广州宝芝林馆主黄麒英惩恶济世，受人景仰，唯妻娴、子飞鸿好闯祸，常令黄麒英啼笑皆非。一次足球比赛，飞鸿误伤校长，被勒令退学，得乡绅纳兰天相助，飞鸿方得复学，黄麒英、纳兰天惺惺相惜。武举人梁威荣归，风头被黄麒英所抢，其子梁宽在校又被飞鸿欺负，对黄麒英一家深表不满。赠灾义演，梁威和飞鸿生出误会大打出手，竹棚因而倒塌，村民走避不及，酿成巨灾。

竹棚倒塌，黄麒英忙赶往救人，路过的叶世轩当仁不让，以西洋急救法救活乡民，与黄麒英成为好友。黄麒英被乡民选为民团总教练，梁威悻然。黄麒英的远房亲戚十三姨从外国回，寄居黄家，黄麒英对洋化的十三姨格格不入，但飞鸿、阿娴却跟三十姨甚为投契，气煞黄麒英。恶少逞凶，飞鸿出头，无端卷入杀人漩涡。

恶少暴毙，飞鸿被衙门逮捕控告谋杀，幸得叶世轩相助，以西方医学证明恶少死于糖尿病，飞鸿始获释。叶世轩轩声名大噪，医馆生意兴隆。十三姨义助叶世轩诊症，叶世轩教授注射针药方法，二人投契。梁宽因身体潺弱，遭飞鸿等排挤，梁宽愤而报复，后阴差阳错加入足球比赛，连累飞鸿等，正值飞鸿身体不适，落败于狼坦布。飞鸿不忿，向郎坦布提出胆量比试。当飞鸿等夜探义庄之际，赫然发现郎坦布被杀，心脏也被挖去。

郎坦布的尸首内脏失去，梁威等百思不得其解。叶世轩轩与十三姨互生好感，感情一日千里。梁威怀疑黄麒英是杀人凶手，后发现乃一场误会，谁也没想到真正的凶手竟是叶世轩。叶世轩本欲研究新药物救人，但新药竟产生副作用，令病人心脏受损而死，叶世轩为了掩饰此事，遂在病人病发之前，将其杀死，并将内脏取去。叶世轩发现在杀布当日遗下一皮套，竟被飞鸿拾去，叶世轩到学堂欲偷回皮套，但飞鸿折返，叶世轩恐被飞鸿撞破，顿起杀机。

叶世轩杀飞鸿不遂，反误杀校役，校役之死令黄麒英追查陷入困局，飞鸿身怀破案关键却不自知。叶世轩恐事情败露，欲离广州，惹十三姨不满，以为叶世轩骗情。叶世轩发现十三姨亦吃下致命的新药，冒险留下医治十三姨。阿娴带飞鸿及同学野餐，渡过欢乐一夜，林世荣等羡慕飞鸿有好母亲。飞鸿生眼疾，往叶世轩处求诊，发现叶世轩杀人秘密，身处险境。此时，黄麒英凭确定皮套主人而侦破叶世轩乃真凶，赶赴救飞鸿。

十三姨痴心错付，不禁伤心欲绝。可十三姨身中剧毒，黄麒英束手无策。叶世轩为了救治十三姨，偷入宝芝林却被黄麒英撞破，叶世轩胁持阿娴作人质逃去。梁威、黄麒英侦得叶世轩藏匿货仓，大加围捕。货仓突然起火，叶世轩、阿娴被困火场而活活烧死。阿娴葬身火海，黄麒英和黄飞鸿十分悲痛。林世荣拉飞鸿烧烤怀念阿娴。黄麒英不眠不食不开诊，十三姨规劝不果，痛斥黄麒英自暴自弃，黄麒英醒悟，终重新振作。

飞鸿为完成阿娴遗愿，积极练习参加醒狮大赛。黄麒英应邀至醉月楼出诊，遭非议出入青楼。黄麒英诊治珠怪病，查出艳红下毒，以妙计调停二人纷争，艳红感激并对黄麒英有好感。鬼脚七与妹妹菁菁因灾荒流串到广州，受尽欺凌。鬼脚七误会林世荣伤害菁菁。双方起冲突，大闹市集。

菁菁生病，鬼脚七慕名找黄麒英求医，阴差阳错之下，鬼脚七误会黄麒英嫌贫爱富而不肯医治菁菁，对黄麒英深恶痛绝。艳红借机往宝芝林看病为名，亲近黄麒英为实，但黄麒英却以平常心相待。纳兰天设宴款待知县成责，席间商人祥邀责赌博消遣，责大有斩获。梁威得知飞鸿参加比赛，逼迫梁宽报名参加，而黄麒英却极力反对飞鸿参加，父子关系变得恶劣。鬼脚七欲参加醒狮大赛而苦无狮头参赛，而意外之中鬼脚七竟发现一残破狮头但也险些堕崖丧命。

十三姨因买布匹误会艳红夺人所好，又逼良为娼，故而鄙视她。梁威设计令梁宽解除畏高心理，以便与飞鸿一较醒狮高下。祥引诱梅大人开赌局，借出钱财，令梅大人泥足深陷。两广总督贝隆多来广州巡查，并议定醒狮比试题目。飞鸿欲探知题目，与鬼脚七同时夜探六榕塔，二人冲突，即被守卫的梁威发现。

黄飞鸿、鬼脚七趁夜往六榕塔偷看试题，欲被梁威撞破，二人逃去。少狮比赛，飞鸿得十三姨帮助，得以顺利出赛。黄飞鸿、鬼脚七快要成功之时，宫灯破裂，暗器迸射，两广总督贝隆多被杀。黄飞鸿和鬼脚七被牵连，身陷囹圄。黄麒英虽多番奔走却没有结果。黄麒英抽丝剥茧，竟在宫灯碎片中发现一血手印。

七担心菁病情毅然逃狱，被英劝阻。责强逼鸿等画押认罪。英探监发现七衣上指纹，发现真凶。威收到朝廷密函，知责因牵涉偷运国宝而杀人。责未供出同党已遭祥杀人灭口，祥亦坠楼身亡。鸿、荣被释放，七责英没照顾菁，与英等反目。英知鸿为还娴遗愿，冰释前嫌。盂兰鬼节，工人在码头遇女鬼。

码头闹鬼之事弄得满城风雨。鸿、宽等小子与倩结下梁子，以倩的家传玉佩作饵，约倩到码头取回。那知宽反被困货仓中与女鬼相遇，几被吓破胆。闹鬼之事愈闹愈大，工人罢工。威、英、康决心追查真相。女鬼在码头出现，众人追捕却逸去，英发觉女鬼是人非鬼。

女鬼出现在英家，原来是疯妇。英将真相公告，平息了码头罢工事件。唯康更妒忌英，伺机报仇。　　康助姨向洋人讨回公道，对姨生好感，却知悉姨乃英家人，暗皱眉头。洋人高薪招工往英国，倩欲见工，得牙擦苏相助，荣以为苏欲追倩，和鸿合力戏弄之。红得悉疯妇竟是旧友梅。英觉梅出现在码头一事内藏阴谋，决定往苏州追查。

姨与康再度邂逅，互相欣赏，情愫渐生。一则高薪招聘女工往国外工作的告示，全城哄动，菁、倩跃跃欲试。荣怕倩参加招工陷入情敌苏的圈套，遂与鸿、宽搞破坏，那知半途鸿竟失去梅的影踪。鸿彷徨之际，发现梅竟在码头放火。

梅发狂在货仓纵火被擒，幸康出面解围。英往苏州查红身世没结果。刺客夜闯宝芝林欲杀梅，梅侥幸脱险。倩将赴英当女工，宽送礼，被威误会钟情倩，闹出笑话，七亦不舍菁离去。红厌倦迎送生涯，姨协助红投考女工。红提醒珍怜惜眼前人。女工登船，苏揭发贩卖人口秘密。史密夫杀人灭口，梅中枪堕海。

夫囚姨及应征众女，准备运往马六甲作妓女，鸿等知悉，赶往营救。鸿、七合力，竟不敌夫，幸英及时赶至，杀夫救姨。康虽脱罪，但对英恨之入骨。　　莲打麻雀误得罪恶霸，连夜带倩逃离广州。荣见倩不辞而别，大感失望。英、姨共历生死，关系转好，姨求英教功夫，鸿从旁偷师。鸿甫学新招，误伤七，七拒受英医治，英大怒责罚鸿，决送鸿到少林习武修身。荣、宽、苏亦同赴少林。

姨打碎花瓶，英怒责姨，姨不甘心，往清凉寺买回同样的花瓶赔偿英。姨因此感染风寒而生病，英得悉真相，心生歉疚，又因下人回乡，英独自照顾生病的姨。英亲做红鸡蛋及寿包贺姨生辰，姨初觉老套，其后却感动，与英渐趋融洽。红告别迎送生涯，开设一服装店，因手段了得，生意滔滔。康钟情姨，邀请姨出席慈善舞会，姨遇上英，二人一舞倾情。

鸿等赴少林寺途中遇无为，屡次被骗，遭债主追打，又输去盘缠。鸿等决意报复，偷去其包袱。无为发现，穷追猛打，包袱不翼而飞。无为逼鸿等服下毒药，若不寻回包袱便毒发。鸿等终从狗洞查悉是无为同行小孩所为始脱身。莲偕倩拜访无相不果，以巧计令无色收留倩。鸿等抵达少林寺，发现无为是大师。鸿为免无为被赌徒认出真面目，竟向无为泼墨。

无为被鸿泼墨，大怒，後来始知鸿是为了替自己掩饰身份，遂对鸿另跟相看。倩欲离少林寻母，险为金龙帮所擒，幸得鸿等及时解困。荣重遇倩喜不自禁，但倩却对鸿心存好感。鸿等在少林发现七为罗汉堂弟子，七在无相翼下气焰嚣张，处处与鸿等为敌。苏因被编入罗汉堂，为了讨好七，被逼出卖鸿，内心矛盾。

苏因助七作弄鸿事大感内疚，鸿等装作不知，合力捉弄苏，但最后亦原谅苏。为见四人友情加深，大感欣慰。康对姨念念不忘，知姨欲带学生郊游，借出别墅，以此再展追求。为与相出跳河难题，以作考核，鸿、七各展功夫过关，弟子中唯宽失败，心感气馁。别墅相处，康尽展魅力，姨对康渐生好感，唯仍未能生情愫，突然，山贼出现，姨被挟持……

山贼潜入康别墅，捆绑众人。康救出众学生，与姨逃跑时被困山洞。康临危剖白真情，姨感动，脱险后答允婚事。鸿等鼓励宽练习渡河不果，幸苏以大力丸使宽增强信心而成功。鸿被罚担水，常与倩见面。苏发现七在寺中有神秘行动。鸿等欲学上乘武功，却被逼练习基本功，苦不堪言。荣险些撞破鸿与倩交往，宽担心兄弟反目。

俗家小子比试在即，无为用尽心思训练众小子，鸿苦不堪言。鸿与倩感情发展一日千里，其後鸿从宽口中得知荣对倩仍未忘情，为不伤害兄弟情，故意对倩冷淡。七在无相催迫下练功尤如囫圃吞枣，而无为却要鸿以平常心出战。双方对赛，剑拔弩张。

黄飞鸿与鬼脚七大战，黄飞鸿终胜出，获赠少林至宝莫生气，众人以为是少林秘笈，哪知却只是养性之典，遂大感失望。鬼脚七助纳兰康到藏经阁偷经，但被无为洞悉，纳兰康暗杀了无为大师。黄飞鸿等悲痛，追查下怀疑是鬼脚七所为，遂设计试鬼脚七。鬼肢七图匕现，自招罪状后跳崖自尽。无为大师大仇得报，黄飞鸿等拜别少林。

黄飞鸿等甫下少林，遇上山贼强娶民女，黄飞鸿等侠义心起，合力以计抗贼。同时黄麒英亦被邀抗贼，误会之下，几父子相残，幸真相大白，山贼一网成擒。荣回家见父，父知荣学武有成，开心不已。梁威喜见梁宽武功青出于蓝，命梁宽融合少林武功，发扬梁家拳法。黄麒英和黄飞鸿等同回广州，黄麒英本准备礼物送十三姨，十三姨却告知快要下嫁给纳兰康，黄麒英顿感晴天霹雳。

英得悉二人婚讯，唯有将爱意收起。鸿决向荣坦白与倩交往一事，原来倩早告知荣一切。苏无家可归，幸得英答允准许留在宝芝林。宝向红示爱，红断言拒绝，宝竟然离开。天与康欲将盗墓得来的神像偷运出国，没察觉神像的宝石牌掉到一旁，其后却被姨拾起，并要求康送赠，康欲拒无从。天得悉朝廷已下令追查神像的下落，叫康小心，揭出杀娴与责的幕后黑手，竟就是天与康。

姨筹备婚礼，渐感与康性格不合，反之却越感与英投机。　　七堕崖后获救重返广州，康收纳为手下。苏无心插柳，发明的龟灵膏大受欢迎。姨与英共舞，双方心如鹿撞。红被实真情打动，答允婚事，姨受启发。暴风侵袭，姨误会英被山石活埋，真情流露，决定与康解除婚约。

十三姨要解除婚约，纳兰康因十三姨移情别恋迁怒黄麒英。纳兰康醉酒误伤菁菁，鬼脚七救菁菁开罪纳兰康，纳兰康将七推下水井。黄麒英发现宝石是国宝的一部分，怀疑纳兰康参与其事。梁威调查货仓触怒纳兰天。纳兰天欲杀黄麒英，于货仓布下陷阱。结果纳兰康来了，纳兰天误杀亲生儿子。黄麒英后至，被击晕，纳兰天布局令黄麒英成为杀纳兰康凶手。十三姨痛苦，前往灵堂拜祭纳兰康，可是被拒绝。黄麒英为洗脱冤情越狱找纳兰天，却惊悉杀纳兰康的竟然是纳兰天。

纳兰天受洋人罗便臣压力早日偷运国宝，出奸计欲加害十三姨引出黄麒英，幸得梁威巧合赶至，打退纳兰天的手下。梁威告知十三姨寻得黄麒英尸体，十三姨认尸大恸晕倒，黄飞鸿强抑悲伤鼓励十三姨，并立志找出杀纳兰康真凶，还黄麒英清白。鬼脚七大难不死，欲往货仓偷货，得知杀纳兰康真凶竟是纳兰天，惊愕不已。鬼脚七受菁菁所劝，向黄飞鸿说出真相，黄飞鸿大喜带鬼脚七往知县处为黄麒英伸冤，纳兰天突然出现，鬼脚七竟翻供，黄飞鸿又惊又怒。

纳兰天受洋人罗便臣压力早日偷运国宝，出奸计欲加害十三姨引出黄麒英，幸得梁威巧合赶至，打退纳兰天的手下。梁威告知十三姨寻得黄麒英尸体，十三姨认尸大恸晕倒，黄飞鸿强抑悲伤鼓励十三姨，并立志找出杀纳兰康真凶，还黄麒英清白。鬼脚七大难不死，欲往货仓偷货，得知杀纳兰康真凶竟是纳兰天，惊愕不已。鬼脚七受菁菁所劝，向黄飞鸿说出真相，黄飞鸿大喜带鬼脚七往知县处为黄麒英伸冤，纳兰天突然出现，鬼脚七竟翻供，黄飞鸿又惊又怒

十三姨得知黄麒英并没有死既惊且喜，其后得知黄麒英认罪杀人被判死刑，又感伤心。纳兰天见大敌将除，遂与罗便臣进行国宝交易。哪知黄麒英、黄飞鸿竟然突然杀至，纳兰天功败垂成，大怒，欲杀黄飞鸿等报心头之恨。危急关头，鸿悟出莫生气之秘将纳兰天打败。黄麒英与十三姨有情人终成眷属，黄飞鸿接掌宝芝林，成为一代宗师。