戚家军抗倭所向披靡，却遭奸臣童大宝陷害，惨遭灭门之灾。戚家留下的唯一血脉戚少正被北少林至一方丈所救，取法名昙志。十几年来昙志苦练武功，立志报杀父之仇，这一切被藏身于北少林的汪洋大盗昙非尽收眼底。为求荣华富贵，昙非下山告密。童大宝骗得御旨火烧北少林，少林寺展开了一场血战。为保忠良之后，至一方丈在火中盘涅，临终前他交给昙志一封戚家军状告童大宝勾结倭寇的血书，命武僧昙谦护送昙志投奔南少林。昙志忍痛逃离北少林，童大宝的军队一路追杀，昙志在危难间跌下悬崖。

大难不死的昙志苏醒过来，恰巧撞见正在湖中沐浴的小妮。小妮误以为昙志无礼，拳脚相加，昙志在湖中昏厥。小妮把伤重的昙志带回了家，却引得暗恋小妮的大憨怒火中烧。小妮的爷爷一眼便看出昙志是被江湖上最邪恶的阴阳五毒掌所伤，生命危在旦夕。这毒掌本无药能解，可恰巧爷爷祖传的疗伤手法是阴阳五毒掌的克星。但在为昙志宽衣时，爷爷捡到了从衣衫内滑落的血书……

原来爷爷以前也是戚家军的人，当年他为戚家军鸣不平遭奸臣追杀逃至山林，遇到孤儿大憨，从此二人相依为命。现在小妮无微不至地照顾昙志，大憨看在眼里，气在心里。他下山贩卖野味，得遇昙志的师兄三脚，随即拜三脚为师，想靠师傅的本事来对付昙志。昙志伤势有所好转，为给昙志养伤，小妮冒死到后山挖野菜。大憨趁机来试探昙志对小妮的心意，谁知昙志告诉大憨他绝不会跟大憨争小妮。

爷爷拿出血书相要挟，逼迫昙志与小妮成亲。昙志拿不到血书无法前往南少林，情急下他把自己的身世告诉了小妮。小妮为昙志出谋划策，两人上演了一出真成亲假夫妻的闹剧。爷爷对两人的婚事信以为真，特地下山为小妮买布裁衣，谁知遇到了上次打劫大憨的流氓八大锤。

昙志、三脚及时赶到，把八大锤一群人打了个落花流水，不想这一身少林功夫使他们惹火上身。八大锤识破昙志和三脚是少林中人，便向昙非告密。昙非带领官兵进山要活捉昙志。为保护昙志，爷爷被昙非抓走，小妮也被卷进洪水。昙志痛心疾首，立志要为死去的人报仇雪恨。昙志与三脚逃往南少林，一路上官兵四处堵截，无奈两人躲进了戏班的红船，不料官兵统领正巧在红船搜查……

昙志和三脚打扮成一对夫妇，却被戏子红莲发现。花旦白荷认出昙志就是统领要抓的朝廷钦犯，要把他们拿去见官。情急之下三脚强要昙志拿出血书，唱了一出“赵氏孤儿”。红莲、白荷姐妹对昙志和三脚的身世深感同情，决定要救忠良后人于危难，便把红船驶向了大海。两个帅哥混在一群美女中间屡屡闹出笑话，殊不知大难正向红船袭来……

为上恭所，三脚得罪了红船上的姐姐们，被扔到海里，多亏了红莲相救。而昙志把小妮的遮羞兜兜丢在了红船上，被妈妈捡到误认为是白荷所丢，白荷一气之下把兜兜扔到了海里。为捡回兜兜，昙志奋不顾身跳下海……白荷虽有心救起昙志，但对兜兜一事一直耿耿于怀。红莲看出了妹妹心事，劝妹妹不要对小和尚用情太深。白荷心有不甘，逼昙志拜她为师，开始红船卖唱生涯。

当地首富龙阿强早就对白荷存非分之想，专程到红船上点了一出桂英射雁，急煞了妈妈梨花。白荷、红莲没有功夫本就难当武戏，临上台前白荷又扭伤了脚，救场如救火，昙志顶替白荷唱了一出“穆桂英”。不料众人大声喝彩，龙老爷更点名让白荷到龙府唱堂会。姐姐们料定这一去必定凶多吉少，昙志和三脚决定顶替白荷、红莲，去龙府探个究竟。

历经风险，红船上的姐姐们和昙志、三脚结下了深厚的感情，并终于把二人送到了去南少林的岸边。谁知去南少林的路早已被昙非封锁，昙志和三脚在一家黑店遭遇官兵围捕。两人冲出重围，奔上一只小舟才侥幸脱险。撑舟之人是山寨青年钟阿螺，他与母亲钟阿姆相依为命。阿姆是南少林的居士，见昙志、三脚皆为佛门中人，便收留了二人。山寨中曾家是寨族长，寨族长的千金小姐鸥女对阿螺情有独钟，但两人门不当户不对难成眷属。恰巧红船姐妹在山寨扎起了戏台，但正在兴起之时，倭寇杀进山寨。

河野华子从鬼四郎手里救走了鸥女。河野华子的母亲是中国人，为给父亲报仇，她冒险搭上倭寇的贼船来到中国，立志去南少林学武功。鸥女与河野华子一见如故结为姐妹。为了了却华子心愿，鸥女让华子女扮男装前往南少林。鬼四郎不甘罢手命曾老大交出女儿。为保曾寨族人，昙志、三脚、阿螺决定冲出重围去南少林求助，但阿姆有一个要求就是允许阿螺娶鸥女做媳妇。曾老大不同意女儿嫁给客族人，设计了一场红伞选亲，谁知仍是阿螺中标。曾老大出尔反尔，昙志和三脚与红船姐妹设计了一出有趣的抢亲戏。

三脚身受重伤，没能闯过倭寇的重围，被白荷救下。昙志和阿螺被南少林的武僧发现时，两人已是血流如柱，九死一生。善能大师得知倭寇屠杀曾家寨，立刻派出僧兵，重伤中的昙志不顾大师反对也随僧兵前往，但为时已晚，鸥女被逼跳海自尽。阿姆赶到南少林见到失去右臂的阿螺痛不欲生。阿螺得知鸥女自尽的噩耗，再无心留恋红尘，剃度为僧，取法号法能。昙志历尽艰险终于投身于南少林圆照大师门下，赐法号法正。

圆照大师为成全至一师兄南拳北腿融为一体的心愿，在南少林开创了“北腿房”，由法正教授北少林腿上功夫。这使得大师兄法严心生嫉妒，处处为难三脚、法正和法能，并派他们去看管寺院的荔枝园。在荔枝园内，法能抓到正在偷吃果子的河野华子。女扮男装的华子毅然决定出家为僧，但几经波折都没有见到方丈的面，华子拒绝了法正的帮助，决心只身闯入山门。

河野华子施苦肉计终于见到圆照大师，但圆照拒绝收华子为徒。谁知华子不懂佛规自行落发，险些被法严逐出山门。圆照大师终于被华子诚心感动，同意华子留在南少林取法号法静。一心学武的法静本就不甘心被派到荔枝园，围绕她的一出出尴尬事又接踵而至……

昙非一直暗中搜查法正的下落，并且寻找破解少林功夫的诀窍。大岛正雄为了占领福建，用童女真美子来贿赂童大宝，不料真美子早已失身，使童大宝恼羞成怒。他本想利用日本人除掉戚少正，铲平少林寺，谁知在与倭寇的谈判中，昙非与大岛反目，昙非决定靠自己灭掉少林。法能忍受不了师兄们的侮辱逃下山来，却让全村人所不齿。忍辱负重的法能返回南少林，但等待他的却是师兄们的一顿暴打。

法静洗澡睡觉处处躲着师兄，引起了三脚和法明的怀疑，法明好奇设下套子让法静上钩，引得笑话百出。法静为洗澡混入尼姑庵的浴池中，吓跑了正在洗澡的小尼姑，又恰巧被赶来的法正撞到，法静向师兄诉说了自己的身世，法正答应为她保守秘密。昙非把自己乔装打扮成一个邋遢的游僧，被法正抬进了南少林……

昙非的丑恶嘴脸被善通大师发觉了，善通大师为防不测把血书交给了紫云庵的慧玉师太。法正的悟性极高，很快参悟到了禅武合一的真谛，深得方丈的厚爱。但却使得法严师兄猜疑师傅要将方丈之位传予法正，引发了一场南拳北腿精彩较量。这时大憨带着小妮，历尽艰辛来到南少林，终于见到了盼望已久的法正……

法正见到安然无恙的小妮百感交集。但却不能娶小妮为妻，使得小妮备感失落。三脚和大憨不能理解法正，与其大打出手。法正无法选择，求助于大师兄法严，法严不顾触犯佛教戒律与法正演了一出苦肉计，想以此逼走小妮，不料小妮得知法正因为自已而受佛戒惩罚忧郁成疾……

童大宝的亲信香妙化装成进香还愿的少妇混入紫云庵，想查出血书的下落，想不到被小妮所带的猎狗认了出来。小妮深知法正身负重任，不能顾及儿女私情，为成全法正小妮决定在紫云庵出家为尼。慧玉师太为劝小妮不要遁入空门，讲述了自己与圆照方丈年轻时的一段情缘。三脚和法明得知小妮决心要出家，他们决定让悟帆去求慧玉师太阻止小妮。

慧玉为了两个孩子的幸福去求圆照让法正还俗与小妮成亲，被法正严词拒绝。昙非设下陷阱骗大憨引出小妮，不明真相的小妮被昙非绑架。官府以赠剑为由逼圆照集合全体武僧，无奈，南少林派人求助于红船姐妹……

香妙猜测到法正藏身于红船之上，昙非要用小妮引出法正。法静知道小妮危在旦夕，擅自下山欲救小妮于水火之中，不料救人未成反被大岛正雄抓住，当做礼物送给了童大宝。法明得知法静被抓焦急难耐，与法正一起商量救人对策。圆照大师深知昙非的诡计，为避免法正一时冲动下山救人，命十八罗汉把法正软禁在达摩洞内。但善通大师在梦中为法正和法明指了一条暗道，两人偷偷溜出山门。

法正、三脚和法明冒死救出了小妮和法静，但私自下山的罪名使得三人各自挨了二十法棍，还被大师兄关进了达摩洞。大岛正雄扮成信徒混进了南少林，但恰巧与法静相遇，大岛诱逼法静打开山门，否则将与南少林同归于尽并且杀死法静的母亲，法静无计可施只好告诉法正自己的一切秘密……

决战迫在眉睫，大岛正雄却上山与少林方丈切磋茶道棋艺，方丈知其来意，处处点拨，希望化解这一场大战，但大岛正雄主意已定，率队攻上南少林。不料老奸巨猾的童大宝早己预备好了大炮，准备将大岛正雄和南少林一网打尽。一场激战爆发了，但终于是邪不压正，法正手刃童大宝，报了家国之恨。血战过后，方丈严令诸弟子下山，到民间发扬少林禅神武合一的精神，众弟子含泪拜别恩师离去。在下山的路上，法正被小妮、白荷、红莲等人团团围住，要他选出最喜欢的姑娘做新娘……