林涛到车站接新晋女法医陈诗羽，两人还未来得及回到局里报告就接到命案通知，临时赶赴案发现场。一位工厂女工在浴室洗澡时遭遇杀害，现场残留的大量积水严重增加了警方取证的难度，但秦明很快就根据花洒供水管之间的温差，以及尸体上的细节找到了案件的突破口。陈诗羽第一次见识到自己上司名不虚传的专业功力，坦然地接受了来自高手的冷遇。

林涛紧追疑犯高高的行径路线，找到了他极有可能二次作案的据点，当他用最快的速度赶到时，凶手已不见踪影，取而代之的是一具穿着女士内衣，披头散发的尸体被吊挂在废弃的缆车轨道上。桌上的大喇叭仍然在播放着凶手设定好的交响乐，死者食指丢失，尸体下方是大摊血迹，“清道夫”三个血字赫然印在油桶上。

别墅区发生了一起惨绝人寰的灭门案，幸存者苗正痛失妻儿，同时命丧豪宅的还有他的丈母娘和家中保姆，精神受创的苗正被送进医院。陈诗羽随秦明出勘现场，在看到最小受害者苗苗的尸体后，情绪失控。林涛根据法医提供的线索以及监控录像，锁定疑犯目标为死去的豪宅女主人俞莉丽的情夫刘亚峰，但是，此刻的刘亚峰却是人间蒸发，无迹可寻。

眼看着针对刘亚峰的追捕行动陷入僵局，秦明主动和死者家属苗正进行了简短的会面对话，得到意外启发。三人小组重返案发现场，陈诗羽凭借个人细致入微的观察力发现了俞莉丽卧室内血液分布的疑点，通过还原案发现场，确认案发当时，俞莉丽卧室内还有第三人存在。秦明则很快找到了“第三人”在卫生间留下的致命证据，灭门惨案的凶手最终落网。

不良药商刘政死于仓库，尸体腐烂多日后才被人发现。秦明和陈诗羽当场验尸，发现死者食指经过专业手法的切割已经丢失，现场留有“清道夫”血字，在死者的嘴里发现凶手留下的考题，种种迹象表明，刘政的死亡同高高案一样，并不只是个例。清道夫专案小组正式成立。秦明通过解剖化验得到的信息，刘政死亡时间是在15天以前，然而林涛在调查中发现，7天前还有不少人见到过刘政，同时林涛还调查出了一名与刘政有着严重经济纠纷的嫌疑人胡毅。

随着胡毅的醒来，刘政死亡当天发生的事情逐件揭开迷雾。通过秦明死亡时间的最终确认，以及林涛的相关调查，警方确认胡毅并不是杀害刘政的凶手，真正的凶手仍然无迹可寻。清道夫利用药物的作用制造出尸体死亡15天以上的假象，并再次在尸体上留下难以破解的谜题，让秦明警惕的意识到，他正面对的可能是一个在医学和解剖学上完全不逊于他的强劲对手。这一点，当秦明成功解开凶手留下的蝇卵谜题后，再次得到了证实。

秦明三人受邀到交警大队处理一起离奇的交通事故，肇事嫌疑人是知名电视台主持人黑米。然而面对焦林全身都是死后伤的尸体秦明也没能在第一时间找到死因。为了缓解连续数日高度工作的压力，陈诗羽借机邀请秦明和林涛到家中做客，三人感情增进。就在警方对黑米提供的证词进行深入调查时，死者的妻子薛齐前来自首，详细讲述作案过程。秦明通过焦林尸体的二次尸检确认焦林死因，同时发现事情并不像薛齐所陈述的那样。

小区电梯间连续数日传来恶臭，电梯维修工视检情况发现有女鬼悬于电梯井内。秦明三人组来到现场后发现并非什么女鬼而是一具死状诡异的女尸被悬挂在电梯井内的缆绳上。通过对死者周静住宅的调查，他们发现周静家中无论是大门还是室内布置都设有很多小机关，似乎死者生前一直在提防某人。秦明通过解剖尸体发现多种不同形态损伤，推断电梯井并非第一案发现场，最终找疑犯。然而，在随后的追踪调查中，警方却挖掘出越来越多周静生前令人匪夷所思的行为，案件变得扑朔迷离。

龙番公安局接到报案，桥墩下烧死了一个人，报案的是住在船屋里的人，没什么有用的线索，周边的脚印已经被围观的群众破坏了。林涛和秦明盘问了报案者和附近的船主再加上尸检，大致可以判断死者是被船锚击打头部后套上轮胎进行焚烧的。死者右手的食指被整齐地切割掉，并在墙上写了“清道夫”三个字，显然又是一起“清道夫”系列案。

步教授上着课又沉浸到往事之中，想当年赵良撞死心瑶肇事逃逸，却因为认罪态度好并愿意做出经济赔偿仅被判有期徒刑十年，这事在步教授心里一直是一根刺无法自拔。韩教授看出步教授的异常主动让他提前下课。秦明向林涛索取赵良交通肇事案的卷宗，林涛趁机告诉秦明，赵良很有可能和张军的死有关，张军死前一天赵良出狱了。

为确认心中所想，秦明决定去找赵良的妻子重新了解七年前步心谣的车祸事件，然而赵良妻子对于此事避而不谈。陈诗羽利用个人亲和力，巧妙地和赵良女儿进行沟通从而获得重要信息。在陈诗羽的精神鼓励和行动支持下，秦明终于敞开心扉，向她讲述了他和步心谣的这段往事。

韩天峰因为见义勇为之举被人贩子背地里围殴教训，幸好刘杰明路过将他就救走，但也正是因为韩天峰的举动引起了朱老六团伙的警惕，当小可藏在花中“救救我”的字条被陈诗羽发现后，她和秦明再次回到桥上，却扑了空。

在医生的全力救助下朱老六的妻子终于醒来，作为清道夫案目前唯一的目击证人，更是为了确保失踪孩童的安全，警方必须想尽办法从朱妻口中得到更多的信息。然而朱妻已双目失明，双耳失聪，甚至被清道夫拔去了舌头，能够勉强留存一口气已是万幸。但是秦明利用高超的医学手段和极为缜密的问询方式成功获得碎片化信息，随后通过还原案发现场，整合案件反复论证，秦明得出了一条至关重要的线索，清道夫一案至此有了重大突破。

就在警方盯着他们目标中锁定的清道夫嫌疑人时，清道夫案件再次发生，这次是更加残忍的碎尸案，让警方始料未及。秦明通过尸检发现，死者的尸体经过极速冷冻后才被分尸，之后被分别包扎扔在这片废弃的工厂里，林涛又根据这种特殊的包扎手法大大缩小了排查范围。综合笔迹鉴定，法医解剖和现场环境信息，秦明最终确认这个碎尸案并非清道夫本人所做。林涛在这时候接到了一通电话，电话那头表示，他亲眼看到了杀死张军的凶手。

刘杰明和刘政的关系被警方发现，又因多次与清道夫案有交集，被警方列为重点观察对象之一。陈诗羽完全无法接受这个事实，于是和秦明攒下饭局对刘杰明进行试探。林涛通过细致的排查追踪到酿酒厂碎尸案凶手的根据地——肉联厂冷库，然而他没有想到的是，真正的清道夫也已经潜入冷库，试图杀死这名犯人。

随着对清道夫案越发深入的调查，刘杰明的嫌疑被逐渐排清，而一直在秦明心中被列为头号嫌疑人的韩天峰终于浮出水面。根据秦明曾经私下对他做过的调查，再结合现在得到的韩天峰过往的相关信息，秦明心中已有判断，奈何就是没有证据。就在林涛将韩天峰抓到警局审问时，清道夫案再次案发。

林涛给秦明拿来了步教授的证据，在张军捐赠当天的录像里，林涛找到了步教授散会之后和张军的接触，而步教授却在林涛询问的时候撒谎并未见过张军，陈诗羽认为或许步教授不说是另有隐情，秦明要求见一下步教授，林涛允许了。秦明来到龙番大学找步教授，步教授和秦明畅聊，认为秦明毕业后所有的精力都在工作上，应该趁着年轻都走多看，还有很多未知的世界需要了解，秦明认为步教授也是这样的的，步教授却说他不一样，他已经是行将就木等死的年级了，也不奢望别的，因此工作就是他的全部，步教授问秦明今天来找他的真正原因，秦明没有说别的，只是希望能跟步教授出去走走，爬爬山，步教授欣然前往。在山上，步教授告诉秦明九八年的洪水，妻子为了救别人被洪水冲走了，步心瑶当时才十岁，承担了所有的家务，和步教授相依为命，步心瑶就是他的全部。步教授怎么

次日，警察赶往江边，步教授惨死在江边，手上食指被切断，秦明看到步教授的尸体心碎欲裂，伤心大哭。警察在步教授的住处找到了录音材料，那是张军捐款仪式之后，步教授约了张军来家里喝酒，故意聊到了喝酒之后一旦发生命案很麻烦，而张军则仗着自己财大气粗，钱可以解决一切的问题，花钱找人顶罪就行，步教授一步步的让给张军说出了当年害死步心瑶找人顶罪的事情，并要求张军去自首，张军坚持不肯自首两人发生争执，步教授用自己的奖杯打向了张军的头部。秦明一直因为步教授杀人，步教授的死而萎靡，陈诗羽劝秦明想开点，关键是找出真正的杀人凶手，并认为没有秦明她一个人做不来，秦明终于抬头看向了陈诗羽。韩天峰失踪了，林涛找到唐思思了解情况，唐思思只是流泪，却一句话也没有说，林涛见状只好先离开，并叮嘱唐思思有情况一定要第一时间汇报，否则

有人来找林涛，向他汇报了步教授地毯上的血渍DNA鉴定结果就是张军的，说明步教授就是最大嫌疑人，与此同时警察内部调查进度的消息不胫而走，舆论闹的沸沸扬扬，谭局长为了平息事态拿着步教授的认罪书召开媒体发布会宣布了这个结果。龙番大学的校长也向媒体宣布开除步教授和韩天峰，不能让害群之马危害大众。秦明给步教授举办追悼会，可是由于步教授是凶手的事情被渲染出去，没有人来缅怀步教授，只有林涛带着几个警察来到，坚信步教授是冤枉的，赵良忽然出现在了追悼会上，跪在地上给步教授磕头，同时也告诉秦明和林涛步教授不是凶手，他曾经亲眼看见有人杀了张军，秦明表示他知道，赵良认为只是他们知道还不够，要让大家都知道，主动提出自首。陈诗羽一直没有出现，家里也已经二十四小时联系不上她了，林涛显得非常着急，秦明一直在拼凑之前从韩天峰

陈诗羽解开了刘杰明的绳子，两人在房间里寻找出路，陈诗羽询问刘杰明是不是早就知道了韩天峰是清道夫，刘杰明点头，陈诗羽责怪刘杰明不肯早点报警，否则也不会有这样的事情发生了，并问刘杰明是否知道在哪里，刘杰明告诉陈诗羽他跟着韩天峰来的，这里是龙番第一棉纺厂，陈诗羽祈祷林涛能看懂她的意思。林涛仔细的比对观察陈诗羽的视频，发现陈诗羽虽然是在向秦明求救，但是目光却停留了三个不同的位置，有摄像头，还有拍摄者，最后一个却转向了一边，面露担忧之色，因此怀疑第三个目光看的是同样失踪的刘杰明，并认为刘杰明去找韩天峰就是为了报刘政的仇，刘政是刘杰明的亲生父亲。于是，随后命人追查刘杰明的车都去了哪些地方。韩天峰带着秦明来到了之前步教授去世的地方，秦明再次提出要见陈诗羽，韩天峰带着秦明坐上了另一辆准备好的车离开，秦明摘下