在盛浩然与小竹因为指针丢失问题苦恼时，遇到了一对陷入感情危机的未婚夫妇，新娘打算临时悔婚。就在这时新娘的醉汉前男友出现。原来两人当初因为意外分手，可是当男方功成名就回来时，却发现女友失忆即将另嫁他人。醉汉沮丧不已，但在浩然和小竹的帮助下，两人破镜重圆，终成眷属。然而这时程颖住院，时空波动产生的危机也越来越大。

浩然和丘洛等四人帮助新娘慧慧恢复部分记忆后，决定根据这条线索继续调查时空裂缝。在此期间，小竹发现自己是浩然丢失的指针，须用自己的生命帮助浩然恢复记忆，而浩然与小竹为了成全对方，互相伤害。好在悠悠的帮助，两人和好如初，决定共同抗敌。石建由于程颖的住院，发现自己不知不觉的昏睡中可以看到未来。接连发生的事情让浩然等人措手不及，也更让他们下定决心务必要抓到幕后黑手。

石建预知未来的能力实际上是时间波动造成的，并且有可能会让石建长眠不醒，这件事情已经让浩然和小竹等人越来越重视。而此时程颖因为没有等到石建的到来不肯手术，并在无意中得知石建可能因此丧命，程颖不顾生命安危寻找石建。在浩然的帮助下石建短暂苏醒，程颖也顺利的完成了手术，两人度过了一段甜蜜时光。而为了彻底治疗好石建的病情，丘洛将石建带回时间管理局接受调查与治疗。

盛浩然被莫小竹救回，莫小竹发现自己是指针，而丘洛也发现了，开始针对莫小竹。终于，在王悠悠的感动下，丘洛放弃了取走莫小竹身上的指针。然而就在此时，莫小竹发现盛浩然拿走了自己的父亲一年的时间维持生命。莫小竹认定父亲的死跟盛浩然脱不了关系，两人从爱人变成仇人。王悠悠意外地从一本书上发现了时间回溯的方法，莫小竹决定用此方法试试救回父亲。两人依法炮制，却引来了时间裂缝更大的动荡。几个人一起想办法弥补时间裂缝，却发现这一切竟是一场阴谋...

丘洛由于得知小竹就是浩然的指针后，思虑再三决定向小竹下手，可是遭到了浩然的阻止，丘洛故意调开所有人，就在准备向小竹动手时，悠悠出现解决纷争，丘洛逃走。而浩然为了保护小竹，决定时刻与小竹在一起。一言出现挑唆了小竹与浩然，并在两人出现嫌隙时，将浩然控制住。丘洛趁此机会再次向小竹下手，可在浩然的苦苦哀求下，丘洛于心不忍无法下手，黯然离开。

丘洛因为最后看清两人之间的爱情，也觉得不应该莽撞行动，并理解了悠悠之前隐瞒的原因，与悠悠和好如初。而为了将幕后黑手找到，也为了不让悠悠发生危险，将悠悠的记忆强力抹去。丘洛在时间管理局发现了一些蛛丝马迹，觉得此事可能与局长有关，决定暗中调查。一言在丘洛失手后又继续挑唆浩然小竹之间的关系，小竹将信将疑，却让浩然失落不已。

小竹以为浩然是害死父亲的罪魁祸首，准备报仇被浩然发现，浩然解释自己不是杀死父亲的凶手，并一定会帮小竹弄清真相。最终在江医师的帮助下得知小竹父亲当时已经患了癌症，并希望浩然能帮忙拿自己的时间去救自己女儿的命，才导致了自己死亡。为了怕小竹有负罪感，浩然选择了隐瞒真相，但最后小竹还是得知了一切，并找到浩然希望自己变成时光卫来换回父亲的生命，结果浩然挡下了小竹要自杀的刀，成功救下小竹。

丘洛要抓浩然回时间管理局被悠悠拦下，悠悠告诉丘洛自己已经找到了救莫爸爸的方法，丘洛不信。小竹也突然醒悟，发现小言有问题，结果被小言劫持。丘洛、浩然和悠悠通过定位立马赶到现场救下小竹，结果被小言用黑暗力量控制，丘洛发现漏洞成功解救大家，小言见势不妙，选择自己了结了生命，化为乌有。

丘洛准备带浩然回时间管理局复命，浩然却坚持留在现实世界里守护小竹，浩然无奈只身一人返回，并从局长那惊讶得知晴天原来就是小言，因为浩然400年前打开了时间裂缝，所以导致晴天被困在时间裂缝里，并被黑暗能量所侵蚀，要救晴天的办法就是拿回浩然的怀表。而浩然一心想找失踪的小竹。而此时悠悠和小竹正在按书里的办法实施仪式赎回时间，希望救回莫爸爸。

悠悠在打破时间壁垒时忽然晕倒，浩然及时赶到后将二人带回心理咨询室，小竹将张一言笔记内容告知浩然，浩然得知这一切都是为了莫叔叔后深感自责，小竹安慰浩然后准备离开，浩然却将小竹挽留下来，并表示自己会对晴天负责，将与丘洛一起去拯救晴天。第二天悠悠醒来后仿佛变了一个人，开始改口称乎“浩然哥”，并表示与浩然之间有一段旧情，小竹碰巧听到后黯然神伤，离开时听到了浩然的真情告白，并被其打动，二人终在一起。

浩然恢复了四百年前的全部记忆，回想起出现时间裂缝时，晴天为救自己被吸入时间裂缝中。小竹发现浩然开始逃避自己并听到浩然总是提起晴天，于是向悠悠诉说自己的烦恼。悠悠告诉小竹晴天是浩然四百年间魂牵梦萦的人，其他人都是替代品。小竹不愿相信决定亲自去问浩然。浩然找到丘洛表示自己已恢复记忆，但否认自己喜欢晴天，随后二人爆发争吵。此时小竹刚好赶到，却听到浩然表示他一直深爱晴天并要杀了莫小竹

小竹伤心逃跑，浩然向丘洛承诺自己会尽快认清到底是喜欢小竹还是晴天，回家后不断回忆逐渐发现自己是爱小竹的。小竹回家后发现浩然手里拿着刀，于是失望离去，浩然寻找小竹。悠悠向丘洛施法，让丘洛杀掉小竹。小竹在天台看到悠悠，浩然也及时赶到，丘洛开始对小竹下手，这时浩然发现原来是晴天控制了悠悠。浩然誓死保护小竹与晴天决裂，关键时刻局长用自己的身体挡住了时间裂缝，最终浩然选择了放弃时光卫的身份与小竹生活在一起。