三个月后，克罗伊的表姐路易斯，驾车前往Smallville去寻找克拉克帮助调查表妹的死因。途中，随着一道闪电划过，路易斯的车失去控制，冲进路边的玉米地，在那里她发现了裸体的克拉克，并且克拉克失忆了。路易斯把克拉克送到Smallville医疗中心。玛莎在医院里陪伴着昏迷不醒的肯特。发现克拉克后，玛莎带他回到农场，希望通过熟悉的事物让克拉克重拾记忆，然而，此时的克拉克已经完全失去本性。在巴黎，拉娜结交了一个美国男友杰森，两人相处得很开心。拉娜在拓印伯爵夫人伊莎贝儿的墓碑时发现一个奇怪的符号并放出强光，事后拉娜洗澡时发现背上出现了那个符号的纹身。莱克斯的血液中毒，必须每72小时净化一次，否则有生命危险。他冒险去中东取回一件考古发掘到的古物，但是在归途中被空中飞来的克拉克抢走。在斯万博士的助手Cro

克拉克告诉露易斯他认为克萝依并没有死，他俩一起到到克萝依被炸死的房屋里调查，突然一架直升飞机飞来，他俩好不容易才摆脱了一伙军事人员的追逐。原来是露易斯的父亲Lane将军来阻止她追查真相。拉娜发现身上的新纹身与山洞里的一个符号相同，她决定回到Smallville来追查真相。露易斯偷偷打开了克萝依的棺材，却发现是空的，这时一个液晶金属男孩袭击了她，并要她讲出克萝依的地址。拉娜出现，两人合力赶走了男孩。这个男孩是莱昂派来的，莱昂以出狱后为他提供治疗为条件让他却杀死唯一可以出庭做证的克萝依。克拉克去找莱克斯询问，却发现了他与Lane将军有联系。克拉克和露易斯分别潜入Lane将军的工作室追查线索。在克拉克赶到一处他认为是克萝依藏身的地方，可是保护警卫已经被杀死，克萝依不知去向。通过追踪克萝依手镯上的信

由于学分不够，Lois被要求留在Smallville高中修完相应学分才能进大学，她进了Chloe的报社帮忙。克拉克为了自己的理想，决意加入球队，可是父亲却不放心，怕他在球场上使用超能力而无意中伤害别人，克拉克坚持自己能控制好自己。为了补贴生活费，Martha决定到Tealon在做管理工作。为了弄清楚自己的文身符号，Lana买了很多古书籍进行研究。Jason为了更好地亲近Lana,来到Smallville高中任橄榄球队助理教练。因为是教师和学生的身份，一对恋人只能在学校里偷偷地约会。一个以前满脸疮疤的高中女生Abby，在用母亲Fine的研究出来的新型整容材料的帮助下，变成了一个青春亮丽的惹火女郎。队员Bret与Abby的约会中，一吻之后，Bret出现了难以这置信的幻觉：镜子中的自己竟然成了满脸

一个名叫曼蒂的啦啦队员利用陨石配置成特别的“爱之水”，曼蒂利用这些神奇的的饮料水随时俘获她想要约会的橄榄队员。克萝伊就是因为误饮了这些饮料而春情大发，竟然当晚就想献身给克拉克，她的过度热情让克拉克不知所措。在训练休息中，杰森和克拉克都饮用了特别的饮料水。克拉克出现了对陨石的过敏反应，四肢无力。而杰森见到克拉克和拉娜说话后变得对克拉克满怀敌意，在球场上默许老队员给他一些对待新兵的特别关照，让他吃够了苦头；而且在克拉克回到家之后，杰森还袭击了他，幸好莱克斯到来，杰森仓忙而逃，氪石成分从克拉克伤口排出，克拉克又恢复了能力。莱克斯向克拉克表示对他的调查已经结束了，希望能重新开始友谊，两人又成了好朋友。莱克斯向所赞助的大学打了招呼，露易斯不用再为在Smallville高中赚学分的事发愁了。露易斯偶然发

在乔纳森出院的时候，一个同样能够快速移动的小伙子在车祸前瞬间救了他，同时也偷走了他的钱包。克拉克追查到小伙子叫巴特艾伦（即四代闪电侠），他是一个将超能力用于偷窃的小偷。难以相信的是，巴特的奔跑速度居然比克拉克还要快，而且能涉水而过。两人惺惺相惜，克拉克想要劝他回头，巴特反过来邀请他一起闯世界，并认为自己的超能力是上天给的，不用可惜，而且自己也不会伤害到别人。莱克斯追踪到了一件古文物，旁边有氪星文字，据说是与晶石有关的，克拉克用透视能力看到了一幅地图，里面有某些信息。顽皮的巴特跟踪克拉克到了莱克斯的家，拿走了画。在与黑社会负责销脏的贼头交易的时候，不小心被打昏。这时，莱克斯赶到，他告诉贼头，警察就要来了，混乱之中，莱克斯被打倒，克拉克到来救了巴特。最终巴特自己把地图送回了原处，并决定不再偷窃。

克拉克听到一个尖锐的高频声，他知道这是晶石在召唤他。他循声而去，追踪到了监狱，发现莱昂正暗暗拿着一块晶石准备和莱克斯握手。克拉克感到有所不妥，上前架开两人，却让莱昂握到了自己的手。这时，在晶石的作用下，克拉克和莱昂神奇般地交换了身体。通过克拉克的身体，莱昂了解了克拉克拥有的超能力，他非常留恋这个新的变化。而克拉克以莱昂的身份进了监狱，通过原来莱昂的狱友休斯敦的帮助，他对晶石有了进一步的了解。克拉克让玛莎来探监，努力让她知道了真相。莱昂威逼莱克斯归还原来属于自己的5700万美元，幸好玛莎赶到用陨石制止了他。在休斯敦的帮助下，克拉克让莱昂相信身体的交换随时有可能逆转。在莱昂趁着监狱暴乱伺机要杀死克拉克而让逆转无法再进行时，克拉克用偷藏的晶石握住了莱昂的手，俩人的身体又再次交换了过来。混乱之中，休

一个叫Mxyzptlk的高中生具有控制别人意志的能力，利用这项技能，他操控了许多比赛的结果，借此使自己做庄的赌球生意节节顺利。但是在一次橄榄球比赛中，他企图用意念使克拉克滑倒，克拉克虽然及时控制住了身体，却一个趔趄撞伤了一名对方队员。克萝伊想报道关于校园赌球的内幕，也包括做庄的Mxyzptkl.在克萝伊一再坚持报道的情况下，Mxyzptkl在她面前展示了他的超能力，威胁她好自为之。克拉克了解到Mxyzptkl是路瑟集团的交换生。克拉克请求莱克斯将Mxyzptkl交换回去。Mxyzptkl却向莱克斯下了一个赌注：如果下一场洲际冠军赛中克拉克所在的队输了，他就交换他的秘密和走人；否则莱克斯就要为他争取美国公民权和一笔不菲的美金。克萝伊从资料中查到，Mxyzptkl的超能力只有在蝗虫飞行时不起作用

四百年前，伯爵夫人伊莎贝儿和两个同伴与城镇长官在追寻争夺三块晶石的过程中，被以巫术惑众罪施以火刑。在临死前伊莎贝儿在魔法书里下了一个咒语，并预言将在自己后代身上复活。拉娜最终“巧合”地取得了魔法书，在触摸到书中被下咒的符号时，伊莎贝儿附身在拉娜身上，并且用魔法将与自己同时被烧死的好友也附身在克萝伊和露易斯身上，女巫三人组又回来了！伊莎贝儿见到莱克斯家里珍藏的文物地图时，她意识到自己终身追寻的晶石就在附近。她拿走了地图，并用魔法使莱克斯无止境地弹奏钢琴。在克萝伊18岁的生日晚会上，女巫三人组的异常表现引起了杰森的怀疑。当杰森回去拿魔法书研究的时候被伊莎贝儿打伤，幸亏克拉克赶来相救。三女约了克拉克深夜在谷仓相见，克拉克竟然被魔法高超的伊莎贝儿制服，并被她吸去了超能力。在扫描克拉克的大脑时，伊莎贝

在一次宴会上莱克斯结识了一位红衣女郎，一夜风流之后女郎香消玉殒，莱克斯被列为最大的嫌疑犯。克拉克向监狱里的莱昂求助，根据莱昂的提示和克萝依的帮助，克拉克最终发现这是莱克斯的一个旧情人夏侬贝儿为了报复莱克斯玩弄感情而设的局，在夏侬贝儿引火要将莱克斯焚烧的时候，克拉克赶到。拉娜梦到了女巫祖先伊莎贝儿被处死的情景，同时见到了一个特殊的女人。第二天杰森的母亲洁妮芬到来，正是拉娜梦里见到的女人，令她十分惊奇和疑惑。洁妮芬暗示杰森离开拉娜，杰森当然不同意。莱昂经过上次和克拉克交换身体后，肝病神奇般地自愈了，心境也大为不同。他对莱克斯说，想放下以前的一切，重新做一个好父亲，莱克斯谨慎地不愿相信。

莱克斯的秘密工厂爆炸泄露出一种气体，被感染的人都会出现自己最恐怖的幻觉，杰森、克萝依和拉娜先后被感染而昏迷不醒。莱克斯的工人也感染了很多，他心急如焚，吩咐研究人员加剧研究解毒剂。最后在克拉克的暗助下，及时加剧了解毒剂的生成，解除了又一次危机。而在莱克斯的幻觉里，出现了自己成为世界霸主，毁灭地球的情景，他又惊又恐。在监狱里，典狱长告诉莱昂，有一位权势人物为他出面，法庭改判他无罪释放，他自由了！这一意外的结果连莱昂自己都不敢相信。杰森怀疑与拉娜的认识正是母亲巧意安排的，那是一个与家族有关的秘密。为了保护拉娜，杰森决定离开smallville，拉娜难以理解。

为了测试Alicia的精神稳定状态，主治医师麦布莱将她从精神病院释放出来，Alicia对克拉克念念不忘，为了能和克拉克在一起，她给克拉克戴上了红色氪石项链，使克拉克迷失了本性，和她一起共度良宵。克拉克清醒之后懊悔不已。麦布莱医生认为克拉克是Alicia病情不稳定的因素，要伤害他，Alicia义无反顾地为克拉克挡了一颗子弹,克拉克考虑整个事情的经过，体会到她的真诚，不顾父母的反对，决定和她重新开始。拉娜到大都会去找杰森，表明了自己的心迹，两人的感情又进了一步。莱昂向莱克斯表示自己已经有所改变，有了新的理想，希望能从此投身慈善事业，帮助更多的人。慢慢地，莱克斯对父亲的态度有所改观。

拉娜在浴室里被神秘人袭击，幸好杰森及时相救，凶手变成细沙离开现场，但没有人看到他。因为是密室伤人，大家都怀疑Alicia，只有克拉克相信她。之后杰森也被袭击了，而证据更是直接指向Alicia，这回连克拉克也有些怀疑了。Alicia愿意和克拉克一起到警局说清楚所有事，条件是要公布彼此的超能力，克拉克不愿意。Alicia为了证明自己的清白，说明拥有超能力并不一定会做坏事,她利用超能力让克萝依亲眼目睹了克拉克的超能力。路易斯无意中发现提拇可能是真正的凶手，因为他认为拉娜和杰森的事情是极不道德的。可惜，在克拉克找到Alicia的时候，提拇已经杀害了她。克拉克情绪失控，差点就杀死了提拇.杰森的母亲洁妮芬想用使莱昂出狱的伪造证据和莱克斯交易合作，让杰森离开拉娜。莱克斯感觉到她背后有更深的目的，找到杰森，

路易斯在都会大学的一次学校聚会上和球队队员戴维库柏发生了一点小小的纠缠。第二天早上，警察告诉她，戴维库柏全身瘫痪，她被捕了。被保释后的她向克萝依寻求帮助，于是她俩一起到都会大学展开调查，可是戴维却在医院里死去了。克拉克被都会大学球队看中，球队队长杰夫前来接他。在追悼戴维的酒会上克拉克发现杰夫拥有电击能力，同时发现他为了通过尿检购买正常尿样。路易斯在追查杰夫的时候不慎被他击昏，杰夫将她关在水房里准备溺死。原来戴维发现了杰夫在比赛中利用超能力的秘密想要揭发他，所以被杰夫借机杀害了。克拉克及时查出杰夫的位置，救出了路易斯。了解了杰夫的经历后，克拉克意识到超能力对赢球的诱惑不可控制，最终放弃了橄榄球。杰森为了得到更多有用的信息，同意接受莱克斯的工作。莱克斯提醒拉娜，杰森的母亲一生的目的就是研究她的祖

两个动物训练师用陨石混合物训练两只狗：一只黑狗和一只黄狗，它们强壮无比，是他俩抢劫的最有力的工具。在一次抢劫后，黄狗跑开了，被路易斯收留后带回克拉克家。克拉克发现黄狗的异常超强力量后展开追查，在两个训练师再次抢劫运钞车的时候赶到，与黄狗一起，阻止了又一次犯罪。出于同情心，克拉克把黄狗收留了下来。洁妮芬终于告诉杰森，她要杰森离开拉娜的原因。原来在400年前，女巫伊莎贝儿被洁妮芬的祖先处以火刑，临时前下了一个咒语，她会在后代子孙身上复活，在复活后会让洁妮芬的整个家族付出代价。洁妮芬来Smallville的目的是想利用拉娜和路瑟家族找出祖先一直追查的三块晶石的下落，不料杰森却真的爱上了拉娜。拉娜在疑惑之中也查到了自己母亲和杰森家族都是来自同一个小镇，她似乎明白了些什么。莱昂把莱克斯找到的寻找晶石的

Swann博士在临死前将八角形钥匙寄回给克拉克，并特别留言要他去找Jor-El。在山洞里，Jor-El告诉克拉克要尽快找全三块晶石，如果让地球人先一步找到，可能会让地球文明处于毁灭边缘。杰森根据地图猜测晶石在中国上海，莱克斯跟踪他到了上海。拉娜到莱克斯家去找杰森，莱昂告诉了她关于晶石的一切以及杰森家族和她的祖先伊莎贝儿的历史恩怨，还为她安排飞机去上海。为了她的安全，克拉克陪同她一起到了上海。在向导的带领下到了一间寺庙。而此时杰森和莱克斯却被卫兵捉了起来。伊莎贝儿再次附身拉娜，克拉克和她经过一番抢夺搏斗之后，晶石却不翼而飞。回来之后，拉娜责怪杰森没有告诉她实情。杰森告诉她这样做正是为了她的安全，并把晶石拿出来送给拉娜，拉娜很感动。乔纳森和玛莎对克拉克独自行动到上海有些微言，克拉克也对拿不回晶石

路易斯品学兼优的妹妹露茜前来Smallville游玩，住在克拉克家。一天夜里，克拉克意外地发现她前往塔龙偷取现金。露茜解释说是因为在德国欠了黑社会的5万美元，而放高利贷的头目贝克现在就追踪到了Smallville。莱克斯出头帮助她，可是贝克却假扮警察拿走了赎金，同时还绑架了路易斯两姐妹。克拉克根据一些线索发现露茜并没有说真话，原来这一切都是露茜和贝克合谋的，目的就是要诈骗莱克斯。贝克向莱克斯勒索50万来交换两姐妹。克拉克快速行动，救出了路易斯。贝克被捕，露茜逃脱。拉娜的住室被盗，晶石失踪了。杰森在莱昂处暴怒地要他归还，拉娜目睹了这一切。原来是拉娜多了一个心眼，自己把晶石收藏了起来。莱昂提醒莱克斯，杰森在上海时取得了晶石，莱克斯处于深思之中。

一次实验中，莱克斯意外被陨石光芒射中，从而将他的邪恶部分分离出来。在医院里，邪恶莱克斯杀死了研究主管辛克莱博士，并囚禁了真正的莱克斯。邪恶莱克斯展现出他自我膨胀的一面：准备关闭塔龙；取消原本答应协助莱昂举办的慈善会。莱克斯的种种异常使克萝依心存疑惑，通过研究医院监视录象发现竟然有两个莱克斯！克拉克也无法分辨出真假。邪恶莱克斯还将克拉克和克萝依引到实验室，企图杀死他俩。在几经斗智斗勇后，在真正莱克斯的协助下，克拉克利用热视能力将陨石戒指加热发光使两个莱克斯终于还原成一个。莱克斯忙着修补邪恶之身惹下的麻烦，拉娜原谅了他。莱昂却认清了他骨子里的本性，对他很失望。莱昂决定放弃慈善事业，准备重新和莱克斯再做商业上的暗斗。

一个虚荣心很强的女孩Dawn在车祸之中被陨石感染，灵魂出窍，身体变成植物人送进医院。Dawn先是附身玛莎，后又附身拉娜意图杀死甩她的前男友，又经过一系列的附身杀死了自己被车祸毁容的身体。发现身边的人的种种不寻常表现后克萝依和克拉克根据线索查明了原因。在校园年度舞会女王选举晚会上，Dawn附身克萝依感受年度舞会女王的荣耀，满足了她的虚荣心，后又因妒忌而在晚会上纵火报复。最后，克拉克设计Dawn附到自己身上，再让乔纳森用准备好的氪石使自己虚弱逼走Dawn。在舞会上，克拉克终于和拉娜拥抱着在舞步中度过了他俩高中舞会中最美的回忆。杰森发现Swann博士的女助手Crosby的尸体在莱克斯的花园里被发现，他向莱克斯挑明他发现了Crosby和路瑟家的联系并报警，可是莱克斯却已暗中处理了一切，这正中了他的圈

在塔龙外克拉克在追一个小偷的时候被小偷用超能力洗去了所有记忆。克萝依热心帮助克拉克恢复记忆，解释他的超能力，并提醒他要保护好自己的秘密。拉娜向杰接提出分手，杰接恼怒而去。根据小偷在塔龙遗留的信用卡，克拉克、克萝依和露易丝追查到了Kevin的家。原来Kevin因为多年前的一起误杀弟弟的事情难以忘记，被身为精神治疗所的父亲用陨石实验疗法做删除记忆实验，却让他拥有了删除别人记忆的能力。莱克斯将克拉克带到洞穴，克拉克无意中说出洞穴石壁后有暗室。克萝依调查后发现，是Kevin父亲误杀儿子后用新实验技术将杀人记忆强加给Kevin的。知道真相后的Kevin和克拉克一起回到了summerholt研究所解救被扣押的克萝依，克拉克也找回了自己的原来的记忆不过却失去了这失忆的一天的记忆。莱克斯趁克拉克不在偷走了画

克拉克和拉娜在路边发现并收留了一个弃婴，并给他取名交伊凡。可是第二天伊凡就长成了8岁大的摸样。为了保护他，克拉克求助于莱克斯。莱克斯的研究队伍发现每隔24小时伊凡就会贮存能量并释放，进行一次进化并长大，只有找到亲生父母移植骨髓才有可能存活。不过骨髓移植要赶在下一次进化之前完成，因为下一次进化所释放的能量会杀死他自己和身边的所有人。通过克萝依，伊凡找到了他的亲生父亲，可是他的父亲却不愿接受这个离奇的儿子。无奈，克拉克最终只能实现伊凡的梦想：把他放在Smallville最高的风车上饱眼世界，而默默让他逝去。克拉克也因此更体会了人生的意义。洁妮芬来找莱昂，希望他能从莱克斯手里取得从上海找回的晶石，以报答自己救他出狱。莱昂好意提醒莱克斯要提防洁妮芬，莱克斯不是很领情。最后，莱昂为了儿子，用毒酒威胁洁

克拉克为了照顾父母，希望高中毕业后能上的大学离农场近一些。父母却为了他的前途希望他能上好一些的大学，克拉克说明这是自己作为一个儿子的选择。在高中毕业典礼前，具有冰冻能力的Bredan将克萝依、拉娜等一些同学关到了一间仿造的高中校园里，企图永远留住高中的记忆。克拉克和路易斯发现克萝依失踪后一起调查，他俩找到了Bredan的永恒校园，将被捉的人都救了出来。杰森捉了路瑟两父子，想让莱昂交回夺去的晶石。洁妮芬用莱克斯的性命威胁莱昂，莱昂不忍，假意说是交给了拉娜。在洁妮芬出去找拉娜的时候，两父子通力合作，逃了出来，并把杰森打下了山崖。

洁妮芬找到拉娜要他交回晶石,拉娜与她奋力搏斗，在洁妮芬将要杀死拉娜的时候，伊莎贝儿现身，用晶石杀死了洁妮芬。之后，伊莎贝儿和拉娜的神秘印记同时消失了。莱克斯安慰惊魂不定的拉娜，并许诺要为她找最好的律师。莱昂及时处理了洁妮芬的尸体，父子俩又要在争夺拉娜手中的晶石开始较劲了。由于晶石沾染了人类的血，太空中的陨石改变轨迹，再一次地向Smallville飞来。Jor-El告诉克拉克，如果不能将三块晶石及时找齐合一，地球将难逃于毁灭的宿命。随着流星雨逐步逼近，小镇上一遍慌乱。拉娜最终将晶石交给了克拉克，克拉克将晶石和原来山洞石壁中的第一块晶石合在一起。刹那之间，幻影四起。一道强光从莱昂身上的第三块晶石上发出，也同时穿透了莱昂的身体，他被强大的能量击昏。光影过后，莱克斯把晶石藏在密室里。克拉克根据晶石发