恰克离开特工生活后，十分颓废，天天连胡子都懒得刮。他说自己是失败男的典型代表：与别人合租房子，吃微波食品。恰克最爱吃的是芝士球，他甚至于穷困到去超市偷吃芝士球的地步。恰克无意中遇到特工卡斯。并且，意外得知梦中情人——女特工莎拉和卡斯共同执行一项任务。莎拉激发了恰克的雄心，恰克刮了胡子，准备向莎拉示爱。恰克到莎拉执行任务酒会，他的头脑中灵感突现，发现自己莎拉的接头人是恶人，很震惊。处处保护莎拉。但是，莎拉根本不知道他的能力，恰克处处被动。

米尔、莎拉、恰克和卡斯四人一起执行任务，要追回在军火商卡尔手里的一款新型武器。米尔以引美人计引诱了卡尔，两人的订婚礼上，恰克和莎拉进入保险库盗取武器。恰克无意中触动开关，被关在房间里。有幽闭恐惧症的恰克担心自己马上就会死去，于是隔着门向莎拉大声说出心底的爱意。无意中也说出米尔是自己的同伙。次是一早，米尔带着开器打算离开本城，却发现卡尔带人追来。米尔只好再度求助于恰克。恰克和卡尔再度过招，战胜了卡尔。而一系列的纠葛中，莎拉发恰克真爱自己。于是任务结束后，莎拉留在本城，和恰克一起奋斗。

艾莉和德夫是医学院的高材生，他们上学的第一天就相爱了。而今，两人已经结婚姻9年。德夫和艾莉有一所大房子，并且都是主治医生。但是，艾莉觉得生活波澜不惊，太无聊。某个国家的独裁者郭亚拜访美国，美国军方发现很多人想杀郭亚，于是派恰克和莎拉去保护郭亚。恰克和莎拉正犯愁如何接近郭亚的时候，郭亚突然生病，住进医院。郭亚的主治医生是德夫，德夫治好郭亚的病。德夫对小舅子的工作很感兴趣，总想看看恰克工作的地方，恰克坚决不准许他去。郭亚为表示感谢，请德夫夫妇参加领士馆举办的派对。身为小舅子的恰克也顺理成章的被邀请出席晚宴。晚宴上，险象环生。德夫竟阴差阳错的救了郭亚一命，但也因此被恐怖分子盯上。自从，恰克不仅要保护郭亚，还要保护姐夫。

摩根被提升为经理助理，莱斯特对他十分不屑，总是向他发起挑衅。在迈克教导下，摩根回击莱斯特，请他离职。莱斯特害怕失去工作，从此对摩根俯首称臣。德夫被魔环组织抓走，对方以为他是恰克，对他另眼相看。不久，德夫被放回。艾莉问德夫失踪这么长时间，他去哪里了。恰克帮姐夫编慌，假说卡斯当街耍流氓，德夫陪他去了警局。不明就里的艾莉对卡斯十分鄙视。魔环组织的辛迪尼给德夫一个耳机。此耳机竟然有炸弹装织，戴在耳朵上就摘不下去，否则就会爆炸。恰克对自己把姐夫带入这个行当十分内疚，想办法救姐夫。辛迪尼让德夫去某个大厦的12层杀死一个男子，德夫和恰克也因此遇到特工闪恩。闪恩对付魔环组织已经5年，这次他打算和恰克联手作战。但是恰克担心姐夫受到伤害，心里有所牵绊。而莎拉亦担心恰克受伤，所以暗中保护恰克，处处与闪恩做对。这次

莱斯特对于摩根升任主管，十分生气，与之冷战。摩根求助于卡斯，卡斯让摩根拿出领导威严，任何不服从自己的人，都开除。摩根按照卡斯的意见行事，果然镇住了莱斯特。闪恩为了考验恰克，让他独自去巴黎完成任务。对此，莎拉很担心，但是鞭长莫及。闪恩的真正任务是在飞往巴黎的航班上。闪恩让恰克偷取行李舱的一把钥匙。魔环组织也极为重视这把钥匙，派出一位武林高手保护这把钥匙。经过一翻恶战，恰克终于赢得胜利，顺利取回钥匙。恰克在飞机上巧遇美女汉娜，两人一见钟情，并且互生好感。恰克夺取的钥匙盒里有一张给闪恩的留言，一向冷面的闪恩看到流言也不出得动情。原来，为保护这把钥匙而牺牲的特工是闪恩的女友。

军方交给的新任务是跟踪一位叫莫什的年轻男子，他在和魔环做生意，帮魔环制造新型武器。莫什是一个天才少年，他做的武器是什么？军方很想知道。恰克以朋友身份接近莫什，取得了他的信任。但是，没有从莫什嘴里挖出秘密。随后莎拉使出美人计，依旧没有成功。卡斯用麻醉枪制服莫什，并从他的公文包里拿走神秘红盒。但是，里面装的只是刮胡水。不久，魔环特工找到莫什。莫什戴上一副眼镜后，变得彪悍无比。迅速打败了几个魔环杀手。恰克发现，莫什竟然和自己一样，是武器联网中的一人。莫什坐飞去迪拜，参加武器博览会。卡斯等人随后而至。魔环的人也赶到。三方人马交恶，真刀真相的对峙。恰克再次出现闪念战胜一切。汉娜到买好多超市工作，成为恰克的新工作伙伴。摩根对汉娜一见钟情，拼命追求。艾莉听说恰克只身去了巴黎，怕他出事，问他具体情况。恰克为

闪恩去博物馆窃取恶历山大面具，一时失手，启动警报系统，他被反锁在展厅里。展厅的空气被吸走，闪恩危在旦夕。莎拉到买好多超市找到恰克，希望他出手相救。同时博物馆以为电脑系统出现问题，也请恰克出手。恰克和汉娜一起执行此项任务，并且顺利完成。面具将会公开展览，博物馆馆长请恰克和汉娜在展出当天前来协助维持电脑系统的安全运行。二人同意。为什么一定要取得此亚历山大面具？原来，此面具在其他国家展出时，魔环曾将之盗走后，又归环。闪恩怀疑，魔环把武器放入面具中。因为，艺术品过关时不用安检。闪恩和莎拉终于盗得面具。但是，他们发现里面装的竟然是毒气，两人都中毒了。恰克再度出手解救二人。同时，魔环特工瓦斯利以汉娜做人质要挟恰克。在斗智斗勇中，恰克再度赢了瓦斯利。但是，闪恩身份曝光。瓦斯利告诉组织，自己知道了闪恩的下落

姐姐艾莉撞见恰克和汉娜巫山云雨，觉得弟弟长大了，十分开心。恰克亦决定一家共进烛光晚餐，正式把汉娜介绍给家人。萨拉透过监视器看到此情此景，又羡慕又伤心，她发现自己好久没有享受家庭生活了。魔环组织请来杀手拉夫，拉夫十分彪悍，他拥有“百步穿杨”功夫，是全世界排名前五的神枪手。不过，拉夫一到达目的地就被萨拉和闪恩麻醉，随后囚禁于地堡。闪恩派恰克扮成刺客拉夫，找出刺杀目标。因为，此人既是魔环的敌人，那一定可以为我所用。卡斯辅助恰克，助他一臂之力。执行任务时，魔环高层竟然认出卡斯。原来卡斯是一个隐姓埋名的神枪手，他曾经叱咤风云。恰克在和魔环斗智斗勇的过程中，发现魔环要抓的不是别人，正是闪恩。于是，恰克再一次保护了闪恩。

和恰克分手后，汉娜离开了买好多超市。为此，暗恋汉娜的同事们对恰克心生不满，恰克顿时感到被冷落。恰克突然失去了闪念。失去了闪念的恰克不适合当特工，闪恩和萨拉让他休息，不同意他继续做特工，因为特工是一个技术活。事业、感情备受打击的恰克，找好友摩根倾诉。却听到了买好多超市要被财团收购的消息。打算收购买好多的财阀竟然是魔环的人。原来，他们以收购为幌子，寻找特工地堡，并且真的找到了地堡。担心自己失业的摩根，跟踪他们进入地堡。随后把发现告诉给恰克。恰克发觉情况危急，一面通知闪恩和萨拉，一面带着摩根和超市众兄弟打败了魔环的人。恰克的闪念又回来。同时，恰克发现自己真爱的是萨拉。

时光闪回1983年洪都拉斯，当时的卡斯是一位年轻的士兵，长官詹姆斯要求他加入特别行动小组，如果不加入的话，他的家人生命堪危。卡斯被迫做了自己不愿做的事情。而今，昔日长官詹姆斯叛变进入thering，再度找到卡斯，又一次要求他加入特别行动小组，偷出新研制的药丸，卡斯同意长官的要求。所有这一切都秘密进行，但是摩根无意中发现此事，并且录了下来。不久，恰克与卡斯一起执行任务时，恰克发现卡斯行为不轨。在恰克无意的告密下，卡斯被关起来。恰克发现了詹姆斯的真实身份，想和萨拉一起救出他，詹姆斯却带人救走了卡斯。恰克和萨拉想办法找到卡斯，卡斯说自己知道詹姆斯是魔环的人，之所以还与他合作，詹姆斯再度以家人生命安全胁迫卡斯做事。于是，萨拉和拯救卡斯前往赴约，恰克则去救出卡斯的未婚妻，可是敌不寡众。恰克因为太紧张而

恰克的工作成绩备受肯定，组织决定考核他是否能当特工。给恰克的考核是让他找出和魔环组织接头的叛徒。恰克跟踪安那提并且顺利找出叛徒，此人是一名叫帕瑞的特工。接下来的任务是让恰克杀了帕瑞。对于这个任务，莎拉百味杂陈，她不希望恰克杀了对方。恰克对帕瑞下不了死手。老奸巨猾的帕瑞屡次从恰克处逃走。卡斯为了让恰克顺利通过考核，于是开冷枪，打死了帕瑞。莎拉误以为恰克杀了帕瑞，心生遗憾，不肯接恰克的电话。恰克被委任为特工，并且要去华盛顿报到。

恰克将被派往罗马执行任务，组织特别准许他自己挑选人员，组成团队。恰克听后十分高兴，他想带着卡斯、萨拉、闪恩等好友一起去罗马。萨拉不能释怀恰克打死人一事，恰克想把事实真相告诉萨拉，但是一直说不出口。卡斯不愿因为此事，影响恰克和萨拉感情。主动告诉莎拉，是自己开枪打死的间谍。莎拉听后，发现自己错怪了恰克。决定和他一起奔赴罗马。魔环的高层找到闪恩，想要见他。闪恩为了一举奸灭魔环的人，决定只身赴虎穴。临行前，闪恩吞下监视器，并请组织追踪自己的监视器。然后，用导弹灭掉魔环基地。在魔环基地，闪恩惊讶地发现，自己的妻子艾娃竟然是被莎拉打死。恰克听说闪恩只身赴险地，于是不顾个人安危，救回闪恩。但是闪恩怒火攻心，劫持了莎拉。莎拉是否会有生命危险？

莎拉被闪恩带到了所谓的魔环指挥部，于此同时，恰克以为闪恩劫持了莎拉，向卡斯求助。已经是平民的卡斯为了帮助恰克，提供了作战支援的电话。在指挥部，莎拉知道了自己是杀害闪恩妻子的凶手的这个事实，但闪恩却认为这不是她的错。及时赶到的恰克看到了这一幕，救援计划随即取消。回到基地，闪恩认为他们可以作为小队继续执行打倒魔环的任务。于此同时，摩根辞去了买又多的工作，准备加入恰克的特工小队。将军派遣闪恩和莎拉到华盛顿继续执行任务，以为莎拉会离开的恰克伤心不已，独自买醉。就在这时，莎拉来到恰克家中承认她爱他。莎拉和尚恩一起准备前往巴黎准备执行最后一个任务，可是真的像尚恩所说，他可以释怀莎拉开枪打死艾娃的这个事实吗？

恰克和莎拉终于在一起了。处于热恋中的两人临时起意，决定告别间谍生涯，在列车上两人更是恩爱有加，直到发现有恐怖分子的存在。面对这一情况，恰克和莎拉准备在收手之前最后做一次间谍。于此同时，由于没有及时回总部报到，将军命令卡斯和摩根找到他们并将他们带回总部。可是真的如恰克和莎拉所说，他们不想再做间谍吗？

正式交往的Chuck和Sarah在Beckman的命令下向中情局的传奇夫妇学习，但两夫妻的关系看上去却非常差，而且受不了没完没了的任务的两夫妻出卖了中情局夺取了目标芯片，Chuck和Sarah却要面对愤怒的军火商。老特工夫妇最后在Chuck和Sarah的帮助下重拾年轻时的热情，将任务交付的特工夫妇辞去了工作并向Beckman推荐了Chuck和Sarah。另一方面无事可做的Casey则忙着训练一无是处的Morgan，训练结果连Morgan自己都绝望了，但Casey却说在自己最无助的时候是Morgan帮助了他，他不会放弃Morgan。训练结果是Morgan以满分过关，虽然他的训练成绩完全不及格，但是在任务中的表现却非常可靠。以无国界医生身份前往非洲的Ellie无所适从，魔环特工Justin为了接

Chuck的闪现开始出现问题令他不断看见幻象，根据自己看到的结果Chuck向Beckman预告Zamibia总统会遭到袭击，但Beckman认为Chuck精神出现了问题并安排他去看心理医生。希望证明自己的Chuck和Morgan潜入了音乐会并攻击了Kowambe博士，这个举动令Chuck被关进了精神病院。事实证明Chuck并没有错，但是心理医生告诉Chuck因为Intersect的影响他的脑子确实发生了某种变化，而且没有办法医治。回到伯班克的Anna连续被Morgan忽视让她再次对Morgan燃起了热情，但是面对这个失去自己才意识到重要的女孩，Morgan大气地甩了她。Justin成功接近了Ellie并让她怀疑Casey要谋害他们，变得神经兮兮的Ellie不得不向Justin求助。

Chuck梦见Shaw还活着让Morgan非常紧张。Ellie使用报纸密码让父亲回到伯班克，StephenJ回到伯班克的第一件事就是去见Chuck，发现Chuck还在当特工的StephenJ非常生气。尾随保护Ellie的Casey反倒让她变得更加惶恐，监听录音让Casey以为她出轨而引起了骚动。得知Chuck安装了Intersect2.0的StephenJ马上离开家，但Ellie给父亲安装的跟踪器却让他受到了袭击，千钧一发赶到的Chuck救下了父亲并告诉他自己的梦想，而为了帮助儿子StephenJ决定帮他制作能够消除副作用的控制器。BigMike打算成为Lester和Jeffrey的经纪人捧红他们，Leste虽然一直在闹别扭最后还是被BigMike说服了。

Chuck在逛街的时候遇到了Shaw，展开追踪的Chuck小队最终来到了中情局的总部，而Justin竟然真的是中情局的特工。突然闯进会场的Chuck给中情局上层极其恶劣的印象，在加上Shaw的诡辩上层决定终止Intersect的开发计划，并监禁了Chuck；Casey为了保护家人逃走了。因为“Ellie出轨事件”Devon无意中说出了Chuck的真正身份，无奈之下Morgan说出了一切，在寻找Chuck时Morgan和Devon收到Beckman的委托，已经逃跑的Chuck在姐姐的帮助下找到魔环的基地，Shaw为了动摇Chuck的感情在他面前杀死了StephenJ抢走了控制器。失去父亲又即将失去弟弟的Ellie决定孤注一掷，她要拯救自己的弟弟。

在Morgan和Devon的帮助下大家得救了，Chuck向姐姐坦白了一切，Ellie要求弟弟解决一切后立刻辞职。Chuck等人潜入峰会试图扳倒Shaw，Chuck忍着Intersect带来的痛苦完成了任务但还是让Shaw逃走了。BigMike收到买又多创始人的最后通牒，Lester和Jeffrey给他出了大甩卖的馊点子，逃走的Shaw来到买又多打算炸毁这里，Lester和Jeffrey的馊点子最终引起买又多主人的愤怒，捣蛋二人组按下火警疏散了民众。Chuck在与Shaw的对决中失败了，但他根据小时候的记忆重启了系统打败了Shaw。Morgan失手启动了炸弹，试图报复买又多的Lester和Jeffrey提议烧毁超市成为替罪羊。一切都结束了Chuck退出了中情局过上普通人的日子，但他却收到了父亲