高翔突袭日军基地，联手八路军取得胜利，这也导致日军改变战略部署，国军之前作战计划前功尽弃，高翔被要求撤回后方。路上遇到日军攻打龙牙山土匪徐牡丹，高翔与八路军晋绥军联手救下。徐牡丹以感谢之名招待众人，却以酒迷醉众人，徐牡丹要求高翔入伙。

徐牡丹强力临水镇镇长冯有财的儿媳妇上山，恰巧日军加藤龙二想收买冯有财，自告奋勇山上要人。大厅里龙二挟持了徐牡丹出山门，高翔赶到出手救下牡丹。牡丹允许放众人离开。高翔来到枫桥镇想投靠晋绥军刘胜斋，意外发现刘在盗墓，刘意欲灭口。

高翔逃脱后赶回战场想救下曾经的领导方叔叔，却被炮炸晕送到日军医院。龙牙山土匪在城中偶遇高翔以为他投降鬼子，夜里高翔逃跑被追，徐牡丹胡天华赶到合力脱逃。高翔仍然不想做土匪，二当家向一虎提议按山寨规矩办，限时脱逃，失败就自行了断。

徐牡丹追回高翔，归来途中发现兰柳被攻打龙牙山日军所抓，一场恶战后，龙牙山不敌日军只能从隧道中脱逃。为了攻打回去，夺回龙牙山高翔带着徐牡丹进洛河镇筹粮。众人目标是洛河镇民兵的头领付国光，想从他那骗取粮食。

日军大佐加藤也派人到洛河镇筹粮。在付家发现徐牡丹展开枪战，高翔送粮后回来救出徐牡丹。猫头山土匪发现了徐牡丹一行人有粮。乘机夺取，连并徐牡丹的好姐妹红霞一并被带回山寨。高翔与八路偶遇想逃离猫头山的军师周楚，劝说他回去当内线。

大家假扮日军招降猫头山土匪，高翔与徐牡丹去了一个伪军站抢军服，伪军头子脱逃后告诉加藤高翔可能躲在南峰村，日军决定扫荡南峰村，去到后发现八路军医药箱，屠杀了全村。高翔等人在周楚的帮助下灭了猫头山土匪，高翔用猫头山的财富招兵买马，重建龙牙山山寨。

龙牙山土匪举行仪式，高翔入伙。高翔设定新规要求山寨所有人强制戒烟，向一虎强烈反对，他和独眼龙找了一名对戒烟强烈不满的兄弟，派他暗杀高翔。高翔开设粥铺，招人施工建筑工事。有人之前与山寨的矛盾前来捣乱，要与高翔单挑。

狗蛋暗杀高翔失败被抓，向一虎怕告密赶到开枪灭口。高翔一边按兵不动，一边让来喜收集证据。牡丹因为向一虎抽大烟要将其枪毙，高翔看出牡丹不忍，所以饶其一命。高翔宣布成立龙牙山独立纵队一切以抗日为目的，并不计前嫌的任命向一虎为大队长。张超在招兵买马时与八路军起冲突，八路军决定治治这支队伍。

双方不打不相识，八路军司令带队伍上山与独立纵队联欢。留下兰柳在上山帮助建立宣传队。队伍中的金梅与牡丹有私仇，半夜枪击牡丹。高翔与兰柳连夜带牡丹去日军医院动手术，高翔临走前让张超放了八路军众人。手术在久美子的帮助下顺利完成，但是加藤带入赶到追杀。

在八路军的帮助下高翔等人逃出龙泉县，久美子也跟随众人一起上山。牡丹原谅了金梅。日军想讨好付国光让其对付独立纵队，在洛河镇为其母亲贺寿。刚巧高翔因与兰柳打赌要招人当护士，也到了洛河镇，付国光妻子中途想枪杀加藤，展开了枪战，高翔帮忙。加藤以付母威胁，高翔和付国光被捕。

日军威胁付母劝降了付国光，孝子无奈答应。高翔被押上刑场，公开行刑。众人劫法场，在刘胜斋的帮助下，高翔逃出，一行人又假扮丧葬队伍逃出县城。加藤以付母要挟付国光攻打独立纵队。向一虎被派去守猫头山，遇上付国光。独眼龙献计，想乘机灭掉高翔。

牡丹中计被围，高翔赶到救援，却被付国光挡住了退路。牡丹凭记忆带众人到蜈蚣洞，却发现出口被堵住了。洞外冯有财提议用烟熏高翔等人，火堆被高翔炸了，冯有财又提议用高度酒灌入洞中用火烧。高翔主动出击争取时间炸开洞口逃脱。并把向一虎逐出独立纵队。

付国光想日军汇报高翔跳崖自杀，加藤进了一批先进武器，高翔得知后计划劫走这批武器。通过丐帮众人打听到武器很有可能存放在法源寺。大家计划假借帮日军挖工事的名义挖地道到法源寺偷武器，并嫁祸给付国光。刘胜斋要来分武器，为此牡丹与高翔产生了矛盾。

向一虎不顾危险救下小锤子，高翔决定让其回归独立纵队。国军安排了一位特派员来到独立纵队授予高翔中将称号。高翔为了补给和军饷同意了，但要求绝对独立。马三胖献计，让冯有财和付国光假装向高翔请罪，要求一起攻打龙泉县，高翔将信将疑。

高翔决定与冯付二人一起攻打县城，兰柳一直怀疑是陷阱，派人告诉胡天华。冯有才队伍里有金三宝反对攻打龙牙山，他救出冯仁义让他一起阻止队伍。进攻当天，高翔背后遭到冯有才暗算，高翔才知中计，加藤枪杀付母污蔑徐牡丹，对抗中高翔被刺刀插中。

加藤赏识周楚任命其为县长，周楚向高翔密报日军要攻打龙牙山，高翔决定与八路军胡天华联手，在途中设置障碍迷惑加藤。不料加藤没有上当，利用向一虎粗心不服高翔的心理，顺利通过茅草坡改到进攻八路军根据地南峰村。胡天华誓死夺回根据地。

高翔赶到，阻止了胡天华的自杀行为。八路军队伍想通过晋绥军的驻地去司令部，刘胜斋以机枪阻止。高翔将队伍带回龙牙山暂住乌溪口。牡丹等人对此非常不满，特派员蔡笑亭趁机添油加醋分裂两支队伍。高胡二人商量建立兵工厂，八路提供一名技术人员，高翔进城夺取设备。

为了拿到旧机床，独立纵队联合八路军偷袭日军驻地，乘机夺取设备。同时龙二也突袭龙牙山，幸好高翔早有准备派来喜诱敌深入。谁知向一虎自作聪明，使得计划实施受阻，不能全部歼灭，仅活抓了龙二。为了讨好牡丹向一虎自作主张与加藤谈生意用武器交换龙二。

高翔进城夺取柴油，兰柳赶到通知高翔向一虎的计策，高翔预计加藤老奸巨猾定不会老实交换，如其所料，加藤带来了整支队伍，牡丹等人陷入困境。胡天华带八路赶到救出牡丹，高翔也在县城动作，逼加藤回城守卫。牡丹为了变得有女人味劫持了富国光的老婆杨梅上山，付国光大怒。

独眼龙故意与八路军闹矛盾，打伤八路军战士，逼迫胡天华搬离龙牙山。胡天华寻求各方帮助，想夺回南峰村，谁知出冯有义其他人均无动于衷。胡天华只能设计谋，先攻打离龙牙山比较近的狗宝村，逼高翔出手，让加藤派兵帮忙，令南峰村防守空虚，刘胜斋乘机攻打南峰村。

牡丹强烈排斥与八路军合办兵工厂。独眼龙利用兰柳与晋绥军发生矛盾，打死一名士兵嫁祸给兰柳，胡天华为救出兰柳，只能在南峰村的争夺战中退出。八路军无奈又回到了龙牙山，向一虎奉牡丹之命前去阻挠。胡天华和高翔得知日军要偷袭刘胜斋，决定乘机夺回南峰村。

付国光答应杨桃，杀死十五个鬼子就从独立纵队把她接回来。高翔经过调查知道是独眼龙陷害兰柳，在大堂与其对峙，独眼龙恶语相向，高翔拔枪将其打伤。牡丹将高翔关进监牢。蔡笑亭向向一虎建议在饭里下毒灭高翔。牡丹救下高翔将其放出来，并威胁蔡笑亭不要乱来。

蔡笑亭威胁与利诱结合让向一虎和独眼龙继续为其工作。独眼龙暗杀高翔失败，在逃跑途中被向一虎灭口。苦于没有证据，高翔只能暂时不动向一虎。洪正发向八路军胡天华发送消息日军要攻打枫桥镇，牡丹拒绝支援，高翔还是带队出发，二人关系恶化。

加藤炮击西门迷惑刘胜斋，强行攻下东门进城，刘胜斋在与龙二的对决中被他人开枪击中被捕。高翔和胡天华进城营救，在法场上将人就走，但是城门被封，无法出城。洪正发巧遇要为加藤做饭的厨子，众人商议借此接近加藤。

高翔计划把枫桥镇从鬼子手里夺回，来喜成功接近加藤，并用枪威胁，大家有了谈判的机会。牡丹从地道进入城被日军发现，地道崩塌，牡丹被困。幸亏胡天华赶过来相救，援兵也来驰援，众人夺回枫桥镇，但是刘胜斋醒来以后，对众人无感激之心，反而处处戒备。

加藤找到付国光让其投诚，付国光没办法暂时先答应，想再找办法求救。刚好牡丹来洛河镇找造枪师傅，让高翔死了跟八路军合办兵工厂的心。付国光马上找机会让其通知高翔，高翔及时赶到赶走日军拿下物资武器。加藤大怒改到淘洗实力最弱的冯仁义。牡丹也在向一虎的带领下来临水镇找师傅。

日军也派了特务来找造枪师傅，特务跟踪牡丹找到造枪师傅，牡丹等人被围困在地下兵工厂。周楚打探到临水镇有危险，通知高翔去救助。高翔担心牡丹急行军带队赶往临水镇。加藤夜袭临水镇，冯仁义寡不敌众，被围困，牡丹从地道逃脱后赶过来相助，造枪师傅战死，高翔赶到打退了加藤，冯仁义带着剩余的人加入八路军。

独立纵队一位小队长误会兰柳的意思带着小队成员想加入八路军，被牡丹发现，兰柳被抓。蔡笑亭还带人打伤前来谈判的八路军代表，刘明气不过带着八路军队伍要围剿独立纵队。经过胡天华和高翔二人从中协调，事情得以解决。胡天华和高翔带着人去城里接应兵工厂的技术人员，谁知这支队伍早就被加藤发现跟踪。

众人抢到日军一辆车，冲城门离开，中途被拦截，所有人打散。向一虎乘机想兰柳开枪，兰柳受重伤。胡天华为掩护牡丹被日军逼迫到山崖，胡天华抓住龙二一同摔下山崖。通过洪正发查证胡天华并没有死被加藤抓住了，众人想要劫囚车。

有了设备和技术人员，清水洞兵工厂顺利开起来，但是想要制造更加精密的武器，需要更好的钢材和设备。恰巧周楚从来消息日军也要建造兵工厂，有一批器械即将运到，大家商量后计划截下这批武器。不料加藤事前有所防备已经设下埋伏，高翔及时发现，决定将计就计。

向一虎鼓励八路军劫狱，幸高翔赶到，众人找到动手脚的人，牡丹知向一虎所为心伤，关其禁闭。蔡助向逃跑，不料向被加藤所抓。要他做奸细。向用苦肉计回来龙牙山，并暗中带龙二突袭清水洞兵工厂，龙牙山大危。

日军班八路杀害付士兵，付大怒要进攻八路。幸有知情人纪实解释，加藤鼓励龙牙山计策失败。八路赶到救援，胡天华中了龙二枪倒下，兰柳心急。洪正发在战斗中被马三胖打死，逃脱的向一虎被任命为伪军队长，付国光队伍有人被日军拉拢，付被抓。

刘胜斋赶到救下马，蔡笑亭半路劫下兰柳并将其交给刘胜斋给其威胁，高胡二人的筹码。冯带着剩余的兵力决定跟高翔打日军。刘被日军围困，英勇突袭龙二，高翔赶到但不急于救人而是驻扎下来，刘派人去救援，却被日军所抓。

夜里高翔突袭日军军火库，巧遇刘胜斋突袭日剧你，打退一波敌人。次日日军大军进攻，刘胜斋艰难抵抗。八路救下被日军抓的求救人员，并半路埋雷，对付支援的日军队伍。龙二被捕，久美子不忍，却被龙二挟持。

有一支被日军俘虏的炮兵队被关押在采石场，曾在龙牙山呆过的一郎在逃亡途中被抓进采石场，知道国军不就将被全部杀害。就将这一消息告知国军。众人设计让一郎逃跑。一郎到龙牙山报信，牡丹班煮饭婆潜入采石场，谁知队伍有奸细，牡丹被抓。

周楚找向一虎就牡丹，却被告密。周楚被抓，二人被押到重兵把守的刑场，高翔等人赶到，周楚用自己的牺牲警告众人离开，牡丹又被押回狱中。八路军告知狱中有地下党成员可以帮忙。牡丹吃下假病的药，被送到日军医院，众人从中将其救回。

高翔带牡丹去见自己的母亲，顺便见见国共两军的上级，为独立纵队找出路。国军的腐败和关军的生机勃勃让二人感到明显区别，也鉴定心中所向。日军这边来了一支特种兵队伍，对付高翔，蔡笑亭察觉二人有变，就跑去鼓励大嘴反动。蔡让国军扮演八路偷袭猫头山，抓捕兰柳制造两人矛盾。

小锤子赶去找高翔，高翔及时赶回来阻止了蔡笑亭的行动，牡丹念旧情放大嘴离开。在胡天华的帮助下，独立纵队顺利加入八路军队伍。日军来势汹汹重病包围独立纵队，这是场消耗战，独立纵队遭受重击，伤亡惨重，在八路军的帮助下，高翔艰难突围，身受重伤，而牡丹在围困中跳下山崖不知踪迹。

高翔在胡天华的帮助下，重建独立纵队，打散的队员也陆陆续续回归，但却一直都没有吧牡丹的消息，高翔十分的悲痛，想要自我了断，来喜和小锤子以一起死相劝。牡丹掉下山崖后被一对渔民所救，但渔民被伪军威胁，牡丹出手，逃走的伪军将这一消息告知了马三胖。

龙二偷袭八路军司令部，司令员被炸弹击中。牡丹的躲藏处被马三胖发现，展开枪战后逃脱。高翔也在兰柳带领下开始向党靠拢。向一虎赶到，救出了牡丹，但是日特战队赶到追杀，向一虎掩护牡丹牺牲。牡丹回到独立纵队，众人决定一起举行婚礼，日本趁机偷袭。

高翔察党有鬼子，双方对打，鬼子处于劣势，谁知龙二挟持牡丹，高翔承诺与牡丹交换，带日军离开，高翔被捕。牡丹独闯县城，不了这是加藤的陷阱，胡天华联络各地求支援，牡丹杀入牢狱，将高翔救出，但众人被加藤围困。

众人带着重伤牡丹，躲避日军的追杀，杨元超掩护众人离开牺牲，有一批高爆炸弹在运往龙泉县，牡丹为了报杀父之仇，准备偷袭刘胜斋，但在民族大义面前，放弃了。众人打算攻下猫头山，高翔假装送大烟队伍，引诱猫头山伪军，分散兵力各个击破。猫头山伪军中得知高爆炸弹将运来，众人计划拦截抢车。

高爆炸弹有日军特战队护送，双方展开激烈枪战。高强以枪击高爆炸弹为要挟，驾车离开。胡天华在战斗中中弹，逼问日军武器专家。原来这高爆炸弹是生化武器，来喜被加藤抓住，严刑逼供。又派人将高翔母亲骗到龙泉县。

胡天华组织众人去救高母，但高翔犹豫了。在大家劝说下终出兵，城楼高母为了不让高翔为难，跳下城楼。加藤上司武田将军降到龙泉县监督生化武器的制作，独立纵队决定半路埋伏。高翔在战斗中将武田击毙，加藤大怒以炸毁整座县城要挟。众人决定从马三胖下手确定消息真假。

红霞刘明在夺取高爆炸弹材料中牺牲，马三胖告知已有职称的三枚炸弹被埋在不同地方，具体位置只有加藤知道。胡天华带队进城，谁知道中了加藤埋伏。高翔在加藤办公室找到了布置图，但只标明了两枚炸弹位置。加藤带着仅剩的一枚炸弹在一所中学威胁众人。