在上一季中，Brennan被精通信息技术的连环杀手ChristopherPelant陷害，成了「谋杀」EthanSawyer的嫌疑人。尽管Angela想尽一切办法来帮助Brennan逃避牢狱之灾，但都徒劳无功。Brennan认为她必须躲起来才能击败Pelant，于是在洗礼仪式期间带着襁褓中的Christine逃之夭夭，留下毫不知情的Booth独守空房。本季开始时，距离Brennan离家逃亡已经过去三个月，Booth和杰斐逊学院团队正竭力寻找ChristopherPelant陷害Brennan的证据，希望能早日洗清她的罪名。一位高中辅导教师的遗骸可能成为Brennan脱罪的关键，但他们首先要确定ChristopherPelant是否仍在幕后操纵一切。与此同时，Brennan在父亲Max的帮助下

杰斐逊学院团队着手调查一名高级离婚律师的谋杀案。他一生中树敌太多，任何一个恨他的人都有可能是谋杀他的凶手。他们很快发现死者的妻子和助手隐藏了一些对破解该案非常有用的关键证据，案情变得更加复杂了。与此同时，结束逃亡生活回到家中的Brennan一时难以适应「新生活」，而她和Booth之间的关系也开始变得紧张起来。两人分开了三个月，受到压抑的情绪需要得到发泄，这是完全可以理解的。但这最好不要影响到他们的感情！否则就太糟糕了。

某旅馆的停车场发生爆炸，受害人被炸成了碎片。杰斐逊学院团队必须仔细研究在爆炸现场发现的人体残骸，从而查证受害人的真实身份。当他们发现某个已经宣布死亡的人竟然还活着，事情变得更加离奇复杂，与此同时，Booth分配到一项令他头疼的重要工作——坐在办公桌前写文案！如果他不能让上级批复预算申请，他的升职也就没戏了。缺少Booth这个搭档，Sweets倒是一点也不担心，因为。他得到了一位美貌的「临时搭档」，特别女探员OliviaSparling（DaniellePanabaker）。

杰斐逊学院团队开始调查动物展示会雇员JaredDrew死亡的真相。在调查过程中，他们将触及一个敏感的世界——非法动物交易。与此同时，Brennan认为自己是一个理想的「总统候选人」，Booth只当她是说笑话。Sweets和Daisy对他们的关系做出一个重要改变。

一个女人遭人谋杀并肢解，尸块被抛弃在城中一个大垃圾桶里，杰斐逊学院团队负责调查案件真相。与此同时，Sweets与Daisy分手后尚未找到新公寓，Booth邀请他到家中暂住。Brennan对此没有意见，反倒是Booth与Sweets屡次发生令人啼笑皆非的尴尬事件。

Brennan突然对篮球及传奇篮球教练菲尔·杰克逊（PhilJackson，）所提倡的「团队精神」产生了兴趣。当杰斐逊学院团队接到一具「已经无法辨识身份」的尸体时，Brennan召集了五个最优秀的「实习助手」，要求他们合作调查死者的身份。这些「实习助手」通过不懈努力终于查明死者死于911恐怖袭击事件，但问题是。他究竟是恐怖分子还是受害人？

一个犯罪现场清理专家遭谋杀，遗骸装在一个看似完全密闭的容器中被抛弃在大海里。潮水将容器冲到岸上，杰斐逊学院团队接到报告后赶赴现场进行调查。与此同时，Angela和Hodgins得知Cam正与某个男人秘密约会。

艺术家Zed在高处广告牌上粘他的作品时摔下，然后与同时掉落的胶水粘在一具尸体上。斜眼小组不得不带zed一起回lab。在小组分开艺术家的过程中，安吉拉意识到他就是自己现实中的偶像，一个著名的街头画家。booth为找出嫌疑人出演喜剧。

本集以受害人的角度拍摄。灵媒Avalon听到被害人的声音并出现在lab。大家被告知被害人的灵魂在注视着他们，这也或多或少地影响了大家的工作方式。最后在lab和Avalon的努力下，灵魂得到了平静。

一个职业交际舞蹈家遭人谋杀，调查组怀疑该案可能和一档热门电视舞蹈竞技节目有关——因为此时距离初赛开始仅有三天时间，而这位舞蹈家具有较强的竞争实力。为了查清真相，Booth和Brennan决定假扮一对舞蹈演员报名参赛，借机了解大赛的组织情况和其他参赛者的第一手资料。

一个著名的考古学家遭人谋杀，他在世时的名声并不好。最近他刚刚有了一项极具突破性的发现，但却无法公开发表。杰斐逊学院团队负责调查该案。

Hodgins和Angela被人下了药……他们醒来后赫然发现一具血肉模糊的尸体悬挂在他们床罩上，而他们的儿子Michael的婴儿床周围洒满了花瓣。他们相信这种事情只有Pelant能干得出来，他已经回来向他们寻仇。尽管Hodgins想要直接追捕Pelant，但被Booth劝阻。Booth认为这种事情只能通过司法系统来解决，破坏规矩不会有好下场。与此同时，杰斐逊学院团队开始对Hodgins家中的尸体进行检查，他们发现受害人是一名特种间谍，专门为世界上最大的雇佣兵提供商服务。Angela和Hodgins为了保护自己的家庭，决定瞒着杰斐逊学院团队的其他人私自对此事展开调查。

杰斐逊学院调查组前往一处墓地调查两具被同时发现的尸体。其中一个是女性癌症患者，另一个则是癌症患者的「生活顾问」，负责引导她正确化解因疾病而产生的悲伤情绪。与此同时，这起案件让Brennan和Booth开始思考他们「逝世后」的安排——很显然两人对于「葬礼」的意见差异很大。另一方面，DaisyWick（CarlaGallo）回到实验室帮忙——这是她和Sweets分手后经手的第一起案件。

一个旱冰竞速女选手被人谋杀后碎尸，Brennan和Booth接手调查工作。为了得到更多情报，他们请求Angela以卧底身份混进一群旱冰选手中进行调查。毕竟……杰斐逊学院团队中既懂旱冰又是女性的只有Angela！与此同时，Cam发现Booth总是偷偷摸摸去医院，于是开始调查Booth究竟在搞什么鬼。

本集便是炒作已久的「Brennan中枪濒死集」。某一天Brennan和Booth发生争吵，Brennan认为Booth在批评她养育孩子的方式，于是一赌气去了杰斐逊学院实验室。她在实验室里待到深夜，一个不速之客突然闯进来开枪打伤了她。当Booth发现躺在血泊之中的Brennan后，她已经陷入濒死状态。虽然她被紧急送到医院进行抢救，但她的意识已经游走在生与死的边缘。她似乎看见了死去多年的母亲（BrookeLangton）……与此同时，其他人全力调查案件真相。他们发现所有证据都显示凶手可能与杰斐逊学院存在某种关联。虽然预告片中医生称「Brennan的心脏已经停止了跳动」，但是你一点都不用担心——该剧已经提前获得第九季续订，女主人公是无论如何也死不了的。PS：谁也不想看到Christine还没有开口

杰斐逊学院团队开始研究一个15岁男孩的遗骸。尽管她的母亲和最亲密的朋友都说他是个缺乏社交能力但是智力出众的孩子，但杰斐逊学院团队的调查结果显示这个看似天真的孩子事实上卷入了非法行为——他两周前参加过一个高中学生聚会，并且接触过毒品。不久后，一名未成年少女站出来指认死亡男孩强奸了她，这个「好男孩」开始背负坏名声。与此同时，实习助手FinnAbernathy受到正在调查的这起案件的触动，打算将一个秘密告诉Cam：她的女儿Michelle已经来到城里度周末。在这一集开始我们看到Booth和Brennan例行的「清晨亲昵时刻」充满了喜感：Booth忙于做纵横拼字谜游戏，Brennan总是在旁边「干扰」他。Brennan用事实证明自己比「老公」更聪明，可是……当字谜与流行文化有关时，轮到Booth神气

受过良好教育、拥有多个学位的新实习助手OliverWells（BrianKlugman）来到杰斐逊学院工作。他满腔热情，为人怪癖，但拥有无可争辩的「超级观察力」，Brennan对他产生了浓厚的兴趣。在谈论科学问题的时候，Brennan尝试让自己更虚心，以适应他的新思想（特别是有些情况被Brennan排除掉了，但是Oliver在其中发现了玄机，这迫使Brennan跳出固定的思维模式来思考问题）。Booth担心Brennan这次走得太远……因为她在一起谋杀案的调查中竟然接受Oliver的古怪观点——「时间旅行」可以作为案情的一个参考要素！

一家危险废料处理厂的一个大桶中惊现一具尸体，杰斐逊学院团队调查后发现死者是塞拉利昂来的移民SymchayConteh，他生前为了维持生计同时在打几分临工。与此同时，当调查组深入调查案件线索时，Cam和Arastoo正在为保密他们的关系而烦恼——因为那越来越难了！Brennan和Booth开始争论度假地点。最近几个月不是谋杀就是混乱，要么就是枪击案，Booth和Brennan终于有时间放松一下心情。可是他们该去哪里呢？Brennan想到外面去走走，将这次旅行当作一次学习体验，但Booth却另有想法……“Beachandspa,sexandroomserviceandsleepinglate.Now,thatisavacation.Iwanttocomebackstupid.”

一个女人在昏迷中醒来，她拿起枪搜寻屋内可疑人物。然而当她打开门时，被突然产生的巨大火球包围...sweets终于找到了合适的住房，他的另外两个合租人也是心理学家。被害人的尸体被运到Jeffersonian，经过调查被害人生前曾是退伍军人，后还加入了一个生成“末日准备族”的组织...

一个正在调查系列ATM机劫案的卧底警察遭谋杀，尸体被人肢解后放在一辆货车里，警方发现他体内（准确地说，胃里）竟然有一袋钻石。杰斐逊学院团队必须尽快查清那群ATM劫匪是否杀害了这名警察，或者……这名警察已经腐败堕落？与此同时，杰斐逊学院雇佣电影制片人AndrewJursic（DaveThomas）拍一个募集资金用的宣传纪录片，而Brennan毫无疑问是该片的「主角」。不过以Brennan的性格来说，她很难让自己在镜头前表现得「可爱」……她甚至开始怀疑自己究竟有没有「可爱度」！和Brennan相反，表现欲极强的Hodgins准备让自己在镜头前表现出「实验室之王」的风范（虽然他只是个助手）。另一方面，Andrew和Caroline第一次见面并立即擦出了火花。在本集中，Booth和Brennan为了

杰斐逊学院团队调查一名电视制片人遇害之谜。与此同时，Christine咬了一名同学，Brennan对Christine的行为颇感惊讶——她完全不能接受「Christine可能只是个普通孩子」的事实。另一方面，Hodgins利用自己在杰斐逊学院实验室里能找到的一切工具和一切化学手段来「山寨」Finn（LukeKleintank）特制辣酱。实验室简直变成了实验厨房！

本集的死者JackSpindler是某经纪公司的雇员，事业成功，收入不菲——但是谁能想到他到了晚上竟摇身变为脱衣舞男！有人在一处拆迁工地上发现了他的遗骸，杰斐逊学院团队很快介入调查。他们对一个问题始终想不明白：为什么一个事业如此成功的人要干兼职工作？而且是这种见不得光的工作？很快他们发现Spindler的工作已经影响到他的私人生活，他们不禁对他身边的人产生怀疑——包括他在脱衣舞俱乐部的朋友Storm（BrandonBarash）。与此同时，Booth与母亲Marianne（JoannaCassidy）分隔24年之后终于重聚，但是Marianne提出了一个特殊的要求。此前我们通过剧透消息已经得知，Brennan和Marianne相处得并不融洽。在本集中我们看到，Marianne对自己这些年来的

女记者MiaGarrett因感染某种致命病毒而身亡，其尸体在一个有潜在生化危害的厂房内被人发现，杰斐逊学院团队在调查这起案件的同时还必须阻止病毒大规模扩散。变异后的病毒感染了杰斐逊学院实验室实习助手ArastooVaziri（PejVahdat），要想救他一命就必须尽快侦破MiaGarrett的谋杀案。在寻找凶手和解药的过程中，杰斐逊学院团队体验了一次紧张与激情相混合的奇特经历。回顾第二季，当Cam和Booth刚开始发展秘密恋情时，Cam突然被一名连环杀手下毒。虽然案件告破，Cam捡回一条命，但她和Booth的关系也结束了。如今Cam和Arastoo的关系刚刚进入正轨，Arastoo又「中毒」（病毒感染）了……难道Cam也将和Arastoo分手？更糟的是，Arastoo这次面临的情况要严重得

在季终集里，邪恶的科技天才ChristopherPelant（AndrewLeeds）再次出现并用他独有的方式来扰乱杰斐逊学院团队最新的调查项目。杰斐逊学院团队发现一系列可疑的谋杀案似乎都与FBI探员有关——而且是和Booth身边的那些探员。与此同时，Sweets发现该案的许多线索都「似曾相识」。有迹象表明Booth可能成为Pelant的潜在目标，而Brennan也在此时开始评估自己和Booth的关系。如果传言是真的，Booth和Brennan的关系只有两种结果：要么Brennan在本集结束前向Booth求婚，要么两人分手！虽然我们不指望前一种结果在剧终前发生，但至少不要是后一种结果。此前Pelant的目标一直都是Brennan，本集他把魔掌伸向了Booth和他身边的FBI探员。上一次Pel