地球2256年，联邦星舰神舟号被派往联邦管辖空间的边缘。时下有双星系统，除了地球人之外，还有一个人种生活在另一颗恒星上。一颗中继器遭到了破坏，星舰无法远程维修中继器，因为中继器附近有一个干扰器干扰了飞船的成像技术。现代化的科技手段无法看清干扰源，于是大副迈克决定亲自前往探索不明飞行物体。在接近干扰源中心位置时，双方失联。干扰源竟是宇宙中的一座雕塑，一座看起来是石头其实是金属架构的宏伟建筑。克林贡人将迈克视为入侵者，迈克遭遇了克林贡人的袭击，双方产生了激烈的打斗，克林贡人卫士牺牲，迈克也命悬一线。艰难醒来的迈克拒绝治疗，向舰长示警，然而同事觉得她精神出了问题，只有舰长相信她。在经过武器威胁之后，他们终于看见了不明物体——一艘克林贡人的战舰。与此同时，克林贡人也在重新部署自己的防御计划。萨鲁作为

在黄色警报之时，萨鲁发现导航序列发生了故障，根据数据显示，发现号跃进了预定的坐标，位置对于银河中心来说也是准确的，但其他东西都出现在了不该出现的地方。加百利还没有对萨鲁提供的情况进行分析之时，泰勒赶来了，他只能批评泰勒没有及时出现，而这时他们发现一艘舰船在靠近发现号。向发现号靠近的是瓦肯人的舰船，加百利他们认为肯定是这艘舰船摧毁了克林贡人的舰船，所以想跟他们取得联系问明情况，没想到这时对方突然对武器充能，加百利马上让人启动防护装置，及时躲过了他们的攻击，但这仅仅是一个开始，对方发出了回应，声明他们是瓦肯叛军。泰勒驾驶飞船前去突袭击上收集数据，因为那里的情况触发了他被虐的记忆，让他差点没办法正常完成任务。加百利呼叫了几声之后，泰勒才清醒过来提起数据，发现舰上的尸体是瓦肯人和安多利人。泰勒想要知

迈克被军事法庭判为叛乱者，发配去前往图伦星系。同行的犯人想要杀掉迈克，可是她们加起来也打不过迈克。卢卡舰长邀请迈克帮他的忙，迈克拒绝了，可惜她作为囚犯根本没有拒绝的权力。迈克有了一个新室友，提莉，她感觉发现号上面处处透着神秘，提莉也不肯透露一丝一毫。在发现号上，迈克见到了曾经的同伴萨鲁，如今萨鲁已经晋升为大副。迈克被分配到工程部，上尉让她修改代码，却不肯告诉她这些代码代表着什么，于是她偷走了候补军官的手帕，进入到了发现号的最高机密。卢卡舰长要求保罗上尉带上迈克一起做研究，保罗反对无效。保罗吐露了自己对迈克的敌意的来源，迈克引发了和克林贡人之间的战争，这使得他的研究不再纯粹，他的朋友也因为要努力提高研究进度而死。格伦号被克林贡人袭击，全体阵亡，发现号被要求接受格伦号的研究成果，并在他们的基础上

迈克拿到了萨鲁的数据，得知挑战号穿梭到这个宇宙，是一种叫做相隙空间的现象造成的，但这个空间在哪以及坐标位置就只能在记录中寻找，而现在的这份报告是被篡改的，所以他们必须找到原始报告才能解决眼下的问题，脱离这个空间。帝国宫殿的皇帝是乔，迈克见到乔之时特别的惊讶，她虔诚向乔行礼之后，便按照乔的旨意，带加百利前往。加百利认为，原始报告肯定在帝国宫殿里，而他们这次的被召见也是他们的转机，所以迈克为避免加百利前往宫殿受酷刑折磨，先给加百利打了一针麻痹针减少痛楚。保罗在真菌室见到了另一个自己，得知他的肉身被困在发现号上昏迷，而他的意识却已经抵达了宫殿。在宫殿内的另一个保罗，曾利用菌丝高速导航联系保罗，保罗这才明白为何他会看到宫殿。迈克把加百利带到了乔面前，声称她是来给乔结束这一场迟来的审判，而加百利则在乔

发现号在营救科凡二号时所使用的孢子引擎被宇宙好战分子盯上，因此联邦禁止发现号在没有批准的情况下使用孢子引擎，卢卡舰长对于这一决定很是郁闷。联邦打算把迈克关起来，但是卢卡舰长亲自参加会议保下了迈克，但他在返回飞船时被克林贡人抓走。卢卡被克林贡人关在监禁船上，他在船上认识了穆德，作为见面礼，穆德教会了卢卡监狱生存法则，可穆德实际上是一个背叛者，穆德内心认为是星舰人冒冒失失地探索外太空导致克林贡人反击，是星舰人引来了战争，让他这样的普通人沦为阶下囚。卢卡舰长被带到了审讯室，要求他说出孢子引擎的秘密。发现号上，迈克和保罗研究出了水熊虫导航的秘密，他们正打算研究一种不伤害水熊虫的办法实现长距离跃进的方式，以期用这项技术救出卢卡舰长。代理舰长萨鲁为了争取营救时间，坚持要求使用水熊虫作为导航，这次跃进，使

萨鲁前来见迈克，见到乔就马上叫出舰长，而乔则说明她是皇帝，并将萨鲁示为奴隶，萨鲁这才明白迈克骗了他。萨鲁将乔关了起来，并让所有人保密叛军的事情，然后去医务室看泰勒的情况。在前往医务舱的途中，萨鲁把泰勒所经历的事情，一一跟迈克说明白。迈克没办法去见泰勒，在医务舱门口转身离开了，而医务人员则告诉萨鲁，目前的泰勒他们无法断定是人类还是克林贡人，必须让萨鲁去向泰勒发问才能知道真相。泰勒把自己所经历的一切，以及沙瑞尔的阴谋，都如实地告诉萨鲁，同时说明他想尽一切可能弥补自己的过错。泰勒因为自己几乎杀死迈克，没办法面对迈克，只能向萨鲁打听迈克是否安好。萨鲁控制了泰勒在发现号上的权限，但给泰勒足够的自由，然后去处理发现号上的事情。萨鲁刚到舰桥，突然有莫名的闯入者，他正想问闯入者是何意图之时，康韦尔和沙瑞尔出

深受瓦肯人逻辑思维影响的迈克对于自己的情感交流能力表示怀疑，她不知道自己能不能适应聚会这种场合。聚会进行中，发现号突然发现了一只受伤的巨鲸，没想到巨鲸的体内隐藏着背叛者穆德，穆德在自己的身上安装了炸弹，炸毁了发现号。时光突然倒退，历史重演，这一次穆德不是从巨鲸中走出，而是直接进入了控制室。保罗表示大家目前正困在一个时间循环里，可是大家都不相信他。这段时光一次一次的倒流重演，除了保罗之外所有人都一无所觉，因为水熊的DNA，他是唯一一个能够感知多维环境的人。穆德控制了一个时间循环，他想从发现号中得到关于孢子引擎的秘密，好把这艘战舰卖给克林贡人。利用泰勒对迈克的好感，迈克诱导他说出了穆德控制时间的秘密，但是泰勒却被穆德所杀，在迈克的面前化为飞灰。迈克以自己为筹码，逼迫穆德再一次逆转时间，他们在一次

加加林号舰长申向发现号发求救信号，说明他们被六艘战舰围攻，加百利收到信息之后，马上就去支援申，可没想到他们的发射被阻止，而克林贡人的战舰出现隐形状态，让他们无法发现目标。加加林号被敌人给摧毁了，加百利不得不进行跃进模式，可敌人已经离开了，战争暂时平息。保罗从引擎上下来之时，突然觉得晕眩，把西尔维娅叫成舰长，西尔维娅想问他的情况之时，他马上否认自己叫错了，怪西尔维娅工作时间做白日梦。迈克与泰勒、萨鲁去帕沃星考察，正谈论着萨鲁比别人更异常敏锐的视觉听觉之时，萨鲁表示他被帕沃星上的噪音所影响，而这时异常的情况发生了。森林中突然飘出一股蓝色的微生物，萨鲁他们都不知道这是什么，更听不懂它们的语言，萨鲁只能感觉得它们是没有威胁而且渴望交流的。迈克他们在帕沃星留了下来，在萨鲁研究如何与它们沟通之时，泰勒跟

在棺舰向发现号驶来，加百利正准备搞清楚那上面有什么之时，比特拉尔上将勒令加百利将发现号跃进星际基地46号。加百利在下了命令之后，让保罗去医务舱做检查，并要他存档检查数据，加百利要确定保罗身上的孢子引擎接入装置没有出问题。加百利担心发现号抵达星际基地前，克林贡人在那之前已经到达帕沃星，所以他要迈克他们给自己对策。迈克说明，他们怀疑克林贡隐形飞船，形成了一个巨大的重力场，它能够弯曲光线以及飞船周围的其它电磁波，所以发现号的传感器探测不到它们的存在。迈克说明，隐形膜有一些小缺陷，因此看起来不显眼的电磁辐射，实际上发生了与重力场有关的，极其细微的转变。萨鲁说明，如果能发现两者之间的确切关系，就能编写一套算法，得到所有隐形飞船的位置，但这个变化难以探测到，萨鲁认为可以将传感器安置在克林贡飞船上向发现号

在黄色警报之时，萨鲁发现导航序列发生了故障，根据数据显示，发现号跃进了预定的坐标，位置对于银河中心来说也是准确的，但其他东西都出现在了不该出现的地方。加百利还没有对萨鲁提供的情况进行分析之时，泰勒赶来了，他只能批评泰勒没有及时出现，而这时他们发现一艘舰船在靠近发现号。向发现号靠近的是瓦肯人的舰船，加百利他们认为肯定是这艘舰船摧毁了克林贡人的舰船，所以想跟他们取得联系问明情况，没想到这时对方突然对武器充能，加百利马上让人启动防护装置，及时躲过了他们的攻击，但这仅仅是一个开始，对方发出了回应，声明他们是瓦肯叛军。萨鲁发现，攻击他们的库珀号的量子特征，与他们的不一致，而宇宙中所有的量子能量都是一样的，加百利因此明白过来，他们可能不在自己的宇宙中。孢子引擎出现了问题，保罗出现间歇性紧张，经常说胡话的

哈灵顿呼叫工程部，说明她还在修理十二号甲板的电子故障，而工程部则告诉她，十一号六区也有同样故障，所以哈灵顿在修好之后准备前往之时，看到了黑暗中突然被灯光照射的保罗。保罗抱着被杀的寇波，一直说着一些有关森林的胡话，让哈灵顿吓到了。迈克在神州号上醒来，萨鲁成了迈克的奴隶，每天都伺候着迈克洗漱，迈克不知道这是什么情况，只能先这样维持自己的生活。迈克很认真地学习神州号上的一切，可她却担心，自己有一天就变成了他们，心里非常的害怕，幸好她的身边还有泰勒陪伴，让她平静了许多。提利用一个安全频道联系了迈克，想让迈克坚持下去的同时，看望一下迈克的情况。萨鲁把迈克需要做的事情告诉迈克，同时想让迈克看看神州号上是否有他们一族的人，迈克不敢说出萨鲁在这里是她的奴隶，于是否认有他们的同族人，而萨鲁则为了让迈克专心完成

迈克拿到了萨鲁的数据，得知挑战号穿梭到这个宇宙，是一种叫做相隙空间的现象造成的，但这个空间在哪以及坐标位置就只能在记录中寻找，而现在的这份报告是被篡改的，所以他们必须找到原始报告才能解决眼下的问题，脱离这个空间。帝国宫殿的皇帝是乔，迈克见到乔之时特别的惊讶，她虔诚向乔行礼之后，便按照乔的旨意，带加百利前往。加百利认为，原始报告肯定在帝国宫殿里，而他们这次的被召见也是他们的转机，所以迈克为避免加百利前往宫殿受酷刑折磨，先给加百利打了一针麻痹针减少痛楚。提利让保罗体内的孢子疗法重新开始，让保罗体内的所有神经系统都开始活跃了起来，提利认为在保罗的脑海里肯定有什么在发生，她要求萨鲁任由其发展，但萨鲁还是有一些担心。萨鲁让提利尽力治好保罗，因为挑战号神舟号上的迈克他们，还需要他们的帮忙。保罗在真菌室见

加百利从囚禁他的囚室里逃了出来，然后去救他所有的船员，准备跟他们一起重新夺回帝国。加百利先去医务舱，准备把平行宇宙中的那个保罗带走，没想到保罗却不在那里。加百利没有看到保罗，以为保罗逃了，结果让他发现隐身的保罗，将保罗给逮捕了。乔知道了加百利开始叛乱计划，她正等着收拾加百利，而迈克则觉得乔容易受到加百利的影响，想让乔听从自己的计划，让自己参与进去。乔不接受迈克的说法，要将迈克关禁闭室，迈克无奈只好在被关之时反抗，从守卫中抢了枪逃跑，但乔还是没有放弃活抓加百利的想法。保罗恢复了正常，他努力想要挽救发现号上的菌丝体作物，可已经无能为力了，而他更担心平行宇宙中自己的另一个副本，已被菌丝网络所污染，因为这会带来灾难性的后果。加百利控制了保罗，让保罗通过广播传达他的意思，提醒所有人追随他反抗乔，同时保

萨鲁前来见迈克，见到乔就马上叫出舰长，而乔则说明她是皇帝，并将萨鲁示为奴隶，萨鲁这才明白迈克骗了他。萨鲁将乔关了起来，并让所有人保密叛军的事情，然后去医务室看泰勒的情况。在前往医务舱的途中，萨鲁把泰勒所经历的事情，一一跟迈克说明白。迈克没办法去见泰勒，在医务舱门口转身离开了，而医务人员则告诉萨鲁，目前的泰勒他们无法断定是人类还是克林贡人，必须让萨鲁去向泰勒发问才能知道真相。泰勒把自己所经历的一切，以及沙瑞尔的阴谋，都如实地告诉萨鲁，同时说明他想尽一切可能弥补自己的过错。泰勒因为自己几乎杀死迈克，没办法面对迈克，只能向萨鲁打听迈克是否安好。萨鲁控制了泰勒在发现号上的权限，但给泰勒足够的自由，然后去处理发现号上的事情。萨鲁刚到舰桥，突然有莫名的闯入者，他正想问闯入者是何意图之时，康韦尔和沙瑞尔出

乔开始行使舰长之职，仍旧按照人族的观念处理，让迈克感觉到了恐惧。萨鲁同样意识到乔的危机，于是假装要迈克帮忙处理光学网络问题，想跟迈克说明，一个完全没有联邦理念的人，他们要如何遵从她的命令行事，结果乔马上就勒令迈克回到自己的岗位。乔训了对她表示怀疑的迈克之后，让迈克带她去见拉瑞尔，然后开始对拉瑞尔动手，逼拉瑞尔说出他们应该着陆的地点，可没想到拉瑞尔拒绝告知。迈克叫停了乔，带着乔去见泰勒，想利用泰勒进入克林贡人的记忆，找出他们想要的信息。泰勒向乔说明了有关克罗诺斯星上的所有信息，乔于是宣布让泰勒加入他们的计划，同时让提利也参与进来，一起驾驶无人机驶入克罗诺斯星。提利对乔仰慕已久，见到乔时她特别的激动，可听到乔的话她马上就感到了恐惧，因此不敢对乔多说什么，只能听命行事。乔他们进入了与他们有些相似的