大理皇宫突发事故，公主段芯瑶的寝宫遭祝融肆虐，芯瑶阴错阳差躲过死劫。芯瑶母亲蓉妃觉得事件不单纯，为保护芯瑶，决定送芯瑶离宫去宋朝探望外公，于是命国师高升维、喜儿一路负责保护芯瑶，路上遇到神秘浪人史翱翔同行。却没料芯瑶途经通天府时，碰到花魁选拔活动，还因此遇到离奇凶案，惜春阁的花魁选手花弄影莫名死去，而目击者竟指称凶手是双面人魔，捕快柳皓轩随即赶来查案缉凶，一旁的芯瑶也决定协助侦破此案。

同为花魁选拔活动的竞争对手玉檀秋最有杀人动机，但却没有证据证明案子跟她有关。更离奇的是花弄影的外伤并不足以致死，反而中毒才是真正死因，诸多线索让案情陷入胶着。双面人魔偷偷进到玉檀秋房内把她杀死，不过却留下一个血字“双”，众人均怀疑又是双面人魔作案，但芯瑶发现两案手法不同，案情更离奇。玉檀秋的下人子鸢突然崩溃，跑去报官指称捕快柳皓轩才是杀人凶手，官府立即将柳皓轩解职带回府衙公堂审问。

子鸢表示柳皓轩跟花弄影早有私情，其实花弄影原来想借着花魁选拔获得赏金为自己赎身，并与柳皓轩私订终身。子鸢认为也因此在花弄影死后，柳皓轩就怀疑是玉檀秋所为，才会对她下此毒手再伪装成双面人魔犯案替花弄影报仇。同时又发生怪事，本来要超渡花弄影的和尚心觉说花弄影的尸体莫名消失。诸多迹象显示捕快嫌疑重大，于是柳皓轩就被关入大牢，屈打成招。芯瑶觉得事有蹊跷，表明大理国公主身分介入查案。

经抽丝剥茧芯瑶发现花弄影没死，而是借中毒假死消失在世上。因为花弄影知道，即便自己有办法赎身，惜春阁的嬷嬷也不会放她离去，才想出假死换得自由。双面人魔是帮花弄影“尸体”超度和尚心觉所伪装，心觉因头上生有一个巨大的瘤子，作案时他将瘤子画上五官，才让人有双面人魔的误会，更惊讶的是两人其实是兄妹，而两人跟玉檀秋有仇，才会狠下心下手。最后柳皓轩选择与花弄影在大牢殉情，让芯瑶等人看得不胜唏嘘。

芯瑶等人在路上与山贼交战，遇上繁花谷少主杜夏志、随从薛然拔刀相助，芯瑶等人相当感谢。双方别过后，夏志于赶路时发生意外，夏志重伤面目全非、身上长满花，薛然亡。芯瑶发现后决定送夏志及薛然遗体回繁花谷。芯瑶本以为夏志已无可救药，没想繁花谷谷主杜灵却还有神秘疗法，有机会让夏志活过来，然史翱翔却觉得事情有些古怪。殊不知尸体与花两者关系有着神秘关系，而这一切与杜灵密室里的花有极大关系。

夏志无法熬过难关往生，芯瑶却从蛛丝马认定夏志是他杀，杜灵知道芯瑶能力后请她查案。没想芯瑶竟发现繁花谷可怕诡异秘密，原来繁花谷不少病人身上都被种下花籽，有些病人还从身上开花，还有人饮用这些花的花茶。之后芯瑶竟消失不见，史翱翔、高升维则分头找芯瑶。最后找到杜灵那，没想到芯瑶好好地。两男这才知全是一场误会，原来此花叫尸语花，是有治疗功效，只要它们能在人体里生长开花，此人即便将死也能回生。

经过一番调查后，芯瑶发现杜灵管家薛云在夏志往生那天受伤，夏志指甲内也有薛云的皮肤组织，这下才将事件拚凑起来，认定真凶是薛云。薛云认为夏志害死自己亲儿子薛然，才痛下杀手，却没料他杀的其实是自己儿子。原来夏志坠谷前，因薛然被雨淋湿两人互换衣服，坠谷后夏志死亡，薛然则因毁容，与衣服关系被误认为夏志被带回治疗。薛云因仇恨，以为杀了夏至，其实他杀的是自己儿子，是以至此，薛云崩溃不已。

芯瑶等人到了石泉郡，遇到高升维旧友铁匠罗刚，没料双方聊到一半，罗刚竟吐血而亡，经查证竟是被下毒的。此事也引起地方官宋茅注意，审案时充分展现昏庸愚昧，被芯瑶痛斥一顿，于是直接插手此案。诡异的是几天后竟有人看到已死的罗刚现身打剑，而隔日铁铺一把将军剑变得更锋利，铁铺里的员工人心惶惶，高升维表示曾听闻，有些剑有自主意识般的会操控人去杀人，担心这与罗刚回魂造剑有关。没料，夜里宋茅却收到一个神秘的物件。

宋茅隔日凭着昨夜收到的物件做证据，逮捕罗刚养子罗时光，认为罗刚是他杀，却因忽略许多疑点，反被芯瑶等人痛骂。芯瑶凭线索限缩，认为诬陷罗时光的应是同为罗刚养子石鑫，与罗刚亲生子女：罗匀、罗彩其中一人所为。将军剑竟又出鞘分别伤了罗时光、罗匀、罗彩。但经芯瑶等人调查发现罗彩、罗匀、石鑫都有杀罗刚的嫌疑，此时，高升维有了想法，同时剑魂又出来犯案，这次他想刺向石鑫。

凶手被预先埋伏的高升维阻止，众人才知先前发生的事全是罗时光被剑魂附生所致。高升维为厘清真相，决定召唤罗刚魂魄夜审办案，并与芯瑶智取套话，没料罗匀、罗彩、石鑫同时招认自己毒害罗刚，嫁祸罗时光的则是石鑫，这结果让罗刚痛哭。众人才知他没死，原来他在中毒时就被高升维救活，所以想设计假死骗出凶手。后来假死醒来，因手痒才会让人看到他在打铁。至于剑魂附生时光，只是时光听闻高升维剑魂故事，藉此想逼出凶手的手法。

凶手被预先埋伏的高升维阻止，众人才知先前发生的事全是罗时光被剑魂附生所致。高升维为厘清真相，决定召唤罗刚魂魄夜审办案，并与芯瑶智取套话，没料罗匀、罗彩、石鑫同时招认自己毒害罗刚，嫁祸罗时光的则是石鑫，这结果让罗刚痛哭。众人才知他没死，原来他在中毒时就被高升维救活，所以想设计假死骗出凶手。后来假死醒来，因手痒才会让人看到他在打铁。至于剑魂附生时光，只是时光听闻高升维剑魂故事，藉此想逼出凶手的手法。

来缝衣的丫鬟竟把自己皮肉跟衣服缝在一起最终血肉模糊而亡，后打听下才知这衣裳早已害死多名主人，死法皆是被吸干了身上的血肉。芯瑶惊觉诡异，打听小白九相关线索来到酒楼。才知枫溪与小白九初见于酒楼就相爱，两人成亲后，枫溪竟发现小白九心中还有别人，因忌妒两人疏远，怀孕生子后仍无改变，枫溪于是又娶二房桑梓，小白九最后抑郁自杀。消息打听到一半，酒楼戏伶温陵也传出被吸干了身上的血肉而亡的死讯。

经一番调查后，才得知戏伶们是死于一种甘霖食物里的吸血寄生虫果腹，且遇酒特别有活力，才导致戏伶们被吸干身上血肉的状况，衣裳只是碰巧背了黑锅而已。而林家下人缝衣惨案，是因为新换的灯油羊油灯与衣裳上残留的香粉龙蜒香生化学作用导致使人产生幻觉。事后，枫溪也才发现，小白九心有所属的人其实因方言读音不同，实际指的就是枫溪自己，这才发现一切悲剧都是场误会所致，枫溪更对不起小白九了。

芯瑶等人来到普安城，参与退休老臣杨忠独子杨哲的大喜之事。没想筵席上竟有鬼火从天而降。民众吓得落荒而逃，唯独杨哲冲着鬼火直呼萱儿，说是自己害死萱儿，要萱儿带他走。鬼火消失后，芯瑶等人才知道城中有鬼火作祟自行寻凶一事。然杨哲说自己是凶手引起芯瑶注意。原来杨哲本与萱儿相爱，女方始终顾忌两人身分悬殊，所以杨哲想约萱儿私奔，结果萱儿没赴约也罢，隔日还被人发现溺水而死，所以如今鬼火出现，杨哲才会有如此反应。

芯瑶等人开始办案，高升维从线索发现这鬼火非天然形成而是人为所致，此外，芯瑶也发现萱儿溺水之处非第一现场，且有人指称，该处案发时曾听闻争执声，只是不知是谁，于是芯瑶用杨哲当饵引出操弄鬼火的真凶，竟发现一名叫骆东离的人，这才知道骆东离与萱儿是兄妹，东离怕外貌恐怖会害萱儿被人排挤，选择隐身，所以连杨哲也不知他。而东离一直利用鬼火追凶传言想逼出凶手，后来知杨哲是无辜的，求芯瑶查出真凶，芯瑶心生一计。

芯瑶公告要在案发现场找一枚重要证物，以逮嫌犯，果真引出地痞无赖吴狗子。吴狗子这才坦承，当日确实有强迫萱儿，但她抵死不从，才会意外跌入水中溺亡，但地点跟杨哲相约处兜不拢，直到找到萱儿遗物时，才发现萱儿手中的私奔信地点有异，比对后发现是父亲杨忠伪装自己笔迹写给萱儿的。原来，唆使吴狗子轻薄萱儿的人，就是杨忠，为的是想塑造萱儿水性杨花的假像，好让杨哲放弃萱儿，没想促成意外，这场事件也才告一段落。

芯瑶一行人来到大理天水郡，得知在地百姓王宝老婆在紫草山失踪，于是芯瑶决定帮王宝前去寻人。五人进入紫草山后，莫名陷入迷天混沌阵的阵法中产生幻觉，幸亏被高升维化解，顺利找到一个神秘村落。询问后得知，这村叫做东神村。百年来一直过着的封闭生活，村长职务是家族世袭制，也负责用阵法隔绝村子。入村后，王宝到处找阿绿，寻找到最后一户人家天海，天海看到王宝妻子画像惊。

天海表示东神村曾有个名叫天枫的女子，和阿绿有几分神似，但几年前天枫意外失踪，两人实属不同人。最后王宝仍无阿绿下落，颇失望。此外，芯瑶等人还发现村民半数面无血色、畏光，也都在夜里行动。尤其天海来找村长为小孩治病，却说需要「东西」，言行隐晦颇为神秘，让芯瑶相当狐疑。但在村长敷衍下，芯瑶等人也不便说甚么，便下山去。后地方官裴洵希望去东神村登录户口，芯瑶等人跟上山去，这回才发现东神村几乎都近亲结婚。

高升维表示近亲结婚容易引发病变，东神村民畏光阴虚的体质便是源自于此。后来喜儿意外撞见村长的秘密，差点遭不测，幸亏高升维化解危机。村长夫人知大势已去，于是表明阿绿其实就是天枫，当年违反祖训逃出，直到之前上山采药被发现抓回去，为守护东神村人的血脉纯正，想拿掉怀孕天枫的孩子但在过程中意外死了。芯瑶后来也才发现，村民其实得了紫质症的罕病，所以村长得透过阵法从迷路山民中取得鲜血，在村民发病时供给村民喝。

芯瑶等人来到开南城，出现变态杀人魔，只要临夜笛声一出，就有女孩遭殃。且被害者皆年轻的少女，手法一样，惨无人道。而在地富商徐瑞知道此事后，慷慨解囊，协助受难家属所有善后。同时，也积极组织夜巡队，帮忙巡逻，当地人对他评价甚高。但县官杨和使出浑身解数仍没有办法缉凶归案，杨和向芯瑶求救，无奈凶手是随机犯案，除手法相同外毫无共通点，留下的线索也很少，众人一筹莫展，史翱翔提点了芯瑶，让她有了些想法。

芯瑶出马查案，隔日又出现死者，这让芯瑶相当气愤。某日，芯瑶等人因故遇到村民织芸，顺道帮她母亲治病，双方一见如故交谈甚欢，没料不久换织芸失踪了。隔日官府就发现织芸尸体，芯瑶打击甚大，但仍无法阻止公主破案决心，芯瑶不顾反对，用自己当饵引出凶手。夜里芯瑶现身，并让史翱翔埋伏跟着保护。不过一直没真凶下落，芯瑶认为凶手很聪明，若有埋伏肯定不会犯案，于是擅自摆脱史翱翔。

果真凶手出手掳走芯瑶，但芯瑶非常机警，见凶手喊他素素，知他精神异常，认定凶手是过度思念名为素素女孩才犯案，于是使计拖延时间。另一头史翱翔等人透过织芸遇害时的线索搜索芯瑶，总算在危急时刻救出芯瑶，也逮住真正凶手。原来凶手是徐瑞的儿子徐彬，因爱上下女，被父亲反对，后来该女另嫁他人，导致徐彬精神失常。下女喜欢徐彬吹笛，就成了徐彬报复女性的一个标记，徐彬不断犯案，徐瑞知道已来不及，只好尽力帮助受害家属。

芯瑶一行人来到平宁城，却看到以「海市蜃楼」方式出现的空中幽灵船，然当地有幽灵船会吃人传说。此外，芯瑶也发现在地居民物价很高，起因全是地方官赵全高税金所致，导致许多人去当乞丐，其中一个乞丐平儿偷了芯瑶的钱袋后，因受伤被窃盗集团首脑丢弃在山里，同伙不舍他可能被幽灵船吃掉，乞求芯瑶协助，于是芯瑶率人去救平儿，但却怎么也找不到，连幽灵船也未现身，最后怀疑与天候有关，于是打定主意待天候允许再上山。

天候大变幽灵船果真现身，但芯瑶在天候视线不佳时竟凭空消失，紧接着赵元也失踪，史翱翔根据迹象判断赵元很可疑，按线索带大家到一座隐密山寨。芯瑶被软禁，被一样是抓来的云娘照顾，此时，高升维等人率兵攻入，赵元也出现，这才知他真实身分是山寨副寨主：陈碧山，真正的赵元被他挟持管理山寨，陈碧山挟持芯瑶，高升维等人只好暂时撤退。芯瑶后来也发现平儿，他被救来后，日子过得很好，竟不愿回去了。

芯瑶才发现云娘是山寨首领，云娘希望承担一切罪刑，求芯瑶放过其他人，因为大家都是被生活所逼。原来云娘等人是大宋罪人亲属，终身发配边疆劳役。五年前云娘等人成功逃出大宋，一群人便落脚此处，因土地贫瘠，只好干起土匪勾当。之后发现海市蜃楼现象，便藉此传说为掩护，偶尔发现遭人丢弃的孩童，也会捡回照顾。至于村民食人传说，也只是山难百姓，出于好意才送下山让人认领，却意外让人误会，事件总算落幕。