魏忠贤欲前往祭坛替天子祭天，遇玄冥七剑刺杀，危机时刻其义子神机营第一杀手叶红影及时出手救出。以顾宪成为首的东林书院齐聚忠义之士，欲铲除宦孽。魏忠贤府上得到一装有东林党人名录的铁盒，奈何一直无法打开，他在皇上面前挑拨东林党人，欲一举清剿。东林书院惨遭灭门，顾宪成临终托孤，嘱咐忠仆马尚飞携官印带其孙儿顾仁愿奔赴辽东。花姨、杨冬晴藏身风月场所醉月楼也乃忠义之后，她们成功助马尚飞和顾仁愿逃出了叶红影的追杀。叶红影和杨冬晴交手时，发现竟是旧相识。

叶红影在和杨冬晴过招时认出了冬晴，冬晴开始寻找叶红影，袁崇焕得知东林书院惨遭灭门，愤慨不已决定从长计议，马尚飞携幼主顾仁愿及官印一路寻找袁崇焕将军，叶红影无意中与小偷结识，让他们找到马尚飞和顾仁愿身上的官印便赏银百两，小偷们把已经砍坏的官印拿给了叶红影，叶红影很生气，让他们七天之内找到孩子，九千岁来到江南被劫持，叶红影赶到救急，走在大街上的马尚飞和顾仁愿发现自己已被通缉。

明朝天启年间，奸臣当道，百姓陷于水深火热之中。东林党人意欲铲除宦孽，惨遭灭门之灾，危急时刻忠仆马沙基携幼主顾仁愿逃离危险之地。未曾想，二人却由于顾仁愿身上携带的惊天秘密而陷入更大的危机当中。一路行来，苦难重重，幸得忠良之后的武林中人杨冬晴、花姨等人相助，躲过步步杀机。追捕主仆二人的神机营杀手叶红影长期受奸臣蒙蔽，愚忠朝廷，不明正邪，妄杀无辜。

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杨涟入狱，叶红影前去探望启蒙恩师，杨涟苦口劝说红影改邪归正，终遭酷刑惨死。花姨告诉曾爱娣马尚飞是东林党的反贼，想让她离开马尚飞，曾爱娣却对马尚飞一心一意，顾仁愿和冬晴结拜为姐弟，在回家的路上冬晴看见了已被吊在大街上死去的父亲，欲救下父亲，叶红影打晕冬晴将其送回醉月楼，自称袁崇焕的十三铁骑来到醉月楼想把仁愿带走，花姨谨慎行事告诉他们仁愿已经不在醉月楼，冬晴醒来一心想要为爹收尸，被众人劝阻。

冬晴被花姨点住穴道，差点被黑衣人袭击，众人劝说下花姨解开冬晴穴道，冬晴立刻点住花姨出去给父亲收尸，马尚飞随后追出帮助冬晴，仁愿留下来帮助花姨解穴，最终在叶红影的帮助下，冬晴救出父亲的尸体，众人将杨涟下葬，曾爱娣的父亲看到了大家下葬杨涟，又看见街上有悬赏杨涟尸体的告示，本想去告密拿到赏钱孝敬师傅叶红影，却被叶红影制止。冬晴在救出父亲尸体后和叶红影对话，被十三铁骑其中之一听到，这个奄奄一息的人说出十三铁骑中必有内奸，花姨和大家决定在醉月楼这自称是十三铁骑的这三个人当中找出内奸，曾爱娣被花姨捆在醉月楼实则是暗中保护她。

曾庸抓到一只从醉月楼飞出的带着“醉月楼可疑”纸条的信鸽交给叶红影，花姨回忆起和故名将熊廷弼的相识相知过程，决定让马尚飞做她家的关门弟子，让他负起一个男人应尽的责任，保护好醉月楼。顾仁愿在院子里玩弹弓，石破天与其搭讪仁愿差点露出破绽，大家都怀疑石破天就是内奸，决定抛出假官印图文引诱石破天上钩，却有他人盗走图文被赶到醉月楼附近的叶红影杀掉，冬晴认为叶红影是其杀父仇人，欲将叶红影杀掉但内心却不忍，花姨用银针封住叶红影的穴道，仁愿苦苦哀求不要杀掉叶红影，大家将叶红影带到醉月楼关入了柴房。仁愿一心想救叶红影把他当好朋友，叶红影趁机想利用仁原找出冬晴他们想找的内奸。

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打斗中，冬青等人带着季雨莲的丈夫和女儿赶到。脱胎换骨的血刀抢走了龙袍，叶红影追了上去，两人展开激烈决斗，最终血刀落败。孙大人进宫见到皇上，皇上下旨重建东林书院，为顾宪成、杨涟平反，流放魏忠贤。厉公公背叛了魏忠贤，魏忠贤被押往前去守陵，叶红影前去看望魏忠贤，但他依旧执迷不悟，选择了自尽。皇上听进李公公的谗言，将袁崇焕召回京城。众人抛开一切，决定浪迹天涯，踏遍江湖。