们来到龙泉寺要那些教民，可虚云法师却让两位头领先去拜佛，并对他们讲收留的教民已经脱离洋教改信佛教了。太后宣虚云法师入宫，询问了义和团大闹龙泉寺一事，并让虚云说说他对义和团的看法。法心长老告诉虚云大风暴就要来了，虚云法师也说自己准备好迎接这一场风暴。太后的轿子到了青龙县城却被迫停下了，经查问得知青龙县已遭人洗劫，现已经变成空城。这时受到虚云法师的提醒，太后来到了当地寺院，也总算有了安置之地。

虚云到怀来县找到坚守城镇的县令吴永，他从县令口中得知甘肃布政使岑大人将带五千精兵前来勤王护驾。虚云指点吴永拜见肃亲王和太后，吴永苦于囊中羞涩，并无珠宝进献，虚云告诉吴永拿着他家的绿豆小米就是无价之宝。吴永觐见太后，得到太后赏识，并命吴永召回藏在附近深山的百姓。岑大人带兵赶到，解了太后等人的燃眉之急。太后要擢升吴永，并让他伴驾西行，吴永决定弃官逃走。虚云得知吴永弃官的原委，说服他担起做官的职责。陕甘大旱，一路上灾民遍地。吴永自作主张开仓放粮，赈济灾民，而后自缢身亡。太后追赠吴永为忠义侍郎。

幽莲途中遇上官兵抓吴礼，她正要劝阻双方不要伤人，一个官兵闲幽莲碍事要杀她，吴礼救下幽莲，两人相伴同行。梦灵和大师一起前往鸡足山朝礼，途上遇到了很多怪事，很多店铺都不让和尚居住。一些和尚横行霸道，借化缘讨要商人的银子，很多老百姓都不敢惹。梦灵和大师听说这里的尚们要钱是要办法事来驱逐当地的怪病，他们为弄清这里的阴谋，一起创关进入了鸡足山。

虚云带着徒弟继续游走，遇到开山修路的老法师，请他帮忙在鸡足山住山修行。老法师指点他们到钵盂庵修行，当地百姓跪在门前求他帮助驱魔，虚云给当地百姓治疗传染病。鸡足山的和尚到钵盂庵闹事，抢走了了尘和尚送的钱，还要赶走虚云烧掉钵盂庵，关键时刻，吴礼赶到。崇善用观音显灵哄骗众人。

虚云希望幽莲回去，可是她和吴礼想留下来。崇善叫人把吴礼引诱到寺庙里来，并花言巧语将他哄骗了一番。虚云让人在寺庙附近为幽莲建了一座木屋，以便安身。刘根带着父亲来虚云处求助，虚云才知道崇善在售卖有毒的极乐丸以蛊惑人心。崇善让吴礼也吃了极乐丸，崇善以自己的极乐丸游说吴礼去取劫案的赃款，吴礼将满满一箱金银珠宝搬进了虚云的住所。崇善本想恶人先告状，谁料虚云恰巧将财宝送来了县衙。乡亲们被崇善所害，前来向虚云求助，虚云来见崇善，崇善却让他等了很长时间。

崇善终于来见虚云了，理论之下，悟明不愤，被拖下去施行了杖刑。然而崇善身为出家人却依然追求功名利禄，顽固不化，虚云便自愿吃下了极乐丸。吴礼药效发作，前来索要极乐丸，却误伤了幽莲，便决心跟随山中的大师修行。这时一位待产孕妇伊妹来到了山上，而就在虚云为众人讲经诵道之时，传来了婴孩的哭声。原来这个孩子是崇善的，他把孩子的母亲悄悄地关了起来。虚云为了喂饱婴儿，挨家挨户找奶娘，周围人指指点点。

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吴礼跟随大师修好了山上的路，也从大师那悟到了道理，送走了大师后，自己也下了山。钵盂庵重建后改名祝圣寺，虚云带领寺众重建了中国佛教名山大刹风范。1913年，政治形势严峻，云南省政府都督蔡锷请来虚云为国计民生出谋划策，虚云决定前往藏东丽川求助于东宝仲巴法王，游说西藏活佛。半路，虚云等人遇到了藏人的埋伏，众人都以为虚云死了，但蔡锷却仍将军队驻扎原地，等待虚云的消息。虚云按照原定计划继续赶路，半路遇到了吴礼，并把他留在了身边。

顿珠贿赂降初，拜见东宝法王，意图煽动西藏噶厦闹独立，但遭到法王冷遇。法王大礼欢迎虚云大师，听了虚云劝说西藏归顺民国，表示不能担此重任。顿珠和降初故意为难虚云等人，以此赶走他们。法王请顿珠和虚云一起聊藏汉关系，法王表示中立。法王决定闭关，请虚云为众僧讲经，还请梦灵和吴礼为自己守护。虚云都答应下来。梦灵一时着急，闭关仪式上请法王不要闭关，最后法王让虚云处理梦灵。顿珠和降初趁机想赶走虚云等人，虚云在众人面前忍痛用香板打了梦灵，众人才被平息下来。虚云法师开始默默等待法王出关，而顿珠和降初则希望法王不要出关。

东宝法王闭关，八天没有吃饭。降初大喇嘛在顿珠的指使下妄图闯关，被吴礼拦下，格桑索康又鼓动喇嘛们闯关，开枪打死了阻拦他的吴礼，这时东宝法王赶了回来，原来法王借闭关为由秘密前往格丹松赞林寺和三大活佛签署了《滇藏和平协议》，让西藏免于战火洗礼。梦灵看破红尘出家为僧，虚云为其剃度，并赐法名无梦。虚云在完成鸡足山祝圣寺和昆明华亭寺的修复后，1929年回到福建鼓山涌泉寺任住持，1934年，在广东军政要员陈铭框、李济深等的反复邀请下前往广东韶关，着手千年古刹南华寺的修复工程，还在那里创办学堂，关注孩子们的成长。

虚云让广济给学堂的孩子们送去大米，并倡导僧人到前线去照顾伤员。广济亲眼看到学堂老师被日本飞机炸死请求还俗从军抗日报国。南华寺修复完成，虚云打算去乳源云门寺。小偷阿牛深夜偷米被虚云发现，虚云放他走还送了他一袋米。虚云带着难民赶到乳源云门寺，主持修复云门寺。虚云带领众人深夜大雨中将一百个孤儿接到云门寺，难民涌来，寺里所剩粮米不多虚云让僧人吃木薯把粮米留给难民和孤儿。阿牛为了救苦妹又去偷东西，被大家逮到要遭严惩，虚云和秀娥赶到，秀娥说出了当年的实情。李将军派来接孤儿的部下受伤，虚云发现原来是广济。

日本人抓到虚云，寻找隐藏在里面的军人，但是并没有找到;忽然得到情报说鬼子要屠村，因为有人在山沟里找到了粮车，粮食被村民们分了，后来被日本人发现，广济要去救人，虚云带着和尚们一起来到这里来为村民说情。一九四五年八月十五日，日本宣布无条件投降。1949年10月，新中国诞生，虚云在香港讲经说法，他又面临这一次新的选择。