一架满载乘客飞机从德国汉堡起飞目地美国波士顿有个从登机起就一直狂躁不安乘客掏出一支注射器给自己注射了一管很像胰岛素东西片刻之后整个身体开始液化这种现象迅速传遍了整个机舱所有乘客和机组人员身体都跟着开始融化……飞机准时波士顿洛根机场降落但飞机上无线电通讯却始终保持沉默……Olivia和John启动了全面调查程序们一间秘密实验室里发现了一大堆化学实验设备John发现一名男子男子开始逃跑并掏出自己手机当按下几个键后实验室爆炸了当Olivia苏醒来时发现自己躺医院John还活着唯一不同整个身体已经水晶化了各种拯救John方法都失败了面临失去爱人痛苦Olivia只有求助于唯一能帮人－－天才科学家WalterBishop博士人们一直认为WalterBishop博士有精神病"极其危险"并将其锁精神病院里只

波士顿一家廉价旅馆一名年轻男子（后来才知道叫Christopher）刚与一个名叫Loraine（注意不Lorraine所以说了句：只有一个R）舞女一夜情走进洗手间从随身包中取出一支注射器好像准备着什么这时听见Loraine尖叫声痛苦地捂着肚子大叫肚皮上似乎有什么东西滚动着Christopher放下神秘配制剂把Loraine抱上车去医院途中Loraine腹部开始变大成球状Christopher把丢医院街头后匆忙逃离现场医生马上准备接生们听到恶心撕裂声音Loraine死了医生马上切开那巨大腹部们眼瞳吓得放大一名护士恐怖中尖叫波士顿市中心Broyles特工与调查委员会正举行绝密会议委员会成员中包括超级动力公司高级雇员NinaSharp当Broyles特工介绍三人调查小组时候NinaSharp对"疯

剧情）。奥莉维亚被告之约翰的尸体一直被保存的秘密。而奥莉维亚为了调查真相再次进入约翰的记忆后，开始跟记忆中的约翰对话，约翰告诉奥莉维亚他其实隶属于国家安全局下的机密特遣部队，执行的是不被承认的秘密任务，目的是猎杀制造恐怖生物化学武器并高价出售的生物学家‘Conrad’。之后奥莉维亚和彼得假扮成购买者与Conrad的手下交易，最终抓获了Conrad。事件结束后，奥莉维亚最后一次进入约翰的意识与他告别，并接受了约翰的戒指。

纽约布鲁克林区一个阳光明媚中午一个看起来很怪异光头坐一处建筑工地对面小餐馆里点了一份很怪异午餐（三明治中添加了11个辛辣无比塔巴斯科辣椒）然后记事本上写着一串又一串很怪异字符还不时用一部很怪异望远镜查看工地上施工情况突然建筑工地上发生了剧烈爆炸一台吊车砸向旁边建筑四周尘土飞扬人们四散逃命光头却很从容地走向爆炸现场掏出"手机"通知某人："它抵达了"凌晨Walter一直床上默默背诵无醇饮料配方睡不着Peter又烦又气Peter再次向Olivia表达了退出"调查小组"想法－－因为作用仅仅一个保姆对于调查"ThePattern"没有任何帮助说得也许没错但Walter也明确告诉过Olivia：如果Peter退出也会退出Peter有些无可奈何Broyles把"三人小组"召集到爆炸现场官方鉴定结论为：爆炸

Joseph一家货运公司上班生活一塌糊涂但有一项特别之处：当靠近任何电器时候只要情绪激动那些电器就会出问题糟糕这项"异能"直接导致一台满载乘客电梯坠毁所有人都死了……除了Joseph自己注意：当Joseph走进电梯时候"观察者"正好从里面出来还看了Joseph一眼与此同时Olivia正把自己"撞鬼"事情告诉知心好友Charlie"鬼John"只出现了短短一瞬所以Olivia不能确定这事实还自己幻想Charlie认为Olivia心灵创伤还没有恢复鼓励想开点哈佛大学地下室里Walter和Peter正聊天Broyles带着Olivia走进来将神秘电梯坠毁事故描述了一遍要"三人小组"立即着手调查经过工程人员初步分析电梯制动系统并无问题不知什么原因电梯出现电流超载现象自己"开"到"地上"去了随后Wal

两名身穿防辐射服男人将一个名叫Emily女人拖出汽车遗弃马路中央Emily跌跌撞撞地走进附近一家小餐馆好心服务员向提供了一些蔬菜汤Emily记不起自己发生过什么事服务员于打电话叫来一名警察警察盘问下Emily战战兢兢地透露说一些奇怪人逼服用红色药物看到Emily情绪过于激动警察打算把带回警局就此时整个餐馆里人全都开始尖叫眼中流出鲜血……而Emily……脑袋爆炸了！第二天一大早Olivia、Peter和Walter赶到现场协助调查Broyles称这些人都因受到过量辐射而死而Emily身体里发出辐射达到了其人三倍Walter要来一套防辐射服走进被封锁餐馆里仔细查勘现场Walter发现Emily患有一种很罕见绝症拥有3亿人口美国大约只有3000例左右还发现那倒霉警察大脑已经被煮熟了Olivia来到

FBI特工LoebBroyles办公室里突然瘫倒地事先没有任何预兆Loeb被送到医院后急救医生认为心脏出了问题于立即实施紧急开胸手术令所有医护人员惊恐Loeb心脏并没有问题但心脏上却吸附着一只恶心寄生虫随时可能用尖利刺扎破心室Olivia、Peter和Walter立即赶到医院调查并将Loeb转移到哈佛大学地下实验室进行进一步研究Walter从寄生虫上取了一些组织样本发现寄生虫DNA中有一些重复序列这很不寻常现象Astrid利用密码学知识破译了这组奇怪DNA序列发现它们代表字母"ZFT"组合根据Broyles描述全球众多从事边缘科技研究独立机构（或组织）之一这些机构（或组织）虽然不大但遍布83个国家们研究项目或多或少与WalterBishop及WilliamBell上世纪70年代研究有关Bro

一个因为一场车祸而意外获得音乐天赋的孩子Ben在父亲的眼下奇怪失踪，沃尔特发现有人想借助孩子的能力解开一个数学公式。Ben在绑架者的百般折磨下完成了那个方程式，而这方程式是用来干什么的呢？用科学的话来说，就是一把钥匙，可以驱动某个仪器改变物质的相态，从而实现穿越实心物体的目的。Ben的绑架者将方程式交给一个男人（MitchellLoeb），这个男人做了一个实验－－他从厚实的密封保险箱里取出了事先放进去的苹果。然后他开枪杀了绑架者，打了一个电话说：“成功了”。（本集中有种有趣的设定：红绿灯交替闪烁，会使人催眠。本集中的主要反派角色使用这种手法绑架了很多"天才"－－受害人都是某领域内的专家。）

一个巨力公司的员工离奇死亡，奥莉维亚调查后发现可能和失踪者任职的巨力公司有关，为了查明真相奥莉维亚请求沃尔特让她进入约翰的记忆。事后沃尔特告诉奥莉维亚进入约翰的记忆十分危险，且不能和约翰交流，然而奥莉维亚收到一封来自已死约翰·斯科特的邮件，内容是“我在餐厅看见你了”(Isawyou.Intherestaurant)。

）Jones被弄出德国监狱后，似乎细胞分解重组对他的身体产生了副作用。街头一书报亭的老头在接受了一张纸币后突然发生异变，身体所有的孔洞发生闭合，最终窒息死亡。彼得根据线索找到一本Z.F.T手稿。Jones自动来到FBI‘自首’，要求见奥莉维亚，要她去取他存放的某个物品然后接受一个测试，否则就他安置的一个炸弹装置就会爆炸。奥莉维亚取回的测试装置是一组灯泡，在不能碰的情况下要灯熄灭，彼得做了手脚伪装成成功通过测试Jones说出了炸弹防止地点，但是，取消装置与测试一样，要奥莉维亚用‘意念’让灯泡组熄灭才能阻止炸弹爆炸，最后奇迹般的成功了。而被转入波士顿医院的Jones意外失踪，而一直在看手稿的沃尔特好像发现了手稿的秘密。

（延续上一集剧情）奥莉维亚被绑架，但最终逃脱，并且从绑架地偷取试验样本。国土安全局派来跟奥莉维亚有过节的Harris监督潜科学分部的工作，Harris处处与奥莉维亚作对。此时，波士顿大学里一教授突然倒地休克，并从他嘴里爬出恐怖的不明生物。此事又是Loeb在背后搞鬼，但奥莉维亚无意中发现他就是绑架犯之一，驱车赶往其住处，发现了不明生物的资料，同时Loeb的妻子Samantha准备杀死奥莉维亚时，反被击毙。Loeb被捕后得知妻子的死讯，承认了所做的一切，但却说绑架奥莉维亚是为了救她，使事情变的更加扑朔迷离。

一少年在电脑前讲电话，此时屏幕弹出一个接收框，少年点开后，屏幕出现各种闪烁凌乱的画面，少年仿佛被催眠般呆滞，随即从屏幕里伸出一只手，抓住了少年的头部。之后少年尸体被送至沃尔特实验室，脑部液化死亡。随后，同样的离奇事件在其他地方依次出现。奥莉维亚因此走访少年的好朋友了解情况，并发现所有事件皆为此少年父亲的报复，最终凶手饮弹自尽，事件收尾。

一架飞行的飞机机舱内，一男子突然鼻血不止，最后变身成怪物，导致该航班坠毁无一生还。FBI介入调查，怪物尸体照例被运回哈佛的实验室，沃尔特在怪物的手掌里发现一片玻璃磁盘（回忆第三集剧情）。奥莉维亚被告之约翰的尸体一直被保存的秘密。而奥莉维亚为了调查真相再次进入约翰的记忆后，开始跟记忆中的约翰对话，约翰告诉奥莉维亚他其实隶属于国家安全局下的机密特遣部队，执行的是不被承认的秘密任务，目的是猎杀制造恐怖生物化学武器并高价出售的生物学家‘Conrad’。之后奥莉维亚和彼得假扮成购买者与Conrad的手下交易，最终抓获了Conrad。事件结束后，奥莉维亚最后一次进入约翰的意识与他告别，并接受了约翰的戒指。

（剧情接第10集）Jones被弄出德国监狱后，似乎细胞分解重组对他的身体产生了副作用。街头一书报亭的老头在接受了一张纸币后突然发生异变，身体所有的孔洞发生闭合，最终窒息死亡。彼得根据线索找到一本Z.F.T手稿。Jones自动来到FBI‘自首’，要求见奥莉维亚，要她去取他存放的某个物品然后接受一个测试，否则就他安置的一个炸弹装置就会爆炸。奥莉维亚取回的测试装置是一组灯泡，在不能碰的情况下要灯熄灭，彼得做了手脚伪装成成功通过测试Jones说出了炸弹防止地点，但是，取消装置与测试一样，要奥莉维亚用‘意念’让灯泡组熄灭才能阻止炸弹爆炸，最后奇迹般的成功了。而被转入波士顿医院的Jones意外失踪，而一直在看手稿的沃尔特好像发现了手稿的秘密。

一座有着半个世纪历史的老式大楼即将拆除，一名光头小男孩从该大楼的密室被发现；与此同时，查理得到消息一个名为艺术家的连环杀手再度出现，他把信息马上告知了奥莉维亚。奥莉维亚则觉得自己与那个光头男孩有着千丝万缕的关联，并为之绞尽脑汁；沃尔特意外展现了一把舞姿，令众人惊讶并惊艳。

一群动物权益激进者闯入了一个秘密动物实验基地，放出了所有的被实验动物，包括某种未知的生物，两人被当场抓走，三人开车逃出，却在公路上翻车。奥莉维亚等人介入调查，沃尔特在尸体上发现了某种特殊毛发，让他十分担忧。查理在调查中被袭击，沃尔特由此确定袭击查理的是某种危险的基因融合生物。并发现他自己在20年前曾意图制作过这类生物，并且该生物在伤害猎物的同时，还会在猎物体下产下虫卵，被袭击的查理因此陷入死亡危机。沃尔特决定用该生物的幼虫诱捕，以获取它的基因救治查理。最终，怪物被抓住，沃尔特成功制造出解药。

奥莉维亚梦见自己在地铁站内将一个十八个月大女婴的母亲推入了轨道，新闻将该案件认定为自杀，奥莉维亚却怀疑是谋杀。菲利普给她24小时找到真相找回状态奥莉维亚找当地警察寻求帮助，并来到案件现场，并发现了梦中出现的红气球，但是现场录像却没有第三者。奥莉维亚再次梦见自己在餐厅迫使一名妻子刺杀了她的丈夫。奥莉维亚从餐厅服务员处确认了嫌疑人Nick，并通过联邦系统找到其本人的信息，奥莉维亚怀疑Nick孩童时参加过沃尔特的试验，并由此获得了影响他人情感的能力。沃尔特怀疑奥莉维亚也曾参加过该试验，并通过她的梦境找到Nick。最后，Nick被抓住，并通过药物陷入无限期的昏迷。

有一个连环杀手出没，手法残忍，将受害者杀害并抽取骨髓，一位男士向FBI报案说自己的妻子失踪，奥莉维亚和彼得以及他们的老搭档沃尔特必须在她被杀害前找到这位失踪者。随着剧情的发展，似乎一些非正常的现象都与年轻时候的沃尔特进行的“特别试验”有关，奥莉维亚也确认自己的小时候也参加了该试验，正是被沃尔特拿来做人体试验的小孩童之一。除此之外，沃尔特更大的秘密也被揭开。

在梦中梦到发生的事情的奥莉维亚，开始在清醒的时候“做梦”了，她看到了还没有发生的事情。在调查一个女性自燃的案件，奥莉维亚开始相信自己的“幻觉”。沃尔特澄清了自己和Z.F.T.的关系，彼得的秘密项目帮助解决谜团。一直出现在剧集中的暗线“观察者”与科学怪人沃尔特正面交锋。

一名“边缘档案部门”的团队成员被攻击，恐怖生物学家DavidRobertJones再度回归。巨力公司的创始人，沃尔特另类科研方面的旧搭档威廉·贝尔博士终于现身。与此同时，沃尔特·毕舍普博士再度失踪，观察者带沃尔特回到他曾经居住的房子找回记忆，并要求沃尔特利用穿越平行宇宙的装置补上两个世界之间的洞，从而保持世界之间的平衡。