乾隆五十三年，林爽文率领垦民在台湾起义，报急的折子送到京城，乾隆调福康安从西北直接赴台平乱。福康安率大军抵闽。福建巡抚利用台湾总兵柴大纪欲将造反垦民“全数剿灭”，福康安却让巡抚去找一份林家的族谱来，并让巡抚将并未造反的垦首林石从台湾接到福建。林石苦劝林爽文：在他从福建回来之前，让林爽文不要再打了！哪知巡抚却安排杀手要在海上“做了他！”

福康安大军赴台，巡抚以策应大军登台为名密令柴大纪主动出击，与起义垦民大战。福康安责问柴大纪：“大军未到不准出击，你不知道？”福康安让垦民下山并保证不予追究，台湾知府却撺掇柴大纪在半路截杀。尚方宝剑下，巡抚终于低头。贪官被杀了，起义被抚平了，朝廷的良种也运来了，林爽文等人也被押赴京城……六十年后，福建大旱，何瑾受命署理福建巡抚前往赈灾。因加征赈灾粮及在台征税之事，何瑾与垦首林定邦发生矛盾，他找来藩台，打算换掉林定邦的垦首。

要换垦头，彰化知县莫勤找来了乡约吴和尚。吴和尚从米行老板处借粮三万石，并以吴姓的名义暗中捐往福州。林定邦到草山堂摧赈灾粮，被吴亮搪塞滞留吴家。随林定邦一同催粮的曾阿汕偷情事发，按乡约要被沉潭处死，一场征集救灾粮的大事被搅了。

为救曾阿汕，林定邦之子林文察当着众人大声说：“这三千石粮，我们家出了！”曾阿汕被剃度送进庙里。林定邦送一万石粮再到福州，何瑾指着吴和尚对他说：是他送来了三万石。林定邦却说：我这个垦头称不称职要问问垦民们。又逢科举，曾老先生对林文察和吴和尚之子吴洛许下诺言，谁能中举便将琴娘许配于谁。官府更将垦头一职与家中生员有否中举相系。彰化县令莫勤为让吴和尚当垦头将林文察阻于考场之外，反倒让何瑾免了监考官。

何瑾府上，何瑾告诉莫勤：“谁批卷子？我呀！你就让他考，能怎样？”文察最终没能得中，林定邦的垦头也被免掉了，但秉性正直的吴洛却被文察考场上的举动所感动，他有意与琴娘兄妹相认，让文察好好待琴娘。文察因科举未中事自责欲出家龙山寺，终为方丈劝回。吴和尚为逼林姓垦民多交田税，强断林姓的灌田用水，林吴二姓遂发生械斗，林定邦急忙赶到……

林定邦制止了两姓的械斗，微服而至的台湾新任兵备道姚莹站在林定邦一边驳斥了莫勤的加税说法。吴和尚借来的三万石粮还不上，儿子吴洛也病死了。为“冲喜”，吴和尚让吴亮到曾家欲行抢亲，被林文察将吴亮等人打得落荒而逃。林文察将琴娘带回家中，林定邦却死也不认这门亲事，逼走了林文察。吴和尚带打手到林家要人，林定邦说：“我林家从今天起就没有这个儿子！”

鸦片战争爆发，姚莹在台湾备战。不久英军果至，炮轰台湾海防炮台。姚莹置何瑾不准开炮的军令于不顾，奋起还击，林定邦率垦民一同参战。五百英军被全歼！朝廷与英军议和，让姚莹放掉二百多被俘英军，姚莹坚持不从。琴娘找到林定邦让他同意林文察回来打英夷，林定邦却说：“谁都行，就是他不行。”不久英军再次兵临台湾，开始策划新的进攻。

英军使用声东击西战术，却为姚莹识破。林定邦带众垦民阻击另一路上岸英军，关键时刻，林文察带高山族同胞赶到彻底击败了英军！到处张灯结彩，舞狮燃鞭，道光帝下旨颁奖有功军民。彰化县保举的折子上却没了林定邦的名字。林定邦虽然认了文察却还是不认琴娘，文察只好仍回山里。姚莹给文察出了个出意：“成亲拜堂拜了其中之一也就准数了！”戴氏亲率家人到阿罩雾山里为儿子完婚，独自在家的林定邦正觉无趣，一睁眼，姚大人来了，还带了酒来。

林定邦重新当上了垦头。然而不久，清廷迫于英军压力将姚莹革职，姚莹与林定邦在海边洒泪相别，数千垦民举火奉酒到海边相送。正因米行老板逼债闹得焦头烂额的吴和尚，以为可以翻身了，但因姚莹与何瑾有约在先还是当不上垦头。林定邦为救姚莹要进京送万民折，走投无路的吴和尚让吴亮买来一把洋枪，恶狠狠地说：“我要杀了林定邦！”

吴和尚派来的杀手虽被林定邦识破，但林定邦终因寡不敌众，为吴和尚所杀。阿三则侥幸逃生，并到山上告诉了文察。灵堂上，林文察指认吴和尚就是杀害家父的凶手。案子诉到彰化县衙，吴和尚受到莫勤的无理偏袒，林文察悲愤而去。深夜林家，林文察告诉母亲：“阿爹这仇不报，儿子就不能再立世为人！”

吴和尚家早有官军看护。林文察制服官军，闯进内室，终于手刃仇人。为打赢官司筹钱，吴姓家人将吴和尚家产判给吴亮。曾老先生则为林家写好状子，要拼出老命救出文察。何瑾派臬台赴台湾会同府县两级准备对林文察案三堂会审。彰化县衙师爷夜访吴宅，为吴亮打赢官司出谋划策。三堂会审开始了，一上来臬台就指责曾老先生越衙告状，要杖脊四十……

官府袒护，林文察被判三日内押送福州，听候处决。闻此判词，曾老先生倒在堂上……为救文察，琴娘当街拦轿喊怨，最后自杀于臬台面前。何瑾不得已只好把林文察关在台湾“不判也不放”。阿汕还了俗来到林家见到的是爷爷最后一面，关在狱里的林文察早把自己的生命看得很淡，慧济大师来告诉他：“抬起头，向前看。”丈夫被害，儿子陷狱，戴氏领着小儿子将林家撑了起来。七年后，江浙暴乱蜂起，左宗棠为筹军粮派孔昭慈赴台。临行前左宗棠交给孔昭慈一封姚莹写给林定邦的信，告诉他：“拿着这封信筹粮就没问题！”

孔昭慈赴台筹粮遇到莫勤的暗中阻挠，他从丁之建处打开缺口，并最终在为林文察平反怨狱的事情上参倒了莫勤，抓判了吴亮。林文察终于出狱了！孔昭慈征到了军粮，让林文察帮他护送军粮过海，苦苦撑持林家七年的戴氏再也不愿儿子离家历险，林文明也不愿让哥哥替官府出力，捅开了对林文察说：“什么建功立业，不就是想出人头地吗……”“啪—”林文察一个耳光打在林文明的脸上。

台湾也开始办团勇了，已被何景收买的丁之建鼓动曾阿汕拉起一支队伍。曾阿汕拿着林家的钱到福州找到大商人杨贽买回二百条枪。饭桌上，林文明满心想看看枪是个啥样子，可曾阿汕告诉他，枪已捐给官府了，二人激烈争吵。曾阿汕要离开林家了，林文察把十甲田的田契塞到他的怀里。曾阿汕用枪逼着米行老板用高价买走了十甲田，并用这些钱办起了自己的团练。林文明找到曾阿汕要枪，被曾阿汕叫人打伤。彰化码头，丁之建正组织人将粮食运往福建，被及时赶到的孔昭慈阻止，二人矛盾进一步激化。孔昭慈决定启用林文察。

孔昭慈说服了林文察帮他做事，但团勇仍掌握在曾阿汕和丁之建手里。丁之建想让曾阿汕将粮食偷运过海，孔昭慈再次阻止了他，二人终于决裂。林文察护送孔昭慈押粮过海，被左宗棠授予四品顶戴。林文察受命回台练勇，丁之建和曾阿汕也不得不到码头违心相迎。对林家忠心耿耿的阿三对文察说：“曾阿汕那人反骨可写在脸上。”林文察不以为然，仍然让曾阿汕当了团练副办，并开始招募自己的团勇。募勇的队伍里，一个后生问林文察：“草山堂吴姓的要么？”

河边草地上，新募的团勇练成了。林文察开始为浙江筹运军粮。福建官府和浙江官府的矛盾更加剧烈，他们用王命旗牌调林文察带领台勇到福建打仗，并让林文察台勇孤军陷阵。左宗棠过问了，何瑾责问提督，提督只得让罗总兵派台勇进山去找林文察。

台勇孤陷敌阵，林文察告诉大家：“我们一定要打，打赢了再走。”何瑾再次督师进剿，眼看又是一场败仗时，敌军却突然溃退。是林文察带兵端了敌军的老巢，立了大功。庆功宴上面对何瑾的拉拢，林文察冷冷地说：“我还是要为左大帅运军粮。”几年后，林文察已擢升为记名提督。为吸引敌军，左宗棠将自己置于险地，而把最重要的一路交给林文察来守。恰在此时台湾也发生了大叛乱，乱匪声言要在台湾建国，并指名要灭掉雾峰林家，情况万分危急。左宗棠急调林文明率一千军回台救援。严旨之下，何瑾也只得派丁之建和曾阿汕领二千军援救台湾。

乱匪逼进，戴氏组织林姓垦民坚守御敌。面对也被乱匪围困的彰化县城，孔昭慈将仅有的三千兵中派出两千援救雾峰。曾阿汕以援军太少为由不去彰化解围，林文明只好独自率军救援彰化，被敌所阻。彰化城破，孔昭慈自杀。林文察率大军登台，乱匪溃退了，丁之建和曾阿汕为抢功从西门抢先进了彰化。彰化道台衙门口，林文明与曾阿汕险些火拼，林文察赶来将二人一同罢官投入狱中。戴氏责问林文察为什么这样做，林文察却说他自己也正要辞官。何瑾受朝廷之命亲赴林家宣旨，请林文察出山，林文明大声对林文察说：“这个旨不能接呀！”

何瑾答应了林文察的三件事，林文察上任福建水陆提督。被撸得干干净净的曾阿汕给降了职的丁之建出主意：要干就干粮道，这就把林文察的命脉捏在手里。林文察上任后大力整顿军纪，曾阿汕暗中策划将八镇总兵贪墨军饷的事捅给林文察，从而激化了八镇总兵与林文察的矛盾。对林文察参奏八总兵的折子，朝廷只是让他率军即刻进剿。

得知林文察与福建官场矛盾恶化，左宗棠急派刘敖往见林文察，苦苦相劝。刘敖好不容易将八总兵和林文察叫到酒楼，林文察却当着刘敖的面告诉八总兵：“我林文察绝不跟你们同流合污。”刘敖走后，林文察再查八总兵的帐，却发现每一笔账都已改过。看着熟悉的笔迹林文察明白了。在丁之建处林文察见到了曾阿汕。曾阿汕讲出了一切，林文察却没有杀他，只让他把一封信带回去交给戴氏。漳州战场上，对官场完全失望的林文察只带八百人去打万山关，漳州收复后，林文察战死万山关。

林文察的灵位回来了，可战死的台勇的抚恤银子却总是拿不到。林文凤带人到道台衙门要饷和丁之建发生冲突被抓，林文明找到何瑾让他放人。林家被朝廷封了宫保第，台勇和林家似乎扬眉吐气了，戴氏却忧心忡忡。果然，为对付台勇，福建官府将丁之建、哈大庆和曾阿汕都派回了台湾。曾阿汕担任了台湾副将，一心要打压林家和台勇。为避免冲突，戴氏叫孙子林朝栋找福建巨商杨贽准备开发樟脑茶叶，以帮助被裁的台勇。可林朝栋到了泉州后却在少老板杨水萍那里受了冷落。

林文凤等人再到道台衙门要钱被曾阿汕压制。林文明怒闯道台衙门，曾阿汕叫兵抓林文明，林文明夺枪逼曾阿汕认错当面跪下，并写下还钱的字据。丁之建为转移矛盾让台勇们私征国税以抵欠饷，林文凤等虽看出官府用心，可为情势所迫也只得去收。泉州杨家，杨水萍因与姨妈赌气要给林朝栋一万块银洋。林朝栋见到杨贽正要谈生意的事，杨水萍进屋说：“什么生意也不能和他们家做。”林朝栋被迫回台。

林文凤等人把一份收来的税银送到林文明家，林文明说：“这不干不净的钱我不要。”林朝栋回家误以为这一切是林文明的安排，与叔父争吵。戴氏再领林朝栋赴泉州。杨水萍在货仓见到了戴氏，答应要帮林家。杨智到藩台衙门得知朝廷要整治林家的事，回来告诉女儿在这个时候不能帮林家。戴氏看出了杨贽的心思告诉朝栋：“生在林家就不要有太多的奢望。”泉州码头，杨水萍赶来要送戴氏回台湾。丁之建让曾阿汕带人去抓闹事的台勇，曾阿汕却告诉他的手下：只许打输不许打赢。林文明看穿了官府的用心，赶到码头让林文凤等人赶快回宫保弟。

哈大庆带兵包围了林家，适逢林文明的妻子去世。为了不让戴氏老夫人回家忧急，台勇吴力八和林阿培主动翻墙出去让哈大庆抓到了道台衙门。为救人，林文明连夜独自来到兵备道衙门，丁之建、哈大庆和曾阿汕早就设好了一个死局等着林文明。曾阿汕亲手枪杀了林文明，并在道台衙门放了一把大火，诬陷林文明兵变。戴氏领着林朝栋和杨水萍回到了台湾。惊闻噩耗，大家瞒着林文明的死讯搀戴氏回到了林家。受林朝栋求托，杨水萍担起了林家安排后事的担子……

杨水萍把林文明的死讯告诉了戴氏。林家大门口，扶着儿子的灵柩，戴氏吁天发誓要为儿子讨回公道。何瑾听到林文明死，怒责为什么不以平息为主。藩台臬台一起站出来替丁之建哈大庆开脱。听说杨贽的女儿在替林家做事，藩台找来杨贽大势责问，杨贽不能忍受对女儿的辱骂，搬出北洋水师压得藩台无话可说。曾阿汕为杀林文明的事也露出一些后悔，阿翠劝他卖了家产过安生日子算了，曾阿汕回言：那样的日子我是不会过的。老夫人执意要进京告状，杨水萍劝她说：“你没梦到二叔，是不是他也不让你老去呀？”

杨水萍要回去，戴氏让朝栋送她回泉州。看到女儿回来，杨贽真的动了气，责怪她居然帮着林家和整个福建官府斗，可看到女儿落了泪也就只好不往深说了。朝廷的上谕下来了，林文明被定为兵变。皇上大婚，福建官场的人都升了官，刚刚升任巡抚的藩台，怀揣上谕来到杨贽家，得知朝廷对林家的态度后杨贽吩咐立即给大小姐定一张去英国的船票。

丁之建带兵到林家宣旨，因有迹同造反的字样，林朝栋欲抗旨不接，戴氏强忍愤怒跪下接旨。准备坐船赴英的杨水萍听到杨三说杨家蒙难的事后，毅然转路去了英国领事馆找商务参赞达赫迪，商量到台湾与林家开发樟脑。杨水萍回到杨家，杨贽说：我没有你这个女儿！老夫人要进京告状，在门口被围守林家的兵丁所阻，戴氏让人拿出诰命，千总等人只好让开。曾阿汕得知老夫人要进京告状，让阿翠把林文察的信送到码头交给老夫人。戴氏病倒了。林家连遭不幸，朝栋独自来到祠堂痛哭：我们林家该怎么办哪？这时杨水萍来到了林朝栋的身边。

林家要竞包樟脑山，丁之建等人为和林家作对放出了吴亮，并从曾阿汕的手上抢走了阿翠的家产，与林家竞包樟脑山。为筹集竞包的钱，杨水萍到福州的杨家商行借钱。杨贽因担心日本人抓住他出钱违约从事樟脑生意的把柄，提前交代商行“一文钱也不准借给大小姐”。

因为看到樟脑的收益，福建巡抚授命丁之建勾结台湾府县官员自己做。哈大庆为给曾阿汕出气，百般阻挠吴亮不让他卖出家产。杨四在一家小客栈找到了杨水萍，告诉她说，台湾官府在勾结日本人在自己做樟脑了，让她不要再去借钱了。福州码头海边，四处借钱无门的杨水萍伤心的痛哭了。在回台湾的客船里，一位姓刘的老板找到了杨水萍，要和她做台湾的高山茶生意，并可先付十万银子的定金。彰化县衙大堂，吴亮得到了官府在背后的支持，在林朝栋拿出所有银子后，又比他多拿出一两！就在林朝栋承认竞包失败知府要给他立字据时杨水萍赶来了。

虽然增加了十万两银子，但是林家的竞包还是输了。日本领事以杨水萍的十万辆银票为证据将杨贽告到官府。林家没有竞到樟脑山，两位外国技师也只好离开了杨家，但这次离开却受到了垦民们的热情对待。林朝栋与杨水萍结婚了！第一次下厨的杨水萍为了给阿婆煮一碗五子登科搞得满脸是灰。为进京告状，老夫人再次来到码头。这一次竟是北洋水师的火轮亲自护送她去天津。巡抚告诉已升任闽浙总督的何瑾，是李鸿章在背后给杨家撑腰。同治帝患病，李鸿章也被恭亲王派人申斥。天津码头，杨四无奈告诉老夫人“我只能送您到这了。”

杨家也受到了牵连，所有的商行都被官府查封了。北京，老夫人将状子告到都察院，两位副都御使行文福建，福建官场决定抛出曾阿汕做替罪羊，但林文明的案子仍然未翻。抓曾阿汕的时候，阿翠已经分娩了。林家大院中，以为曾阿汕被抓，林文明的案子就能翻过来的台勇，在看到大少爷心灰意冷的进了院子时再次要去兵备道衙门闹事，被杨水萍阻止。

林朝栋彻底灰心了，要去北京接阿婆回来。杨水萍搜集了福建官场和台湾官场贪墨诬陷的罪证交给了林朝栋。北京两位副都御使也因此案牵涉太深，无法追究，只好准备马车送老夫人回台，老夫人执意不走，左副都御史告诉老夫人，你住到长沙会馆去，那会有人帮你。成老五等湘军裁勇帮戴氏见到了征战归来的左宗棠，这时林朝栋的证据也到了。两宫太后同时召见了戴氏，林家的案子终于得以平反。

老夫人回家了！杨水萍、几位叔公和力八和阿培都来迎候，看着新盖的门楼林家的人无不激动万分！阿翠抱着孩子找到了老夫人，老夫人把几甲田契放到孩子的衣服里。杨贽也带着刘老板和两位大夫来了。老夫人来到自家的脑寮、煤矿不停的看不停的问，终于病倒了。

戴氏自感已时日无多，让杨水萍把家里人都叫到了祠堂，临终遗嘱：“我们林家这个林字是两个木……一个木在福建，一个木在台湾……一个木是国，一个木是家……”老夫人历经七十多年的风风雨雨，将家国同构的遗训告诉了后人，安然而逝。中法战争爆发，为守住台湾，朝廷命刘铭传从安徽调一千兵立刻去台湾。但由于法军炮火所阻，刘铭传军使终未能抵台。为使刘铭传军能够登台，杨水萍提出把煤矿的股份让出一部分给英国人。随后杨水萍带着七个月的身孕渡海劝刘铭传更衣上船。刘铭传虽上了船却不愿在转让基隆煤矿的协议上签字，杨水萍急了：“你是钦差大臣，可以从权。”

为能协调好湘军和淮军守住台湾，林朝栋让林朝昌和自己故意翻脸。英国商船上，杨水萍在众淮军官兵“妈祖娘娘保佑”声中分娩了。刘铭传给孩子起名叫林资铿。基隆港口，刘铭传等人终于登陆。林朝栋与杨水萍相见。无数淮军官兵举枪送杨水萍登岸。刘铭传视查煤矿并下令封矿。准备与法军大战。

1884年7月法军来犯，仙洞岭等三座炮台首先被法军炮火所毁。刘铭传和林朝栋果断下令炸毁基隆煤矿。并表示所有损失都由北洋和林家来陪。法军再犯基隆，清军炮台被毁，法军登岸逼近煤矿。林文凤率勇炸毁了煤矿。林朝栋和清军一道与登岸法军展开激战取得胜利。当地士绅率当地民众前往慰问。为救沪尾，刘铭传率清军驰援。狮球岭只剩下了林朝栋的五百台勇。法军调一千兵猛攻。大雨中，栋字军与法军殊死搏斗。杨水萍及时带台湾百姓赶到。法军大败。台湾建省了，林朝栋出任了台湾抚垦局，樟脑专卖局和铁路枕木局局长。在他修建的第一条铁路上，他和杨水萍带着他们的孩子正迎接着台湾的未来。