本集出现的是一系列的强奸案。这个强奸犯还有一种变态的爱好，给所有的受害者身上烙下一个印迹。随着越来越多的受害者出现，FBI发现这个强奸犯的暴力倾向越来越强，甚至杀害了一名受害者。Don带着犯罪地点的地图回到家，Charlie无意中看到，并似乎能看出某些规律。接着，Charlie列出了公式来推算罪犯的居住地，得出一个热区，Don立刻派人前往并且注意区域内所有嫌疑人。不料，Charlie的结果并没找到真正的罪犯。Don提示到，即使罪犯住在那个区域也并不代表他经常在那个区域活动，可能他比较常在工作的地区附近活动。Charlie又制作了另外一个公式，找到了另一个热区。Don对比两个区域都出现的人，终于抓到了罪犯，并在他的车牌上发现原来他最近搬家了，所以Charlie的第一个热区才没有看到他。

一些“彬彬有礼的男孩”在抢劫银行。他们之所以叫做“彬彬有礼的男孩”是因为他们从容不迫的走进银行，很有礼貌的要求柜台给他们钱，并且还会帮其他的客人开门。Charlie预测到了他们的下个行动目标，让Don做好了埋伏。不料，“彬彬有礼的男孩”除了两个未武装的人外还有其他的帮手，于是他们和FBI们惨烈的枪战了许久，很多FBI人员都受伤了，Charlie十分自责，决定不再管这起案子，而埋头苦算数学难题。经过Alan和Charlie聊过一些事情，Charlie决定再次帮助Don。他发现每次“彬彬有礼的男孩”都会在银行呆很久，而真正的抢劫犯应该会飞快地逃离现场才对，于是，他发现了“彬彬有礼的男孩”抢劫只是一个幌子，真正的目的是要给幕后电脑操作员时间来黑入银行电脑...

洛杉矶突然开始流行了一种怪病，很多人死亡。Don怀疑这是生化主义恐怖分子，而卫生局也同时开始了调查。经过和患者的亲友询问，FBI们得到了一些有用的信息，Charlie成功的发现了规律——这些病都是从联合车站散播出去的。在更加深入后，Charlie终于知道了疾病的种类，西班牙流感。这种流感曾经在1918爆发过，是全球流行病，死亡率甚高。接着，FBI查出了四个正在研究西班牙流感的研究室，其中有一个就在洛杉矶。Charlie随后又和卫生局产生了分歧，因为卫生局认为联合车站就是散播点，而Charlie认为真正的散播点是商业区主要公共汽车总站。而数据表明，北边的死亡率远远高于南边，令Don不解，为什么同样的病毒在两边会有不同的效果呢？最后，在查看了汽车总站的录像之后，散播病毒的竟然是一直协助调查并且看

Charlie和Larry两人一起去爬山，无意中到了FBI的犯案现场。一名男子死亡，而他正是加州理工的学生，还在几天前请教过Charlie一些问题。Charlie坚信他并不是自杀的，Don没有办法，只好试着调查。发现这名叫做Finn的学生为了某项论文积攒了不少压力。Charlie拜访了Finn的家，发现Finn的论文全部是关于HAYBRIDGE的设计，尤其是ColeCentre，他认为这栋大楼的设计有很大的问题。Charlie趁着晚上，偷偷进了ColeCentre，做了个钟摆测试，钟摆的形状是椭圆形而不是圆形，证明着栋大楼有些偏移。另一方面，FBI们去找了所有可能有关联的人——设计者，承包商，现在大楼的拥有者...Charlie和Larry继续研究，终于发现了大楼的问题，它无法抵抗斜后侧方的

六岁小女孩Emily在她的生日派对上被小丑绑架了，而孩子的爸爸Ethan又拒绝与FBI合作。Don认为绑匪们要Ethan十多年来证明黎曼猜想的研究，因为那会得到不少奖金，但是更深入调查后，Charlie发现绑匪们其实要的是一个“数筛”，Ethan的黎曼猜想就是数筛可以把一个非常大的数字化成几个素数。而互联网上的各种安全设施都是有巨大的素数组成的，也就是说绑匪们要入侵某个网上机密。FBI们Don希望由Charlie出面来说服Ethan，因为Ethan也是搞数学的。经过探讨，Ethan终于决定和FBI合作。就在他们试图完成这个公式时，Ethan发现自己所有的假设都基于某一点，而那一点好像不成立，整个假设都将坍塌。Charlie得出了结论，绑匪们要的就好像是一把万能钥匙，不过他们要开的只有一扇门，

一辆火车撞上了一辆停在铁路上的校车，司机死亡。根据司机的妻子，司机为包校车安全，开起了气囊，谁知，那辆校车却是空的。看来是一场蓄意的火车事故。和以往的一些火车事故现场一样，犯案者留下一张满是数字的字条，却没人能破译。经过FBI的简单调查，这个犯案者已经利用铁路系统的漏洞引起了多起事故，造成了不少伤亡。某人打来电话说他无意中拍摄到了这起事故，FBI们立刻去看了录像，并审问了某人。接着，从录像带里，他们发现了一伙人从出事的火车里偷东西。FBI们查出了小偷们的车牌号，准备逮捕他们，却发现他们已经被杀。犯案者打来电话，嘲笑Don，并且发誓要揭露铁路系统肮脏的一切。另一边，Charlie和Amita去了火车博物馆，在解说员那里得知了一些信息。Don根据死了的小偷而发现了某个秘密组织，FTAR；他们也有

在短短半个小时内，发生了6件抢劫案，全部是同一群人。不过奇怪的是，他们并不抢劫用银行卡或支票的商店。经过Charlie和Amita清晰化商店里的录像带，他们吃惊的发现犯案者貌似很有钱，他不仅带着昂贵的手表，更用的超贵的手枪。而且他们没有抢劫店里数十万的珠宝，而仅仅是拿走了钱，不由得让人疑惑。这时，有一起谋杀案发生了，似乎与这起抢劫案相关。Don和手下去查看现场时发现死者在不久之前刚刚进行了疯狂的采购，让人匪夷所思的是，所有他们光顾过的商店都是被抢劫了的，而且全部都是现金交易。根据死者的妈妈，FBI们找到了他工作的地方，原来他们是制作假钞的...而且假钞是用很传统的方式并且很高的水平制作的，犯案者似乎也很有耐心，制作小面额的纸币。然后，Don找到了一个好像被绑架了的画家的作品，经过Charli

本集的死者是一位利用股票诈骗而被FBI通缉的人，而犯案者用的杀人方式和一年前一个被Don结案的案子是一模一样的，而且那个案子只有Don知道。难道说一年前Don把错误的人关进了监狱？