女毒枭PalomaReynosa的手下用机枪对JacksonGibbs的商店进行扫射，但Jackson乘机从地窖后门逃走了。Jackson来到华盛顿和儿子住了数月，他感到有些无聊，想要回家重新开店。深夜时分，Franks秘密来到Gibbs的家里，他和Gibbs一边喝酒一边述说着过往发生的事情。西弗吉尼亚州，一架非法载客直升机降落，驾驶员和一位乘客死亡，Gibbs在直升机的监控中发现了女毒枭Paloma。Abby根据驾驶员体内的寄生虫，分析出Paloma的飞行路线。面对Paloma对自己家人的死亡威胁，Gibbs小组和Jackson、Franks联手设下了陷阱，引诱AlejandroRivera亲手射杀了姐姐PalomaReynosa。PS：Vance主任把Abby撰写的大毒枭PedroHer

NCIS来了三位实习生，Gibbs安排他们分别去了法证、法医和现场实习。匡提科高中发生了神秘气体泄漏事件，学生和老师在上课时都睡着了，小女孩RebeccaMason失踪了。Gibbs小组调查发现Rebecca的爷爷Mason是一位退役的秘密间谍，他想要独自解救自己的孙女，但是他很快发现这是一个陷阱，绑匪正在的目标是他。Abby的实习生在Mason汽车上发现了关键线索……

剧情图片海军拆弹专家Dempsey在家中枪杀了一位入侵者。NCIS发现Dempsey正在和已婚的FBI行政助理司长GaryTolin私会，Abby通过精确搜索发现入侵者是一位职业杀手，但意外的是他的目标不是助理司长GaryTolin，而是Dempsey中士。PS：Tony被选中成为NCIS新的招募宣传册的封面了！但最终主任选中了一个权威的且正直的人……

海军士官EdwardBick的尸体在一个露天浴缸中发现，且凶手剖开了Bick士官的腹部，从胃中取出了某样东西。Gibbs小组调查发现Bick士官生前在执行一项CIA的机密任务，任务涉及三百万CIA的美钞。Abby在Bick士官的肺部检测出一种特殊的花粉，Gibbs调查发现CIA的Tennison指挥官监守自盗。PS：Tony对Ziva的迈阿密新男朋感到好奇，他偷看Ziva的电子邮件，却被Ziva逮个正着。

剧情图片一名枪手闯进乡村电台的直播现场中杀死了三个人，包括海军中校嘉宾和电台主持人AdamGator，且主持人Adam是首要目标。Tony发现Adam因为即将的发言而被杀，Abby追踪一个恐怖组织MAH的来电，发现电话来自一个封闭式富豪社区“皇家森林”，他们计划来一次盛大的爆炸。爆炸发生的瞬间，Ziva迅速扑倒了Tony。PS：Tony的嗓子严重发炎，导致几乎失音了，Ducky建议他在24小时内都不要讲话，以防止炎症恶化。

海军上尉CleaThorson神色惊慌中在街头被公交车撞死，Clea是一名化学工程师，她的双臂和肚子皮肤上布满神秘的化学公式。根据Clea手臂上的空间坐标，Ziva和Tony找到了Clea的住所，那里有着更多的化学公式。Abby破译了化学公式，使得Gibbs成功抓住了罪犯。PS：Tony的新女友喜欢角色扮演，她希望在周末狂欢中Tony能装扮成……

五角大楼的海军上将Chase在垃圾箱里发现了他的一位老朋友的尸体，受害者是退休的海军中校WoodyIverson。McGee发现Tony的父亲DiNozzoSr和受害者生前搭乘同一驾私人飞机。Woody的死亡和54年前失踪的氢弹有关。Ziva利用DiNozzoSr潜入Royce集团峰会，探查氢弹和谋杀讯息。PS：DiNozzoSr利用潜伏计划大肆谋私利，向NCIS报销了近万美金！Tony决定要和父亲好好谈谈……

一个女孩利用特殊装置盗刷信用卡，但她无意中盗刷了在恐怖分子监视名单上的信用卡，Ziva利用该装置找到了持卡人——摩萨德探员Malachi。CGIS从墨西哥湾运来3具疑似走私者的尸体和空货箱，Gibbs发现走私者把3名巴勒斯坦抵抗前线的杀手运达美国，他们的目标是摩萨德主任EliDavid。Vance主任主持一个由NCIS高级成员组成的会议，他邀请了EliDavid参加会议，Gibbs小组参与了Eli的安全保护。

剧情图片Eli的安全屋发生了恐怖袭击，摩萨德探员Hadar死亡，Vance主任受重伤，David主任独自逃离了现场。Abby发现安全屋被事先预设好了定向散镖地雷。Ziva根据父亲留下的讯息找到了他。手术昏迷中的Vance主任，回忆起了20年前的一件任务……20年前，位于阿姆斯特丹的三叉戟行动，这是Leon的新手任务，也是他和Eli的初次见面。当年他们同样制造了定向散镖地雷，用于对付任务目标。然而这次行动是一位NCIS高层为实现自身野心而精心安排的陷阱，Leon只是陷阱上的诱饵。此次NCIS高层会议是Leon和Eli共同安排的，他们邀请了当年那场行动的所有参与者，一同回顾行动细节，寻找真相……当Gibbs得知三叉戟行动的目标是俄罗斯人AnatolyZhukov时（见S05E18），便知晓了幕后

海军士官JerryNeisler受到一份恐吓光盘，他在出庭前夕躲藏起来了，NCIS应联邦检察官的要求介入紧急调查，因为Jerry是一起平民谋杀案的唯一目击证人。PS：Tony的行为发生了极大的转变，他不再捣蛋且主动帮助同事，他不在工作中狂飙电影台词，他也不再挑逗漂亮女人……，众人对他的突然转变极度不适应。

海军中尉JeremyNolan在一次游轮晚宴中死于枪战，CGIS和AbigailBorin（见S07E18）也是晚宴的客人。Jeremy中尉死前刚刚继承了亿万家产，但他无意继承家族企业，想要把公司转变为慈善机构，这无疑触动了家族中其他人的利益。

在弗吉尼亚州费尔法克斯的一所高中，海军招募员SimonCraig中士被推下楼梯后死亡。Simon中士是一位同性恋者，他为高中男孩Paul做心理辅导，但却被带有偏见的Paul父亲所杀害。

一对遛狗的邻居在自家的后花园里，发现了被殴打致死的海军中士TravisWooten。NCIS调查发现Travis中士长期对妻子Georgia进行家暴，不堪忍受的妻子反击了，带着儿子逃离了丈夫。Abby发现了凶器的模样，帮助Gibbs锁定了真凶。

剧情图片殖民号军舰大副海军中校VincentReynolds在客舱内被枪杀，NCIS介入调查。Reynolds中校一生未婚无子，他的一生全部奉献给了事业，但是再过9个月他即将强制性离职，家庭事业一无所有的他，选择了自杀。心理医生RachelCranston将作为临时团队成员，对Gibbs小组成员进行强制性心理评估。Rachel医生是已故特工KateTodd的姐姐，她在进行心理评估的同时，还想见见Kate生前在她身边最亲密的人。她的问题激起了大家对Kate的回忆。PS：Gibbs带领Rachel来到地下室，站在Ari死亡的地点，希望Rachel放下心结，重新生活……

贝尔格莱维亚国防部长AndorGorgova和美国国务卿在美国大使馆会晤时，遭遇恐怖袭击。NCIS奉命保护国防部长的女儿Adriana，Adriana在McGee的保护中遭遇绑架，这让Vance主任十分恼火。Gibbs发现Adriana的老师Fleming教授是恐怖袭击的幕后指使者，且Adriana的绑架是场骗局。PS：害怕打针的Tony在Abby的美女护士战术下投降了；Gibbs的又一次擅自行动，令他和Vance主任之间的关系再次紧张起来！

剧情图片地铁警察在一名扒手的失窃钱包中发现了被肢解的指尖和牙齿，指纹证明他们是属于海军下士ZackArmstrong的。McGee发现Zack下士的前女友Maxine在玩一款热门网络游戏“恐怖塔3”时，无意引发游戏死机，这导致了谋杀案的发生。而“恐怖塔3”主设计师ReedSnyder在游戏中植入木马程序，想利用百万玩家攻破五角大楼网络。最终时刻，Gibbs采用他一贯对付电脑的方式，终结了游戏……

剧情图片一对小情人在停车场发现了NCIS前雇员OliverFroman的尸体，Gibbs和McGee在受害者的汽车后备箱中发现了大量被NCIS查封的赃物，包括金融基金诈骗犯LeonaPhelps被查封的财产。Gibbs发现凶手想要得到Leona基金的记账簿，便故意放出诱饵，引蛇出洞，人赃并获。PS：NCIS总部迎来了一位新的同事——EJBarrett，她是西班牙罗塔市NCIS分部的队长，而这个职位原本是Tony的，相似的过往令Tony和EJ的关系暧昧起来了！

退役海军上校YalePeyton在自家中被杀，他被斧头砍了七下。嫌疑犯是Peyton上校的儿子Nick，Vance主任希望Gibbs能够找到弑父的铁证，但Gibbs十分怀疑Vance主任的动机。NCIS发现Nick是戒毒所的常客，他和父亲的吵闹也从不间断。在Vance主任的逼供下，Nick招供了杀父的罪责，但Gibbs却认为他在撒谎，凶手另有其人……

一对年轻的夫妇在森林里发现了海军少校PatrickCasey的尸体，受害者在附近的一块岩石上留下了血字遗言“鸟鸣”。NCIS发现Casey少校的遗言和一本名为《鸟鸣行动》的书有关，书中记载着国情局高层与军火商内外勾结的内幕，以及一次刻骨铭心的爱恋……PS：Gibbs和Fornell共同的前妻Diane，邀请他们参加她的第三次婚礼……

华盛顿郊区的农场里发现了一具海军水手的尸体，受害者被凶手精心清洗，然后装扮成高级军官，最后用透明塑料布包裹起来，且他的住所也被清洁干净，只在冰箱中留下“杀人线索”——冰冻蛇口花。Gibbs从水手的胸章上得到线索，找到了另一位受害者。酒吧里P2P杀手为Tony点了一杯眼珠酒。高级探员EJBarrett被Vance主任召回的目的就是为了追查P2P谋杀案，初始案件发生在西班牙罗塔港口，迄今EJ团队已调查过三起P2P谋杀案。Vance主任希望Gibbs将案件交由EJ负责，但是Gibbs对EJ的办案能力表示怀疑。PS：Ziva的迈阿密男友Ray突然来NCIS探望Ziva，这令Ziva十分惊喜，众人也惊讶的发现Ray是CIA探员。当EJ无意中说出Ray是P2P谋杀案的联络官，且他到华盛顿的目的是为了配合

剧情图片五角大楼里发生谋杀案，受害者是存档室的海军中尉Ross，监控视频清晰地显示了凶手Donner士官的谋杀过程。两天后，NCIS找到了失踪的Donner士官，但是他至少已经死去四天了。Abby破译了监控视频中的对话，发现Ross中尉被杀原因。Gibbs发现凶手使用了Donner士官的硅胶面具，进入机密档案室。EJ和她的团队正式接管了P2P谋杀案，她在Palmer的帮助下，发现未知眼珠可以打开NCIS的虹膜锁。PS：Tony和EJ的办公室恋情，令Tony在办公时魂不守舍，Gibbs对此很是不满。

剧情图片一起新的P2P谋杀案发生了，Gibbs小组介入调查，Tony发现死者是他在巴尔的摩警察局的搭档DannyPrice。Ducky随后发现这是一起模仿杀人案，凶手是警察系统的内部人员。Tony回忆起了自己在巴尔的摩的侦探生涯，包括他与Gibbs的第一次相遇。

EJ团队的夏威夷调查发现眼珠的主人是CIA探员TrentKort，他在P2P杀手的袭击中幸免于难，但失去了一颗眼睛。Kort向大家展示了一份CIA秘密影像档案“科学怪人行动”，Kort曾经训练一批海军成为卧底刺客，JonasCobb上尉就是其中一位，他在首次暗杀任务后失踪了，随后P2P杀手出现了。MikeFranks在Gibbs的召唤下，再次回到华盛顿。在电闪雷鸣的暴风雨夜中，JonasCobb出现在Gibbs家附近，Mike在与Cobb的搏杀中，发出生命中最后的绝唱。PS：NCIS剧情中少有的暴风雨夜，往往预示着不祥，在S03E01中我们送走了Kate特工，而这次Mike也离我们而去了……

剧情图片EJ团队在抓捕Cobb时遭受袭击，Levin探员死亡，Cade探员重伤，逃过一劫的EJ自责不已。在四下无人时，EJ偷偷的从Levin的手腕中取出了一枚微型芯片。Tony意外得知EJ的舅舅是海军部长PhillipDavenport。“科学怪人行动”是海军和CIA的联合行动，它最初的策划者是Vance主任，而Cobb的首次任务，正是海军部长Phillip私下批准的，Vance主任希望部长可以为自己错误的行为负责。Cobb以Ray为诱饵，绑架了Ziva。正当Gibbs小组开始搜寻Ziva时，Cobb却投案自首了。Cobb是为了进入NCIS才投降的，他要向海军部长复仇。Cobb挟持了EJ、Palmer和Kort，他在最初之地和海军部长了结恩怨……PS：Ray有了一个新任务，他收到一条秘密信息