迈克尔-斯科菲尔德(MichaelScofield)终于逃出了索纳(Sona)监狱，他随即展开了一场复仇行动。在剧中，他给某人写了一封信，在信 中他警告说他将会让公司(TheCompany)为他们的所作所为付出代价。“今天就是你们的祭日，”斯科菲尔德在信中写到。在洛杉矶，他眼见着格雷奇 恩(Gretchen)和惠斯勒(Whistler)从一辆由马洪(Mahone)驾驶的豪华轿车中钻出来，并且进入了罗斯福饭店。在乔装打扮成一个侍者 后，迈克尔走向了这群夺走了他一切的混蛋们。随后，惠斯勒跟一个男人做了笔5千万美元的买卖，而买卖的对象则是一枚对公司有着非比寻常价值的计算机存储 卡，拿到卡以后惠斯勒便杀了可怜的卖方。在惠斯勒正准备逃走之际，一直尾随的迈克尔出面制服了他。在格雷

迈克尔(Michael)和林肯(Lincoln)又和马洪(Mahone)，贝里克(Bellick)，苏克雷(Sucre)等人重聚了。不幸的是，他 们所需的那本惠斯勒的鸟类图书却在T-Bag的手里。迈克尔决定做手术去除身上的纹身，而且他拒绝使用任何的镇痛剂。第二天，安全局的特工唐给迈克尔和众 人详细讲了他们需要做的事情，在完成任务之后所有人都会予以自由，不过如果有任何一个人想开溜的话，所有人除了空手而归之外还得面临死刑。所以每个人都带 上了一个脚环监视器，这样唐和政府就能时刻监视所有人的动向了。随后迈克尔鼓励大家忘掉过去并且同心协力完成这项任务。而落单的T-Bag就没那么幸运 了，他独自游荡在墨西哥的沙漠中。既没有水也没有食物的T-Bag想要去美国找迈克尔可谓是希望渺茫。而另一边，迈克尔和他的

从寻找一张卡变为需要凑齐六张卡，事态的发展超乎迈克尔等人的预料，而唐-塞尔夫探员也只给他们一天时间来寻找下一个持卡人。从上次罗兰找到的邮件和其他 信息中，众人破译出一个重要的信息：4点时，下一个持卡人将会出现并且和第一个持卡人德克斯霍恩(Tuxhorn)接头。但是接头的地点和时间需要从另外 一些信件破译，众人需要到安纳海姆的邮件服务器主机去寻找这些邮件。另外一方面，组织也在寻找迈克尔等人的踪影，杀手怀亚特(Wyatt)抓住了贝内特， 并且用吐真剂逼他说出了莎拉现在在洛杉矶的信息。而由于事态发展的变化，国土安全局也临时取消了这项计划，塞尔夫被迫要把众人送回监狱。落单的苏克雷和贝 里克首先落网，而危急时刻苏克雷成功的发出了警告讯息。迈克尔等人巧妙的得到了邮件，他们一边要逃避追捕，一边要去寻找新的

苏克雷(Sucre)带着一名斯库拉存储卡拥有者的一张车牌号照片找到了迈克尔(Michael)。罗兰(Roland)查出这个人名叫埃罗-塔巴克 (ErolTabak)，来自土耳其。迈克尔于是开始设计逮到他。当他们找到他以后，迈克尔发现存储卡其实在埃罗妻子的手里。萨拉(Sara)随后接到 了唐-塞尔夫(DonSelf)的一通电话。电话中她得知她的朋友布鲁斯-本内特(BruceBennett)于昨晚被谋杀。当迈克尔，苏克雷，马洪 (Mahone)和林肯(Lincoln)等候埃罗的老婆时，他们在街对面发现了T-Bag并随即追赶他。迈克尔和林肯逮到他之后却悲哀的发现警察也盯上 了他们。于是他们四散而去，T-Bag也趁机溜走了。怀亚特(Wyatt)到达纽约之后就开始寻找萨拉。他接到了公司高层的电话，并被

迈克尔和林肯潜入了看守严密的财政部，成功的复制了第三张卡。将军命令所有持卡人要将卡片随时放在身边。迈克尔突然流鼻血，让林肯很担心他的健康。苏克雷和巴里克找到了T-bag，而格蕾琴从怀亚特的囚禁中逃出。马洪此时正酝酿着为儿子报仇。

迈克尔等人到赛马场追踪下一张卡，但在这次行动中马洪被捕了，而复制了信息的设备就在马洪身上。谢尔夫利用手段拿回了马洪身上的设备，却将他留在看守所不管。利用审讯的机会，迈克尔等人救出了马洪，并逃过了怀亚特的追杀。与此同时，T-bag化名为销售人员科尔-派弗开始在Gate公司内部进行调查。

林肯一行来到拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己做持卡人老婆的男伴才复制了信息，但罗兰的设备却被赌场没收了。莎拉发现迈克尔患了脑瘤，据说迈克尔老妈就是死于这种疾病。为了共同的利益，格蕾琴和T-bag开始在Gate并肩作战，他们绑架了迈克尔和巴里克，要求他们一起破解《观鸟指南》的秘密。他们发现Gate公司有个神秘房间。马洪救出了迈克尔和巴里克，并抓到了T-bag，但格蕾琴却打来威胁电话。

会有关于Sara的巴拿马酷刑监狱的闪回。一个警卫给了她一把钥匙，后来那人被Gretchen射杀了。ETA：闪回中的闪光点就是Sara致力于救助被枪伤的Sucre。在闪回中Sara试图去救助某个我们看不见的人的生命。她可能就是给Sara钥匙的女警卫。在现实中，Sara和Gretchen见面了。

擒住怀亚特，迈克尔等人威胁他骗将军众人已死。马洪折磨并杀掉了怀亚特，总算为儿子报了仇。为获得最后一张卡，格蕾琴去找将军，希望以往的旧情能起作用。迈克尔计划从Gate的神秘房间挖管道进入“公司”，此时他的病情越来越严重。在打通水管制造通道时，巴里克为了大家牺牲了自己的性命，最终被水冲走。

Mahone想要找杀他老婆孩子的人报仇，越到后面，他跟Michael之间的虽然会有分歧，但是默契会越来越好。似乎还有什么会让林肯跟Mahone之间的关系更接近Sarah因为那些痛苦的经历，会重新染上毒瘾，而且性格会发生一些变化，以后会渐渐有她的回忆，里面有提及到有人帮助她逃出来，但是那人被Gretchen杀了。Maricruz可能会出现。LJ不会加入这次的行动。Kellerman不能再出现。Sofia不会有很多的出现机会Gretchen没有死，她会杀死守卫，逃出来，住在她姐姐家，而且她还有一个孩子。据说Padman是公司权利最大的人，所以他们一群人都在找他。他们盯上另一个有Scylla的人，那个人结婚了，他们让Sucre去陷害他，结果那人居然找Sucre跟他老婆上床，因为他自己不举。Mich

Michael他们进入scyllaroom，在该集中那个冯先生，也就是会说中文的华人，他们用12.5亿美金，现金噢，购买scylla，手下问冯先生，scylla值12.5亿美金吗？冯先生说，scylla值两倍这个数，我们要么用钱去得到它，要么用杀人去得到它。Michael在进入scyllaroom的电梯时，将军从监视器上发现了。这季后面的很多内容，都是很压抑的。尤其是Michael他们被Self出卖，被追踪时，Michael最后看一眼远处的Sara,剧本描写说，那一眼像是在告别。还记得那个威胁DonSelf的那个特工，是DonSelf的上司的那个，他在某一集（第九或第十集）中用枪指着Michael，说他要counttothree，如果Michael还不跟他达成协议的话，就开枪。还记得Self

T-Bag在Emily面前，Rita的感召下，又想到了以前他所爱的Susan一家，最终还是没有杀掉她们两个，而是把她们放了。但他又绑架了一个上门来推销圣经的推销员.那个圣经推销员叫Ralph，T-Bag看见他戴的戒指，告诉Rita,这个人是公司的。Michael被将军抓住后，他又开始流鼻血了并且昏倒了。将军在看他的CT扫描结果，将军的医生告诉将军，病人的耳垂附近的大脑里有恶性瘤，如果不切除，有死亡危险。将军问医生，以前是否遇到过这样的病例，医生说，“ONCE”。将军正准备说话，手下报告说，Lincoln求见。Lincoln请求要看看他的弟弟。

原来谢尔夫耍了所有人，他利用国家安全局的身份让迈克尔和林肯等人为他卖命，只是为了得到Scylla然后卖个大价钱，现在众人不得不继续逃亡。为了找到买家，谢尔夫囚禁了格蕾琴的女儿。在与买家交易时，谢尔夫发现有一小部分Scylla不见了，迈克尔早已偷偷将它藏了起来。

谢尔夫到处寻找着丢失的部分，T-bag负责看守格蕾琴的女儿和妹妹，却被一个“公司”伪装的杀手擒获，但他放走了格蕾琴的女儿和妹妹。迈克尔从谢尔夫处夺回Scylla，但在逃亡的过程中他脑瘤病发，最终被“公司”抓到，而Scylla也再一次被谢尔夫偷走。为了救迈克尔，林肯同意加入“公司”并找回Scylla。

在公司的胁迫下，林肯与苏克雷等合作开始寻找Scylla。在交易的过程中，卖家打伤了谢尔夫并抢走了Scylla，林肯与苏克雷擒获了格蕾琴与谢尔夫。公司派医生为迈克尔做脑手术，昏迷中DBCooper闪现在他面前，迈克尔悟出了Scylla真实价值。手术成功了，醒来后迈克尔告诉莎拉Scylla是一套先进完善的太阳能利用装置。迈克尔知道林肯加入“公司”的事，随后又发现自己的母亲原来也是“公司”的一员。

林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag来到迈阿密寻找Scylla，随后马洪也加入进来。格蕾琴发现买家就是“公司”的人，而且已经背叛了“公司”。在与卖家的激战中，格蕾琴中枪被留给了警察。此时迈克尔已经被“公司”囚禁并洗脑，希望他能为“公司”服务。迈克尔被告知自己的母亲克里斯蒂娜还活着，并且一直为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人接通了电话，他不知道这个人正是自己的母亲。

Michael接到神秘电话，限其12小时之内收集全部6块Scylla换取sara的性命。Michael面临背叛亲情与背叛爱情的抉择。场景：Michael和Sara在逃亡，与此同时Lincoln在联系那个他相信是其母亲的人。

场景：Michael迫使一家小型私人飞机在去掉信号灯后降落，并把枪指向了空中协管员。一个狙击手试图射杀Mahone。当 Lincoln试图从被刺伤的狙击手处获取信息时被他逃脱了。当狙击手跑进交通要道时就被杀害了。Sara和Michael把一个名叫 ColinPetrovsky的人拽进了他们的车里，问他关于一个叫SamanthaRichmond的人的事。Petrovsky以为他被绑架了， 但很快就发现Michael和Sara并不是冲着钱来的。就在这时一辆SUV很快接近他们的车。他反复说道他不知道谁是Samantha，他只是一个来镇 上参加会议的老师。SUV里突然有人拿出一把枪射向Michael和Sara的车并引发车祸。T-Bag被一个警察打伤了。片场：Michael，Sara，Lincoln，

迈克尔囚禁了自己的母亲希望获得更多信息，但克里斯蒂娜却告诉他林肯不是他的亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露了众人的秘密，希望在将军面前获得一席之地。将军从教授口中逼出了克里斯蒂娜的秘密。印度首相之子出席高科技展会，却遭到枪杀。

DonSelf，T-Bag，猫女依旧在追踪Michael，想夺回Scylla，而且越追越近；Lincoln打电话给Michael，告知LJ被 将军绑架，他们的目的和绑架SARA的那伙人一样，同样想得到全部的Scylla，并且定下最后交易期限。Michael听到后痛苦不堪，Lincoln 不忍试探Michael的决定。是救SARA还是救LJ。

DonSelf，T-Bag，猫女终于在一家纹身馆门前找到了Michael，Michael的头被枪指着不得不带他们去取Scylla。 Michael设计逃身，不料却被意外的情况缠住，就在危机关头，Mahone出现，缠住他们,并让Michael逃跑。与两伙交易的期限越来越 近，Lincoln焦急万分，却突然接到Michael的电话。

Michael救出了Sara，Mahone假装背叛他与他母亲交易，条件是救出他妻子和放出林肯。母亲被实际上伪装成锡拉的炸弹炸晕，Mahone带着 林肯脱逃。简单救治后大家离开。将军被设计抓住，母亲跟踪林肯的手机找到他们拿到锡拉，麦克要杀死母亲时子弹卡壳，危急时刻sara杀死母亲。 Kellemen帮大家脱罪。N年后大家给麦克上坟，原来他旧病复发还是牺牲了。

最后一越（PrisonBreak:thefinalbreak）Sara由于打死了 Michael的妈妈，被起诉，关在监狱里了，Michael决定帮助Sara越狱，Michael制订了一个计划，就是从监狱的一个供电房逃出，不过 最后那个电闸故障，吻别之后，Michael告诉Sara他时日不多了，救了Sara,也值得了，Michael只好牺牲自己拉开电闸，以便于Sara可 以打开门逃走，一阵火花之后，Sara逃出那个地下供电房，Sara一出来，Lincoln他们就问Michael怎么样了，Sara望着那个供电房出 神，大家也料到了，于是Lincoln就带着Sara来到了Mexico，Sara为Michael生下了一个小孩，过着安逸的生活，而伴随着 Michael的则是那个亘古不灭的梦与憧憬~！！