三名昆虫系的大学生在暑假之际结伴进山，却发生意外坠入山谷。三人找不到出山的方向，也无法与外界取得联系。陈冠强由于伤口发炎引起高烧，杨瀛太负责照顾陈冠强，许睿丞只好独自一人寻找出山的路。起初，性格各异的三人本没有什么共同的交集，最终却在一堂生物课上巧然结识。三人被老师分到一组共同完成学业任务，其中一件就是参加除虫公司的工作。

三人完成一次除虫工作准备返回公司，途中一位老伯请他们帮忙除掉家里的蜂巢。睿丞爬上梯子跃跃欲试，却不料突然昏倒摔了下来。暑假结束后三人进入了大学二年级，冠强和瀛太搬进了睿丞的宿舍同住。系主任在新学期布置了相当繁重的学业任务，三人苦中作乐制作了和推粪金龟有关的搞笑照片，却引起了系主任的不满。

睿丞跟踪嘉瑾了解了她的生活状况，原来嘉瑾四处打工赚钱是为了帮助家里减轻压力。昆虫系的三人为了和嘉瑾成为朋友，他们主动帮助嘉瑾的父母招揽生意。嘉瑾起初不愿接受三人的帮助，嘉瑾的父亲打消了女儿的疑虑，三人最终和嘉瑾结为好友。昆虫系的三人邀请嘉瑾为他们拍摄形象照片，在这个过程中嘉瑾跟三人慢慢熟悉起来，睿丞也如愿以偿和嘉瑾开始交往。

瀛太邀请博士班的谢以茗帮助他补习大四的功课，以茗同时也是昆虫系新来的导师助教。昆虫系的三人很快便和以茗相识，而以茗竟然是睿丞的初恋情人。以茗负责昆虫系的相关课程，她将班里的学生分配到农场实习，但睿丞却因对蜂蛰过敏不能参与。睿丞来到医院检查过敏原因，主治医生是瀛太的哥哥启太，启太称睿丞已经摆脱了过敏症状。

有同学在学校宿舍外发现了胡蜂蜂窝，三小虫得知此事后欲独自将蜂窝处理掉。睿丞在捕蜂过程中不慎被胡峰蛰伤，其余两人立刻将睿丞送往医院。睿丞在经过一段时间的昏迷后终于出院，主任要求三人重修蜜蜂管理学。以茗为帮助三人获得主任的原谅，她带着睿丞来到主任的家里。主任家的茶园受到害虫的侵害，以茗提议让三小虫来茶园帮忙消灭害虫。

以茗回到家中后专心治理茶园中的虫害，而她的心里总是放不下女儿乔乔。以茗曾经认为她可以同时兼顾家庭和学业，可如今这种想法却产生了动摇。三小虫为帮助以茗付出了很多时间来照顾乔乔，这导致他们在治理茶园害虫方面出现了疏漏，以茗表示会对此事负责，她同时向主任提出了休学的请求。

睿丞的爸爸阿丰伯得知儿子的蜂群管理学未能通过，他特地来到主任家里向三人传授养蜂的经验。三小虫请求阿丰伯替他们向主任求情，主任终于肯原谅三人犯下的错误。阿丰伯知道睿丞在暗恋以茗，他在闲聊中叮嘱睿丞要好好对待以茗。瀛太在生活上经常会照顾嘉瑾，这使得嘉瑾对于瀛太慢慢产生了好感。

在大山中意外走失的三小虫终于全部获救，各方媒体纷纷到场采访，三人进山的原因也随之公之于众，与此同时，已经销声匿迹很久的宝岛蝉终于再度出现。主任在事后并没有对三人的行为经行追究，他反而邀请冠强进入他的研究组参加攻读博士班的机会。三人出院后，以茗的妈妈准备将茶园改成民宿，而以茗也将正式休学回到家中照顾乔乔。

朗元对于冠强的学业抱有厚望，而冠强却没有在他的研究上有所突破，这让朗元感到十分不满。冠强的母亲美好作为一名教师深知朗元的心情，两人在对待冠强的问题上也持有相同态度。朗元和美好相处了一段时间后渐渐产生感情，冠强却极力反对两人交往。睿丞和瀛太帮助冠强破坏朗元和美好间的感情，最后还是以失败告终。美好即将退休，她告诉冠强要注重学业，而不要因为她的事情而受到影响。

朗元和美好经过登记正式结为夫妻，众人在当晚为这对新婚夫妇举办了婚礼。冠强虽然接受了美好的婚事，可他的心情却显得十分低落。晓筑陪伴冠强渡过了一个整晚，冠强得到晓筑的安慰心情有了好转，晓筑也正式向冠强表白。朗元和美好出国共渡蜜月，玉涵和乔乔受到朗元的邀请一同前往，睿丞的爸爸也加入了其中。几人走后，民宿的开业重任就落到了以茗的头上。

嘉瑾的父母专程来到虫音居看望嘉瑾，可嘉瑾却不愿与父母相见，原来桂氏夫妇将要投靠在加拿大的亲戚，嘉瑾因此和父母产生了矛盾。桂氏夫妇之所以前往加拿大是因为桂先生考取了管理饭店的资格证，两人认为在加拿大可以得到更好的发展，可嘉瑾却不愿父母放弃之前经营的摄影店，但此刻桂氏夫妇已经订好了飞往加拿大的机票。

桂国雄在打工时中暑昏倒，美媛这才向嘉瑾说出实情，原来摄影店的老板遭在几个月之前就将桂国雄辞退，迫于生计的桂氏夫妇只好选择到加拿大投靠亲戚。嘉瑾知情后决定和父母一起到加拿大生活，三小虫帮助嘉瑾完成了她之前写下的心愿。嘉瑾希望睿丞将她挽留下来，但睿丞此刻已经爱上了以茗，瀛太希望自己成为嘉瑾留下来的理由，他在嘉瑾出国前一天的晚上终于表白。

嘉瑾因为瀛太的挽留并没有同父母出国，她选择回到了虫音居和大家一起生活。幼儿园周边出现了红火蚁，园内的老师想独自处理蚁群却被咬伤，晓筑向三小虫求助，三人赶到时发现启太已经在帮老师治疗伤情。启太来到虫音居暂住，他的全部家人随后也将来到虫音居度假。瀛太一直在准备学士后医的考试，启太则认为瀛太可以选择其他的职业谋生。

冠强将自己的研究题目交给朗元查看，朗元劝说冠强不要因为恋爱而影响到学习，这使得冠强对朗元感到十分不满。嘉瑾深知瀛太一直在有事相瞒，她一气之下将瀛太的学士后医准考证扔到了红火蚁的蚁窝之中，瀛太无奈之下只好向众人道出了自己放弃考试的情况。启太准备离开虫音居却突然晕倒，瀛太在看到启太的药单后恍然大悟，原来启太早已经身患癌症。

启太满足了和瀛太共同露营的心愿后离开了虫音居，瀛太则取消了提前毕业的念头打算与冠强和睿丞共同毕业。玉涵带着乔乔到医院进行身体检查，医生经过诊断后确认乔乔已经不再属于有着心理障碍的儿童。以茗开始协助朗元对木宁村的树冠层昆虫进行研究，众人得知此事后纷纷表态要帮助以茗一起收集昆虫资料。睿丞假装成以茗和刘尚伟在网络上展开对话，却不料没过多久就被刘尚伟识破身份。

昆虫系和巴黎昆虫馆正式签约合作，以茗将在木宁村对树冠层昆虫进行研究，但由于乔乔的病情需要有人照顾，以茗只好将手头的工作暂时交给冠强处理。睿丞极力劝说以茗继续投身研究工作，并表示他会帮助以茗照顾好乔乔。以茗的前夫刘尚伟独自来到木宁村展开研究，他声称要和睿丞同时追求以茗。睿丞发现自己在对待以茗的问题上完全输给尚伟，而尚伟此时也提出了要带以茗和乔乔回法国的想法。

尚伟因为忙于昆虫的研究将乔乔一人留在了森林中，这件事惹得以茗十分生气，而尚伟也一再向以茗表示歉意。尚伟要回到巴黎昆虫馆作研究简报，他和乔乔离别的场面让以茗十分不忍，以茗为了能让乔乔得到失之已久的父爱，她拒绝了睿丞的追求和尚伟再度和好。三小虫将睿丞爸爸制作的蜂蜜拿到街上售卖但却无人问津，几人并不知道其实冠强一度在暗中帮助虫商抓取保育类昆虫。

冠强因贩卖保育类昆虫被捕后向警方缴纳了高额的罚款，这件事引起了众人的不满，冠强声称卖虫赚钱是为了怀孕的晓筑，而他也放弃了攻读博士的机会开始创业打拼。新学期伊始，睿丞已经是昆虫系大四的学长，在一次对新生的课外指导中，睿丞遇到了刚刚回国的以茗。冠强一改往日的学生模样变成了地地道道的商人，三小虫之间的关系也因此产生了裂痕。

朗元因为冠强的一意孤行终止了研究昆虫的计划，双方之间的父子关系也已经名存实亡。以茗陪伴睿丞渡过了她在木宁村的最后一晚便悄然离去，这让睿丞感到伤心不已。五年后，睿丞成为了一家房屋中介的销售冠军，以茗想通过睿丞的帮助卖掉虫音居中的房屋。三小虫的感情纷纷受挫，嘉瑾向瀛太提出分手，以茗表达爱意被睿丞拒绝，就连晓筑也无法忍受冠强的行为而执意离婚。

三小虫在生活和感情上遇到了前所未有的困境，睿丞和瀛太邀请冠强一起上山抓虫，经过一晚的相处过后，三人开始重新审视各自的人生。冠强回到家中反省了自己的错误得到了晓筑的原谅，嘉瑾也因无法割舍旧爱与瀛太再度和好。以茗在返回法国之前被众人带回了虫音居，她意外的发现虫音居已经被睿丞买下，睿丞的这个行为深深的打动了以茗，分离多年的两人也终于重修旧好。