章天音在篮球场边被吴一帆拦住求爱，章天音冷漠拒绝。此时，隐形人苏子研制成功。孙子川要求吴迪履行诺言，放他出去。吴迪表示对隐形人苏子并不满意，指出他的种种缺点，要求将苏子销毁。孙子川不同意，与吴迪发生了激烈的争执。餐厅里，章盛心不在焉，章天音匆忙吃了几口之后，和安心离开这个无聊的饭局，过马路时，安心被迎面而来的一辆黑色轿车撞倒，失去了生命。苏子听说自己即将被销毁，他趁机逃跑。

苏子在现实世界中不知所措。吴迪怀疑孙子川放走了苏子，孙子川否认。章天音陷入失去母亲的悲痛中。吴迪派菜鸟出去抓回苏子。深夜酒吧里，紫晴劝慰章盛不要悲伤，并挽留他，章盛起身离开，刚好与经过的苏子擦肩而过。辛妹儿和董小洁带章天音去酒吧发泄情绪。老五跟踪章盛，不小心跟丢，章盛立马跑回去。

章天音质疑章盛车上的香水味，弄得章盛不快。章天音一气之下下车，然后拦了出租车去了安心墓地，而章盛则不放心，偷偷跟在她后面。吴迪从监控录像里发现孙子川放走苏子的证据，将孙子川关进了小黑屋。苏子在学校偶遇章天音，章天音告诉辛妹儿自己看到了苏子，看不见隐形人的辛妹儿认为章天音在说胡话。苏子找到一个破仓库住下。章天音梦见了这样一句话：你的母亲是被人暗害。明天晚上八点请去深夜酒吧。章天音不解。

章天音去酒吧寻找真相，不小心喝醉，被苏子看见。章盛去酒吧背着喝醉的章天音离开，紫晴知道章天音是章盛的女儿，她偷偷打电话告诉老五。章盛质问紫晴为什么让他女儿喝酒，说着两人又纠缠在一起。苏子发现醉意的章天音出门，连忙扶着她向前走，背着章天音快速走近破旧仓库里。男生宿舍，吴一帆要臭虫帮他去女生宿舍偷拍一张章天音睡觉的照片，以解他相思之苦。深夜酒吧里，喝醉的章盛失口说出隐形研究所。

章天音醒来，发现自己和苏子呆在破旧仓库里，从地上跳了起来，连忙去学校上课，苏子追了出去。苏子在学校到处寻找章天音，将书包递给她，章天音不允许苏子跟着自己。老五和打手在教学楼四处闲逛，寻找着章天音。下课后，辛妹儿偶遇赵一轩，两人相谈甚欢，并一块吃饭。学校食堂门口，章天音发现苏子，同情他，提出请他喝奶茶。赵一轩向神秘人汇报，已经和章天音的闺蜜辛妹儿成了很好的朋友。

老五向董小洁打听章天音，董小洁看出他们不是好人，敷衍过去。苏子发现老五，感觉不对劲，立马拉起章天音躲在办公楼卫生间里。苏子和章天音走在校园里，章天音得知苏子是从隐形人研究所里逃出来的，决定给他安置一个地方——闲置实验室。戴着红外眼镜的菜鸟开车在马路上找寻苏子。吴迪来到小黑屋，发现孙子川已经绝食三天。在深夜酒吧，章盛和别人在偷偷毒品交易，紫晴都看在眼里，试探着提出和章盛合伙做生意，章盛拒绝。

章天音带苏子去食堂吃饭，吴一帆和臭虫骚扰章天音，苏子把他们打了一顿，好奇的辛妹儿偷偷跟在后面，知道了章天音有个隐形男友的秘密。辛妹儿提议要和吴一帆、臭虫一起联合起来，对付章天音，吴一帆受蛊惑答应了。隐形人研究所的小黑屋里，孙子川从吴迪那里得知自己竟然有个女儿，惊讶万分。章盛接到老五的威胁电话，用章天音来威胁章盛，章盛非常生气。

苏子和章天音躺在闲置实验室里，互相聊起自己的过去。辛妹儿告诉赵一轩隐形人的秘密。紫晴寄给赵一轩红外眼镜。吴一帆也在家发现了红外眼镜。辛妹儿约章天音见面，老五趁机绑架章天音，苏子立刻解救章天音，遇到戴红外眼镜的吴一帆，产生冲突，吴一帆摔倒在地，苏子和章天音跑走。辛妹儿赶来质问章天音和赵一轩到底是什么关系，章天音提到绑架的事，辛妹儿莫名其妙。章天音这才明白绑架与辛妹儿无关。

章天音知道秘密被发现，让苏子离开，苏子不答应，两人僵持又和好。赵一轩设计绑架章天音，把苏子引到悬崖边，赵一轩想抓捕苏子，两人打斗时，苏子不幸坠入悬崖，章天音伤心不已。赵一轩任务失败，很憋屈，拿辛妹儿泄愤。章天音去山下寻找苏子，却没找到，她在实验室发现苏子的玉佩。

打手在酒吧发现紫晴和章盛，老五准备开始行动。章天音质问章盛是否是自己亲生父亲，两人发生语言冲突，章天音想起章盛和苏子有一样的玉佩。校门口，辛妹儿质问章天音为什么上了赵一轩的车，章天音反问辛妹儿赵一轩为什么劫持自己，两人僵持。孙子川质问吴迪是不是害死了苏子，不解。章天音在家偷偷翻找玉佩，发现章盛回家，赶紧离开。章盛突然回家，发现家里有点乱，心生怀疑。

苏子突然又出现在章天音眼前，并告诉章天音，是一位老伯救了他，但自己失去了隐形的能力。这又被辛妹儿发现，辛妹儿和赵一轩达成合作，答应帮他抓到苏子。章天音带苏子去她家寻找玉佩，却发现地下室的钥匙，不巧章盛回来了，他们立刻离开。老五接到打手的求救电话，却找不到打手。

苏子帮章天音调查安心车祸事件，却发现自己失去闪回往事的能力，苏子决定重返实验室偷隐形液。辛妹儿找到吴一帆，要和他们联手对付苏子。辛妹儿偷偷勾引苏子，苏子不为所动。苏子偷了睡着的巡逻员的卡进入了隐形研究所，寻找到隐形液并成功离开。

苏子又变回了隐形人，他的身体发虚，有气无力，他来到章天音身边。章天音和苏子站在家里的地下室，复原现场曾经发生过的事情，他们看到惊人一幕。当苏子说出真相时，章天音不相信苏子，苏子伤心离开。章盛的车发现酒吧没有营业，紫晴一个人呆呆坐在吧台里面。章盛拉起紫晴就走。章盛告诉吴迪，为了紫晴的安全，他要把紫晴暂时安顿在隐形研究所里，吴迪无奈，只好答应。孙子川发现紫晴出现在研究所，吓了一跳，吴迪不让孙子川和紫晴接触，紫晴表示质疑。而老五终于找到了章盛。

老五与章盛愤怒地看着对方，在短暂的停顿后，两人尽最大力量冲向对方。苏子坐在破旧仓库里，他手里拿着双鱼玉佩，在思考一些问题。年轻时的章盛拖着行李箱想往外走，苏子妈妈紧紧抓住章盛的胳膊，不让他走。章盛甩开苏子妈妈的手，拖着行李箱快速走出门。经过一番激烈打斗，章盛明显不敌老五，败下阵来。孙子川研发成功，说紫晴给他带来了幸运。章盛和老五去往隐形研究所，比例分成老五为六。老五押着章盛站在吴迪前，吴迪看着章盛满脸是伤，好像明白了什么。紫晴走过来，要去吴迪的办公室，被保安拦住了。章盛感谢孙子川，孙子川揭穿章盛就是当年绑架他的人，孙子川警告章盛不许伤害他的女儿。孙子川趴在实验台上痛哭。

苏子找到玉佩，两块玉佩合二为一。苏子告诉章盛自己是他曾经抛弃的儿子，章盛大惊，仓皇逃出家门。章天音告诉苏子，孙子川是她父亲，他们来到了京华大学，苏子闭着眼睛，感受着京华大学实验室曾经发生过的一切。苏子和章天音又去章家，苏子开始复原现场。客厅外，章盛听到了章天音和苏子的对话，悄悄离开。吴迪走进实验室，找孙子川要500CC的还原剂，孙子川表示不再相信他。章盛准备给吴迪打电话，又没打。辛妹儿向章天音道歉，并邀请她一起去参加野餐吴一帆和臭虫正在桌上拿着笔和纸指指点点，看上去很神秘。苏子悄悄来到章盛家里质问章盛，并把自己的玉佩放在了他家桌上。

野外寻宝游戏，章天音失踪。苏子去山洞边寻找，被吴一帆抓住，苏子知道自己中计。苏子被绑在车后座，吴一帆开车，被老五的车拦住，老五把苏子抢走。章天音大哭，吴一帆发誓要帮章天音把苏子救出来。章盛给老五打电话，威胁老五交出苏子。老五家，苏子说服老五放了自己，老五说不可能。章盛去酒吧找紫晴，紫晴说自己换个环境。孙子川趴在实验桌上睡着了，梦见自己在森林里边跑边找安心，孙子川收拾东西想逃跑。吴小花和吴小朵在家疯闹假装自己是隐形人，吴迪很不耐烦，吴一帆更加怀疑吴迪。孙子川逃出研究所大门，报警器响了。神秘人给老五打电话，让老五看好苏子。孙子川拼命往前跑，被巡逻员狂追，孙子川摔倒在地，被巡逻员押了回去。

吴一帆、董小洁、臭虫和章天音密谋如何救出苏子。赵一轩给老五打电话，让他一手交钱，一手交货。老五将枪藏在胸前。老五的车行驶在路上，赵一轩在电话里向神秘人保证自己一定完成任务。吴一帆、臭虫、章天音、董小洁跟踪辛妹儿到老五家单元门口。老五和赵一轩厮打在郊外，赵一轩开枪。章天音给了辛妹儿响亮的一个嘴巴，辛妹儿寡不敌众，跑出去，她辛妹儿独自在舞池里狂欢，好像在发泄着什么。辛妹儿醉醺醺回到宿舍，大闹，被董小洁扇一巴掌。此时的老五一瘸一拐逃出赵一轩的枪口。章盛寻找苏子，在老五家楼下找到苏子，章盛把苏子带走，章盛问苏子为什么要救他，苏子说自己不该存在，章盛让苏子去找章天音。

赵一轩拿着枪，狼狈不堪地走着，神秘人问找到苏子没，赵一轩说自己任务失败。老五在家痛苦给自己包扎。老五给章盛打电话，骗章盛带走苏子，章盛觉得有诈。吴一帆在家里翻箱倒柜找着吴迪的资料。章天音、苏子，吴一帆坐在车里，董小洁开车，他们的车向郊区驶去，来到研究所门口，看到老五。老五押着吴迪，走进隐性研究所，救出孙子川，孙子川逃跑。吴一帆把孙子川拉上车，董小洁快速开车。董小洁和老五的车一前一后在飞快地追逐。孙子川用小刀把自己脖子里的跟踪器挖出来，吴迪告诉章盛：孙子川逃走了。董小洁的车把老五的甩出老远。吴迪告诉章盛孙子川逃走了。老五静静坐在车里，好像在思考着什么，而章盛给枪装上子弹。

孙子川在安心墓碑前流泪，章盛躲在树后面，掏出枪，对着孙子川。不远处，老五正观察着章盛。赵一轩在远处的车里观察着墓地。苏子和章天音安慰孙子川，此时，四辆车行驶在路上。赵一轩看到老五的车猛然提速，章盛发现老五的车后追逐。戴着红外眼镜的赵一轩拿着手枪逼孙子川和苏子上车。吴一帆和臭虫去警察局报警。吴迪离开前将里面最后一摞资料放进书包里。董小洁开车，章天音坐在车里，她们尾随赵一轩的车。研究所被举报，吴迪打开门，走进去不到十米，就被警察按倒在地。赵一轩在静静喝着茶，苏子和孙子川被绑在旁边。章盛狼狈地走进深夜酒吧，紫晴走过来，递给章盛一封信，上面写着：孙子川和苏子在我手里。

孙子川与苏子醒来，章盛坐在书桌前写信，准备离开。辛妹儿很诚恳地向章天音道歉，拿出一个U盘交给董小洁手上，里面是辛妹儿偷偷拷贝的赵一轩的资料。章盛带着安心的照片离开。孙子川要紫晴放自己出去，紫晴不同意，章盛要带紫晴一起走，紫晴拒绝离开。章天音和苏子回家，章天音发现母亲的照片已经不在了。章天音和苏子在地下室搜索，发现枪和毒品。紫晴坐在审讯室里一言不发。警察拦住想逃跑的章盛，发现紫晴故意藏在他车上的毒品。章天音让孙子川住实验室，孙子川很喜欢。苏子把隐形研究所的内部门禁卡还给孙子川。

警察把档案袋扔在紫晴面前，问紫晴是否认识照片上的女孩，紫晴否认。章天音带孙子川在食堂吃饭，被同学指指点点，吴一帆教训那俩同学。孙子川、章天音和苏子去吴一帆家。苏子看到章天音和吴一帆亲密说笑，悄然离开。孙子川在床底下找到实验笔记，感慨万千。章天音和苏子进入赵一轩家，苏子观察着赵一轩家的一切，开始碎片还原。孙子川正在教吴小花吴小朵认字，有人敲门，门口站着一个女警察。

警察审讯章盛老五是不是他杀死的，章盛否认。紫晴看着吴小朵不说话。章天音和苏子路到深夜酒吧门口，信息碎片又出现在苏子的眼前。警察要章盛交代520克的毒品是从哪里来的，章盛肯定是周紫晴放在他车里的后备箱里的，紫晴不承认。吴迪交代章盛怂恿他从事隐形研究，并策划绑架孙子川。警察审问紫晴老五是这么死的，紫晴不做声。章天音和苏子一起去看望章盛，章盛泪崩。章天音拿出毕业照给孙子川看，孙子川对章天音回忆起自己的昔日。

年轻时的章盛抛弃了苏子和他的母亲，他喜欢安心。孙子川在实验室研究隐形，安心在一旁和孙子川吵架，安心哭着跑出实验室，章盛问安心谁欺负了她。孙子川失踪后，得知安心怀孕，章盛在短暂的犹豫后承诺照顾她们。缅甸某地下赌场，豪华酒店房间，黑寡妇原头目黑桃正在睡觉，紫晴吩咐阿力毒死黑桃。安心背靠礁石，准备做最后的告别，然后投海自杀。礁石的另一边，紫晴正准备和黑衣人交换皮箱，突然发现礁石上一个人正看着他们。

苏子和章天音在赵一轩家找到了重要证据，将白手套证据交给公安局。苏子来到小屋，发现老伯不在。苏子决定等老伯回来。因想念苏子，章天音、吴一帆、辛妹儿、董小洁、臭虫要去找苏子。看到前面有个老伯，章天音劝老伯上车，送他回家。警察告知紫晴她遗失在赵一轩住处的白手套，上面汗液检测出来的DNA与她的一样。紫晴认罪。一行人终于把老伯送到了家门口。章天音突然发现站在小屋门口的苏子，飞奔过去。三声枪响，紫晴被枪决。