丽港市，北海省公安边防总队边境调查大队大队长杨滔堵截载着偷渡客的金矿轮，蛇头把来不及过驳的偷渡客推入海中，杨滔为救落水者放弃了追击。在医生徐曼那里，杨滔认识了将从警校毕业的黄宁宁。偷渡组织者、徐曼的丈夫郝立军想找更安全的合作者，打上了北海远洋运输界老大风顺华船务公司老总黄秋生的主意。黄秋生正醉在情人梅沁的温柔乡。

在风顺华举办的爱心捐助晚会上，从没见过自己的资助者黄秋生的优秀大学毕业生韩阳，听了秀水失学儿童代表、偷渡客阿珠和阿福的女儿月月的感人讲述，更坚定了到风顺华工作的决心。黄秋生的号召力让来摸底的郝立军蠢蠢欲动，他发现当年陪过他的女人梅沁是黄秋生的情人，有了主意。杨滔的妹妹丫丫偷渡到国外受尽屈辱后被遣返，一心报复蛇头。

金矿轮被捕，郝立军决心甩掉金矿轮的船主，小舅子徐非。金矿轮偷渡案由公安部边防局办理，部领导指定由杨滔负责。一心想当女特警的黄宁宁顺利通过考试，却接到去北海公安边防总队报到的派遣单，原来这是伯父黄秋生的安排。放弃跨国公司的优厚待遇到顺风华应聘的韩阳令黄秋生十分欣赏，这时黄宁宁跑来向伯父兴师问罪，韩阳对黄宁宁很有好感。

专案组成立，代号“捕蛇”。除杨滔、黎江外，刚报到的黄宁宁也被列入专案组，总队的红人曹刚任副组长。郝立军找黄秋生租船，遭到拒绝和羞辱。郝立军又从梅沁入手，梅沁无奈答应考虑，却雇人开车撞郝立军。郝立军躲过一劫，回家得知儿子聪聪不见了。金矿轮雇的船长许红军是被风顺华开除的员工，杨滔在调查中发现风顺华的经营状况并不好。

工作进展甚微，也找不到丫丫，杨滔心情沉重。郝立军认为是梅沁加害自己，痛打梅沁，梅沁发誓不是她干的，郝立军想孩子可能是被自己卷了一大笔钱的黑社会头子蔡度绑架的。梅沁劝黄秋生与郝立军合作被拒绝，心情苦闷，酒后驾车撞到环岛上昏迷。

梅沁被偶遇的方颖送到医院，得知自己怀孕，梅沁悲喜交集。徐曼请杨滔帮忙，杨滔凭线索和职业敏感推断这这次绑架是黑吃黑。郝立军被蔡度的打手痛打，为了先还上点钱，找到梅沁要50万应急。郝立军发现方颖在调查黄秋生和梅沁的私情，意识到又多了件对付黄秋生的武器。梅沁要补上50万，只有尽快促成郝立军和黄秋生的合作。丫丫终于来到丽港。

金矿轮案中的死者阿福和他怀孕的妻子阿珠是秀水人，杨滔和黄宁宁以回家探亲的恋人身份暗访，发现在秀水，乡亲们认为是蛇头给他们带来了富裕通途，不愿意也不敢破坏“规矩”。曹刚查到了蛇头陈蕾的线索。有人写信举报风顺华偷税漏税，原来是梅沁给郝立军提供的情况，让他可以威胁黄秋生。聪聪被放回。郝立军软硬兼施，使方颖愿意帮他搞船。

税务风波使黄秋生陷入困境。黄秋生不得不靠方颖家的势力摆平，方颖狠狠羞辱了他，但还是帮了他。曹刚找到了陈蕾，在陈蕾证明自己不涉案后丧气地放了人，没有继续追查陈蕾把自己的海员证提供给谁这个关键的线索。报仇心切的丫丫被蛇头吓牛关进藏匿地。韩阳在方颖那里看到梅沁和郝立军的照片，怀疑最近公司的不正常事件跟他们有关。

郝立军打电话给黄秋生，说他没有抛出关键证据，要求黄秋生合作，方颖也向黄秋生施加压力，黄秋生屈服了。公司高层同意把风顺华1号包出去，但要求由公司派一个船长，黄秋生决定派对自己感恩又忠心的秦伯。内线情报，跟踪了很久的一批偷渡客有转移迹象，杨滔立即行动，调附近警力向目标地集结，黄宁宁在前往途中发现了黄秋生和梅沁，她的跟踪使黄秋生不敢去月亮湾。

吓牛被徐非撞成植物人，杨滔部署警力24小时监护吓牛，对外公开吓牛的死讯。黄宁宁无意中向黄秋生泄露了行动，黄秋生采取措施掩盖风顺华1号的线索。行动不力，边防领导怀疑专案组有内鬼，黄宁宁因那天行动迟到成为怀疑对象。为把孩子生在国外而偷渡的阿珠铁了心要再次偷渡。丫丫爬出藏匿地获救。黄秋生看到梅沁和郝立军接触的照片，既惊且痛。

杨滔发现了金矿轮案和月亮湾案之间的某种关联。韩阳发现公司帐上有50万元不知去向。黄秋生找梅沁问明了一切，与梅沁决裂。郝立军控制了金矿轮案蛇头朱少伟的家人，以备不时之需。徐曼知道了吓牛和郝立军、徐非的关系，天职、道德、良心和对丈夫、弟弟罪行暴露的恐惧交织在一起。吓牛苏醒了。朱少伟潜逃回来了。丫丫终于发现了郝立军的踪迹。

吓牛再次昏迷，杨滔转移吓牛，有警告徐曼之意，但没有停止徐曼对吓牛的治疗。徐曼给郝立军和徐非吃了定心丸，可他们没有像她希望的那样收手不干。梅沁在黄秋生有难处时挺身而出，借机缓解了与黄秋生的关系。杨滔物色内线人选，觉得正直敏感的韩阳很合适，可曹刚的轻动给工作造成被动。丫丫向郝立军寻仇，被郝立军用车撞飞，失去了记忆。

郝立军让朱少伟转卖金矿轮的，这使他们露出了狐狸尾巴。郝立军把丫丫藏起来，得意自己有了对付杨滔的筹码。黄宁宁在压力下要求调离专案组，杨滔知道如果此时让黄宁宁离开，她就可能永远洗不清身上的污点。杨滔批评说服了黄宁宁，黄宁宁其实根本不愿意离开，杨滔心底也早已爱上了率真的黄宁宁。阿珠再次离家偷渡，月月写信告诉了资助她的韩阳。

黄宁宁带病两夜未眠赶出朱少伟的画像后昏迷过去，杨滔对她说，他已经不能没有她了。被郝立军和黄秋生甩在一边的徐非在风顺华1号的主机上做了手脚。朱少伟落网，因为家人在郝立军手中，死不开口。丫丫对悉心照顾自己的郝立军产生好感。秦伯发现故障，郝立军要求边航行边修理，载着阿珠等70多名偷渡客的风顺华1号起航了。

杨滔派黎江寻找朱少伟的家人。金矿轮案进入一审阶段，被判以重刑的船员们强烈要求警方尽快查明船主和蛇头。月亮湾案肇事车被找到，警方循线查到了徐非。风顺华1号因故障停在海里，阿珠大出血而死。黄秋生想办法把船拖了回来。郝立军除掉了徐非，嫁祸给黄秋生。

黎江费尽周折将朱少伟的家人救出，朱少伟却因为被曹刚施加了巨大压力而自尽身亡。徐非的尸体被冲上海岸，杨滔根据徐非的电话记录，调查他最近联系的郝立军和黄秋生。杨滔决定以黄秋生为突破口，再次做韩阳的工作，以真诚打动了韩阳，但也知道韩阳需要时间。徐曼发现了丫丫，争执中丫丫后脑受撞晕了过去，醒来后想起了一切。

阿珠的死讯传来，奶奶上吊而死，月月成了孤儿。韩阳把月月带回丽港，思想斗争之后，他找到杨滔，答应做内线协助调查，也为了还黄秋生清白。徐曼找郝立军对质丫丫的事，郝立军的花言巧语又使徐曼心软了。丫丫偷偷打电话到边防总队找杨滔，黄宁宁接的电话，她感到可能是丫丫，设法寻找打电话的地点。

黄秋生把老同学、好朋友姚冰拖下了水。黄秋生在公司放出风说风顺华1号又将出航，杨滔从韩阳处得到信息，判断这是一招试棋，而且后面藏着其他阴谋，让韩阳查公司最近的生意。黄宁宁却中计了，她想拦截检查风顺华1号，得到曹刚的支持。正风2号悄悄起航，秦伯抱病上船为黄秋生卖命。丫丫杀郝立军不成，被制服。

阳在帐目上发现线索，杨滔由此查到了正风2号。曹刚和黄宁宁拦截风顺华1号一无所获，黄秋生闹事使边防总队陷入被动，总队命令停止对风顺华的调查。刘参谋长要处分曹刚，杨滔承担了责任，曹刚认识到自己的错误。徐曼苦劝丈夫未果，十分绝望。徐非被杀案的线索指向黄秋生。正风2号被拦截。黄宁宁潜入黄秋生公司调机密资料被梅沁发现，韩阳赶到，为保护黄宁宁而中弹。梅沁逃走，方颖跟踪而至。

扭打中梅沁小产，大出血，方颖本可以让梅沁出血而死，但还是救了母子二人，梅沁这才流下了悔恨的泪。丫丫和逃跑的郝立军拼命，坠楼身亡，郝立军被捕。韩阳不治而亡，秦伯病故。黄秋生驾驶摩托艇撞上礁石，葬身海底。有力的证人都死了，郝立军气焰嚣张。徐曼出现，推来了恢复意识的吓牛，同时指证郝立军的还有梅沁。徐曼让郝立军放心上路，来世做个好人，她还愿意与他做夫妻。建国以来北海历史上最大的一起团伙案宣告侦破，随着进一步的审理，福建头子蔡度也落入法网。梅沁留书向方颖谢罪，托方颖照顾孩子，自己与寄托着黄秋生理想之梦的“风顺华之家”一起葬身火海。杨滔又领受了新的任务，黄宁宁化装成客打入团伙内部，黎江驾驶海上巡逻艇接应，边防警察与犯罪分子的较量，还远远没有结束。