在查尔斯顿的外围地区，Mason一家人和第二独立团的其他幸存者以为他们安全了……但一种新的Espheni战争机器迅速打破了短暂的宁静。这种可怕的东西是第二独立团以前从未见过的，他们在敌人的攻击之下伤亡惨重，Mason一家人失散了。现在他们每个人都必须建立新的人际关系，学会新的生存技能。糟糕的是，他们将面对比Espheni更可怕的新威胁。

Anne的游击队没日没夜地赶路，有些人因体力不支而瘫倒在地。一个突击者侦察兵突然出现，Anne开枪将其打伤。通过Denny的“翻译”，Anne了解到外星人正在对人类的青少年进行“再教育”，以便让他们尽快融入“混血儿”领导的新秩序。Anne坚信这个突击者所说的“混血儿”就是Lexi，于是愤怒地杀死了它，仍然与它进行意识连接的Denny痛苦地倒在地上。Denny醒来后告诉Anne“每当他们说道混血儿的时候，突击者就感觉非常恐惧”、“西方一团黑暗”。Anne相信Lexi就在西方，她将带领游击队向西进发。

Tom和第二独立团精心策划了一个逃离Espheni集中营的方案。与此同时在中国城，Maggie从Ben口中得知Lexi隐瞒了一个可怕的秘密，于是公开向Lexi提出质疑。在Espheni青年营中，Matt试图劝说Mira放弃危险的逃跑行动。Anne和她的游击队在森林中长途跋涉，Anne突然回忆起自己和Karen（JessySchram）在Espheni中心塔楼上的发生的一件事，关于Lexi的惊人真相终于曝光。

Tom和第二独立团的幸存者逃离Espheni集中营之后决定前往Volm藏身地寻求庇护，这导致Volm和人类的关系更加紧张。Tom和Weaver、Cochise启程寻找Matt，留下Hal维持秩序。与此同时在中国城内，Anne终于与Lexi团聚，但她很难接受眼前的事实。6个月前还是个小女孩的Lexi如今已经长成一个成熟女性。

从Espheni青年营救出Matt之后，Tom在树林里遇到两个神秘的陌生人。他们袭击他和他的家人，随后让他踏上一条充满暴力的危险旅程。Hal试图带领幸存的Volm和第二独立团成员前往一个看似安全的地方，但他们获得成功的可能性非常小。Lexi和Anne难以统一意见，这产生了危险的结果。

在经过数月的分离之后，Tom终于与家人和第二独立团重聚了。但是Tom的喜悦只维持了很短的时间——因为Lexi的混血DNA给她带来一场健康危机。这场危机导致家庭成员之间发生矛盾。当他们为Lexi的健康状况而犯愁的时候，他们之间的裂痕也越来越明显。为了救女儿，Anne决定采取极端手段。

Lexi变得比以前更强大，也更冷血无情。Tom和第二独立团必须与Volm团结协作才能阻挡大举进犯的Espheni军队。这是该剧到目前为止规模最大、场面最状况、结果最惨烈的一场战斗。

击退外星人的大规模进攻之后，第二独立团必须从废墟上重新爬起来收拾残局。Maggie为生存而战（她被倒塌的废墟砸中，可能从此瘫痪），Hal则为Maggie而战。与此同时，Tom和Dingaan（TrevaEtienne）与第二独立团的其他人失散了。他们被埋在沉重的碎石之下，一艘敌军飞船是他们获救的唯一希望。

第二独立团的成员打算挖掘出被射落的Espheni轰炸机，与此同时，Tom和一支小分队跟随Volm前往一个秘密资源储存处寻找能加快挖掘进程的装备。他们在路上遇到了一个朋友，但他们不知是否该信任她。留在营地里的Ben教Maggie掌握控制「新能力」的方法，他们的关系因此变得越来越亲密。Pope和Sara继续吵嘴，结果引发了一场他们可能永远无法恢复元气的争斗。

Tom和第二独立团的剩余成员决心学会驾驶Espheni轰炸机——这将是他们摧毁Espheni能量核心的计划中的关键步骤。他们采取抽签的方式来决定由谁执行这项危险的任务。眼看死亡近在眼前，一些长期隐藏的矛盾终于暴露出来，许多人相互间发生激烈对峙。在解决这些矛盾之后，第二独立团变得比以前更加团结。

Tom开始执行摧毁Espheni能量核心的任务，但Lexi的回归令情况变得复杂。一架轰炸机出现故障之后，Lexi被迫采取极端手段来拯救她父亲的性命……同时也拯救她自己。与此同时，第二独立团的其他成员担心被烧伤的Espheni领主随时会对他们发动新一轮全面攻击。

确保人类生存下去的重任全都落在Tom和Lexi肩上，他们必须击败Tom的死敌并设法摧毁Espheni的能量核心才能获得成功。与此同时，一种新型的、更加可怕的Espheni炸弹被投向第二独立团藏身的中国城，第二独立团的成员全都失去了行动能力，只能乖乖地束手就擒，等待他们的将是「被改装成人类突击者」的厄运。