联调局特工探员新生入院，探员之间互相调查并将他人的秘密进行测谎公布，公布过程中因真相被揭穿导致整场气氛过分紧张甚至失控，一名探员当场自杀。不久后在未来某一时间发生爆炸险情，女主“得救生还”并被要求回忆之前所有的细节。

所有探员们投身于紧张的新生体能和技能训练中。再切换到爆炸事件的时间点，联调局认为爆炸事件和卧底探员瑞恩重伤在帕里什家里均是由帕里什所为，而帕里什对此矢口否认，称嫌疑人另有其人。

所有探员在联调局学院进行沉浮训练后，在课上，探员们被要求要对同期其他探员进行心理侧写分析。分析结束，探员们被要求选出自己心中该被淘汰的三个人，如果不选就会自动产生十个淘汰人员。来到爆炸事件，联调局继续对帕里什进行调查并将帕里什的母亲带到联调局进行谈话。此时帕里什找到了西蒙让它帮助寻找陷害自己的人。

帕里什在新生特训的射击训练中表现出色，随即探员们又进行了模拟实战射击。在爆炸事件中，西蒙表面表现出竭力帮助帕里什，其实暗地里已经背叛了她，而对她的帮助也只是想博取帕里什的信任从而套出情报。但在即将实施抓捕行动的前一刻，西蒙带着帕里什逃跑了，让联调局扑了空。

所有探员在联调局学院进行拳击格斗训练。本周要进行以卧底训练为主题的课程。每位探员需要完全伪装成另一个人。另一方面，在爆炸事件中，瑞恩和西蒙告诉帕里什不要轻举妄动，联调局对帕里什下了格杀令，现在如果出现在联调局的视线，会被直接击毙。帕里什通过匿名网络想大众求助，幸运的是有人愿意帮助她。

帕里什从电视上看到关于自己的新闻，自己送的箱装防弹衣被联调局认为是引爆的危险品，她很气愤。镜头回到8个月前，探员们自动形成两两配对，关系暧昧。课堂上，客座讲师为探员们讲解各项有关于监控的知识。瑞恩与逃离在外的帕里什通话险些被哈斯发现，哈斯此时已经成为联调局的一名管理者，他跟瑞恩说她有一天会把帕里什送上电椅。

帕里什和西蒙说自己时间不多，想让西蒙帮自己找双胞胎，而联调局这边也在同步寻找双胞胎。所有探员进行体能测试，如果不能超过上一次的测试成绩就会出局。西蒙一个人蹲在屋子里，想将自己发现双胞胎这件事真相大白，却被告知如果说出去将没有任何好处，也有一个选择是什么都不说，守住这个秘密就会消除处分，什么事都不会发生。课堂上，探员们开始考试，但是试卷是白纸一张，什么都没有。

探员们还是仍旧坚持着训练，时不时有点小激情。所有学员通过了上周的考试，开始训练的下一阶段，然而幸运的是在周末和晚上可以离开校区，并给每人分配了一个案件来锻炼独立处理能力。回到爆炸事件，瑞恩受伤中弹，帕里什扛着瑞恩进了一间小屋，找到小屋里仅有的酒精和小刀，准备把瑞恩身体里的子弹取出来，取弹过程因为没有麻醉使瑞恩痛苦不堪。

帕里什终于被捕，在联调局发现所有和自己有关的人已经都被抓了。所有探员在丛林进行跑步训练，谢尔比和哈斯半路野战，瑞恩告诉帕里什欧康纳已经一周没来了，于是帕里什没等训练完就离开了。帕里什来到欧康纳的家来叫他起床。联调局准备对投降的帕里什进行审讯，帕里什的律师来到联调局宣称要让联调局的人看看自己这次到底会有多狠。

联调局发出新闻假装帕里什已经向联邦法官进行了罪行的陈述并被绳之以法，欧康纳和米兰达救出了帕里什，帕里什和众人解释这是个计划，而帕里什被救打乱了这个计划，所以认罪是唯一的办法，这样才能在24小时之内找出第二颗炸弹和真正的罪犯。嫌疑人由1个变成61个，在这其中找出罪犯刻不容缓，众人纷纷加入。训练场地，早晨7点正在进行徒手搏击。

距离民主党全国大会还有四小时，米兰达想劝帕里什放弃，但是帕里什坚持要找出第二颗炸弹因为很多人都处于危险之中并且现在的联调局非常需要人手。早晨7点楼道内就在过圣诞节了，直至10点上课布置作业，每人分配了搁置案卷以供调查，而后学员们便进入了假期。联调局调查了西蒙，得知西蒙的消息后，帕里什去西蒙的家寻找他的踪迹和线索。

帕里什正在在酒吧看着有关于爆炸案的新闻报道，一个电信公司的首席技术官上前搭讪，帕里什分析出此人身份，骗他与自己亲热，然后顺利偷到了他口袋里的U盘。查理与恐怖分子团伙接触过，但是一点线索也问不出。探员们训练后，进了教室发现新一批探员正坐在教室等他们来，两批学员要进行比试，输的一批会任意淘汰5个人。

学员们照例早晨进行力量训练，中午11:30布置任务。瑞恩带着帕里什进入联调局返回工作。帕里什想和瑞恩一起去参加早间通报，但却被告知自己不在楼上工作了，而这是汉娜的命令，汉娜是负责联合反恐任务小组的特工，因为她的上级在银行爆炸案的时候都被炸死了，现在便由她来负责。正在谈话之际，帕里什的电话响了。

学员们训练开车技术，两两一组，每人一次做驾驶员和协助特工，而每组两个学员之间都暗自隐藏自己的秘密。早上9点，米兰达给学员们布置任务，此次任务是嫌疑人审讯，几个人进到课堂之上扮演被审讯的嫌疑人，学员们将要进行团队配合审讯，将没被定罪的犯人定罪。下了课，学员们马上开展了审讯工作。

恐怖分子给了亚历克斯一个药瓶，告诉杜德伟用它换一参议员的钱包。亚历克斯试图使开关，而西蒙记录了恐怖的电话，试图找到恐怖的真实的声音。亚历克斯行动的失败导致她撞上汉娜。之后，亚历克斯告诉汉娜关于恐怖分子和娜塔利的死，汉娜把她踢出。然而，在亚历克斯的家里，恐怖分子说，开关是制造的。

当哈斯改变她的日程时，汉娜和亚历克斯意识到恐怖分子将他的时间表改变了。两次暗杀行动的失败，也让汉娜付出了代价。瑞安认为是亚历克斯的责任，警告他要密切关注。西蒙吸取克莱尔的竞选活动附近的实验室被闯入的教训，编造一个可能的暗杀行动作为借口。弗吉尼亚州匡提科地区也因为上次的袭击破了产。

在他们最后一次使命中，西蒙和亚历克斯必须发现联邦调查局和中情局试图隐藏的资产。使用赖安跟踪他们定位的资产：威尔获得了通过黑客访问美国军事代码。瑞安未能向利亚姆证明，亚历克斯负责资产管理。威尔将主动自愿承诺在恐怖分子内部工作。在下降的时候，恐怖分子询问西蒙，交易所的司机被谢尔比透露。

亚历克斯发现，谢尔比带着西蒙的那租的那辆车。瑞恩和尼马间谍亚历克斯通过赖安的桌面。亚历克斯让瑞恩不再通过假装尼马为局工作。当计划失败时，她警告亚历克斯，克莱尔很快被激怒。参议员带亚历克斯她的家了，并且启动发射装置，现在是个瘾君子。亚历克斯克莱尔内疚地告诉他，她会在竞选结束进戒毒所四天。

赖安从娜塔利的母亲，谁没有收到她的消息，因为娜塔利离开了紧急离开。Ryan和尼马发现亚历克斯帮助娜塔利绕过安全的最后一天，她失踪前。而Caleb是在亚历克斯的公寓里，亚历克斯发现谢尔比在局，安装新的软件。两一起跟踪对方一个明确的定位，找到威尔，谁生病了，说他创造了一个核武器。在匡蒂科，国家正在学习不同的领域，他们可以工作。

瑞恩提出逮捕艾丽克斯,因为艾丽克斯是最后一个看到娜塔莉。与此同时,艾丽克斯和谢尔比出现了类似症状。德鲁瑞安声称是“声音”,让艾丽克斯通过瑞恩的计算机证据解密搜索。艾丽克斯发现瑞安驾驶的卡车有一枚核弹。艾丽克斯和布兰记录下瑞恩在芝加哥发生了什么事。

艾丽克丝开着带有炸弹的车，按德鲁指示行驶，却暗中联系了谢尔比。联调局查出艾丽克丝可能会引爆核弹，而谢尔比却带着克莱尔来到联调局，证明艾丽克丝是无辜。众人合力追踪德鲁下落。

原来奥康纳一直憎恨着FBI，他认为这个组织表面高风亮节，实则肮脏不堪，他要毁了它然后重建一个更好的FBI！为此，他从帕里什刚进学院时就开始策划此事，怎样嫁祸帕里什，偷了西蒙的图纸，监视他们，让他们的行动都在他的掌握之中，一切的一切都是他做的！两次爆炸，死的那么多无辜的人，这个人太可怕了！