异常点出现在大英博物馆内的展品太阳之笼内，3000年前的古生物巨鳄穿过异常点来到了伦敦街头，肆意攻击民众。异常点研究中心的卡特教授带领手下开始追踪怪兽，并制伏了它，将它送回了该去的地方。在埃及古物学博士萨拉的启发下，卡特渐渐意识到，他以前的想法只停留在二维空间内，以为异常点只是点到点，并没有考虑到时间和历史的因素。于是卡特请萨拉留下来，并要求她致力于这方面的研究。

14年前，三个男孩儿偷偷溜进一座被废弃的房子里玩耍，奇异的事情发生了，其中的两个男孩儿离奇失踪，只有一个名叫赖安·梅森（LienMason）的孩子留了下来，然而人们一直认为赖安是伤害其他两个孩子的罪犯，其中一个失踪男孩儿的哥哥——警官丹尼·奎恩（DenyQueen）一直关注着这座废弃的房子，想搞清楚事实的真相。而此时，卡特（Cutter）的异常点预测器也指向了这座房子。珍妮（Jenny）带领艾比（Abby）和康纳（Conner）来到了这座所谓的凶宅，发现了善于伪装的远古怪物。就在大家全力与怪物搏斗时，异常点适时地开启了，怪物走进了它等待了14年才开启的大门，回到了它原本生活的时代。

异常点开启在医院里，这回光顾的是二叠纪的双齿兽，它们活泼可爱，就是爱惹些小麻烦。再加上赶上孕妇梅勒妮生产，简直搞得卡特等人焦头烂额。当一切处理妥善，卡特等人回到异常点研究中心时，却发现那里已被海伦和她的复制品手下们所控制。海伦逼迫卡特说出一个不明物品的用处，却遭到了拒绝，于是恼羞成怒的海伦命令手下引爆炸弹。幸运地被救出火海的卡特，却重新冲回火海寻找一个重要的盒子，不想却惨遭海伦的毒手。弥留之际，卡特将不明物品交给康纳，并嘱咐康纳代替自己继续异常点的研究。

卡特牺牲后，莱斯特任命珍妮来接替他的工作。探测器测到异常点在一座废弃的大楼里，珍妮带人立刻赶到，不想却被克里斯蒂娜·约翰逊拦截，克里斯蒂娜否认有异常点，莱斯特怀疑克里斯蒂娜的所作所为与军方有关。总是缠着珍妮不放，想得到大新闻的记者米克偷走了珍妮的手持探测器并设计调开了珍妮等人。米克抢先来到异常点放生地，谁料巨大的巨兽龙跑了出来，大闹机场，幸亏丹尼赶来帮忙才把巨兽龙引回异常点。通过这次斗争，新的领导者珍妮变得更加成熟。

异常点出现在金融大亨家的公寓里，来取文件的助理劳埃德出于好奇穿过了异常点，可是他却不小心感染了某种真菌，这种真菌的侵略性极强，凡是接触到它的人最终都会完全被细菌所吞噬变成可怕的真菌怪物。丹尼独闯异常点研究中心，并毅然带领着大家一起与这种真菌做斗争，最终取得了胜利。莱斯特任命丹尼为异常点研究中心的负责人，接替卡特的工作。

康纳终于发现了神秘盒子的用处，原来这个神秘盒子是预测异常点位置的关键所在。克里斯蒂娜控制了异常点研究中心，企图夺走那个神秘盒子。丹尼等人带着盒子来到了一个安全地点暂时藏身，谁知他们却正好碰上异常点开启，丹尼等人与恐怖怪鸟展开了殊死斗争，最后终于将怪鸟送回了它们自己的家。与此同时，贝克尔同莱斯特一起与克里斯蒂娜不停周旋、斗智斗勇，最终赶走了克里斯蒂娜。

异常点开启，这回通过异常点出现的不仅是动物，还有追赶恐龙而来的中世纪骑士威廉。原来，生活在白垩纪末期的食草恐龙龙王龙通过异常点来到了中世纪的英国，被当时的人们视为怪物，而勇敢的威廉骑士发誓要为民除害。就这样，威廉一路追赶恐龙来到了这个陌生的世界。威廉开始怀疑自己来到了地狱，把所有人都看成恶魔。萨拉穿过异常点来到了中世纪的英国，弄清了威廉的来历，回来后萨拉告诉威廉他并没有死，也不是在地狱里，只要他回到异常点的另一边，就会过上平静安宁的生活。萨拉跟威廉保证，所谓的怪物不会出现在他们的村庄里，在萨拉的细心劝说下威廉回到了自己的家乡。

杰克偷走了姐姐艾比的探测器并误打误撞穿过了异常点来到了未来世界，艾比为了救弟弟，和丹尼等人也来到了未来世界，让他们惊讶的是这里已是一片废墟，荒无人烟，到处都是掠食者。丹尼等人冒着生命危险解救出了杰克，在解救过程中丹尼突然看到了克里斯蒂娜的手下怀尔德上尉和一个陌生女人的身影。回到研究中心后，丹尼将此事汇报给莱斯特，莱斯特推断克里斯蒂娜很可能已经掌控了一个通向未来的异常点。

为争取时间，丹尼独自闯入克里斯蒂娜的总部，趁乱救走了未来世界的神秘女人，这个女人声称有重要信息要告诉异常点研究中心的莱斯特。卡丁车营地附近出现的异常点来了一大群史前犀牛——锤鼻雷犀，康纳等人历尽艰险也未能将它们赶回异常点，狂奔的犀牛群眼看就要冲向人群。在此危急时刻，未来世界的那个神秘女人赶到，用一台手持设备打开了异常点，化解了危机。丹尼带神秘女人回到研究中心，恰好被赶来问罪的克里斯蒂娜抓住，神秘女人扯下伪装，原来她正是海伦。海伦劫持了克里斯蒂娜，抢走了盒子，并告诉大家异常点研究中心是一切混乱开始的源头。她忍痛杀死自己的丈夫卡特教授也只是为了终止这一切，但是她后来才发现这么做远远不能结束危机，她现在才找到了一个一劳永逸的方法。海伦挟持克里斯蒂娜从异常点进入未来世界，众人赶到时，异常点已经关闭，

丹尼带领大家追踪海伦来到未来世界，却发现自己进入了未来的异常点研究中心，海伦利用神秘盒子在未来的电脑中制作出了时空旅行图，复制到手持设备上之后毁掉了盒子，并冲进了新开启的异常点。康纳结合各种线索，确认海伦要回到400万年前，杀死人类的始祖“能人”，以此消灭人类，达到净化地球的目的。众人利用手电中的电池重启电脑，复制出一台手持设备，在掠食者扑上来的一刹那进入了时空隧道，来到了白垩纪。白垩纪的恐龙袭击令康纳受伤，丹尼只身再次穿越异常点，追踪海伦来到400万年前。尽管海伦杀死了一批能人，但她却被白垩纪穿越来的恐龙杀死。丹尼在找到其他能人后，确认人类不会灭亡，于是开始返回白垩纪与康纳等人会合，没想到异常点关闭了，丹尼被困在了远古时代。