1945年，卡特特工带领咆哮突击队攻陷九头蛇基地，缴获一大批不明物品，其中一个叫方尖碑，存档编号为084。现在，084号不明物品被政府收缴，新任局长科尔森带领新的特工小组，欲从政府手中夺回方尖碑。上任不久，科尔森派出几个手下执行任务，几个手下在执行任务的过程中遇到同样想要夺取方尖碑的吸收人-克里尔，吸收人为九头蛇工作，可以将身体变成任何接触过的物体，科尔森的几个手下虽然个个身手了得，但还是损失了一名特工。杀手逃离现场的时候留下了一些不明物质，科尔森的几个手下拾起不明物质返回总部报到。一行人拿着身份卡片穿越总部设置的层层障碍到达核心机要室，科尔森只愿意跟梅见上一面。其它几个手下见梅获得荣誉与科尔森见面，人人脸上升起羡慕的神色，其中一人愤愤不平也想跟科尔森见上一面。梅来到办公室中见到了科尔森，科

梅看到受伤的亨特，给了他一把工具讲自己从翻掉的车解救出来，梅准备追杀克里尔，但是库尔森命令她不要固执己见。斯凯告知库尔森自己在方尖碑上看到了复杂结构，但是库尔森并不在意。亨特被扔在了路边，此时托尔伯特出现，将他带走。菲兹看到正在研究的飞机隐形设备，但是失语症让他不能够正常交流，菲兹因此十分受挫，大家都担心他回不到从前了。托尔伯特和亨特谈条件，亨特答应只要托尔伯特能够给自己两百万和哈特利一个体面的葬礼，自己就将库尔森交给托尔伯特。斯凯找到库尔森，表达出勤的意愿，听说哈特利和爱达荷已经牺牲之后，坚持要去擒拿克里尔，库尔森让斯凯去打包好哈特利的物件。菲兹因为隐形飞机的事情自责不已，突然间在打印机处看见了克里尔的档案。克里尔正在餐馆里等人，服务员不小心碰到了他的胳膊，最后整个人变成了钢铁。在外跟踪的

霍特怀尔博士正在洗脑神盾局33号探员，希望她能够屈服于九头蛇。早上六点，西蒙斯起床之后去九头蛇的实验室工作。上级领导特金命令她赶快做完手头的工作。梅正在训练探员斯凯，亨特过来问斯凯是否有上过神盾学院，斯凯回答没有。亨特试图跟斯凯聊天，梅将他赶走。梅看到库尔森回来，便问她去见托尔伯特的情况，库尔森说情况并不妙。西蒙斯的上级要向巴克希汇报进展，西蒙斯无意间看到了吉尔的档案。吉尔正在马克拉什藏身，而九头蛇已经派人去追踪他，吉尔知道后，立马使用自己的冰冻技能将九头蛇的人冰冻。西蒙斯回到家，突然间发现又人藏在自己家里，原来此人正是库尔森。库尔森此行是为了听西蒙斯的工作报告。西蒙斯向库尔森报告了九头蛇想要招募吉尔的情况，库尔森希望孤僻的西蒙斯能够在九头蛇阻止交到朋友，但这恰好是西蒙斯所不擅长的。库尔森希

一名教父来到一座教堂里面，相关工作人员将教父领到教堂一处秘密房间，房间里面有一幅年代久远的古画，教父推测古画至少诞生于十五世纪。一幅古画对于教父来说不足为奇，教父更希望相关工作人员能展示更新奇的东西，在教父的提示下，相关工作人员将古画另一面翻转过来，教父往古画背面仔细一看，赫然发现背面出现了一些图案。古画引起神盾局的注意，领头者库尔森亲自出马带着梅特工来到存放古画的楼房参加活动，活动现场人来人往，库尔森与梅特工扮成一对亲密的情侣步入活动现场，梅特工与一些男士谈话寻找机会偷古画，库尔森来到客厅外面悄悄跟其它手下通话，手下人在通话过程中听到一阵爽郎的笑声传出来，库尔森意识到是梅特工在客厅与人谈笑风生，结束通话之后回到客厅与梅特工继续寻找机会偷古画。梅特工跟负责保管古画的要员谈话，库尔森趁机拿起手

九头蛇使用新研发的武器袭击正在举办婚礼的海军，杀死了其中把人。得知此情况的库尔森正在等西蒙斯能够给神盾局送来信息。雷纳找到斯凯的爹，希望能够拿回方尖碑，但是斯凯的爹并不同意，询问是谁要拿走方尖碑，雷纳答应是怀特霍尔，斯凯的爹不同意送走方尖碑，因为这是最后找回斯凯的唯一希望。巴克希召集西蒙斯开会，而怀特惠尔正是会议主持人。怀特惠尔将自己最新的计划公开，询问西蒙斯的意见，西蒙斯的回答让怀特惠尔印象深刻。斯凯看着古画背后的符号，亨特建议她去找沃德揭秘。沃德告知斯凯雷纳认识斯凯的爹。沃德告诉画背后的符号是加勒特刻上去的。雷纳在九头蛇大楼里看见西蒙斯，西蒙斯正将信息传送给神盾局，在一旁的雷纳看在眼里。库尔森怀疑西蒙斯是外星人，这时候雷纳打来电话约见库尔森。巴克希来到实验室，直言实验室里有间谍，西蒙斯被

托尔伯特将军正在电视上讲述神盾局给世界安全带来的威胁，突然间九头蛇冲进会议室，伤害了现场的的议员，而且还冒充事神盾局。此时电视上正在报道神盾局攻击政治议员的事，库尔森看到报道立马意识到就是九头蛇的阴谋，先派梅一行人去东京找制造生化武器的增田，而西蒙斯则负责去九头蛇总部找有关生化武器的硬盘资料。西蒙斯和斯凯正在讨论沃德，梅冲进来说是九头蛇的阴谋。库尔森派亨特和前妻芭芘一起行动，但是亨特并不愿意。沃德的哥哥原来就是托尔伯特的上级，看到托尔伯特如此行事不利，竟然被神盾局偷袭，十分生气，要自己亲自出马消灭神盾局。亨特和芭芘两人聊天，不欢而散。菲兹正在自言自语，西蒙斯进来。西蒙斯从九头蛇总部偷来了关于生化武器的硬盘。西蒙斯告知硬盘在运输过程中损坏了，菲兹提供帮忙。斯凯找到沃德，希望沃德能够提供关于他哥

一名在纽约的神盾局探员将陌生人带回家，没想到陌生人身上竟然有方尖碑一样的纹身，最后这名陌生人杀掉了这名探员。库尔森正在墙上刻画，这时候斯凯进来，两人希望能够找到这画背后的意义。库尔森得知沃德已经逃脱，梅一行人正在费城跟踪沃德。沃德知道自己被跟踪，立马逃跑。库尔森知道纽约的探员被杀害的事情后，发现这名探员的尸体上竟然被刻上了方尖碑上的图案。库尔森决定尸检这名探员，看能不能找到凶手的线索。沃德已经乘坐大巴来到了亚特兰大，接着搭乘大巴去了达拉斯。在大巴上，沃德搭讪了旁座的一名女生，原来这个人就是库尔森派来跟踪的芭芘，沃德立马掉头去了开往波士顿的大巴。西蒙斯尸检结果判定是凶手为了完成某种仪式，才会在死者身上刻画。西蒙斯还发现死者血液里有GH-325,为了能够找出凶手，库尔森决定亲自进入记忆仪器找出记

1945年，奥地利，莱茵哈特博士使用方尖碑做实验，希望能够解密出方尖碑的秘密。莱因哈特发现了一个能够在方尖碑下存活的中国女人。怀特霍尔找到斯凯父亲，期望能够解密方尖碑。库尔森派芭芘拷问巴克希，但是巴克希并不愿意透露。巴克希无意中透露怀特霍尔和70年前的怀特霍尔有关系。库尔森带人来到夏威夷。西蒙斯找到了关于莱因哈特的资料，发现怀特会儿和莱因哈特有联系。1945年，莱因哈特被美国抓获，乞求第二次机会。莱因哈特解释方尖碑的存在就是为了征服人类。斯凯父亲提议可以将怀特霍尔带到方尖碑中城市的寺庙。沃德绑架了他哥哥克里斯蒂安，沃德责怪克里斯蒂安当年的水井事件，两人为此时争执。菲兹竭尽全力要完成库尔森交代的任务，西蒙斯发现1945年的莱因哈特就是现在的怀特霍尔，梅发现当年莱因哈特当年就被关押在神盾局的“老

神盾局小组抢在Hydra组织之前发现了那座古代城市，但要发现终极秘密需要Coulson团队的一名成员做出重大牺牲。与此同时，May和Skye试图在Whitehall带走Raina之前营救她，这是一场与时间的较量！在上集中我们看到，Coulson所涂抹的神秘外星符号是一座城市的蓝图（所有人都相信这座城市就是异人族的首都Attilan，异人族住在位于喜马拉雅山深处的Atillan，将自己隐藏于人类社会之外）。如果将方尖塔（Obelisk）带到这座城市，一座神庙将发生可怕的事情（本集将解释这座神庙为何如此重要）。本集还将证实所谓的「蓝色天使」就是外星种族克里人（Kree）——但Coulson和他的团队对克里人一无所知。Skye的父亲并没有杀死Skye的母亲，制片人表示与之相关的故事将一直延续到本季

九头蛇欲将神盾局的飞机炸掉，可梅机智的躲避了九头蛇的袭击并返回秘密城市。斯凯被沃德带到九头蛇总部，斯凯见到了她的爸爸，她的爸爸告诉斯凯自己加入九头蛇的真正原因——是为了报复怀特霍尔，这天终于到了。库尔森小组发现九头蛇在一座剧院里挖洞，想要进入秘密城市。怀特霍尔要斯凯将方尖碑拿起，竟安然无恙。菲兹、西蒙斯、特里普穿着防护服进入秘密城市安放炸弹，而斯凯竟开枪打伤沃德！库尔森把怀特霍尔杀死了，可斯凯的爸爸说：“你抢了我的东西！”便打得不可开交。雷纳拿着方尖碑进入了秘密城市，凯和库尔森前去追赶，特里普赶忙去拆炸弹。雷纳、凯、特里普被关闭在一个封闭的空间，只见方尖碑立在一个圆柱上，打开了，一朵晶体展现出来，随后便发出一个冲击波，不一会儿，他们就变成了石块，可斯凯成功挣脱，但特里普就碎石般的瓦解了。一个

神盾局消灭了怀特霍尔，特里普因此牺牲。神盾局的每个人都遭受了重创，斯凯暂时被隔离。九头蛇专局正在商量如何选择下一个九头蛇头目，巴克希此时被拘禁在神盾局。雷纳转化成了邪恶势力，杀掉了西蒙斯带领的数据收集小队。梅探员和库尔森设局让巴克希上当，以为自己被九头蛇解救。亨特假装自己是九头蛇的人，巴克希放下防备，立马联系了九头蛇专局。西蒙斯发现雷纳的基因组被外星球的异物感染，她怀疑斯凯也被外星异物感染。雷纳找到斯凯的父亲，憎恨他让自己变成了现在这幅丑陋模样。斯凯的父亲得知斯凯已经化茧成蝶之后，十分开心。雷纳希望斯凯的父亲能够帮助自己，但是他并不合作。亨特将巴克希送到九头蛇专局，芭比和他聊天。芭比坦承自己和麦克曾经参加过互助小组。西蒙斯希望库尔森能够派人消灭雷纳，斯凯知道这件事之后担心不已。雷纳企图自杀，

斯凯被外星人追杀梅在训练斯凯，斯凯担心自己过于用力而伤害了梅，菲兹也在一旁提醒她。亨特和芭芘两人商量未来，麦克找到库尔森，库尔森直言可以将他调到外勤。此时葡萄牙来消息，库尔森赶往发现了之前的老同事希芙女士，但是她已经完全丧失了关于过往的记忆。斯凯在网上找到一段希芙的视频，发现了她和一名陌生男人在码头打斗的场面。库尔森打算立马寻找该陌生男人。芭芘和斯凯在医院找到了该陌生男子的踪迹，没想到该人力量十分强劲，斯凯因为生气而发作，突然间整个房间震颤。斯凯将自己所见告知库尔森，库尔森十分好奇该人是谁。斯凯想要把自己变异的消息告诉库尔森，但是菲兹建议她等对比结果出来再说。梅查到重要信息，原来该陌生男人就是克里人达克。达克就是来找发生了变异的人，斯凯知道纸包不住火，心里十分担心。此时神盾局因为斯凯的原因突

斯凯的父亲为了能够和神盾局抗衡，便召集很多之前被神盾局列入名单的危险分子，其中的人要么智商超群，要么力大无穷。斯凯逐渐能够控制自己的内心，但是库尔森和梅还是十分担心，于是梅便去请了自己的心理医生前夫来给斯凯做心理测评。一开始斯凯十分抗拒心理测评，但是逐渐向梅前夫吐露自己内心其实十分害怕，她怕自己对神盾局的安全造成威胁。斯凯的父亲带上召集的手下前去神盾局的牢监里释放了关押的极度危险分子，一行人开车前往库尔森的故乡威斯康辛。库尔森和芭芘前往牢监，发现囚犯已经被劫走，而且斯凯父亲还在墙上留下了“继续战斗”的字迹。库尔森心里明白一场战斗即将来临。库尔森得知斯凯的父亲在威斯康辛之后，便立马带上芭芘前往。梅得知库尔森要和斯凯的父亲决斗之后，便立马准备前去应付。此时斯凯出来，表示愿意帮助神盾局与自己的父亲

梅的前夫劝神盾局暂时隔离斯凯，为了整个神盾局的安全。库尔森和梅商量之后决定将斯凯转移到一个小木屋，飞机上库尔森和斯凯一番对话，试图委婉的解释自己的决定，斯凯对于自己被隔离十分生气。科尔森给了斯凯一双西蒙斯研发的手套，它可以帮助斯凯控制自己的能量。库尔森希望她能够原谅自己，并且承诺一定会想办法将她解救出来。在怀特霍尔被杀死之后，沃德和33号探员联手，他试图帮助33号探员找回自己。33号探员为了感谢沃德对自己的帮助，试图易容成沃德喜欢的斯凯，但是沃德拒绝，他和33号探员商量去找现在被博尔特扣押的巴克希。33号探员和沃德使用最新的易容技术变成博尔特的老婆潜进了基地，博尔特发现队里面出现了内鬼之后十分生气，发誓要找出内鬼。沃德也趁机进入了基地，33号探员进入了巴克希所呆的牢房。巴克希告知了33号探员

当年神盾局受到九头蛇的攻击，麦克失去了自己的队友蒂姆。神盾局所在的母舰已经沦陷，芭芘和麦克还在做垂死的挣扎。芭芘告诉梅并没有找到亨特，梅和库尔森都已经怀疑麦克和芭芘。斯凯和西蒙斯视频，西蒙斯感到十分孤独。菲兹对于斯凯被隔离起来十分不开心，而且将怒气发在了西蒙斯身上。库尔森怀疑麦克，询问麦克的意图。麦克坦言自己为神盾局工作，库尔森立马指使人包围了麦克。梅发现芭芘背叛了自己，便和芭芘打了起来，但芭芘逃走了。斯凯在小木屋里试了西蒙斯的手套，她试图联系西蒙斯，但是却没有联系上。此时戈登来敲门，斯凯打开了门。两人一席长谈，戈登询问斯凯关于自己异能的感受，斯凯觉得十分难受。戈登告诉斯凯他能够帮助斯凯掌握自己的异能，斯凯有点心动，稍后戈登消失。西蒙斯设法抓住了芭比，麦克找到菲兹。库尔森在芭比的身上找到了弗

在来世，斯凯醒来后发现自己半裸着在接受治疗。一旁的戈登向斯凯解释到这是林肯（特殊能力为：电）在为其治疗。林肯自称自己是斯凯的过渡人，将帮助斯凯完成身体和心灵上的过渡，之后会有导师教导控制自己的能力。几天之后，斯凯发现蕾娜也在来世，斯凯激动中试图用自己的能力杀死蕾娜，这时，斯凯的导师（母亲）出现阻止斯凯。斯凯表示要离开，导师希望斯凯能够给予她几天时间教导斯凯。与此同时菲兹发现有人正在试图打开立方体，于是去实验室发现是珍玛在为新神盾局工作。失望的菲兹决定离开神盾局，在接受搜查后，菲兹拿过珍玛递过来的背包，直奔机场。菲兹在背包中发现了立方体，原来这一切都是为了珍玛为了掉包立方体，让菲兹带出去而演的戏。科尔森与亨特在后援的帮助下夺取了一辆空客，决定去墨西哥找沃德，获取关于异人族的信息，想要营救斯凯。

七年前，库尔森和梅被分配到抓捕一个俄国超能力者的下落。同时，他们商量着一项秘密行动。芭芘询问梅是否知道库尔森的秘密，梅拒绝回答。嘉颖和斯凯聊天，嘉颖劝斯凯好好掌控自己的能力，便让她对着一座山练习。斯凯的力量之强大，竟然让对面的雪山崩塌，斯凯也对此十分惊异。库尔森找到间谍，现场一片混乱。斯凯的训练十分顺利，斯凯询问林肯关于嘉颖，但是林肯也不知道更多细节。芭芘想要说服梅将计划说出来，但是梅拒绝合作。戈登正在给蕾娜训练，但是蕾娜并不愿意再躲在笼子里。蕾娜觉得自己和斯凯相比，实在是运气太差。嘉颖继续训练斯凯，斯凯想起了自己小时候在寄养家庭的惨痛经历，她还提起自己在神盾局的经历。嘉颖提起斯凯的生气，原来她就是斯凯的母亲，斯凯突然间不知所措。斯凯的母亲提起之前斯凯消失后自己所经历的恐惧和绝望。梅回来和西

菲兹将工具箱带走，库尔森和亨特接应。斯凯的父亲卡尔和嘉颖谈话，他希望嘉颖能够重归过去。斯凯觉得那晚的晚餐还不错，所以她并不希望嘉颖将卡尔送走，斯凯想要和嘉颖就此谈谈。芭芘和麦克在训练，两人就库尔森的事情一番商量。西蒙斯向梅坦诚自己复制了工具箱，而真的工具箱在菲兹的手上，梅也将这件事情告诉了芭芘。库尔森找到33号特工，就此找到了沃德。库尔森和沃德谈条件，沃德答应。菲兹因为库尔森和沃德合作而十分生气，几乎要和沃德动手。斯凯找到嘉颖商量关于卡尔，嘉颖不答应将卡尔继续留下去。沃德将巴克希介绍给库尔森，斯凯找到卡尔，他十分开心。斯凯说服嘉颖将自己和卡尔一同离开来世，两人相谈甚欢。巴克希进入了新的神盾局的总部。斯凯偷了路人的一部电话，通知梅自己现在正在地球上，梅立马定位斯凯。原来九头蛇也在寻找斯凯，库尔

蕾娜做梦梦到了林肯和戈登，斯凯和卡尔回来找嘉颖，卡尔责备嘉颖就这么流放自己。戈登想要回去找林肯，但是他已经被九头蛇找到。库尔森和罗伯特见面，库尔森和他谈条件。斯凯想要就会林肯，但是嘉颖害怕回为此付出代价，蕾娜决定要自己亲自去救林肯。林肯想要逃走，巴克希和九头蛇头领商量该怎么处理林肯和死亡战士。库尔森想要先潜入九头蛇，原来就是菲兹和亨特。库尔森将沃德带回了神盾局，库尔森发现死亡战士已经被九头蛇处理了。库尔森任然相信巴克希，觉得只有这样才能够打入九头蛇。库尔森打算炸毁九头蛇在北极圈的基地，罗伯特赞成。菲兹和西蒙斯聊天，西蒙斯不赞成带沃德行动，她想要炸死沃德。梅责怪库尔森对自己撒谎，库尔森向梅解释。斯凯想要戈登去救林肯，但是戈登觉得并不可行，蕾娜说服二人。西蒙斯要跟随神盾局出战，此时斯凯出现。大家

库尔森提议要统一神盾局，罗伯特答应。斯凯陪着林肯，他醒过来之后十分生气，觉得在神盾局知道他们的存在之后会十分危险。蕾娜预知未来的能力帮助戈登不少忙，她预言到将来他们很可能会被消灭，嘉颖和戈登商量对策。戈登和蕾娜找到可能会消灭他们的战舰，没和芭芘出现。嘉颖询问卡尔关于蕾娜的情况，卡尔觉得蕾娜十分危险。亨特发现了蕾娜和戈登，二人立马逃走。神盾局决定要使用他们的超级航母来对付这一切。库尔森询问斯凯关于林肯的情况，斯凯十分抗拒，最后和梅吵了一架。罗伯特研制了可以定位戈登的系统，他想要消灭异人族，库尔森觉得这样要先调查清楚。卡尔因为戈登和蕾娜没能够带回斯凯而十分生气，斯凯因为自己的尴尬身份而十分迷失。梅和库尔森因为斯凯的事情而大吵一架。蕾娜预言到神盾局立马就要来向他们开火了，蕾娜决定要单独行动。戈登带

嘉颖杀了罗伯特，她拿罗伯特的枪朝自己开了一枪，她出去告诉斯凯是罗伯特朝自己开的枪。戈登劫持了神盾局的战舰，并且朝嘉颖开火。这一切激怒了斯凯，此时梅赶到，斯凯和梅动手。库尔森也十分困惑，他觉得罗伯特肯定不会这么蠢。斯凯为自己夹在嘉颖和神盾局之间十分沮丧，此时她找到蕾娜。蕾娜告诉在将来斯凯会成为他们异人族的领袖，而现在嘉颖只是在误导族人。库尔森担心现在斯凯站在了嘉颖那一边，梅也不得不低头。沃德和33号特工劫持了芭比，亨特和菲兹都在找她。斯凯和嘉颖对话，嘉颖希望斯凯能够和自己站在一起和神盾局作战。33号特工好奇为何当初芭比会将她出卖给九头蛇，芭比告诉她自己这么做是为了要打入九头蛇。嘉颖和蕾娜谈话，蕾娜告知她自己马上就要将嘉颖的计划告诉所有人，嘉颖十分生气，出手杀了蕾娜。此时斯凯出现，她看到嘉颖杀了

麦克找到斯凯，将她从监禁中释放了出来。嘉颖要求神盾局的人延长密码的时间，但是没有人愿意投降。亨特和梅寻找芭比，亨特找到芭比，但是沃德在房间里设置了机关。芭比用自己的身体挡住了枪口。沃德杀了梅却发现是变脸的33号特工。林肯对嘉颖的所作所为十分沮丧，戈登劝他继续站在嘉颖这一边。梅和亨特将芭比带回神盾局，西蒙斯立马去抢救她。林肯发现斯凯已经逃了出来，斯凯告诉他所有关于嘉颖的秘密。林肯将晶体的所在地告诉了斯凯，麦克立马去寻找重铸的水晶。梅给她前夫打电话，两人一阵寒暄。西蒙斯向菲兹表白，但是菲兹并不愿意在关键时候讨论私人感情。梅对于库尔森带上卡尔而十分生气，库尔森坚持卡尔会帮助他们的。麦克找到晶体，此时戈登出现想要找到带走晶体。库尔森和菲兹出现，带来了菲兹研发的干扰器，它可以限制戈登。戈登被困住，麦克