为失去林肯而失意的黛西，依然每到晚上，会惩恶锄奸。这天，她在对付一帮劫匪时，亲眼目睹了一起异人残酷杀戮劫匪的场面。她看到他头冒着火光，钻进冒着火的车里，疾驰离开，她看清楚了他的车和牌照号，紧跟而去。菲尔和迈克乘坐在和风一号里，正无聊地下着棋，听说有任务，想起能见到梅、菲兹西蒙斯时，还挺高兴的。梅告诉了他们任务，有两个平民死状惨烈，头被烧烂，脊柱从腔里刺穿，情况迥异于常，他们要查出真相。梅接着告诉他们，还有第三名伤者，他提到了黛西。黛西被警方认为涉嫌多起银行劫案并炸毁大桥，如果被他们找到了黛西，是准许射杀的。警方怀疑菲尔迈克一直在包庇黛西，所以撤销了他们对黛西的追踪。梅提前告诉他俩，是为了争取争取些时间，赶在警方之前，找到黛西。他们身为曾经的同事，太了解黛西了，她一定是在设法切断那些劫匪的资金

菲茨和西蒙斯正在研究着那个让六个人疯掉、相互残杀的空箱子。菲茨测出了常规可见光范围内不可见物体的形状，它非常美，水晶状结构，像是封锁力场，西蒙斯正在揣测着它到底封锁的是什么时，迈克来了，说有一家人来了，其中那个爸爸有鬼魂穿过了他的身体。西蒙斯不太相信，迈克打开了交易者当时的录像，确实能看到影影绰绰地有个雾状模糊的女人形。造这个空箱子的合金非常特别，全世界只有三个地方的冲力实验室有过。迈克说见鬼的这家人，就在其中的一个实验室所在地。于是，菲兹跟迈克赶往这个冲力实验室查看情况。修车厂的罗比，看到黛西的车来了，觉得她是来对付他的。他拿了铁棍打开车，什么也没发现。回到办公室，发现黛西正跟同事愉快地聊着天。黛西说她的发动机着过火了，罗比替她看了下，却说没什么事，并警告她说如果继续追究，可能会死。黛西假

在迈阿密，悠悠球埃琳娜正在参加朋友聚会，迈克打来了电话。突然间全城断电，很快收到了肇事者们的警告。他们自称是异人反抗军，要求政府停止异人注册，恢复异人们的正常生活。梅正在疾控中心里被监控着，菲尔不知道她身在何处，担心着她，希望她挺过难关。他询问西蒙斯梅现在在哪儿，西蒙斯由于制度所限不能告知。但梅显然情况很危急，疾控中心解决不了她的问题。为了挽救梅，西蒙斯得到部长同意后，带人赶到疾控中心。菲尔也想一起去救梅，但部长派菲尔赶往迈阿密。黛西和罗比一起乘车去找他的叔叔，叔叔曾在动力实验室工作过。正给车加油时，洛杉矶也突然断电了。罗比顿时担心起弟弟加布的安全。加布是被黑帮分子所害才坐上轮椅的。博士也赶往疾控中心。他和西蒙斯商量着梅的情况，考虑使用博士刚研制的经颅装置来解决问题。按惯例来说，梅离死亡只剩

西蒙斯去看房子，她正在为她和菲兹建设未来的小家做准备。房间的外观让西蒙斯非常中意。进入房间后，她敏感地觉着有问题，于是拔出枪来，小心翼翼地观察着。黛西突然手捂伤口出现在她面前。原来，黛西从专杀异人的监察者组织手里抢过了一张名单，为此而受了伤。名单中是异人们的住址和电话。现在，她想请求西蒙斯帮助她，找出神盾局注册过的那些异人们的信息。因为这些信息，早已落入了监察者手里，正在成为被袭击的目标。黛西想提前向他们预警，使他们避开危险。西蒙斯因为职责所在，先拒绝了黛西。然后黛西用枪指着她，西蒙斯与她配合，将U盘交给了同事。这个U盘插入神盾局电脑中，黛西就可以远程控制，得到异人们的信息。在众多的信息中，黛西发现了詹姆斯的号码。他曾经与黛西一样，为蜂巢控制。俩人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收

菲尔迈克他们也找到了乔瑟夫，他在昏乱中说出了《黑暗之书》的下落，就埋在他和露西发现它的地方，然后七窍流血而死。这个地方露西知道，事实上她现在已经又找到了它，但上面的字消失了，露西什么也看不到。菲尔他们知道这部书的危害，商量着要不要告诉神盾局现任局长弗瑞。他们想先见见了解情况的伊莱，罗比的舅舅。结果菲尔和梅在去见伊莱时遭到典狱长袭击并被困在了那里。因为露西已接触感染了他们。菲尔和梅必须争取时间，在露西找到伊莱之前见到他。罗比向迈克请求加入战斗。黛西替他说话。迈克让大家使用冷冻枪，因为那里有可能所有人都已被感染。菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓紧研制治疗鬼魂人的药物。迈克黛西等人出发前，迈克请菲茨遥控指挥这次行动，菲茨给了迈克能治疗鬼魂人的针剂。大家乘坐昆式战斗机很快到达目的地。迈克注射针剂使典

当年，是乔瑟夫造出的机器实现了量子态能量永久储存，这意味着可以无中生有地制造出万物。但伊莱对此表示疑惑，因为实验后的能量比实验前还多，这是说不通的，违反了热力学第一定律。露西表示这正是天才之处，并在兴奋中告知伊莱因为他们得到了一本书。乔瑟夫听到急忙制止了她往下说。梅带人进入了动力实能源实验室。发现露西来过，但早走了。但菲兹发现，露西带走了几样东西，猜她想再现实现，逆转回人形。为了阻止她再伤人，神盾局继续追踪。黛西带加布去见罗比。为了保证加布安全，他们告知了他部分真相。局长杰弗瑞带人前去逮捕黛西和罗比。迈克急忙通知俩人带着加布藏到隔离舱。在隔离舱中，罗比向加布和盘说出所有真相，包括他们当年的车祸和他的异变。菲兹到处找菲尔，因为他需要查看一些科技战略资料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任务

梅、迈克进入实验基地后，发现菲尔菲兹罗比踪迹全无。回到神盾局后，杰弗瑞、黛西、加布和他们一起看了实验基地的监视屏，发现，伊莱发出了一道白光冲击波后，菲尔三个人一下子消失了。大家怀疑菲尔他信已被伊莱困进小箱子里，如同曾经的露西。大家心情都很沉重。被白光冲击波击中的菲尔他们，发现迈克、梅等同事看不见他们。他们猜测着，他们不是死了而是被改变了存在形态。他们看得到神盾局所有人在做什么，但却无法对他们传达讯息。罗比忽然觉得全身发冷，他似乎正在被拖往另一个空间。黛西觉得事情也许还会有转机。杰弗瑞同意她的观点，于是打电话给纳迪尔议长，想让西蒙斯回来，但纳迪尔没有同意。原来，应纳迪尔的请求，杰弗瑞让西蒙斯去研究如何解救一个茧化人。西蒙斯最后成功地让茧化人回到正常人的世界。梅带回了黑暗之书，想打开看有没有什么

警察局和神盾局包围了伊莱，记者采访局长杰弗瑞，杰弗瑞只能暂时以事态正在发展，尚无可奉告先敷衍过去。他们必须得先集中全力，对付伊莱。他同意菲尔的建议，派出艾达、黛西、悠悠球埃琳娜、罗比等人去处理这次危机。埃琳娜在侦察情况时，被伊莱制造的火墙烧伤了胳臂。罗比除掉了阻拦他的华人帮后，发现了伊莱建造的一个量子能源的大型电池。他正在查看究竟，伊莱出现，罗比正要变身恶灵骑士攻击，反而被伊莱先出手弄伤。菲兹发现，这块大电池事实上还是中子发射器，接近它就会触发超临界质量。危险超过以往，菲尔决定启用B计划了。杰弗瑞从拉德克里夫博士那儿得知，艾达是读了黑暗之书后建造了跨时空大门。他表示对艾达这个机器人有些担忧。他会密切关注她，决定下一步该对她做什么。罗比责问伊莱，为什么要变成杀人犯，辜负他和弟弟加布对他的信任。

艾达囚禁梅，是为了造出跟梅一样的机器人替代品。现在，这个“梅”进入了神盾局的同事中，而大家毫无察觉。杰弗瑞正安排大家如何妥善处理《黑暗之书》。菲尔告诉这个梅，协同博士清空艾达的硬盘，因为艾达读过了《黑暗之书》。博士和菲兹替艾达惋惜，迈克提醒他们，艾达只是个机器人，首先要提防的是机器人的崛起和反击杀戮。博士同意了。但博士和菲兹带人去处理艾达时，反而被艾达所伤。艾达还杀掉了他们带去的俩个警员。维杰是纳迪尔议员的亲弟弟，他就是西蒙斯从茧里解救出来的那个异人。纳迪尔带他在幽静的别墅里休养。她想探问维杰在茧里的七个月里究竟发生了什么，维杰没说，而是向她夸起了解救他的西蒙斯。纳迪尔议员对异人和神盾局一向充满敌意，听了这话很不高兴地转移了话题。杰弗瑞带黛西、西蒙斯去找维杰，而参议员显然已安排监察者要除掉她

杰弗瑞在公众和媒体面前，隆重介绍了黛西。称她为神盾局最尽责的卧底特工，为保护普通民众做出了一系列英雄事迹，他的宣传，使黛西赢得了公众的爱戴和欢呼声。菲尔和迈克也站在人群中倾听着，菲尔跟黛西的私人感情一直如同父女，他为黛西重见天日而感到由衷高兴。不过，职业特工的敏锐使他注意到，房顶本该有特工守卫的地方，现在空无一人。与此同时，站在较高处的黛西发现了房顶伏低身子的狙击手，她急忙推开了处在危险中的演讲者，杰弗瑞用其神力将讲桌向狙击者掷了过去。人群一片混乱。杰弗瑞和伯罗斯，在迈克和菲尔护送下赶往安全屋。黛西抓住了这个狙击手带回了神盾局。因杰弗瑞不在，国防部长塔伯特代行其职，他让梅和黛西共同审讯这个行刺的狙击手。菲茨让人研究着艾达的头颅，西蒙斯发现后要制止，她认为最好尽快销毁这个头颅，而不是研究。菲兹

生化机器人梅回到神盾局，准备换衣服时，发现自己的伤口处，裸露的居然是金属内壁。这时，黛西走进来，通知她菲尔正在召集大家去开会。梅急忙装作若无其事的样子，在黛西关心询问伤势时，只轻描淡写地说是轻微擦伤，并支走了黛西，心事重重地关上了柜门。博士对于生化机器人梅，非常自信。他认为艾达的暴露，是因为设计缺陷。而现在，他避开了这些问题。生化梅的任务是拿到黑暗之书，但这只存在于她的潜意识，所以她不再会暴露。她会因为想升官的本能接近菲尔，最终完成任务。而且，在神盾局里，他还准备了第二个生化机器人，同时参与行动。悠悠球和迈克一番云雨后，悠悠球起身去喝水。床头的手机响了，迈克看了一眼，说计划有变，下床穿衣服离开了。生化梅找到菲兹，询问他艾达对自己所做的事有多少自我意识，能不能自己控制停下来。菲兹还以为梅对发生

萨姆和比利是孪生兄弟，俩人长得一模一样。菲尔把黑暗战书放在了比利那儿，因为他有将东西变没的本事。结果，监察者将比利抓走了，跟比利在一起的萨姆特工急忙将这一消息通知了菲尔。菲尔知道事情又出在基地的内鬼身上。监察者将比利带进了行驶在大海中的一艘潜水艇上。他们故意将比利和博士关押在一起。博士跟他套近乎，自称也为神盾局工作被抓，并向比利提起了黑暗战书。比利并没有吐露。行刑者走进来，当他要用碎玻璃瓶颈扎进比利眼中时，博士在一旁看不下去了。他解开绳索站了起来，制止了行刑者。他想用不那么血腥的办法得知真相。菲兹正在修复博士的生化替身，他将替身额头被枪击落的皮肤又粘了回去，对他重新编程。不过，情况并不乐观，博士替身显然比艾达更加高级，菲兹失败了。他不甘放弃，一再地尝试，博士替身聊天时无意中提到，博士认识菲兹

博士听说监察者首领俄罗斯人安东看过了黑暗战书，生气地将书从他手里抢了回来。安东不动声色地看了博士一眼，他现在需要他。他们一起商量了该怎么用泰瑞根水晶引诱神盾局。西蒙斯检测后发现，杰弗瑞注射的保持神力的药物，可能会致他于死命。她直言不讳地告诉了他这个发现。为了保证神盾局的战斗力，找回梅特工，杰弗瑞还是希望继续注射。纳迪尔议员因为她的身份，掌握着异人们的情况。现在这些异人都处于危险之中。纳迪尔还准备鼓动媒体跟神盾局作对，向公众曝光神盾局藏匿异人的事。这时，监察者塔克带着泰瑞根水晶走进了她的办公室，因为他们怀疑纳迪尔血液中携带着会变异的成分，她弟弟就曾被感染。结果泰瑞根水晶敲碎后，塔克发生了转变，接着纳迪尔的办公室发生了爆炸，纳迪尔丧生。塔克回到监察者基地，告诉安东纳迪尔异化后爆炸而死。安东知道神

神盾局特工们为了营救好搭档梅,在不断尝试着办法。菲兹也构建了个模拟场景,迈克黛西加强着练习,想将梅从博士构建的虚拟场景中营救出来。根据对杰弗瑞局长的定位搜索,菲尔带着黛西等人找到了阿拉斯加的诺姆,结果赶到后在一处荒废的空旷房间里,只看到了杰弗瑞的铠甲,在房间的整面墙壁上,令人吃惊地贴满了菲尔的照片和信息。原来这是安东针对菲尔布下的局。安东去找博士,他正头戴耳机进入框架中。安东想叫他,被艾达阻止。看到安东的坚持,艾达不情愿地唤醒了博士。醒来的博士告诉安东,他已做好了自己该做的部分,硬件已经就位,艾达也会代表他和安东继续合作。黛西发现了照片墙中有一张安东名下的矿场照片,这张照片唤起了菲尔关于过去的回忆。多年以前,菲尔曾到过这家矿场,梅配合了他的行动,但那时菲尔和梅的相处并不默契,菲尔认为他们之间

看到这些生化机器人以战友们的面目在身旁走来走去，西蒙斯紧紧拉着菲兹的手，十分紧张。她担心着这些生化人会将他和菲兹杀死或者隔离，菲兹安慰她使她镇静下来，他们必须装作若无其事，因为他们现在唯一的优势是发现了真相，这些生化人还没意识到被他们发现了。这时，生化人菲尔、迈克、黛西、杰弗瑞走了进来，菲尔要菲兹召集全球异人，菲兹假意同意了，杰弗瑞想拆开西蒙斯和菲兹，菲兹找借口拒绝了他。杰弗瑞和菲尔商量着要赶紧下手，干掉并用生化人替换掉西蒙斯和菲兹，菲尔说先谨慎行事。悠悠球是神盾局最有价值的异人之一。生化异人迈克先跟她取得联系，引她上钩。生化菲尔去找到生化梅，当梅发现了菲尔不是原来那个，表现得很抗拒。她跟生化菲尔的设计程序不同，她原来一直以为自己就是梅，很久后才发现自己不是，这种自我否定让她难受。生化菲尔是

黛西走进了床边，却发现床上的林肯突然间又变成了沃德。黛西告诉他上司发来了短信召集，却发现她说的上司和沃德说的完全不是一回事。他们不是神盾局特工，而是九头蛇特工。他们一起来到了总部。黛西借口要查看邮件，暂时摆脱沃德，进入公司电脑查询。电脑显示林肯已经死亡，西蒙斯等200多位神盾局特工均已感染死亡。黛西不敢相信地低叫出声，这时，梅出现在她身后。她告诉黛西要去参加公司的简报会议，黛西告诉梅，自己进入框架中就是来找她的。梅却完全不为所动。西蒙斯从一处泥沼中爬了出来，她发现了自己胸前的枪口，意识到自己被杀了。回身再看，身下还有一具尸体，看情景，神盾局已成死亡废墟。这个框架世界构造的如此真实，西蒙斯忍不住喟叹。以她科学家的头脑，她知道要达到这样的效果，需要无数的计算层次。她搭上了一个路过女性的便车，想找

菲尔下班后，打开车门坐进了自己的车里，他正要启动汽车，后座上的黛西跟他打招呼。菲尔被吓了一跳，他坚持说不认识她，并猜测她跟西蒙斯是一伙的。黛西努力想让菲尔想起她来，菲尔头疼起来，但他还是认为他根本不认识黛西。黛西是一直把菲尔当作亲人一样的人，一遇到困难她就忍不住来找他。她一再呼唤着菲尔，最后，菲尔总算是有了感应，想起了她的名字，并且相信了黛西告诉他的他们只是身处框架世界的事。黛尔的电话响了，是沃德打来的，提醒九头蛇的人正在出动抓捕老师菲尔。黛尔跟菲尔紧急离开找到了西蒙斯。黛尔说是沃德第二次救了他们。但西蒙斯对沃德心存疑虑。她觉得应该对他保存警惕。毕竟在现实世界里，沃德是个最善于背叛亲近人的人。她认为既然黛尔能让菲尔回忆起真实世界，她应该也能唤回菲兹。黛尔得知建造框架结构的教授也在框架之中时，

菲尔和杰弗瑞劫持了运囚车，却没有找到他们要营救的人。杰弗瑞向菲尔打听西蒙斯的情况，他总觉得西蒙斯有事瞒着他。后来，他和沃德一起询问了西蒙斯，西蒙斯告诉了他们这个世界的真相，但显然他们俩个都无法接受和相信。此刻，菲兹正在审讯刚刚受了刑的黛西。他询问爱国者的下落想抓住他们，黛西告诉他西蒙斯不是颠覆者，她是菲兹在真实世界里的爱人。菲兹听了不为所动，反而给了黛西一耳光。梅也向艾达表达了要消灭爱国者，捍卫九头蛇的决心。尽管倍受折磨，黛西也不肯屈服。这时，艾达走进了她的牢房，她告诉黛西，她构建的这个框架世界是美好的，比如她可以给黛西一样需要的，比如林肯。听到林肯的名字，黛西动心了。但很快她还是恢复了清醒。迈克将截获的运囚车进行了重新改造。沃德从九头蛇数据库里给菲尔弄了个新身份和证件，他要假扮司机，利用囚

在框架世界里，所有打击恐怖分子的行动中，梅本来一直是那个最勇敢最坚决的九头蛇战士。但经过了和杰弗瑞的几次交道，梅发现了所谓恐怖分子身上具有的善良和自我牺牲，梅受到了触动，对九头蛇发生了质疑。梅进入到黛西的牢房，在确认了黛西在真实世界里是个异人之后，她拿出了一根泰瑞根，掷到地上，在框架世界里使黛西再次具有了异能。梅带着黛西出逃时，九头蛇的人发现并包围上来，俩人在射杀了不少敌人正要离开时，艾达带人拦住了她们。黛西用异能将艾达推出大楼，摔坏在高楼下的地面上。艾达在现实中醒来，框架世界中她第一次遭受到的失败使她感到不安。安东知道后想开枪杀掉梅。但他是艾达重新再造的机器人，跟艾达被博士建造时一样，建造之初就被设定好了参数，这个参数就是要保护这些正在实验室里昏睡的神盾局特工们。他们都想突破这个参数。艾达

留给黛西和西蒙斯的时间不多了，由于她们俩身体所在的飞机能源即将耗尽，为了节约能源，关掉了唯一保护着这架飞机的隐形功能。西蒙斯告诉黛西，艾达正在建造真实的肉身，这样她就能拥有自由意志，将他们所有人全部杀死。这真是让人沮丧，幸好黛西告诉了西蒙斯一个好消息，她已从博士口中知道了离开框架世界的后门，只需要将所有人带到那儿。有点问题的是迈克和梅还没恢复他们在真实世界的全部意识，他们不知道真相。还有菲兹，他现在是九头蛇的首领。西蒙斯从梅那儿得知了菲兹的父亲每天和他形影不离，意识到艾达正是利用菲兹的父亲改变和控制了这个框架世界中的菲兹。于是西蒙斯找到菲兹的父亲，用枪指着他让他打电话给菲兹，想单独跟菲兹谈谈。结果他打电话让菲兹来抓逃犯，并紧紧扼住了西蒙斯的喉咙。搏斗中，西蒙斯的枪打中了菲兹父亲，电话那头的菲

艾达带着菲兹现身在一处海滩。她感觉着海水冲过脚面，想到以前自己是机器人时只能模拟这种感受，高兴极了。菲兹在旁边却快要吐了。他知道在框架世界时，是艾达操纵了自己。艾达却撒谎说她也是身不由已，被博士控制。她现在有了自由意志，可以自己选择人生了。她所做的第一个选择就是要菲兹，说完后，她又带着菲兹瞬间凭空消失。安东生化人来了，要杀掉神盾局特工。菲尔和梅为了保护还没从框架世界归来的迈克，并肩战斗。梅为了获得力量，还注射了肾上腺素。俩人好容易才打败了安东。但菲尔意识到，他们所处的地方有被海水淹没的危险。艾达成了一个真正的人类。她有了同情心同理心，有了感受。菲兹极力劝说她，去救下那些被她置于危险中的神盾局特工。艾达先担心自己的安全，怕梅会杀掉自己。但最终还是被菲兹说服了。艾达出现在安东面前，下令他停止杀害

悠悠球刚进入框架世界，却发现框架世界正在变化发生异常。原来，是愤怒的艾达想毁灭掉这个她创造的世界，菲兹估计这个毁灭时间大概是12到20小时左右。不过，由于艾达对于神盾局的仇恨，使她决定先完成报复。这时，恶灵骑士罗比来了，他消灭了艾达制造出来的几个机器人，火鞭正要抡向艾达，艾达消失了。艾达的手臂被罗比的火鞭灼伤无法痊愈。安东告诉她，因为罗比和艾达一样，诞生于创造了他俩的同一片黑暗领域。罗比告诉黛西，附身于他体内的恶灵骑士，会被黑暗物质吸引，感觉得到黑暗物质的存在。当艾达被创造出来时，黑暗世界曾裂开了一道缝隙。现在，恶灵骑士想要将艾达重新逐回黑暗之中。悠悠球在博士带领下，找到了迈克。但框架世界的迈克并不认识她。在塔伯特组织的为神盾局辩护的会议上，艾达派出了她的生化人安东，带着黑暗战书，为神盾局设