身在大都市的克拉克依旧受红色氪石的影响，迷失本性的他，犯下了许多错误。在得知克拉克的行为后，肯特夫妇担心不已。风流倜傥玉树临风的莱克斯在一个荒无人烟的孤岛上受尽折磨，特别是一个叫路易斯（Louis）的家伙一天到晚在他身旁唧唧歪歪个不停。莱克斯终于受不了了，挥刀砍向此苍蝇。正在这时他被一个路过的船只发现，从而获救。然而荒岛上这一切究竟是真实？还是幻觉？老猴子莱昂怀疑海伦谋杀了莱克斯，并对整个过程作了福尔摩斯般的推理，不幸的是海伦坚决否认。不过莱昂警告海伦他是不会善罢甘休的。摩根找上克拉克，要和他合作，去莱诺卢瑟的办公室偷东西。为了带回克拉克，乔纳森和乔艾尔做了一项交易乔纳森愿意牺牲一切换回克拉克。随后乔纳森获得了超级能力，在莱诺的办公室里与前来盗宝的克拉克较量了一番，最终双双从高楼破窗而出。

乔纳森和克拉克打得难分难解，最后克拉克自己毁掉了红色氪石戒指，恢复了正常，跟着父亲回到了农场。莱克斯以为是父亲莱诺设计了自己，回来找父亲算帐，莱诺却认为是海伦做的。莱克斯去找海伦，海伦却有自己的解释。最后莱克斯查明了真相，在一次自己安排的飞行上和海伦摊牌，打斗中海伦坠机失踪。莱克斯与父亲达成了谅解。摩根从大都会回来找克拉克归还要他偷的东西，克拉克不肯，摩根用他的父母威胁克拉克，克拉克只有用氪石划伤自己取出血给摩根并告诉他这就是偷的东西，摩根也因此发现克拉克的弱点。摩根发现莱诺非常重视这血液，就告诉莱诺要用血液的来源与莱诺交易，摩根将克拉克抓来。紧要关头克拉克撕掉摩根手下把氪石粘在自己身上的胶带，恢复了超能力逃脱。克拉克仍然不肯向拉娜坦诚，拉娜很失望。

一个叫JakePollen的鱼鳃人在游泳池袭击拉娜时被人用枪击毙。克萝依不想再调查克拉克，莱昂却威胁要解雇她的父亲，克萝依只有服从。克拉克发现同学van很可疑，调查后发现他的神秘小屋有很多枪械和一些受陨石影响的人们的照片，原来因为父亲死于变形人提娜后，van就开始计划猎杀所有知道的受陨石影响的人。（他认为是“怪物”，都该死）。克拉克在van枪击莱克斯的瞬间救了他，却让van知道了自己的超能力和致命弱点。van用绿色陨石子弹打伤了克拉克，van在逃亡时向拉娜求助，拉娜不从，争执中克拉克赶到，这次他穿了避弹衣。

克拉克不断在现实和梦境中交替，在梦境里遇到一个叫sara的女子不断向他求助，她说总是有人要追杀她，一个穿红色斗缝的有强大力量的人。原来这个女子是新搬来的邻居，一个陷入长期昏睡的女子，现在由他的叔叔监护。克拉克查出正是他的叔叔贪图Sara父母的遗产，用药物使sara不能醒来。sara入了克拉克的梦使他不能及时醒来，sara的叔叔在拉娜独自查探他的时候制服了她。在梦中克拉克说服sara克服恐惧并击退了红色斗缝。最终sara醒来，克拉克及时跳出梦境并在sara叔叔手中又一次救了拉娜。莱克斯为了取信父亲，同意接受心理调查。

克拉克在车祸中救了一个叫怀特的记者，他似乎不肯定地发现了克拉克的超能力。他对拉娜的采访引起了拉娜的巨大反感，莱克斯威胁了他并把他送到了回大都会的路口。在太阳黑子的影响下，克拉克的超能力时有时无难已把握，他失控将拖拉机抛向空中落到等车的怀特的面前，又速度失控跑到了几千里外的塔霍湖回不来，他终于见识了真正的克拉克的超能力。他决定留下来对克拉克进行追踪报道。莱克斯和心理医生不太配合，他不认为自己精神上有任何问题。怀特为了引出克拉克使用超能力，在峡谷的一条桥上假装自杀。克拉克却刚好不能使用超能力，在拉娜和皮特的帮助下，他们救起了差点掉下峡谷的怀特，看到受伤的克拉克，怀特非常内疚，最终放弃了调查。

克拉克通过触摸亲生父亲Jor-El留下的氪星首饰感受到42年前的一段情景，原来，他的父亲当年被派来地球接受成人的考验时爱上了一个女孩（恰巧是拉娜的姑姑），后来卷入了这个女孩的被谋杀案。在逃走的时候Jor-El得到了乔纳森父亲的信任和帮助。克拉克这才知道，原来小时侯他被送到肯特农场不是偶然的。

暗恋拉娜的zegers受伤后在医院接受核磁共振时获得了神奇的磁性控制能力，他控制了拉娜的思想，使拉娜不由自主地喜欢上他。莱克斯开始调查小时候祖父母死于火灾的真相，他怀疑是父亲做的。他意外发现克萝依也在调查莱昂。原来克萝依也想掌握莱昂的犯罪证据，莱克斯警告克萝依与莱昂的交往很危险，而他却可以保护她，克萝依考虑和他合作。zegers与拉娜约会，克拉克警告zegers。zegers却纵勇拉娜偷窃塔龙的钱，在他们远走高飞的时候，克拉克融化了路面使汽车陷住，zegers逃了，拉娜被警察捉住。拉娜将克拉克骗走，zegers回来带走了拉娜。克拉克及时制止了zegers，拉娜被判社会服务令。

莱克斯找到了整容之后的摩根，收集了莱昂伙同摩根杀死祖父母骗取保险金的证据。在知道莱克斯调查自己之后，莱昂安排保镖给莱克斯下迷幻药，并安排了一次假刺杀，让别人认为莱克斯发疯了。开始克拉克很相信他，收留了他，他却不定时出现了小时侯的一些幻觉，拉娜被意外受伤。莱克斯用枪威胁了莱昂，取得了摩根的地址，只身上门单挑。同时克拉克查出是莱昂捣鬼，前往救助莱克斯，最终克拉克在莱克斯面前用超能力救了他。但没有人相信莱克斯说的话，莱昂的人将他送进了精神病院以便更好地控制他。

克拉克到精神病院看望莱克斯，同时见到了关在这里的Van,Eric和Ian,莱克斯求克拉克用超能力救他出去，克拉克没有答应。知道莱克斯逃跑失败后被严密禁锢起来，克拉克很内疚。拉娜在疗伤的过程中认识了病友Adam，adam的关心和鼓励令她增强了治疗恢复的信心，并对颇有好感。Van买通警卫拿到了绿色陨石，双身人Ian取得陨石后杀死了他，和电力小子Eric合作，在克拉克探望莱克斯的时候用陨石制服他后把他捉走，Eric用陨石和电击的方法转移了克拉克的超能力，又立刻干掉了Ian。但是经过一翻打斗后克拉克又夺回了自己的超能力。莱昂对莱克斯使用了冒险的电击疗法，希望取消莱克斯的近期记忆，他成功了。而莱昂似乎知道克拉克有一些不为人知的秘密。

在一次制止抢劫珠宝店的事件中，克拉克被绿色陨石发出的光芒把眼睛灼伤了，暂时失明了。但却引发了他的超级听力，并听到了莱昂和克萝依的对话，并开始知道莱昂要克萝依调查他。莱克斯来探望克拉克，克拉克却无意将听到的话告诉他。莱昂以为是克萝依泄密，迁怒于她，解雇了他的父亲。抢劫主犯要出庭受审了，他的同伙捉了皮特来威胁法官。克拉克在父亲的帮助下适应了新的超能力，并及时运用这项新能力救出了皮特，惩治了抢劫犯。克拉克在失明时想起了拉娜的好处，但眼睛好起来之后却又犹豫了。拉娜很失望，她开始考虑和Adam的感情。

克萝依得罪了莱昂，被报社解雇了，走之前将她近期的调查磁盘留给了主编Max.在路瑟公司，一名叫Molly的女子偷走了原来克萝依的电脑中的硬盘。克拉克驾车想将克萝依撞死，事后却毫无记忆。克萝依和克拉克经过调查发现这是在克拉克收到一封神秘电邮后发生的。同样的事也发生在拉娜身上，要不是Adam阻止，拉娜就杀了克萝依。Adam用电脑查出发出电邮的地址，原来这一切都是一个有精神感应能力的女孩Molly在被神经研究所医生加纳操纵下做的。目的是制止克萝依报道研究所里一些违法的研究。克拉克和莱克斯同时找到了Molly,向她说明加纳医生只是利用她杀人，并转移了她。另一方面，莱克斯以不揭发加纳为条件威胁他，要求他帮助自己找回丢失了的7个星期的记忆。Adam决定为了拉娜留下来，虽然拉娜发现他有很多不解的地方，但还是

一个新转来的学生JordanCross只要触碰别人就会预感到这个人临死前的情景，克拉克通过他的异常表现救了想自杀的体育老师Altman，原来Altman因为女儿意外不治而想追随女儿。Jordan因为有此能力而造成了严重的生活困扰，克拉克理解他并和他成了朋友。医院里，Altman意外听到拉娜和女学生Mcgan的对话，才知道女儿出事前和拉娜和Mcgan在聚会上吵了架，因此记恨于她俩。Jordan先后预感到Mcgan和拉娜会出事，在克拉克的帮助下，从Altman设计的火场中救出了她俩。Adam在塔龙里经常噩梦连连，引起了拉娜和克萝依的注意。克萝依发现他自己注射针筒，怀疑他吸毒。莱克斯出于关心拉娜也调查了Adam，却发现了Adam在各方面都很优秀，好象是个天才，他很疑惑。Jordan在火场里被克拉克

乔纳森住院了。在夜里，克拉克发现了皮特加入参与Dante的车队进行黑市赛车，皮特使用了有陨石的燃料使车辆速度如飞。克拉克提醒他，皮特根本不听，认为这样才能展现自我。在一次赛车中，Dante要皮特故意输掉比赛，而皮特的好胜心使他最终还是赢得了比赛，却使Dante操纵的赌博输惨了，Dante要他限期交出2万美圆，否则要他好看。克拉克向莱克斯求助，莱克斯表面不同意，却默许他开走自己的名贵跑车。皮特和Dante用跑车做为赌注赛车，最后Dante的赛车意外失事，皮特终于醒悟了。莱克斯发现Adam使用的针筒里有一种从未发现的类似于血小板组织的血清，从而找到相关的Tang医生,通过运做使Tang同意和自己合作，研究血清。拉娜发现Adam越来越不妥，Adam却无情地威胁她不要再管他的事情。

在一次电梯事故中，克拉克使用超能力进行自救，同行的Alicia用意念将两人转移出来。在分享彼此的秘密后，克拉克和Alicia惺惺相惜，都以为找到了自己的真爱。直到夜里Alicia热情地潜入克拉克的房间，克拉克才发现有些不妥。而这时候，Alicia已经狂热地爱上了克拉克。克萝依和克拉克分别找Alicia父母了解情况，希望能使Alicia理智点。可是为爱情冲昏头脑的Alicia却袭击了阻止自己的父亲。在Alicia要杀掉拉娜的时候，克拉克赶到，用铅漆浇在Alicia身上，阻止了她的瞬间转移。最后，Alicia被送到特殊医院。在经历了又一次生死后，克拉克对拉娜却仍然不能坦诚，拉娜很不解。Adam失踪了，连莱克斯也找不到.原来Adam和Tang都是为莱昂工作的，莱昂用血清在死去的Adam上做起死回生

乔纳森住院了，医生建议做心脏手术。在医院里，Garrett目睹哥哥因严重肝病死去。可是第二天，Vincent却奇迹般出现在Garrett和克拉克面前，但随后又病倒。Vincent告诉克拉克是大都会的一个女医生给他注射了一支针剂才使他复活的。同时，克萝依和莱克斯也了解到Tang是一个分子生物学家，他们推测出Tang的实验室应该是在莱昂的旧工厂之一。克拉克找到了Tang的实验室，发现莱克斯也在，克拉克没有惊动他，用超级速度神奇般偷走了一瓶可以给Vincent续命的血清。在医院里，Garrett无发忍受哥哥再次离去，用陨石炸弹挟持病人，要医生立即给哥哥换肝。克拉克用偷来的血清给Garrett，没想到血清是用克拉克的血为原料制成的，结果被Garrett的炸弹中的氪石污染破坏失效，Garrett发怒要

克拉克和皮特在青年救助热线里接到了拉娜的紧急求助电话，他正在被Adam追杀，可是事实上什么也没有发生。克萝依和克拉克研究求救电话录音后发现这可能是来自未来的，而且就是当天晚上。莱克斯掌握的Tang的研究材料向父亲摊牌，希望能负责这项有前景的研究。莱昂却否认一切，同时撤消了秘密研究所的器材和血清。Adam为了逃出研究所，杀死了包括Tang的所有研究员。Adam必须在12小时内找到拉娜，因为拉娜保存有他以前用剩的针剂，否则他会死去。莱昂为了脱身，同意让莱克斯为研究负责人，这时莱克斯却不领情了。莱昂伪造了一切文件证明，警方拘留了莱克斯。莱克斯提出和FBI探员合作，提供让FBI立大功的机会，即收集莱昂的犯罪证据，以换取当前的自由。克拉克根据求救的电话号码展开追查，但是Adam最终还是找到了拉娜。克拉

根据Jor-El和乔纳森之前做的交易，Jor-El开始通过八角型钥匙召唤乔纳森，克拉克到山洞去弄清楚原因，却被莱昂发现了洞壁上的钥匙槽被重新打开了，于是莱昂重新展开对山洞的研究。莱克斯与FBI合作，在自己身上装了了窃听器，FBI同时也知道了一些克拉克的事情，不过莱克斯还是很保护克拉克的.最后莱克斯向克拉克解释了与FBI的一切。莱昂向Swann博士请教山洞上的文字，并想和他合作，博士拒绝了。莱昂授意另外一些人冒充FBI搜查了肯特农场，想找到八角型钥匙，却被乔纳森事先收了起来。在八角型钥匙的召唤下，乔纳森持枪来到山洞警告莱昂，打斗中，八角型钥匙飞向石壁，一道亮光过后，钥匙槽被重新封闭了，之后钥匙出现在Swann博士的桌面上。克拉克想要重新与拉娜开始，拉娜却认为应该要重新全面考虑。

克萝依闯入莱克斯的研究所，被一种研究气体感染，获得使人说真话的能力，这是一个记者梦寐以求的能力，她陶醉于这种新的改变，不自觉地伤害了身边的一些人，包括把Taylor老师的往年犯罪记录发表在报刊上。父子俩的不断暗斗使莱克斯对父亲彻底失望，莱克斯想利用克萝依的这种特殊能力去刺探莱昂是否真的伙同黑社会杀害了祖父母以骗取社会保证金，同时莱昂也利用她来刺探克拉克的秘密。克萝依在与莱昂周旋的过程中，机智地把莱昂招供的犯罪证据录在电话留言里，不过事后却被莱昂删除。只有克拉克真正关心克萝依，经过调查发现被感染了的克萝依随时有生命危险，并拿到了唯一可能的解毒针剂。在Taylor老师的儿子William要将克萝依撞到河里时，克拉克赶到，并为克萝依注射了解毒针剂。经慎重考虑后，拉娜决定到巴黎艺术学院学习，感受新的

莱克斯与加纳医生的恢复近期记忆的合作有了意外进展，加纳用陨石水疗法使莱克斯逐渐回忆起小时候的一些片段。因为当年莱克斯被认为是害死刚满月的弟弟而被父亲怀恨至今，从而压力过大而诱发过精神分裂症，一些事情无法记起。克拉克发现后劝告了他，可他不听。因为担心莱克斯再次出现精神分裂症，克拉克最终向莱昂求助，莱昂却认为克拉克是为了莱克斯不会想起他的秘密而来。于是莱昂另外设了一个圈套，他暗示克拉克应该去阻止加纳医生。在加纳医生的实验室里，受陨石影响，克拉克失去了抵抗力，被加纳医生放到陨石水槽里催眠。克拉克记忆起了婴儿期的情景，重温了亲生父母的亲情.最后实验室因为过载而爆炸了，莱克斯赶到救出了克拉克。最终莱克斯回忆起了儿时的情景，是妈妈亲手杀死了小弟弟，莱克斯只是为了保护母亲而承受了一切。知道真相后莱昂想重新

莱昂的研究队伍在山洞里发现了一件文物，在请Willowbrook教授鉴别的时候，却被他的学生Jeremiah抢了去，原来这是一把丢失了500年的星刃，它会赐予持有者神奇的超能力。根据山洞的预言，星刃会帮助从外太空来的地球救星诺曼找出并杀死他的最大敌人。而Willowbrook教授认定克拉克就是诺曼。Jeremiah被新拥有的超能力蒙蔽，认为自己就是诺曼，不肯交出星刃，而且他还要完成诺曼的使命，杀死最大的罪恶敌人来拯救世界。克拉克和教授设计引来Jeremiah，想将他制服，但克拉克却不敌Jeremiah并被星刃刺成重伤，之后Jeremiah捉了莱昂，准备在古代Kiwatche人的长眠之地将莱昂杀死。克拉克在Jor-El的暗助下恢复，和莱克斯赶到长眠之地与Jeremiah展开搏斗，搏斗中星刃脱手

拉娜要前往巴黎了，莱克斯为她安排好机票。克拉克想向拉娜坦白自己的一切秘密，可是拉娜小时侯的好朋友的克隆体Emily逃出来劫持了她，在克萝依的帮助下，克拉克找到了囚禁拉娜的地方救回了她。克萝依将之前被莱昂删除的电话留言通过技术处理恢复了,为了摆脱莱昂的控制和威胁。克萝依将证据交给了莱克斯.与莱克斯合作的FBI被莱昂收买，捉了皮特，威胁他说出克拉克的秘密，莱克斯救了他，将父亲的犯罪证据交给FBI，换取对方停止对克拉克的调查和对自己的指控，莱昂被拘留了。皮特最终离开了小镇。拉娜来了，克拉克始终还是无法开口向拉娜坦白。

一个从山洞走出的自称是氪星来的女孩Kara找到克拉克，她知道克拉克的一切，她要带克拉克回山洞接受Jor-El的指引，以让克拉克完成本身的使命。莱昂告诉莱克斯，自己得了致命的肝病，所以才会对山洞和克拉克有近乎痴迷的热情，可莱克斯不为所动。莱昂设法让克拉克明白了莱克斯3年以来一直都在调查他，克拉克失望之至,终止了与莱克斯的友谊。出于正义，克拉克还是出庭指证使莱昂保释不获通过。拉娜最后走了。迷惘之中，克拉克跟Kara回到山洞，乔纳森赶到揭发Kara是上次流星雨来临时失踪的地球人，Jor-El让Kara消失了，并用乔纳森的性命威胁克拉克，最终，克拉克被吸入并消失在山洞石壁中，接受Jor-El的全新洗脑。乔纳森昏迷不醒.在莱昂被正式收监的同时,克萝依被炸死,莱克斯被人下药缓缓倒下。