纪晓岚邀请县宫张万节着便装与自己外出吃饭。席间，不明真相的饭馆老板在纪晓岚的询问下痛斥张万节花钱买官、鱼肉百姓。张万节羞怒交加却不好发作。送走纪晓岚后张万节下令逮捕饭馆老板以报当日蒙羞之仇。纪晓岚和小月返回饭馆，告知老板真相，老板深感大祸临头。纪晓岚让其配合自己施计并保证其毫发无伤。面对前来抓捕老板的衙役，扮作乞丐的纪晓岚大骂张万节，被一同押走。

左山傀与赵文龙密谈关于作弊之事，恰被前来煮酒的赵青听到。她想到哥哥赵新进一心读书以图出人头地，不禁心酸。纨绔子弟吴盛钦调戏赵青，赵新进赶到想要阻拦。吴盛钦妄言恩科实为买卖，赵新进深受打击。江南总督敏德与左山傀、赵文龙摆宴迎接和珅，共商考场舞弊之事。没想纪晓岚突然赶到，三人只得假意相陪，并让赵青煮酒助兴。赵青当即吟诵纪晓岚的诗词以表敬佩，并私下告知纪晓岚此次恩科定会有舞弊现象。

左山傀无意中提到香积庵，纪晓岚与赵青前去探访。考场之外，和珅与敏德三人当着小月做出严查之势，实则根据考生文具上的标记，使那些花钱作弊的考生顺利进入考场。正当和珅得意之时，纪晓岚赶到，将敏德手下负责搜检考生的兵丁全部调换，并重新进行检查，将已经蒙混过关的考生查出。赵青诧异于吴盛钦没有参加恩科考试，吴盛钦却表示自己以重金贿赂考官，不用考试也能坐上官椅。

众阅卷官宴请纪晓岚，暗地给纪晓岚的汤里下药。赵文龙假装与和珅有秘事商谈，小月中计，跟随两人到澡堂。和珅故意斥责纪晓岚沉迷女色，与赵青关系暖昧。纪晓岚药性发作，昏睡过去。左山傀带领众阅卷官将原始考卷搬走，并造成纪晓岚抽烟失火的假象。小月越听越气，赶回贡院要向纪晓岚问个究竟，却发现纪晓岚房里失火，于是奋不顾身将其救出。为了找寻徇私舞弊的证据，纪晓岚带乾隆前往香积庵。

乾隆被了凡的绝色容貌所迷惑，喝了被下了药的茶而昏迷，也被关进地牢。得知皇上和纪晓岚同在地牢，和珅深感大祸临头，于是与敏德商议先发榜，然后再杀了凡灭口以瞒天过海。敏德佯装要放了凡生路以骗得考试所收的财物。了凡料到自己难逃厄运，便交给敏德一个空箱。待敏德发现，为时已晚。乾隆对香积庵里的蹊跷之处感到不解，纪晓岚道出此庵正是考生、考官行贿受贿的交易场所，并恳请皇上不要打草惊蛇

纪晓岚坚持让乾隆追查以抓出幕后主谋，乾隆认为纪晓岚没有真凭实据难以信服。赵青斥责乾隆昏庸，乾隆在和珅的挑唆下欲治她的罪，纪晓岚甘愿替赵青接受惩罚。小月与赵青相互倾诉对纪晓岚的情意，两人尽释前嫌，成为好姐妹。和珅传旨纪晓岚被革职。纪晓岚颇感失意，询问赵青是否愿意与自己归隐山野。赵青以江山社稷为重，拒绝了纪晓岚。

了凡记录下来的涉及徇私舞弊的人员名单显示敏德正是首贪。看到确凿证据，乾隆下令抓捕敏德。收到和珅的消息，敏德连夜逃走。纪晓岚建议乾隆从严查处涉案人员以警示世人，并重新阅卷以示公正。赵新进看到自己榜上有名，欣喜不已。敏德借和珅之名要见纪晓岚，纪晓岚不知有诈，被敏德袭击。关键时刻，赵青救了纪晓岚一命，自己却受伤。乾隆下令斩首敏德，并决定重开恩科。

书院承诺，只要考上本院便可分文不收，还保证中举。正在纪晓岚惊诧之时，穷书生徐有庆闯进考场，痛斥科举考试的黑暗之处。纪晓岚感叹徐有庆才智兼备。经小月打探，此书院的赞助人为“驴肉先生”。纪晓岚坚信其中有蹊跷，决定追查下去。纪晓岚与小月在一驴肉馆遇到在此做工的徐有庆，徐有庆表示当今科举考试已成为牟利赚钱的营生，清白的读书人都以此不齿。

和珅让徐有庆根据从乾隆那里抄来的要点拟题，徐有庆表示为了锦绣前程，愿意为和珅效劳。和琳提醒和珅要提防徐有庆，和珅不以为然。纪晓岚对徐有庆的判若两人感到不解，决定一探究竟。赵新进由于帮助纪晓岚调查舞弊之事，遭到奸人陷害而变疯。赵青表示要替哥哥参加会试。她认为哥哥的名字出现在榜首时，他的病情就会好转。纪晓岚苦口婆心地告诫赵青替考也是舞弊，赵青不为所动，并再度不辞而别。

纪晓岚从鸽子卖主口中得知鸽子可以传信，联想到和珅收购大量鸽子，纪晓岚有所觉悟。赵青找到和珅，恳求其允许自己替哥哥考试。一曾经被纪晓岚救助过的翰林将和珅收买众翰林替考生答卷作弊并由鸽子传送的消息透露给纪晓岚。纪晓岚命小月在适当的时候燃放爆竹，以驱赶鸽群。赵青得知考生均要过“净身池”很是担心，她面露犹豫之色引起士兵的怀疑。

赵青虽忠，却问心有愧，将和珅所作通报皇上，被流放新疆。一日，满京城突然散出一种奇香，和绅追查到纪府，原来是纪晓岚得到的龙涎发出的香味。据纪晓岚所言，这是一桩由文字狱引发的冤案。修《四库全书》时，颜骥因涉嫌反清复明，颜府被满门抄斩，只有颜骥之女颜如玉幸存，颜如玉决定杀纪晓岚复仇，找到和绅相助。

纪晓岚为平反冤案四处求助，但文字狱严格，他竭尽全力才从即将焚毁的颜骥藏书中抢救出四本。如玉因涉嫌咒骂和绅险些被捕，幸亏小月及时援救。阴险和珅陷害纪晓岚，骗纪晓岚吸食能使人暂时失忆的迷魂烟草后写下检举颜骥反书的奏折。如玉为接近纪晓岚，到草堂教书。

和珅借奏折陷害纪晓岚，使如玉等勃然大怒，纪晓岚自己也惊异万分。但奏本在面前，他也无可奈何。皇上限纪晓岚三日内交出迷魂烟草，小月到和绅处盗窃烟草，却上了和珅的当。幸亏纪晓岚急中生智，掩盖过去。纪晓岚又救出助手戴沾，命他在草堂修书。

纪晓岚用蒙汗药将皇上和珅麻翻，假称迷魂烟草，使他们相信了迷魂烟草的存在，又顺水推舟，骗和珅在皇上面前说出了事情的真相，颜骥冤案终于得到平反。但如玉和戴沾因误会对纪晓岚深恶痛疾，决定一起离开草堂。

和珅想利用如玉整治纪晓岚，他利用如玉和戴沾用假制的金烟杆偷换纪晓岚的真烟杆，将欺君之罪加于纪晓岚头上。计划完成之后，戴沾惭愧，和如玉离开了草堂。和珅又找到纪晓岚，让纪晓岚通过加罪于戴沾顶罪。纪晓岚严词拒绝。和府管家刘全派人杀害如玉，幸亏小月及时援救。

和珅入牢探望戴沾劝他通过祝寿赋换取自由，却被纪晓岚发现了破绽，和珅大怒。戴沾知道后，经纪晓岚一番开导，才知其好意。皇上将女扮男装的如玉救到宫中，很快知道了其真实身份，带她到翰林院修书。纪晓岚被革职后，恰好和绅来索要寿礼，纪晓岚决定以金烟杆交换。

小月到和府偷窃烟杆却不但未成反而使纪晓岚失去给太后的寿礼。翰林院的学士们看到纪晓岚被贬，无不抬举和珅。纪晓岚利用寿礼将和绅整治一番后，又索回了金烟杆。如玉看到，自然不快。谁知太后突然要召如玉为婿，纪晓岚警告如玉，只有与小月成亲才能救出戴沾。

和珅为“救”如玉命她速离京城。纪晓岚到狱中探望戴沾，从戴沾处得知了如玉的真实身份。如玉趁黑逃出皇宫，被和绅送至码头，令太后大怒，谁知又被纪晓岚救回。纪晓岚又到太后面前将和珅的阴谋告知了太后，又特意安排戏剧《女驸马》，以太后的名义救了如玉。

如玉被识破，险些被斩，幸亏太后及时援救。戴沾为修书与学士冯仲愚大打出手，失手将其“打死”，再次入狱。和珅趁机劝如玉入宫救出戴沾，纪晓岚大义凛然，通过迷魂烟草终于使真凶朱公公说出真相，成全了如玉和戴沾的婚事。一日，朝中君臣议论街上歹徒抢劫内务府齐家出殡队伍的新闻。

歹徒抢劫出殡队伍，棺材中竟散落大量官银，侍郎齐苏图与和绅和银妃勾搭，将散入民间的官银换回，纪府丫鬟杏儿将此事告诉了纪晓岚，纪晓岚利用土元宝混入了阴谋的内部，又破了和绅的阴谋，齐苏图进退两难，命狱卒李三儿在粥中下药想使纪晓岚发疯。

齐苏图对大夫洪仁软硬兼施,得到了一剂可以使人致疯的药方。齐苏图让牢头将药放到鸡汤里。纪晓岚用散银试出汤里有毒。为了麻痹对方,纪晓岚假装将汤喝下。小月在和珅手下的胡乱指示下,找遍了每个地方却一无所获。银妃恳请乾隆严查齐家暴尸一案,乾隆应允。纪晓岚无意中得知汤里的药会使人致疯,于是将计就计,开始装疯。小月发现了一直跟梢的刘全,知道其中有鬼。

和珅与齐苏图怀疑纪晓岚是装疯。为了检验药性,齐苏图抓来洪仁,用他做实验,结果发现确实灵验。小月看出已经被毒黑的碎银可能是证据,于是细心保存起来。银妃用银票讨好太后,以求太后给乾隆施加压力,替齐家隐瞒罪证。厉春梅为古大力的安危担心,古大力表示会努力让厉家姐弟过上好日子。乾隆要惩治齐家,与小月来到工地冒充民工,救下了正要被齐家灭口的古大力等工匠。

厉春梅得知古大力被抓,很是焦急,要凑钱救出古大力。和珅对纪晓岚还是不放心,于是决定上门试探。小月连忙把洪仁藏在蚊帐里。和珅误把洪仁当成纪晓岚,坚信纪晓岚变疯了。为了帮姐姐凑钱,厉小春暗中拿出一个元宝到钱庄换碎银。被官府的便衣盯上了他、尾随他至厉家。为了保护厉家姐弟,纪晓岚化装成小丑,在官兵面前耍起把式。

和珅知道纸里包不住火,于是将齐苏图的赠银封好,以便日后上缴以示清白。乾隆暗示银妃要坚决查办齐家,银妃佯装大义灭亲,以死来表示自己不愿让乾隆为私情所累,乾隆深受感动,表示不再追究齐家。太后此时也出面对银妃予以袒护。刘全跟踪纪晓岚找到工匠住处。疯癫的洪仁趁众人不备跑出院子,被刘全劫持。纪晓岚无意中发现了古大力挖的暗道。

小月望着一片废墟，伤心之极。从小春口中得知纪晓岚等已从暗道逃走,小月破涕为笑。乾隆向百官念叨缺少银两以备军需,纪晓岚带领着工匠出现,许诺可以帮乾隆解决难题。人证、物证俱在,齐苏图只得低头认罪。银妃以死要挟乾隆放过齐家。见乾隆不为所动,银妃自尽。和珅为了扩大自己在朝中的势力,暗中支持村夫李二组织邪教,从而谣言惑众,笼络人心。

刘构在和珅的指示下诬蔑纪晓岚砥毁佛法。乾隆巧妙地处理此事,让刘构碰了钉子。得知贾贵妃的兄弟贾三要砸戏班子,和珅计上心来。贾三以此戏诬蔑自己祖先贾似道为名率众滋事,并到都察院告状,和珅鼓动乾隆一看究竟。贾三自报家门,很是不可一世。纪晓岚施妙计,使贾三当众出丑却又哑口无言。乾隆对纪晓岚的巧妙布局颇为欣赏。

海升当众将和珅的马车烧掉以示公正。海升对小月的英勇之举很足赞赏,于是将小月带回家中,并意欲将小芳许配给小月。得知海升烧车,纪晓岚意识到和珅会有所报复,于是决定先下手为强,让小月将此事告诉乾隆。众御史都以纪晓岚为楷模,于是都毫无例外地抽起了烟袋,纪晓岚哭笑不得。小月本想替纪晓岚相亲,没想到自己被小芳相中,不禁为难起来。

为避免和珅从中舞弊,纪晓岚自荐调查此事。纪晓岚推荐不畏权势的海升进行调查。和珅让刘三尽快将煤窑脱手,刘三似有难言之隐。小月假扮皇室之人,与海升进山察探,表示要买下煤窑并约刘三在酒楼详谈。刘三得知后暗自庆幸,迫不及待地前去和海升商谈买卖煤窑之事,被早已等候于此的纪晓岚捉拿归案。和珅表示自己查出刘三是开窑之人,并要求纪晓岚从严查处,以示自己秉公执法。

经过和珅的一再要求,纪晓岚告诉和珅关于直隶州县由于灾情而欠收之事。和珅恳请乾隆将用作修缮行宫的款项用于赈灾。乾隆和纪晓岚对他刮目相看。老中堂阿桂让纪晓岚帮十五阿哥选老师。考虑到十五阿哥很可能会继承皇位,纪晓岚推荐了正直而又默默无闻的朱石君。贾三担心小月替纪晓岚说媒,贵宁劝贾三与和珅联手教训纪晓岚。

贵宁别有用心地将小月的真实身份告诉纽氏,纽氏怀疑海升与小月有染。纪晓岚提醒海升防备和珅,并泄漏了小月的真实身份。海升闻言愕然。纽氏劝海升归顺和珅,遭到海升的断然拒绝。纽氏佯装上吊,却不知贵宁暗中将上吊绳系成死扣,于是一命呜呼。贵宁借机大闹灵堂,指出纽氏是被海升谋害致死。步军统领衙门经过尸检确认纽氏为自缢身亡,贵宁不服。

和珅安排贾三等人在停尸房附近纵火.并命打手任五趁乱给尸体做手脚,以制造他杀的假象。乾隆透露贵宁告纪晓岚有结党之势。和珅推荐与三院毫无瓜葛的曹文埴再次验尸。曹文埴被假象蒙蔽,上奏乾隆死者为他杀,乾隆大怒,命令逮捕海升。众验尸官均感事有蹊跷却也无奈。纪晓岚与曹文埴击掌鸣誓,约定为蒙冤之人讨回公道。

小芳自首,表示自己杀死了姐姐。纪晓岚责怪小月擅自将海升之事告诉小芳,将事态严重化。贵宁、贾三光天化日要劫走香儿,香儿在厮打中不慎撞死。当听说逃走的打手是长了四指的任五,纪晓岚豁然开朗。得知小芳就是昔日选秀时大闹顺贞门的人,乾隆派纪晓岚和绵恩重审小芳。小芳公堂之上自揽罪责,纪晓岚让海升与其对质,海升与小芳争相认罪,纪晓岚与和珅陪乾隆去戒台寺。

纪晓岚在众信徒面前一一揭露了李二设下的骗局。众信徒醒悟,李二只得低头认罪。纪晓岚将当初留在海升之妻身上的四指掐痕与任五的手印做对比,两者吻合,乾隆意识到海升被陷害。纪晓岚让海升与小芳做临别遗言,两人真情流露,隔壁的乾隆终于了解了冤情。乾隆下令严惩真凶,并赐海升与小芳完婚。早朝之时,乾降于闲谈之中指出朝廷里存在结党营私、欺上瞒下的现象,百官皆心虚不已,噤若寒蝉。

卢焯告知和珅往来于两人之间负责传信的家丁被杀,虽然信件没有丢,但在家丁身上却发现了一首诗,暗示此举是纪晓岚所为。正当和珅担心自己与卢焯的暗中交易有所败露时,却碰巧发现为了写书而在茶社里摆摊收故事的纪晓岚。乾隆向和珅询问卢焯此人,和珅以为乾隆在试探自己。和珅假意推荐纪晓岚前往浙江调查卢焯,谁知弄巧成拙,正合了乾隆的心意。

纪晓岚到街上散心,遇到妓女骚扰,并被冠以浪荡的名衔。纪晓岚找皇上,要求替小月做媒,碰到来给皇上送古董的和珅。皇上答应了纪晓岚的请求,提出交换条件却欲言又止,和珅不由心虚。原来卢焯家丁被杀是皇上派人所为,由于没找到和珅与卢焯结党营私的证据,乾隆再下密令,要求杀手去卢府盗取卢焯的账目。和珅路过卢府听闻账目被盗,让卢焯不要声张,以免露出破绽,却被卢焯告知被盗走的是假账目,和珅释然。

张了了如花似月的容貌和凄惨的经历博得了纪晓岚的爱怜,还向小月借钱要替张了了赎身,被小月奚落一番。和珅看到愁眉不展的纪晓岚,不禁幸灾乐祸。纪晓岚在朝上似有难言之隐,乾隆让百官退下,纪晓岚以小月的名义将小月送给自己的鞋垫送给乾隆。纪晓岚用和珅的银票赎出张了了并将其带回家,纪晓岚对张了了的怜香惜玉让小月很是妒忌。

乾隆强行指派纪晓岚为两江巡抚,与被封为两江总督的和珅一同视察浙江,和珅与卢焯听闻大惊。纪晓岚终日沉浸在与张了了的轻吟曼舞之中,小月赌气对纪晓岚不闻不问。张了了在和珅的安排下装病,纪晓岚急忙外出买药,遇到了在此等候的阮妈,阮妈再次当众羞辱纪晓岚,纪晓岚反辱相讥,卢焯的家丁趁机起哄。纪晓岚狼狈而归,张了了表示不愿拖累纪晓岚而假意离去,纪晓岚急忙劝阻。和珅与卢焯合谋害死阮妈,并嫁祸于纪晓岚以阻止其南下。

张了了谎称要去探望戏园的师傅,纪晓岚感到好奇,便跟随前往,眼见张了了进了戏园,纪晓岚无功而返。等候在戏园里的刘全将和珅的指示吩咐给张了了,要其依计行事,念及柳哥的安危,张了了含泪答应。张了了为南下购置了许多东西并赊了账。小月和杏儿偷听到卢焯命令卢安用郭天的女儿瑶琴要挟郭天冒认罪行,一蒙面人掷石提醒卢焯,小月和杏儿追赶,却遇到了张了了,引起小月起疑。瑶琴和丫鬟春桃在进香时遭到卢安的劫持。

张了了在和珅的指示下夜访纪晓岚,和珅与卢焯藏在暗处欲以纪晓岚渎职沉迷酒色为名羞辱纪晓岚。张了了故意撞倒烛台,引起大火,两个早已躲在床下的家丁爬出来,纪晓岚有所觉悟。原打算抓纪晓岚把柄的和珅、卢焯假装跑来救火,受到纪晓岚的奚落。小月和杏儿设套逮住了冯青,并让其带路去救瑶琴。纪晓岚借机装病,并以小月失踪为由拖延启程时间,和珅与卢焯焦急万分。

卢焯将赶来给自己报信的冯青杀掉灭口,并命卢安追赶瑶琴。瑶琴与乾隆碰巧在同一客栈投宿,瑶琴的美艳深深打动了乾隆。卢焯让郭天认罪,遭到郭天拒绝,卢焯谎称瑶琴还在自己手中,并以此要挟郭天。瑶琴决意拔剑自刎,乾隆赶到救出瑶琴。瑶琴表示不愿再耽误乾隆行程,乾隆实在不舍,便继续跟随瑶琴。张了了谎称上街散心,小月感蹊跷,便尾随至一戏园,发现张了了与一英俊小生会面,小月很是诧异,察探到小生名叫洪天鸣。

纪晓岚夜读时又接到被扔进窗子的纸条,上面写有郭天的消息,纪晓岚怀疑黑衣人正是张了了。纪晓岚夜探郭天,得到通报的和珅与卢焯眼见没有退路,只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑶琴乘坐的马车很是欣喜,不料落入卢安的圈套,也被一同押走。乾隆三人被关在洞中,外面重兵把守。乾隆佯装自杀以骗过卢安,再见机救出瑶琴。纪晓岚终于醒悟,誓要摆脱情感纠葛,全力调查国库亏空一案。

纪晓岚拿到账本后隐隐不安,果然有人趁纪晓岚不备时抢走账本。乾隆和瑶琴经过生死磨难,已是两情相悦、不能自已。收到张了了送来的账目,和珅将假账目交与卢焯以做郭天贪污的证据,由于瑶琴被救,和珅与卢焯决定改变计划,同意郭天自尽,对外宣称其是畏罪自杀。乾隆药醒,得知自己身份已暴露,干脆带瑶琴赶往浙江营救郭天。刘全再次用柳哥要挟张了了,让其做伪供,佯称和珅给卢焯的假账目是从纪晓岚身上抢走的真账目。

和珅担心张了了会牵连自己,便想用乾隆之手杀其灭口。纪晓岚说出张了了是受人指使的真相,乾隆坚持给张了了定罪,关键时刻,小月赶到并拿出乾隆的扳指替张了了求情,乾隆成人之美,让其与柳哥相聚。父女得以团聚。乾隆责怪和珅、纪晓岚此行办事不力,押送两人坐囚车回京,以示惩罚。途中,二人依然针锋相对,乐此不疲。