水晶扔到雪地上长出了孤独城堡。Clark通过钥匙打开山洞中的通道，来到孤独城堡。在拯救这个星球和将被冻死的chloe之间他必须做出选择，lex在寻找chloe时也发现了山洞和钥匙的秘密。瞎了的莱昂则在自家别墅地板上画着符号，还说这ZOD的信徒，告诉了lana氪星人的弱点，lana对抗两个流星雨过后从太空船出来的找寻kal-el的氪星叛徒。最终clark没能在太阳落山之前回到孤独城堡，失去了超能力，成了一个正常人。但危险没消除，氪星飞船被藏在了路瑟集团的秘密飞机修理厂里。从飞船中流出一滩黑色流状物，并形成一个人的形状，他就是超人故事经典反派Brainiac！

lex去看望他的被他当成精神病人关在软垫房里的老爸，而此同时有一场越狱的戏上演，主角是受氪星水晶影响的一个大个子和一对邪恶双胞胎。在他们顺利逃脱后，想取得在luthor工厂的不为人知的那个第三层中的绿色水晶能源。ck的超能力被jor-el收回了，他开心的正过着正常人的生活，并且和lana和好。在阁楼上他们互相谈及各自都是处子的时候，那三名逃犯用超能力劫持了他们，因为他们需要ck帮忙进入秘密的第三层！失去超能力的ck怎样对抗这3个坏蛋？lex又在暗中计谋这什么？

lana在ck家过了一夜，一大早偷偷想离开的时候被kent夫妇撞个正着。lana离开后，chloe匆忙赶来告诉ck一个叫Gabriel的高中同学将用导弹摧毁小镇。因为Gabriel不想chloe死，所以事先通知chloe离开。ck和chloe怎么也找不到Gabriel，于是想出了办法引Gabriel出来,当Gabriel出来找chloe的时候ck出现在了路中间，挡住Gabriel，意图阻止Gabriel的破坏，结果Gabriel开枪击中了他，chloe被劫走。换了平时没问题，可是现在ck的超能力被收回了，倒在地上直冒血。被人送往医院后，lana来看他了，医生最终也没有办法挽救他的生命了此时的lionel被jor-el附体像发疯了一样画者怪异的符号，最后他逃离了lex的监管。他把ck带到了孤独

在火山口形成的深湖边一群年轻人正在享受日光浴,ck正帮lana涂防晒液这时chloe和lois来了，lois跳入湖中时头撞晕了，ck跳入湖中救人，却被另一位水性极强的人抢先抱得美人归，他就是Arthur（即海王、水行侠），他在水中的速度连ck的超能力也逊色。新来的历史学教授费恩，一直拿lex的话题和ck套近乎，给ck提供了很多有关lex的线索，而arthur请lois去游泳，在那个湖里他听到的一种高频噪音使很多鱼死了，而他的双耳也流血了，他决心拯救这个环境找出源头。ck看到过arthur水中的表现，加上一点点嫉妒，一直怀疑arthur是不怀好意。arthur告诉ck噪声污染源与lex研究的武器有关并要破坏这个武器，但ck并不赞同Arthur的暴力行动，决定带他去找lex谈一谈，然而lex并不

此前chloe进入星球日报并拥有一个个人专栏是lionel安排，现在新任主编质疑她拥有一个专栏的能力，如果她不能抓住写出一篇好文章得机会那她很可能就不能再星球日报工作了。最终chloe以一篇好文博得主编信任，虽然那篇文章没有发布于日报上。文章讲的是关于吸血鬼的事件报道，新的大学生活开始了，女生宿舍满员，chloe宿舍也没有空位了，lana只好搬进了女生联会，但是这个联合会成员都成了吸血鬼，lana难逃厄运！纸包不住火，成为吸血鬼的秘密很快就暴露了，lex一直调查费恩教授，而费恩的本性又一次展露到观众面前，他的手指变成了利刃杀死了lex派来跟踪的手下，费恩给ck指明了解决吸血鬼问题的方向——lexlex带告诉ck卢瑟企业曾经有一名研究员被感染成吸血鬼的案例，并已经研制出了血清抗体，此时成为吸血

克拉克与强纳森有位意外的访客——杰格-坚尼斯。强纳森的老友。他是为了竞选连任参议员来寻求支持的。但是一位脱衣舞娘梅丽莎被害，杰格因为与她的关系被列为嫌疑犯。为了寻找答案，克洛伊与露易丝假扮脱衣舞娘，但是露易丝的美貌马上吸引了真凶并且被绑架。

银色克普顿錼影响了克拉克，造成他不断看到偏执惊恐的幻象。也让他相信克洛伊将出卖他的秘密，强纳森与莱诺将联手对抗他，甚至雷克斯与拉娜也秘密的在一起。在众人束手无策之下，Fine教授竟然出现救了克拉克。

玛莎获得了奇怪的疾病，并且只剩下几小时可活，克拉克向Fine教授求助。Fine教授说服克拉克Jor-El是威胁他母亲生命的祸首，而唯一解救的她的方法是摧毁隐居堡垒。而听信Fine的话摧毁隐居堡垒的克拉克发现Fine其实是要解放在二度空间监狱的Zod将军并且杀死克拉克。

雷克斯为了与强纳森对抗竞选参议员无所不用其极，但在请人伪造可以摧毁强纳森的信息时陷入要不要使用的长考。雷克斯在后街上遇上混混并且遭到枪击陷入昏迷，他梦见他死去的母亲来访并告诉他他的生活在离开莱诺与路瑟企业后的可能情况。雷克斯快乐的与拉娜结婚并且正在等待第二个孩子的来临。在此同时的现实生活中，克洛伊请求克拉克用超能力运送圣诞节礼物给需要的孩子。

强纳森接到威胁要他退出选举，否则会有生命危险。不久克拉克发现父亲被殴并且被绑在仓库里。克拉克追查真凶发现一组雷克斯的支持者狂热的会做任何事来让雷克斯赢得选举.露意丝受到生命威胁要她在强纳森演讲时射杀他。莱诺向玛莎提议提供资金赞助强纳森的竞选。而拉娜相信斯莫尔镇发生第一次陨石雨时，也有一艘宇宙飞船降临。

两位在本季首集外星人屠杀事件中残存的警察，入侵雷克斯的家中要胁他说出他藏匿宇宙飞船的所在处。危急中雷克斯与拉娜躲进豪宅中的安全密室，但雷克斯已经中弹。拉娜问雷克斯宇宙飞船现在在何处，雷克斯说已经神秘消失几周了。克拉克也发现拉娜与雷克斯在研究黑色宇宙飞船的秘密。

为了不失去拉娜，CK终于下定决心向拉娜说明一切，带她到隐居堡垒更向她求婚。CK不求立即的答案只希望拉娜能慎重考虑。拉娜在不透露细节之下与露意丝讨论，露意丝则说她自己会很乐意与像CK这样的人结为连理。在疑虑释清后拉娜点头答应,这一天也是知道选举结果的日子，喜上加喜的强纳森顺利获得了参议员的位子。失败的Lex打电话向拉娜寻求安慰，拉娜前往Lex的住所，失意的他更发现拉娜与CK已订婚，便逼问拉娜CK是否向她说明了一切，拉娜开车逃离，Lex却紧追在后。追逐中拉娜打电话给CK，不久意外就发生了，拉娜座车翻覆，CK立刻飞奔到现场，但是为时已晚，拉娜已经死亡并且实现了Jor-El的预言--一个CK所爱的人的生命将会被交换来让CK复活。同时Lex也目击他使用超能力。悲伤的CK只能求助于Jor-El，Jor-

CK坚持从中央德州大学休学来照顾农场。母亲虽不同意也无可奈何。在处理强纳森遗物时，玛莎要求CK接收父亲的手表，然而还无法接受父亲死亡的CK回绝了玛莎。玛莎前往Metropolis与州长讨论强纳森遗留下来的参议员席位，途中被两个混混抢了，危急中复仇天使救了玛莎，但是强纳森的表已经找不回来。当CK无法完全的向拉娜吐露心声时，雷克斯向感到孤立的拉娜提供心灵支持。同时，莱诺也向玛莎说，不希望政治与金钱阻挡他们的友谊。为了寻找攻击玛莎的人，CK与克洛伊演了一出抢劫戏来找唯一的目击者——复仇天使。复仇天使因为某帮派失去母亲，因此她也跟CK在寻找同样的目标。两个人在找到攻击玛莎的人后，悲愤的CK挣扎着是否要杀死他，他说“为何像你这样的人渣能活而我的父亲得死”，然而他终于体认到愤怒并不能改变过去，最后复仇天

克洛伊在泰伦(Talon)的墙中发现一具女尸，同时释放了她的灵魂。克洛伊因为小女孩的灵魂而看到幻象，每个人都认为她像她母亲一样疯了，如同过去雷克斯的情况，CK无论如何都相信她。克拉克循线追查杀害她的人。凶手是一位连续杀人犯，而露意丝也被凶手绑架。玛莎决定代理参议员之职，而莱诺也不时的表示在任何方面都支持她。CK与拉娜的隔阂越演越烈，彼此间的不坦承将这段感情慢慢的带向终了。在女尸事件解决后，克洛伊解开心结，前往探视母亲。

一位神经外科医生帮助了一位被路瑟企业监禁并且当作实验品的生化机器人——维克多斯通（即“钢骨”）逃脱。在逃亡的途中，维特被拉娜的车撞到却一点伤也没有。拉娜向克拉克求助，克拉克向维特保证会帮助他找他的女朋友凯瑟琳。但是雷克斯设下了陷阱并且用凯瑟琳威胁维特把他带回路瑟企业。最终克拉克在维特将被开颅时救走了他，并找到了凯瑟琳与他团聚。

莱克斯发现Fine与宇宙飞船有重大关联，并且发现他出现在洪都拉斯，决定前往一探。克拉克遇见一位拥有神奇魔咒的女人--席梦，可以让任何人做她想要的事。克拉克向她表露了超能力，一见机不可失的席梦便命他杀死雷克斯。原来希蒙是莱克斯派来对付克拉克的，想追拉娜的雷克斯住席梦的把柄要胁她让CK与拉娜分手，并且挖掘CK的秘密。Fine向雷克斯说他是政府密员，负责探查外星生物，雷克斯半信半疑。每当CK不能自己的时候，就是克洛伊大显神威的时候，坚信克拉克不可能随便跟女人走的克洛伊再度救了他。恢复神志的CK认为这或许是一个机会正式结束与拉娜的感情。在拉娜逼问下，CK终于说出"我不爱你"。

试着平复分手后情绪的拉娜，使用了极端的方式。利用血清尝试频死经验，以求与死去的父母见面。雷克斯同时也被注射了血清，他的母亲则是愤怒的说看看你的决定，未来你会害死多少人。克拉克尝试要救助拉娜，却被注射了血清，也因此可以见到不久前过世的父亲强纳森。父亲警告他莱诺知道他的秘密。同时，莱诺也一步一步获得玛莎的信任。

克拉克与玛莎暂时收容了一位小女孩蔓蒂，她的养母被残忍的杀害。然而众人发现蔓蒂拥有控制玻璃碎片的力量，使的她成为杀害养母的嫌疑犯。CK在蔓蒂身上看到自己的缩影，因此不但帮助她打开心防也为她找到了新的家。蔓蒂的养母是玛莎办公室的总管。露意丝则填补了这个空缺。雷克斯的诚实攻势，让他与拉娜有了更进一步。

一位面具神秘客绑架莱诺，并且策划了一系列的死亡游戏。克拉克告诉玛莎莱诺知道他秘密的事，他们打算先按兵不动，但是玛莎随后也变成了死亡游戏的一部分。CK与雷克斯一起行动寻找失踪的父母，在神秘客伪装的藏匿处找到了可以看到玛莎与莱诺的监视器。这时神秘客要求两人得要一人死才能离开，莱诺对玛莎说你知道克拉克有多特别，而他需要你，所以回去你的儿子身边吧。随后扣下板机自杀。但手枪只是神秘客的幌子，里面并没有子弹。两人不管如何都会死在失控下坠的电梯。但是莱诺的肺腑之言都听在雷克斯耳里。CK找到机会单独行动，并且在莱诺面前接住下坠的电梯。这次亲眼目睹超能力的莱诺再一次说道"Thankyou,son"。雷克斯向莱诺质问为何说CK特别。莱诺只说他无特别之处，只是他是可以让父亲骄傲的儿子。CK前往莱诺办公室警告他远离

在Metropolis克拉克救了路人Graham，而他誓言要回报克拉克。Graham给CK昂贵的礼物或女人都不得其道，才体认到CK用情之深。Graham与露意丝约会，CK阻止不成，最终露意丝向玛莎诉苦为何她总是碰到坏男人。Graham实际上是一位具有隐身能力的杀手，因此他的礼物便是杀死雷克斯让克拉克赢回拉娜。克拉克目击拉娜与雷克斯的亲吻，才发现两人已经在一起。拉娜在雷克斯劝导之下向CK说明她与雷克斯在一起的事实。心情已略为平复的CK还是忍不住警告拉娜不能相信雷克斯的为人。然而拉娜却说是你与我分手，而我不需要保护。

CK19岁了，一个小小的生日Party带给他惊喜，露意丝做了一个恐怖的蛋糕，还送给他一本日记,既然他那么不喜欢把心里的话与人分享那就写在日记里吧。然而死去的父亲也有留下礼物，是两张球赛的票与一张生日卡。随后CK造访父亲的墓地并且遇见了父亲的鬼魂。莱诺前往警告雷克斯与Fine合作不会有好结果，雷克斯并不领情。雷克斯离开后，莱诺突然像中风似的，并写下几个克普顿文字，接着又恢复正常。雷克斯向拉娜分享关于疫苗的计画，并且握有证据Fine似乎不是人类。拉娜回想当初遇到克普顿星人的遭遇，并告诉雷克斯他们的弱点是绿色陨石。然而雷克斯遭遇Fine时，陨石一点用也没有，Fine是被克普顿星人制造的，并不是他们其中一员。CK对于杀人一事感到非常犹豫，并对莱诺展开调查，克洛伊查到强纳森死前一小时可能见过莱诺，在强

一日天空产了异变，雷克斯像是被惊醒似的开车冲往田野，拉娜追在他后头，他一人冲向旷野中,随即被黑色宇宙飞船给带走，Fine并告诉拉娜，他是在准备雷克斯，玛莎与露意丝前往华盛顿的班机被取消，莱诺便提供私人飞机，玛莎在游说之下接受了。CK在经由克洛伊的传话后知道雷克斯的事情，转而向Jor-El求助。Jor-El说明Zod的身体已经被摧毁，他需要一个新的身体才能从幽体空间(二度空间监狱)回来。随后交予CK一把匕首，并说必须杀死这个人类宿主阻止Zod，不论这个宿主是谁，因为Zod便是将克普顿星球与克普顿星人毁灭的祸首。CK与克洛伊讨论或许雷克斯便是宿主，那么CK就必须杀了他。拉娜意外听到部分谈话，就是CK说必须杀死雷克斯的部分。莱诺持续的书写讯息，其内容是"牺牲宿主"，CK告诉他不想杀人，然而莱诺却说