莎拉别无选择，唯有四处逃命，但是可怕的敌人仍在穷追不舍。莎拉不顾一切地想要找到女儿基拉，她怀疑冷血无情的超级克隆人雷切尔与基拉的失踪事件有关，于是向她全面宣战。艾莉森和唐尼参加逝去的朋友安斯利的葬礼，艾莉森大受打击，负罪感让她变得绝望。西玛面临一个艰难的决定。无论她作何选择，都会带来致命的后果。

安斯利之死令艾莉森感到非常痛苦，而西玛身上的神秘疾病出现越来越严重的症状。莎拉请求阿德帮助她寻找基拉，可是她得知与基拉的下落有关的线索时大为惊讶。

莎拉和费力克斯一路逃亡，始终没有找到容身之处。莎拉被迫向自己的旧情人CalMorison求助——这是一个对她来说如梦魇般的人物，若非形势危急，她绝不会与他联系。莎拉和费力克斯似乎得到了喘息的机会，但那只持续了很短的时间。莎拉终于意识到自己无论跑多远都不够远，她不能再这样逃避。

莎拉回到家中寻求答案。在西玛的帮助下，她对克隆人实验的起源展开深入调查。她在追踪行动中深入虎穴，但是她要想安全脱险就可能付出远超出她想象的代价。上集结尾的车祸。莎拉肯定死不了，但是另一个人就很难说了。

雷切尔做好了战争的准备，她决定首先拿莎拉身边最亲近的人开刀。当莎拉试图保护这些人的安全时，一个出人意料的来客威胁到莎拉的全盘计划。

莎拉与不值得信任、根本不靠谱的新朋友海伦娜共同调查一条重要线索，她渴望通过这条线索找到克隆人实验的起源。Cosima和Delphine的新发现可能是治疗其神秘疾病的关键。艾莉森在康复中心遇到一个令人讨厌的同伴维克，费力克斯出狱后有了一个新室友。保罗追踪莎拉和海伦娜的踪迹，但他不是唯一在跟踪她们的人。保罗还意外地结交了一两个新盟友。

艾莉森被戒毒所的朋友出卖了，而且她被威胁说要把安斯利的真正死因公布出来。

这场克隆阴谋中的一个新玩家出现在费力克斯门前，将费力克斯直接送入危机模式。西玛已经没有其他选择，莎拉不得不考虑交出一项原本可以当作重要筹码的关键信息，以便和Dyad达成一项协议。在本集中，西玛告诉艾莉森他不慎杀死了Leekie医生，并且带艾莉森去看了Leekie的尸体。费力克斯面临大麻烦，他决定与Art共同解决这个麻烦。西玛在实验室里晕倒。萨拉将雷切尔想要的某样东西给了她，但结果却很伤人。某些时候，知道真相就意味着痛苦。

雷切尔的新策略导致萨拉被迫做出让步，与Dyad的战争眼看就要失败。更糟的是，萨拉在绝望中采取的行动给她所爱的人带来了灾难性的后果。克隆人俱乐部决定团结起来，用不计后果的方法赌一把——如果她们赌赢了，萨拉或许还有救。当她们为自由而战时，萨拉突然遇到了一个新盟友，并发现了这场阴谋背后一个不为人知的新情况。另一方面，西玛的情况变得更加糟糕。艾丽森和唐尼决定和法律对着干。

在季终集里，雷切尔最近实施的新计划迫使心力交瘁的莎拉投降，克隆人对抗Dyad组织的战争面临彻底失败的危险。为了拯救莎拉，克隆人俱乐部决定采取冒险的行动。就在克隆人争取自由的时候，莎拉遇到一位新盟友，并且发现了这场克隆人阴谋中可怕的新秘密。