迈克尔-斯科菲尔德在完成了最后一幅刺青第二天，持枪抢劫了一家银行。被捕后他非常合作地承认了罪行，法官因此同意了他的要求，判处迈克尔在芝加哥近郊的福克斯河监狱服刑五年。迈克尔被安排在A楼40号牢房，室友菲尔南多-苏克雷自告奋勇向他介绍监狱的各色人物，但是迈克尔只想见到一个人：被判死刑的哥哥林肯-巴罗斯。但是要接近林肯就必须进入监狱工厂工作，而工厂掌握在昔日的黑帮老大、今日的监狱风云人物约翰-阿布兹的手中。迈克尔告诉前来探监的律师维罗妮卡别在他的案子上耗费时间，林肯是被诬陷的，他没有谋杀副总统的弟弟，如果她仍念及昔日与林肯的恋情，就应该尽力查明事件真相。远在华盛顿特区，特别探员黑尔和克勒曼对林肯的死刑感到担忧，因为主教迈克莫罗打算替林肯争取缓期执行。阿布兹接到手下传来的消息，有人知道了令他入狱的

迈克尔向狱友暗示逃狱的计划，维斯特莫兰嘲笑他坐牢三天就想越狱，而且另一个危机正在迫近，福克斯河监狱的种族冲突已经一触即发。迈克尔从手臂的纹身上抄下了“施韦策-艾伦11121147”这串文字，他找到了序列号为11121147的螺丝钉，但是旋下的螺钉被“背包”抢走并交给了跟班梅泰格。迈克尔告诉林肯他们将通过医院逃走，这就是他伪装成糖尿病人的原因。蒂姆-吉尔斯向维罗妮卡出示了谋杀案现场的录像带，维罗妮卡绝望地看到林肯的确曾向车内的死者举枪，但是林肯解释说当时斯迪曼已经死了，他根本没有扣动扳机。而特别探员黑尔和克勒曼从蒂姆那里得知了维罗妮卡正在重新调查这个案子。监狱暴乱中迈克尔趁机接近梅泰格抢回了螺钉，但是梅泰格在混乱中被刺身亡，“背包”把这一切归罪于迈克尔。迈克尔照着纹身上的图案把螺钉磨成了一把螺

萨拉-唐克瑞蒂医生为迈克尔包扎了伤口，但为了不影响他的越狱计划，迈克尔请求萨拉不要把这起事件报告为故意伤害。林肯和迈克尔借工作的机会讨论挖掘的进度，迈克尔决定测试室友苏克雷能否保守秘密。苏克雷日夜思念着女友玛丽克鲁兹，他看到迈克尔将一部手机藏了起来，但在狱警贝里克的威胁下，他说出了迈克尔的秘密。谁知那部手机只是肥皂刻成的模型，愤怒的苏克雷被换去别的牢房，患有精神疾病的“铁丝”成了迈克尔的新室友。由于忙于调查，维罗妮卡多次拒绝未婚夫塞巴斯蒂安的结婚要求，结果两人以分手告终。谋杀案唯一的线索兰迪卡遭到了绑架并被枪杀，维罗妮卡意识到自己面对着可怕的阻力。阿布兹改变了策略，他替迈克尔摆平了一心报仇的“背包”。阿布兹追问何时能得到证人的下落，迈克尔回答：“当我们越狱成功，你给我一架飞机，我给你斐波纳契

患有精神疾病的“铁丝”持续拒绝服药，他对迈克尔身上的纹身产生了极大兴趣，不但四处尾随迈克尔，甚至撕扯衣服以临摹那些纹身。与此同时，苏克雷发现女友玛丽克鲁兹渐渐被追求者赫克托的谎言蒙蔽，他害怕当16个月刑期届满的时候，玛丽克鲁兹也许已经被夺走了。迈克尔从监狱的储藏室和阿布兹那里得到了两种化学药剂，借注射胰岛素的机会将它们倒入了医院的下水道，两种药剂立刻发生了剧烈的化学反应，开始腐蚀水管。回到牢房的迈克尔故意将额头撞破，成功地把“铁丝”赶走，迎回了也迫切想越狱的苏克雷。维罗妮卡向专门调查死刑案件的“公正工程”办公室救助，尼克帮助她发现了谋杀案背后牵涉到的利害关系。秘密探员黑尔和克勒曼寻机搜查了维罗妮卡的家，一张她与林肯、迈克尔的合影引起了他们的警觉。意识到迈克尔离奇的犯罪入狱的过程，秘密探员决定

典狱管亨利-波普拒绝了迈克尔的迁移令，黑尔和克勒曼用一份机密文件“说服”了他。迈克尔、林肯、苏克雷和阿布兹聚集在工棚里核对越狱的细节，他们并不知道迈克尔的迁移令已经被批准。迁移令虽然一时打乱了越狱计划，但在维斯特莫兰的指点下，迈克尔提出了正式申诉，这步棋为他们至少赢得了30天的时间。维罗妮卡与尼克请专家芬克研究了谋杀案现场的监控录像带拷贝，芬克发现虽然像带的画面看不出剪辑的痕迹，但其中的枪声明显是后期伪造的。维罗妮卡两人感到非常鼓舞，他们立刻去申请调用录像带母带，但却被告知由于水管爆裂导致证据室一片狼藉，母带已经无法使用。牢房坐便器后的通道已经挖穿了一部分，黑尔和克勒曼以波普私生子的秘密胁迫他毁掉了迈克尔的申诉书。与此同时，迈克尔在苏克雷和阿布兹的掩护下成功的预演了一次越狱过程，测出了越狱所

迈克尔的挖掘工作遇到了的阻碍：一道坚实的水泥墙。虽然他有把握挖开它，但是一日多次的查房令他没有办法赶上预先计划的越狱日程。苏克雷提议挑起一场骚动，随之而来的防范紧闭期会带来充裕的时间，于是迈克尔设法使监狱的空调系统发生了故障。维罗妮卡和尼克带着一个好消息来探视林肯，当初声称目击林肯谋杀的报警电话虽然是匿名的，但是尼克却发现它来自遥远的华盛顿，虽然这不足以延期死刑，但至少出现了一个调查的方向。闷热的牢房终于引发了犯人的暴动，“背包”领着一群人遇见了林肯和新狱警鲍勃，为了保护一直对他非常亲切的鲍勃，林肯被“背包”打昏在地，鲍勃也被犯人们劫持。为了加快进度，苏克雷和迈克尔一起进入墙洞挖掘，“背包”把打伤的鲍勃扔进了他们的空牢房，不巧的是鲍勃撞下了坐便器，“背包”由此发现了迈克尔的秘密。迈克尔和苏克

监狱的暴动持续升级，迈克尔在通风系统中拼尽全力向医院方向爬去。犯人格斯向波普提出要尽快恢复空调系统，否则他们就对手中的人质鲍勃和萨拉下手。苏克雷再三警告“背包”不许伤害鲍勃，随即独自钻入墙洞挖掘。阿布兹第一次亲眼见到越狱的通道，他也加入到挖掘水泥墙的工作中。伊利诺斯州州长，即萨拉的父亲带着军队来到了福克斯河监狱，他告诉波普自己根本不在乎要有多少犯人会在暴动中死亡，萨拉的平安是他唯一关心的事情。迈克尔终于爬到萨拉办公室的通风口，借着犯人焚烧纸张的烟雾，他把萨拉拉进了通风系统。尼克和维罗妮卡到达了华盛顿，他们发现被害人斯迪曼的能源计划危及了石油业的各方利益，就在这时，他们接到一个威胁电话。林肯在一片黑暗的蒸汽室与特克搏斗，最终特克失足摔下了20英尺的高台，但是他临死仍拒绝透露谋害林肯的动机。苏克

狱警贝里克不顾一切地要抓住杀害鲍勃的凶手，“背包”威胁迈克尔和阿布兹，一旦任何人供出了他，他要做的第一件事就是透露越狱计划。阿布兹对迈克尔的计划表示了疑虑：他们可以通过墙洞潜入医院，但是单独关押在死囚区的林肯该怎么办？迈克尔设法说动维斯特莫兰在一间警卫室防火，当他们被派去清理火场时，借机挖开位于警卫室下方的排水沟。回到洛杉矶的尼克和维罗妮卡还没开始调查，维罗妮卡的公寓发生了剧烈的爆炸，侥幸逃过一劫的两人放弃了报警的念头，躲进一处偏僻的小屋继续研究扑朔迷离的案情。林肯的儿子里杰与继父艾德里安生活在一起，秘密探员克勒曼突然出现在他们的住处，争斗中母亲丽萨和艾德里安都被枪杀，里杰赤脚跑出了家门，手中紧紧攥着拍下克勒曼照片的照相手机。“背包”指使跟班切利诬告另一个犯人特罗基是杀害鲍勃的凶手，年轻的切

从新闻中得知儿子里杰背负双重谋杀的罪名而出逃，林肯想起曾有人告诉他“父子之中只能活一个”的威胁，他不顾一切的恳求波普准许他在监控下出狱寻找儿子，但对这样的请求，波普也无能为力。一批新来的犯人抵达了福克斯河监狱，正当苏克雷饶有兴趣地观察着新人们，迈克尔眼睁睁得看到切利自杀但无能为力……而在监狱的另一角，有一些敏锐的眼睛注视着迈克尔等人的一举一动。尼克告诉维罗妮卡虽然调查充满了危险，但是他们不能再躲着浪费时间，他决定先去找被害人的遗孀，斯迪曼生前的最大的敌人一定就是这些事的幕后主谋。新入狱的混血儿图纳在狱中受到黑人和白人双方的排挤，“背包”借机不怀好意地接近了他。阿布兹多年以来的威信第一次遭到的动摇，由于迟迟无法得到证人的下落，黑帮指定同牢房的格斯接替了他的位置，他对狱警贝里克的月供由此中断，监

阿布兹敦促迈克尔尽快透露证人斐波纳契的下落，否则他们无法利用监狱工厂的工作来掩护他们的越狱行动。迈克尔的道德心经受着煎熬：为了挽救兄长，是否能够就此危及另一个无辜的人的生命？秘密探员黑尔和克勒曼接到了副总统卡罗琳的电话，她对两人的工作相当不满，一个名叫奎因的人将来指导他们的行动。克勒曼愤怒的当面指责副总统不该让奎因插手斯迪曼的谋杀案，因为他所代表的“公司”的势力远超过副总统，甚至白宫的势力范围。迈克尔被胁迫说出了斐波纳契的下落，阿布兹由此重获监狱工厂的管理权。菲利普-法尔佐内带领人马前往加拿大谋杀斐波纳契，没想到成群的警察已经恭候多时。迈克尔、苏克雷、阿布兹基本挖穿了警卫室废墟下方的排水沟，一直偷偷观察他们行动的“便条”突然出现，迫于情势，迈克尔的越狱队伍又多了一个人。维罗妮卡通过聊天软件回

迈克尔等人的挖掘工作仍在继续，“背包”无谓地挑起与“便条”的种族仇恨，这时望风的苏克雷警告大家狱警来了。狱警的目标是找迈克尔，在众人诧异的目光中通知他“斯科菲尔德太太”来访。迈克尔在独立的夫妻探视室见到了妮卡，她交给他一张信用卡。维斯特莫兰被告知女儿患上了食道癌，只有几周的时候了，但是法庭不允许他出于探望，除非是参加葬礼。绝望的维斯特莫兰找到了迈克尔，他要加入他们的越狱计划。尼克告诉维罗妮卡事态的发展早已出乎意料，斯迪曼谋杀案的真相不但关系到林肯的生死，而且有证据表明副总统从斯迪曼的能源研究计划中挪用了数百万资金用于选举。正在此时，奎因闯入了他们的藏身之处，尼克被击伤，维罗妮卡和里杰艰难地挣脱捆绑逃入了丛林，并把追踪而来的奎因骗入了一口深井。四天之后就是预定越狱的时间，但是迈克尔却心事重重，

“便条”偷听到迈克尔与林肯的谈话，他告诉阿布兹和苏克雷将有一人被排除在越狱计划之外，阿布兹决定除掉不断惹事生非的“背包”。维罗妮卡将失血过多的尼克送入了医院，里杰在报纸上看到母亲葬礼的公告，他偷偷溜出医院。探员黑尔守候在墓地，里杰进入了他的视线，克勒曼在电话中指示黑尔跟踪里杰以找到维罗妮卡，但是看着里杰在母亲棺材边痛哭的样子，本已动摇的黑尔内心越发痛苦。在“便条”的挑拨下，苏克雷对迈克尔的计划疑虑重重。阿布兹命令手下抓住了“背包”，不曾料到却被他用剃刀割开了喉管。维罗妮卡突然接到一个神秘的电话，黑尔在电话中说如果她愿意为救林肯而继续冒险，那么当晚去高地咖啡屋，他掌握着一些有用的信息。迈克尔完成了越狱计划的准备工作，所有的管道都已经打通，这时在地面上，望风的林肯发现狱警高里向警卫室废墟走来，为

受伤的阿布兹被一架医用直升飞机接走，前往芝加哥进行救治。“背包”庆幸少了一个越狱者，“便条”补充说，少了两个人。此时遭到毒打的林肯被高里拖进一间单独的囚室并锁在铁门上。迈克尔打听林肯的下落，波普告诉他，林肯被执行死刑前他们不可能再见面。迈克尔表示暂缓越狱计划，他要先救出林肯，遭到其他越狱者的强烈反对。漆黑的囚室里林肯绝望地等待着命运的降临。尼克告诉维罗妮卡，林肯的案子也许会有转机，于是她建议将他们的发现公诸与众。迈克尔用刀片割开纹身，从伤口里取出一枚黑色药丸。林肯收到迈克尔托牧师转交给他的念珠，里面藏有药丸和一张纸条“八点十分吃下去”。在警卫室干活时迈克尔故意砸坏水管，为越狱争取了更多时间。林肯吞下药丸后在痛苦挣扎中失去意识，被送进医务室。同时迈克尔等人也开始行动，他第一个跳进洞中。黑尔准备

绝望的“背包”拔出刀子威逼迈克尔，一定要带他们逃出监狱，但是新更换的管子把他们与病房中的林肯相隔开来。林肯向走进房间的萨拉解释自己想吐才下了床，随后进来的狱警把他铐在床上。贝里克赶往警卫室看到刚刚钻出地道、若无其事的迈克尔等人，他满腹狐疑却没有发现破绽，只得命令他们几人回牢房。迈克尔在医务室见到了萨拉和另一个房间里的林肯，他希望萨拉能和父亲谈起此案，为林肯洗刷冤情，萨拉表示无能为力。尼克和维罗妮卡设法说服书记官安排法官听取他们的申诉。放风时，维斯特莫兰一番话让迈克萌生新的念头，让电椅短路，就可以争取3周的时间。一边的特维纳偷听到了只言片语。迈克尔在苏克雷的掩护下，进入地道捉了一只老鼠，随后潜入另一条管道。特维纳向贝里克提到电椅，引起他的警觉，随后的检查中发现高压线路上有一只死老鼠，保险丝因此

千钧一发之即，林肯的死刑被暂缓，原来发现了新的证据，凯斯勒法官决定暂停死刑。林肯很肯定地告诉迈克，他在观刑室看见了离家近30年的父亲。副总统命令特工凯勒曼和萨曼莎查出谁走漏了情报，让林肯逃过一劫。凯斯勒法官顶住副总统的压力，坚持要对泰伦斯开棺验尸。迈克尔不愿坐等调查结果，准备继续越狱计划，与上次不同的是，改从与医务室共用一根管道的精神病人区逃走。副总统在媒体上严厉抨击法官和维罗妮卡的验尸举动，同时，泰伦斯的棺木被掘出装上汽车。因为尸体高度腐烂，法医提取了牙模与泰伦斯以前的进行比对，结论为两者完全相同。警卫室墙壁塌出一个大洞，迈克尔等人百般掩饰才瞒过了贝里克。林肯躺在单人囚室里，回忆起儿时与父亲看球赛的经历，猛然想起一个熟悉的名字。迈克尔在苏克雷的帮助下，搞到一身狱警的衣服，钻进地洞熟悉新的路

林肯因欠下9万美元的债务无力偿还，而被迫成为雇佣杀手。在动手前他致电迈克尔想向他讨个主意，但对于哥哥的自甘堕落早就深感失望的迈克尔拒听了他的电话，林肯赶到指定地点发现欲下手对象已中枪气绝身亡，林肯最终被警方抓获。迈克尔对林肯事件的冷漠态度让维罗尼卡忍不住向他吐露实情，原来在母亲逝世后并没有所谓的保险金遗留下来，而迈克尔分到的赡养费正是林肯借来的。哥哥对自己的恩情让迈克尔对林肯有了重新认识，他开始相信林肯被人诬陷，并着手调查此事。迈克尔得知林肯即将被押往福克斯河监狱接受死刑，而他所在公司却正好拥有该监狱的结构蓝图，越狱计划开始在迈克尔脑海中出现雏形。几乎在同一时间，苏克雷在街头邂逅心爱的女孩玛丽克鲁兹，为购买结婚戒指向玛丽克鲁兹求婚，苏克雷持枪打劫一家便利店被警方抓获锒铛入狱。莎拉虽然身为医生

自烫伤事件后，迈克尔试图凭着记忆还原被烫掉的蓝图，但难度巨大。莎拉将迈克尔背部有狱警衣物纤维一事报告给瓦登，瓦登找迈克尔谈话，希望他能给自己一个合理解释，迈克尔闭口不答被关禁闭。为了监视迈克尔等人的动向，白兰克将米勒安插入储藏室工作，并告诉苏克雷等人储藏室的活以后会请专人打理，他们不久将撤离储藏室，这个消息让苏克雷等人慌乱不已。为了掩盖地洞的秘密，苏克雷冒险深夜从牢房爬出，将地洞用水泥填补起来，然后走出室外被狱警抓获。白兰克对苏克雷的诡异行为大感疑惑并对他严加审问，苏克雷按先前所计划好的声称是为了等狱外的朋友给自己送女友的内裤，所以在下午收工时趁乱留在了外面，白兰克将信将疑的把他关进了单独禁闭室。同时米勒向白兰克告密储藏室地板有异，当白兰克气急败坏的赶到现场时，看到的已是经过苏克雷修复如初后

迈克尔努力启发“铁丝”，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。“铁丝”慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定“拍卖”他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，“背包”听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和“便条”商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的“便条”不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，“背包”表示他可以通过赌搏赚钱。“铁丝”想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还

翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的“公司”工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。阿布兹来找“背包”，表示愿意勾销“刀片割喉

贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的

狱长被Michael软禁在旁边一个房间，Michae胁迫他打电话通知狱警将Linc送进医务室，剩下那些准备越狱的人7点在迈克尔的牢房里面集合。向Bellick告密的两面派这次向Micheal保证他的对Michael的忠诚并参加到越狱行动中来。在监狱外，Sara终于做出决定，不锁上医务室的门，以便Michael越狱时进入医务室。Michael等所有参与越狱的人经过管道在医务室里面遇到了那个精神病Haywire，他通过记忆也到管道里面来了。Bellick的同事发现他的车在停车场，开始到处搜索并在底下管道找到了他，Bellick组织了一个搜捕小组开始搜捕行动。所有参与越狱的人，除了威斯特莫兰因伤重无法行动被迫留下，曼奇因为体胖扯断了翻墙的绳子，其他人都最终越过了围墙。

监狱高墙上探照灯全部亮起，曼奇被迫供出逃跑人员名单，得知他们越狱成功，其他犯人欢声雷动，大肆庆祝。贝里克被救出后，立刻率领人马杀气腾腾地开始追踪越狱者。狱长波普着手调查，他怀疑出了内奸。维罗妮卡到达蒙大拿，驱车前往查到的电话地址。越狱一行人找到阿布兹派人安排的汽车前，略施小计，扔下铁丝扬长而去。阿布兹在车上要对付背包，他却早有预防，把自己和迈克尔铐在一起，并吞下钥匙，阿布兹投鼠忌器，只得暂时放过他。为了绕过警方检查，车子陷在泥地里动弹不得，他们只能弃车行而，迈克尔赶走了图纳。同时，贝里克发现了停车的地方和图纳的手印。在波普的追问下，凯蒂最终说出萨拉对迈克尔有好感。迈克尔等人躲过了直升机的搜寻，来到一处农家小屋，发现这里有汽车却没有发动机。铁丝借走了一辆自行车继续逃亡。贝里克找到丢弃的汽车，很