剧情图片东汉末年，各地瘟疫蔓延，大夫芝与家人前往涿州城避难。芝与子佗在街头行医，名医景用红线替一未婚女子把脉，佗对景十分仰慕。佗因芝不肯将医术传授，遂决拜景为师。关羽的乡里林被神棍普所骗，关找普理论，却反被押入天牢。另边厢，佗知景大女儿妙乃其未婚妻，但妙对佗并无好感，佗乘机要胁要她引荐己给景为徒。普被关打至重伤，被佗所救，佗对关承诺替林治病以换普性命。佗过了景三关，终得入景门下。佗医治林时，发现一场大瘟疫正急速地散播开来。

佗擅闯景书房偷看医书，景气得要县官锁他入天牢，时关到来不见佗，唯有强拉景帮林治病。景替林把脉时，知佗所言非虚，遂连夜出走，却被妙悉穿，妙更到天牢将佗保释。芝说出若"滋阴论"加上"伤寒论"，或可找到医治疫症之法。医庐内，官限景两天内要将其父治好，景见其父染上瘟疫，大感头痛，刚巧佗前来要景传授"伤寒论"，景遂顺水推舟，答应佗要求，但是要他研究出医治疫症之法。一阵锣鼓声从佗房间传来，众人均以为佗已找出医治之法。

景二女儿兰及三女儿蕙替佗找来两头猪作试验，回来时却不见佗踪影。官父病发身亡，景迁怒于佗身上，妙却认为佗不是背信弃义之人。景担心官会报复，竟受普的唆摆，二人合演瘟神报梦闹剧，令众村民以为捐献钱财，便可令瘟神停止瘟疫。佗得芝之助，与妙及关等人前往找"官材鞠"作治病药引，经一番努力下，终将林之瘟疫治好。当佗得知景与普之恶行后，遂与关等人合力制造一场好戏，待普自揭瘟神骗局。

普以为自己染上瘟疫，于是将骗来之钱财退回给村民，望佗肯给他医治。景因生意淡泊，决定举家迁往洛阳发展。另外，芝亦希望佗到洛阳考入太医院，更向佗说出当年曹操救他一命事迹。景及芝等人同在许昌落脚，景世交伍招待景一家，还对妙十分倾慕。妙要佗写情信给她，佗在家闭关多日钻研，而伍亦对妙展开强烈追求。佗多日不见，妙担心前往探望，却见佗埋首书写情信，但内容却似一条药方，普更拿给众人观看，妙虽感尴尬，却亦觉心甜。

妙劝佗到景医芦内打工，为二人美好将来铺路。佗替景送药时，行经太医院门外，情不自禁下混了进去，期间却被人误认为刺客，幸操深明大意，放佗离去，佗离去时见操似有隐疾。佗在街上重遇操，并称可医治其隐疾，操却一笑置之。佗自觉在医芦内欠缺发展，决定离去，妙不惜向伍借银两给佗自立门户，惜佗经常赠医施药，令经济陷入窘境，后景更到医芦内要佗归还银两，佗才明白妙所受之委屈。

伍朋友梁对妙心生爱慕，但妙对佗却是死心塌地。佗出外行医，普对前来应诊之操干女儿亭及三子冲，大吹大擂自家制之二陈汤，更开天杀价，令亭以为佗乃庸医一名。亭和冲前往渡头看热闹，冲凭机智重挫西域使节锐气，操得知后赞赏不已。冲突然抽搐，原来冲自幼巳患上气喘病，操虽多番访寻名医，仍不得要领。景设计令妙以为佗到妓院寻欢，另边厢，私下囚禁妙要她下嫁梁。佗得知后，带妙离开，景与妙堂前三击掌，断绝父女关系，妙顿感凄然泪下。

佗与妙成亲，婚礼虽简陋却十分温馨。妙希望佗能进入太医院，遂找县令说项，岂料县令要妙奉上金鼎才可商量。丞相府内，冲旧患发作，御医问正为冲下针，操突闻有刺客闯入，于是亲往调查，刚巧遇上佗向他状告县令贪污，操因头风发作不作理会，更将佗毒打一番。小巷内，佗重遇关，原来关正是刺客，关现正替刘备办事，故友重逢，二人高兴不已。操召开群医大会，佗对入太医院重燃希望。冲恳求亭在他有生之年带他出外游玩，期间竟遇上佗。

佗正欲上船前往三乡，找寻一老翁尸体研究冲之病情；惜船已被亭及冲包起，佗唯有使计令他们一同前往。另一方面，妙为解决一家之生活费，冒险到怡红院应诊。当佗等人到达三乡时，亭始知被骗，一怒下与佗分道扬镳，却不慎跌入山洞，佗救他们时发现老翁尸体，从老翁所吃之药得到不少提示；拯救途中，亭被山泥活埋，幸佗为她急救，亭对他印象改观。妙为尽快购买金鼎，遂答应嫖客萧与他把臂同游，换取五十两酬劳，却无意被佗撞破。

妙骗萧佗乃她兄长，他因病成疾，经常疯言疯语，萧对妙更感怜惜。妙终取得县令之推荐信，遂和佗回家替景祝寿，不料萧亦到贺，拆穿了妙当陪酒一事。翌日，景府设置寿宴，妙得知母患病，决定与佗再回家一趟，期间御医问到景府邀佗参与群医大会，众人即对佗另眼相看。大会内，佗指出冲之病因乃肺穿孔所致，操赞赏不已，问却妒忌万分。佗觉普及阿要实践医学，遂放手医芦给他们打理。佗首天回太医院，得到上宾式的款待，受宠万分。佗妹玉巳届适婚年龄，妙决定为她作媒。

普揣测到阿对玉的心意，鼓励他向玉表白。书房内，佗想出用开刀方法把冲病根治，遂找来不怕痛的卖鱼耀作开刀试验，但当耀知悉佗将他肚子剖开，即时忍痛拒绝，令佗功亏一篑。普欲代阿向玉表白，却令玉误会普喜欢她，而普更在一次醉酒时突变神勇，把到来找晦气的耀打走，令玉对普更加倾慕。佗从醉酒中的普领悟出制造"痳沸汤"，令冲可在无痛苦下开刀，于是与亭出发往蜀地找寻"曼佗罗"制药，同时，问亦研究出以"水银"方法修补冲之肺孔。

亭与佗在蜀地采药时，遇苗族巫师捉去，要将他们祭祀蛇神。寨屋内，亭向佗说出操并非其亲父，更是她的杀父仇人。二人被祭祀时，幸关出现将他们救走。另边厢，问利用死囚作水银试验，希望找出医治冲之法。玉预备做鞋给普示爱，普怕阿会寻仇，于是处处回避玉。景得知佗有可能水鬼升城隍，遂设计和妙等人和好如初。操知佗进入蜀地，以为被佗出卖，于是将景及玉等人关进天牢，兰更反转猪肚，将妙骂至体无完肤，此时，佗及亭正设计离开蜀地。

关营内，一奸细身份被揭，奸细于是将兵马分配图收藏在亭包袱内。亭伪做关手谕与佗逃走，但关子平早巳恭候多时。平欲找出分布图，却只搜出一幅山水画，关因歉咎，遂放二人出城。景与妙等人因佗被疑为奸细而被判斩刑，幸佗及时赶回并救回冲，令众人脱离险境。佗拒绝操赏赐，众人感佗无可救药。"太医院监"一职由佗取代，佗除提倡众人平等外，更废除一切死板规条，令太医院回复生气，问却妒火中烧。佗家内，玉将亲手制的鞋送给普，阿誓言要找出玉所爱慕之人。

普欲藉玉一登龙门，遂设计令玉以为阿使咒令他受害，玉信以为真。操研究军情时头风发作，佗操针令他入睡，免他虚耗而死。另一方面，伍怕佗会被操冠以破坏军机大事为由而被受牵连，遂与兰等人划清界线，操却因病得福，免中孙权奸计，终对佗施以信任。众人得悉佗再度被操重用，均对他阿谀奉承。伍与问子之到访佗家，兰要他们替大量乞丐洗澡，剪发及医病才肯原谅伍，期间蕙对之另眼相看。普再次受伤，玉以为又是阿作恶，遂大骂阿，却涉漏了普是她意中人。

普的可恶行为虽被阿告知给玉，但玉对普仍情深一往。佗被邀前往赏花大会，景及玉等人一众前往，却因不懂宫廷礼节，屡次出尽洋相，感到非常尴尬。操往佗家请教佗之"导引法"，却被此功法之缓慢进度感到纳闷。操赏赐佗豪宅及家仆，妙等人大喜。亭及佗随操出征，期间伤兵无数，佗怒斥操要他停战，惜各伤兵均支持操，另边厢，妙等人则歌舞升平，加上被众人吹捧，妙与佗之间距离似乎越来越远。

景提议妙制造金漆牌匾以提高佗气势，妙无奈答应，佗见牌匾后不禁摇头叹气，妙为了令佗高兴，想出举行义举帮助穷人。佗为救一平民而令操延长头风之苦，操向他晓以大义，佗隐隐有点不安。筹款义举开始，妙用抛掷食物作为点子，一班穷人小孩看着满地食物狂吞口水，时亭前来见状，斥责妙没有履行义举真正目的；刚巧佗回家，对妙说出同一番说话，妙气极离去。操要佗留守太医院专心替他治病，佗心烦不已，妙遂安排与佗游湖散心，岂料佗却大发脾气离去。

一妇人患上血风疹，亭带她往佗府医治，并借请饮茶为名，将妙等人调虎离山。亭离开时留下发钗，妙见钗十分疑惑。太医院内，操听信奸计，要佗研制毒药杀敌，佗断言拒绝，后经亭一番调停，佗唯有暂时答应以拖延时间。妙与佗重温昔日温馨片段，但佗觉妙已变成判若两人，彼此距离渐远，暗自失落。亭与佗二人研究出"五禽戏"功法，此功能令人强身健体，正当二人互相切磋时，彼此肌肤相接，此情此境却被刚前来的妙看见，妙呆立当场。

亭因经常和佗一起，被人传出流言，操心生一计，要将亭许配给佗，另外，更招收妙为干女儿，对佗作进一步控制。亭为佗安全起见，唯有答允下嫁。兰等人为了替妙出气，设计陷阱令亭出丑，幸亭均一一化解。有流言传出关和孙权将结为姻亲以壮军力，操听闻后立即召全城壮丁入伍，以加强兵力，佗见状不忍，无奈答应操尽快研制毒药，此时，亭突然带佗前往关处商讨对策。不久，操收到线报，知道关与权决裂，亭乘机劝操停止征兵，操虽应允，但亭却担心着未来的日子。

操对佗步步进迫，今次更令皇上封佗为"司马"，统领三军，亭看出操奸计，暗自担心。妙与佗前往还神，亭在后跟随，途中亭感胃痛，佗带她前往茶楼并细心呵护，其中三名军官在坐，见佗老婆奴模样，均感不屑。操介召其属下给佗认识，属下吓然是茶楼内的三名军官，三人均恳求操撤换"司马"。亭知佗将大祸临头，于是安排一家人出走，并通知关前来接应。操一方面接佗往制毒药，而亭则骗众人回乡祭祖。佗终研制出毒药给操，然后偷走到渡头汇合众人，惜被操发现，众人身陷险境。

关率众杀出重围，惜亭始终落入操手上。襄阳城内，关把佗一家安顿，但景等人则怨声载道。佗虽担心亭的安危，却又无可奈何，唯有到关军营帮忙医治伤兵，妙欲帮忙却被佗婉拒。战鼓声响，关与操子仁开战，关不慎被毒箭所伤，佗替关刮毒疗伤，终令仁退下战线。操头痛发作，将太医院内学生全数杀掉，伍及之及时逃出，于是前往关营投靠，并与景等人团聚。妙下决心与佗共度患难，佗虽被受感动，却仍记挂亭的安危，唯有撇下妙等人前往营救。

佗要操以三条件，交换医治其头风。亭决定离开成全妙及佗，另边厢，妙亦决定回许昌与佗重聚。佗与学生合编"青囊书"作后人之用，时关被杀，操猜疑佗会将他杀掉，于是除将他收监，更命人把书烧毁。佗入狱前回家一行，妙突出现，二人恍如隔世。佗把"青囊书"重写，交托给妙，但问用奸计把书骗去，妙唯有把书烧毁免问得逞，幸阿及时把烧剩的"铁打篇"保留起来，而佗亦在此时因心力交瘁与世长辞。时日渐过，当日的"铁打篇"及"五禽戏"，均被妙及亭二人将它发扬光大，流传于世。