永乐年间，惠帝撤藩，燕王朱棣挥军入京，惠帝失踪，朱棣即位，是为成祖。二十年成祖励精图治，国泰民安。繁嚣的闹市里，一少年哮喘病犯，一女子为其一针治愈！此女正是平一姑！少年向其子初到京城，跪拜！坊众即蜂拥上前让一姑医病。原来青年乃一姑的儿子平常。母以假医术骗人，赚点小钱！赌坊里，平常遇一名肮脏似流浪汉的王九，三人结伴而行。因街头医一女子，平常假医术被医术高明的农草堂揭穿！段天命当街为成祖当前红人太监郑和医病，令平常佩服不已！

平常费尽心思想拜天命为师，赫然发现，原来草堂正是天命之徒。天命只医官宦贵胄，且不收出身不好之徒！为了扬名声，决定五日後考试！平常在天命医馆门外，遇到一女子偷看馆内情况，正是素问！两人发生误会，互相留下不好印象！平常在王九暗助下通过考劾，进入了天命医馆。其实天命无心收他为徒，只安排他作杂务。素问夜入天命医馆，被天常发现。原来素问乃天命女儿。天命喜见女儿，得知素问偶有梦游！婆婆赶来，要带素问离去！天命只感无奈！

天命再三恳求留下素问，但仍被婆婆强行带走。素问仍常偷偷来探访，众师兄弟当她是宝贝般逢承！草堂亦对素问留下印象。素问情?初开，对草堂亦有好感！平常夜遇素问，被跟平时性格完全不同的素问打个落花流水。街上骑马者意外受伤，草堂束手无策，王九将其治好！天命得知此事惊呆，冷然的谓∶他回来了！天命寻至王九居处！原来王九正是医神的另一弟子王宵！天命向王九讨不死药方，王九推说没有。王九被一姑等盛情留下，其实一姑只当王九是摇钱树。

王九开起医馆，贫富远近都来求诊！王九对富人冷淡，对穷人赠医施药，令平常跟一姑血本无归！黄歧不服王九，带众师弟带来挑衅，结果输给王九，被天命惩罚。平常被黄歧等耍弄撒药，草堂夜送解药，平常并不领情。草堂夜回医馆途中遇素问，素问却像不认识般冷然相对，草堂疑惑不解。平常在天命医馆认识了来送药且双目失明的少女小猪！原来小猪自少便无父无母，由爷爷养大！师兄弟对这个众人称之为不祥人的小猪避之不及！平常却不以为然。

小猪接近平常，平常屡次受伤。小猪只觉平常有趣及心地善良。灵枢夜来发闷，常去找草堂出来陪伴，只把草堂弄得力竭筋疲！平常帮师兄治病人，被天命发现其天份，怒责之。平常、草堂晚上跟踪素问，被婆婆发现，早晨二人醒来却赤裸郊外。平常与草堂路遇素问，问及是否有双胞胎姐妹，素问否认。婆婆谓不让二人再惹灵枢。素问戏弄平常与草堂，二人被婆婆救，婆婆却因此受伤被带至王九处，婆婆在他们的询问中说出了素问的病况。

他们从婆婆口中得知素问、灵枢是同一人，只是性格分裂。婆婆跪求王九医治素问，王九也无医疗方法。王九忆起离开芍药与师父去炼不死药事，感伤万分，被平常调侃。平常只觉在天命医馆里，学不到甚麽，他更发现天命外表虽是医学宗师模样，实则喜欢弄权，人亦没有器量，开始有点不满！平常奉王九命夜去三里坡采药，巧遇小猪，平常对小猪有了进一步了解。某夜，平常跟众师兄看星星，竟看到了一条手臂！天命知道，平常在学医方面极有天份。

平常找小猪去采药，二人途中小猪被毒蛇所伤，平常将其带至草堂处医治。此事为天命所知！天命曾下令，没他的批准，徒儿们不得随便医人，天命遂把平常逐出医馆！原来，天命妒忌平常天份，他知道平常若在这里待下去，不出数年便有小成，再加研习，更会威胁到自己的地位，因为忌才，才将平常赶走！小猪来探望平常，而平常和一姑却设计骗取了小猪的钱。草堂来找平常，鼓励他，二人成了朋友！某日，粟米妹妹不足来向王九讨租，二人遂起争执。

平常欣赏王九医术，欲拜王九为师，王九当然不允！平常好话说尽终使得王九收他为徒！某日，天命接到了一封一名留学荷兰之日本人竹利幸福的信。他要前来向天命问道。渡头，一名身穿西服，一脸冷竣的青年上岸，他正是竹利幸福！天命不愿接战，使计将竹利幸福送进大牢。灵枢因草堂不赴约生气，破坏丹药，使草堂在师兄面前有惊无险。郑和之子因不听竹利幸福言，骑马摔伤，郑和与竹利幸福因医人发生争执。

天命不愿接战，因赢了对自己无好处，输了便成了笑柄，遂把责任推了给王九！幸福登门造访王九，向其问道，被王九毅然拒绝。郑和知道此事，气谓不能让外地之人小看中土医术，决定让王九及幸福公开比试！终於，王九赢了幸福的西方医术！幸福对王九深表佩服，要拜王九为师，学习中国医术！平常登时变了大师兄，杂务全交给了幸福！原来幸福外表冷竣，性格却婆婆妈妈，且有洁僻，劝王九及平常注重清洁，医馆首重卫生等等，这令生活随便的平常及王九深感不便！

幸福认识了小猪，对其遭遇深表同情，却换来小猪的欺负，但幸福却没有介怀。草堂不胜灵枢之烦，与平常合计耍走之，期间，灵枢突然变了素问，又突然变回灵枢，平常及草堂反被这个师妹弄至筋疲力竭，但同时，亦增进了二人之友谊。不足常向王九追租，王九却总是左闪右避，二人成了欢喜冤家。情?初开的素问，情锺草堂，但草堂对素问却没有感觉，反之，草堂跟灵枢接触多了，感觉灵枢虽然自我中心，又动不动便出手打人，但其实亦很有正义感，对她渐有好感！

天命想出一计，要把王九推下深渊，永不超生，就是举办【天下医馆大赛】┅┅平常、幸福得知有天下医馆比赛，都希望王九参加，但王九却不感兴趣。王九被逼无奈派平常去参加，平常为习医大吃苦头。天命也决定派草堂出战，草堂亦希望为天命医馆得到殊荣，更加倍努力研习。谁知灵枢却不时前来捉弄草堂，令草堂无法专心，但草堂感到灵枢的出现，令自己生活添上不少生趣。大赛之期终至，经过三局比赛，平常与草堂平局，但郑和以王九医馆没有执照，取消平常比赛资格，王九医馆被封。天命医馆取胜。

王九虽被禁行医，但街坊却继续前来医馆医病、玩乐。天命也奈他莫何！草堂对素问坦白已有心上人，素问找到钓鱼的平常哭诉，二人独处一宿，互生情愫。素问与平常、灵枢与草堂彼此柔情蜜意，三人沉浸在恋爱的幸福之中。京城第一名妓曲池，晕到街中指定找天命诊治。而天命诊脉知此女有孕後则推给了王九，此女顺利诞下婴儿。王九却因此被抓入衙门。王九在众人的依依不舍下将被衙役押出京城，郑和的一张令牌将他释放。

曲池与郑和义子有一段雾水之缘，诞下的是王爷的骨肉，郑和对王九甚是感激，更赐下十二金针给王九，从此王九不需注册，代郑和行医！王九医馆因郑和赏赐金针而声名大躁，不少达官贵人前来求医。一姑乍然发觉草堂竟是自己之子，惊喜交杂，但怕影响草堂的前程，却不敢相认。原来当年农金匮帮一姑顺利产子，後金匮被惠帝追杀，一姑有感对自己儿子有救命之恩，便与金匮儿子掉换，那即是说，平常是医神农金匮之子！素问与灵枢的性格经常对掉，使平常与草堂互起纷争，亦感到困扰。

平常发觉草堂不能没有灵枢，觉得不能再纠缠这段错纵复杂的关系，忍痛与素问分手！幸福萌生了治小猪眼睛的念头，小猪得闻自己可以重见光明，惊喜万分！天命使手段将王九手部受伤，医治小猪眼睛只有平常操刀，平常紧张的心态在王九的指引下，终使手术成功！原来王九受伤是假，考验平常是真。小猪终於重见光明！小猪重见天日後，因对这世界上一切皆是陌生，没有安全感，对平常更是依赖。但这却伤了两个人的心∶暗恋小猪的幸福，以及对平常不离不弃的素问！

一姑想办法接近草堂，对草堂好，但草堂并不领情。王九从粟米处得知不足手脚容易碰损，骨头也很脆弱，但为了整个家族，遂不理标梅而过，仍留守家业，所以对钱看得特重！草堂对一姑的好渐感烦厌，借一小事把一姑辞退。平常觉草堂过份，找草堂理论，一姑终向平常与王九道出了平常与草堂的真实身份！平常答应一姑不公开此事，谓一姑仍是他的母亲！一姑大为感动。天命发觉一姑世身，威胁王九告知一姑不准认回草堂，否则令草堂一无所有，王九以让一姑继续回天命医馆工作为交换条件应允。

平常要炼不死药，王九不肯再教平常医术，平常据理力争，众人齐杯葛之，都孤立王九。实则王九内心痛楚借酒消愁。某日酒後，向不足道出农金匮为炼不死药疯死之谜，怕平常步其後尘，不足开解，二人酒醉，王九在不足处睡著！王九以平常不许再炼不死药为条件决定再教他医术，平常欣然答允。街坊对王九与不足事以讹传讹，粟米竟要王九跟不足成亲，幸得不足解释，但已累得王九苦恼不已，决定离开京城逃避不足。因为他始终无法忘记一个最爱，就是天命妻芍药。

王九逃情失踪，不足既感难过，又感自尊受损，不知如何自处┅┅王九路上碰到一昏迷女子，带回医馆调理。与此同时，不足得悉王九已回，既喜且气，心情复杂。女子名叫雷蕾，因连赌十日十夜，倦极昏睡不醒。她为人圆滑，善於交际，烟视媚行，不单与四周的人建立良好关系，更令粟米拜到石榴裙下。王九看穿雷蕾本性，希望她康复便离开，雷蕾却假扮可怜，王九被四周人骂无情无义，一姑更收雷蕾为乾女儿。雷蕾便可名正言顺留住医馆。

雷蕾骗了粟米的钱，输个精光！不足得知迁怒於王九身上，雷蕾搂王九装亲密，不足生气而走！王九感觉也许这样了断是最好的结局。灵枢及素问性格互相对掉，越来越混乱，病情也越来越严重了┅┅平常偶遇一卖胭脂却医卜星相无一不晓的商人尹思仁！给平常留下深刻印象。一日素问看戏，在後台一角竟听一女声指斥某人没有医德，一声惨叫後，竟然发现一老名医身死。戏院意外，伤者多人，与思仁同行的寒娘为救素问受重伤，可寒娘却恢复甚快，王九惊愕！

接二连三发生上年纪的名医中毒身亡。事件震动全城。天命却在受成祖命验尸时中毒，性命垂危┅┅平常及草堂多翻钻研想得解药。忽王九中毒昏迷，雷蕾细心照顾，不足吃醋。大家怀疑此事与思仁有关，分头寻找线索却一无所获。素问在寒娘面前犯病，被寒娘制服，素问开始怀疑寒娘的身份。王九忽然转醒，原来王九是以身试毒，终找出解药，让草堂转交天命。在二十年前，一王侯邀臣民共贺寿辰，众人食物中毒，而名医却纷纷抢救座中权贵，百姓亡者甚多，凶手可能与当年死者有关。

天命被王九配药所救，气极。不足为王九空自担心一场，大为光火，几乎与王九决裂。平常忆起以前有一女死因与现几宗命案相同，其女遗一孤女，联想孤女即是寒娘。素问装病揭穿寒娘即是杀手身份，寒娘欲对素问下毒手，幸好草堂、天命及时赶来，救回素问，捉住寒娘，素问受刺激出现第三种性格晕倒当场。素问为寒娘下狱事伤感，前往探望，寒娘不禁有些感动。夜里发生连续纵火事件，纵火者竟是素问，是一种暴戾凶残的第三种性格。

王九想到医素问的方法，可大家还有想不通的地方，平常却在思仁的提点下得解，王九不禁对思仁产生好奇。要治好素问的病，另一种性格将会消失。素问知道了自己的病情，勇敢面对镜子，镜内出现灵枢，二人倾心交谈。对於留舍素问与灵枢，平常、草堂挣扎，后决定掷铜钱！草堂输了！手术之期快到，草堂跟灵枢作了生离死别┅┅素问因不忍心让灵枢离去，第三种性格出现，病情恶化，促使马上手术，手术後结果医好了灵枢，素问却消失了┅┅草堂失而复得，平常失去挚爱，只感痛苦难耐。

平常拼命干活来麻醉自己，众人视之万分难过。灵枢对平常淡然。而与草堂出双入对，平常更是伤心，故疏远二人。小猪见平常过度伤心，前来安慰开解，可平常并不领情。众人因平常事无精打彩，雷蕾提议去郊游，不足对王九与雷蕾言行醋味十足。可出其勤快的雷蕾却让大家感觉有些反常。後来，大家方知道，雷蕾母亲和婆婆在廿六岁都无缘无故死亡，所以，她相信自己得了绝症，廿六岁便会死去！不足知道雷蕾事後，甚是同情，对雷蕾也勤加照顾！

雷蕾的病其实是在自己心理的阴影下造成的，在王九的医治下，如凤凰浴火重生般的雷蕾，人生观改变，不再说谎，也不再赌钱，大家都感到欣喜。却疑惑她与王九的关系怎样发展下去之际，她却在众人依依不舍中决定离开！雷蕾离开，王九心情像是放开了些，跟不足的关系，有了一点微妙的进展。太医考劾之期将近，平常努力学习，进步神速。而草堂亦然，太医之位，他一定要得到，绝不能辜负所有人对他的期望┅┅灵枢对大家误认素问的身份一点不介意，而且与天命的关系也有所缓和。

经过连场的考试，平常及草堂双双进级。最後由成祖亲自出题，二人仍不分高下，太祖破格把二人皆收入太医馆！平常以为太医馆里是全国的大夫精英，必定大开眼界！原来太医皆十分官僚，只顾守著官位，但求有功不求无过。平常做事从不照规矩，秉承自王九的医道，以人为本，受到众太医的排挤。平常只感苦不堪言。草堂只因从小在天命身边，对官场看多了，心内虽不悦，仍能撑下去，他只盼望，有一天自己能掌大权，把太医馆作一番改革！这时，成祖生了病，群医诊治，平常应允一天将成祖治愈。

成祖久候平常，平常却带醉进宫，激怒成祖，成祖郁气全，不药而愈，成祖深庆得人，遂委派其帮天命研究「不死药」！王九得知後，严禁平常涉足「不死药」。平常假意应允，继续研制！灵枢每遇平常，总有以前素问跟平常一起时短暂的温馨片段在脑海中飞过，只感忐忑。天命怕平常超越自己，处处压制，灵枢看不过眼，与其吵嘴，更愤而躲了起来。平常开解灵枢，二人关系好转。草堂病倒，吃过一姑的药病情好转。可偶然发现一姑竟有和自己同样罕有的病，呆了。

草堂暗查发现了蛛丝马迹，暗中起了一姑丈夫骨查证，终证明与一姑是母子，只感晴天霹雳。草堂病发，需要换血方有生机，可他特别的血型只有一姑有此资格！换血手术一姑随时会有生命危险，可在一姑的苦苦恳求下，平常终答应。手术成功，草堂救活，一姑也无大碍。消息传开，大家认为平常比草堂更厉害，这令草堂比死更难受。一姑因手术後的并发症忽然病倒，危在旦夕。平常知道只有不死药才能医好一姑。天命借机向平常道出不死药方在王九处。平常寻之，王九否认，二人争吵。

平常欲拿犯人做试验，被王九阻止，王九道出当年农金匮为研不死药亲身试药却变得失去人性，暴力非常，还杀人并砍伤王九，後王九迫於无奈将金匮杀死！平常一时接受不了王九竟是杀父仇人的事实！一姑危在旦夕，在草堂拼命赶去的途中，一姑去了┅┅一姑的死，令平常经历了人生的最低潮，将自己关起来，不见任何人。小猪前来安慰，平常隔窗对小猪表明了他跟小猪是不可能的！小猪扑入路过的幸福怀里，痛哭起来┅┅平常没能救一姑，对自己失去信心，遂辞去官职，决定终生不再碰医术。

平常赋闲在家，被粟米拉去筹办皇上盛寿的巡回表演，过程中与灵枢频频接触，越来越像素问的灵枢令平常茫然不已┅┅草堂为成祖医病，成祖却当面夸赞平常，草堂不是滋味。草堂因不顺心，时时与灵枢争吵，事业与爱情均受到挫折。平常与草堂的关系亦越来越疏远┅┅小猪终於知道，最疼爱自己的是幸，二人开开心心的走到了一起。平常到城郊疯山见到一具尸体，向粟米报案！幸福见到平常从那人身上拿回来的钱袋外的一个图案，竟跟自己的一个小锦盒上面的图案一样┅┅

某夜，幸福被黑人捉去见疯山上的日本大将军即自己的父亲竹利义满。原来幸福来中土目的不光是求医道，而是「不死药」！而此次竹利这番日本武士西渡中土，是要协助蛰伏民间，图谋复位多年的惠帝推翻成祖！就在此时，草堂却在暗里跟思仁学起医术┅┅思仁并要草堂将一块麒麟香木献与皇上。成祖病重逼天命五天内研出不死药，否则要天命死。思仁及惠帝出现，收买天命。天命向成祖表示，三日後药可出炉，要成祖召集文武祭天後方可服药。

竹前义满三天後要求幸福回去当附马，幸福坦言为了小猪，愿意放弃一切名誉地位，义满气极，幸福坚持，最後，两父子断绝关系！王九对思仁起疑，跟踪到郊外，王九见到了惠帝，知道了一切真相，惠帝为表自己王者之气不杀王九，但王九唯一求生的机会是与思仁比赛医术。王九败了，全身经脉被思仁封了，变成全身瘫痪┅┅三日之限终到，天命献上不死药，可此药只要与皇上吸入的麒麟香木混合将成为剧毒，成祖及场中各大臣皆中毒。

惠帝领兵出现，并让众大臣拥护自己登基，便给各人解药！危在旦夕，幸福穿上太子服，答应竹利回日本成亲，并继承大业，向竹利求情┅┅竹利退兵。平常也以医术赢得思仁换取解药，惠帝功败垂成，与思仁皆自尽┅┅经此一役，成祖终明白所谓的不死药根本就是逆天而行之事！并答应平常不杀天命及草堂，但二人被终身监禁。幸福因要对竹利履行承诺离开了！可最终还是与小猪走在了一起┅┅平常治好了王九。时，王九带著已怀孕的不足归来┅┅灵枢突然晕倒，醒来後，竟记起素问的一切，终於，与平常走在了一起┅┅